Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  28  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9545826--9545974
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1
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0
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0
16
0
83
0.66
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0
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80
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9556192--9556267
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0
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3.0
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1
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30
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19
20
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1.8
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93
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20
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2.0
71
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0
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2.2
20
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25
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7
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27
20
18
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6.7
27
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5
213
28
10
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38
1.87
9586932--9587151
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4.1
53
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5
219
29
10
22
37
1.88
9586932--9587136
80
2.6
81
84
5
290
28
10
21
38
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9587120--9587170
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1.9
27
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33
11
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33
1.90
9587126--9587179
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2.0
27
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1.84
9587735--9587783
22
2.2
22
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160
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19
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9591034--9591203
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1.8
93
91
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279
24
20
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27
1.99
9593055--9593112
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2.0
29
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2.0
43
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161
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8
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9596670--9596845
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1.8
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20
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1.99
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2.0
143
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1.20
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1.94
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18
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0
0
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0.76
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178
26
15
27
30
1.96
9623154--9623308
82
1.9
80
85
5
213
26
15
27
30
1.96
9623150--9623329
82
2.2
80
81
3
209
26
15
27
30
1.96
9633020--9633174
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3.7
42
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159
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22
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5.0
73
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0
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3.2
12
85
7
53
74
2
7
15
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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22
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1
7
20
1.20
9638543--9638597
12
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11
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1
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1.20
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2.0
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26
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1.9
183
91
0
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20
10
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2.0
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0
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31
21
19
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1.97
9688074--9688193
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20
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20
11
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1.90
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26
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10.5
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0
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23
26
27
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2.2
22
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4.3
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92
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53
70
0
0
29
0.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9725836--9725866
15
2.1
14
94
5
53
70
0
0
29
0.87
9726248--9726277
14
2.1
14
93
0
51
13
0
36
50
1.42
9726471--9727059
125
4.7
124
87
2
831
36
17
16
29
1.92
9726471--9727059
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2.4
249
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3
853
36
17
16
29
1.92
9728630--9728694
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5
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20
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218
28
8
23
39
1.85
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27
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8
23
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1.85
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0
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16
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0
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51
20
17
11
1.75
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18
1.9
18
94
5
61
23
23
38
14
1.92
9735870--9735973
29
3.6
29
77
1
102
25
17
31
25
1.97
9738524--9738558
16
2.2
16
100
0
70
28
5
20
45
1.73
9741218--9741276
21
2.8
21
82
7
57
27
1
30
40
1.66
9741423--9741476
14
3.9
14
80
0
63
24
0
29
46
1.53
9741507--9741535
14
2.0
15
93
6
51
20
0
37
41
1.53
9741512--9741625
7
16.1
7
71
12
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17
0
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41
1.49
9742410--9742463
16
3.8
16
70
27
57
38
9
3
48
1.53
9742403--9742497
18
5.3
18
75
10
56
42
6
2
49
1.40
9742472--9742507
19
1.9
18
88
5
54
47
0
0
52
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9747397--9747496
42
2.3
43
82
1
121
23
19
26
32
1.97
9751001--9751044
19
2.4
19
85
7
56
50
0
9
40
1.34
9763641--9763677
17
2.2
17
90
0
56
21
13
16
48
1.80
9766257--9766281
12
2.1
12
100
0
50
36
0
16
48
1.46
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22
2.0
22
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4
61
22
0
13
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1.29
9768578--9768705
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4.0
32
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0
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30
10
21
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1.88
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1.9
93
91
0
283
28
30
20
20
1.98
9772230--9772405
46
3.8
46
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12
180
29
29
20
20
1.98
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27
6.6
27
82
3
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27
15
27
29
1.96
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2.2
81
82
4
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27
15
27
29
1.96
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27
6.6
26
83
6
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26
15
28
29
1.96
9790316--9790471
82
1.9
81
88
3
233
26
15
28
29
1.96
9790312--9790492
82
2.2
81
83
2
229
26
15
28
29
1.96
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2.0
193
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1
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20
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0
174
26
4
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21
3.5
21
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15
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52
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38
2.0
38
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0
145
50
15
11
22
1.76
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19
2.1
19
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9
55
27
0
2
70
1.01
9801414--9801626
105
2.0
105
95
0
381
39
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15
22
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9805244--9805284
15
2.7
15
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0
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31
26
4
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1.78
9818681--9818795
57
2.0
57
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0
221
42
9
8
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1.68
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22
2.0
22
91
0
72
33
2
15
48
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9824541--9824585
22
2.0
22
91
0
72
33
2
15
48
1.57
9829981--9830071
33
2.8
33
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0
146
29
42
9
17
1.82
9836019--9836108
46
2.0
46
93
0
153
23
5
11
60
1.52
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40
5.3
39
89
4
242
25
21
27
25
1.99
9843983--9844245
120
2.2
120
82
4
309
25
21
27
25
1.99
9843984--9844280
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3.7
80
81
6
230
26
21
27
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1.99
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2.0
21
100
0
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36
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0
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1.78
9881606--9881872
46
5.7
46
74
10
222
22
28
20
27
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290