genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  275  of  290  ( 34714 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94874757--94874798	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
94882255--94882308	20	2.6	21	75	16	58	59	0	12	27	1.34
94882324--94882446	20	6.3	19	71	15	65	59	2	3	34	1.27
94882298--94882420	10	13.0	9	69	21	74	59	2	4	33	1.32
94882368--94882456	42	2.1	42	83	8	110	59	1	6	32	1.31
94882370--94882456	20	4.2	19	72	15	66	59	1	6	32	1.31
94882750--94882807	28	2.0	29	86	3	82	39	1	0	58	1.08
94882793--94882834	22	1.9	22	100	0	84	42	0	4	52	1.22
94887220--94887296	38	2.0	38	97	0	145	40	5	23	31	1.76
94902825--94902849	8	3.1	8	100	0	50	40	0	36	24	1.55
94906848--94906928	42	1.9	42	82	5	101	23	34	24	17	1.96
94908687--94908734	20	2.3	22	79	17	57	29	14	0	56	1.39
94908932--94908981	14	3.5	14	74	15	57	50	0	22	28	1.49
94908932--94908987	29	1.9	29	100	0	112	48	0	19	32	1.49
94913696--94914640	40	23.6	40	99	0	1881	24	27	22	24	2.00
94930480--94930522	21	2.1	21	82	4	52	53	16	30	0	1.43
94947389--94947472	41	2.0	41	100	0	168	35	7	8	48	1.61
94949039--94949190	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
94949039--94949190	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
94957512--94957663	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
94957512--94957663	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
94964258--94964567	46	6.7	46	100	0	620	21	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94965059--94965159	51	2.0	51	98	0	193	29	3	19	46	1.68
94972036--94972345	46	6.7	46	100	0	620	21	20	27	30	1.98
94975646--94975685	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
94983164--94983203	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
94983359--94983419	30	2.0	30	87	0	86	37	9	22	29	1.87
94984116--94984146	13	2.4	13	100	0	62	45	12	29	12	1.80
95000251--95000329	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
95000492--95000970	47	10.1	47	95	0	742	27	30	10	31	1.90
95004032--95004143	58	1.9	58	90	0	179	18	21	41	17	1.90
95004658--95004745	27	3.3	27	64	17	74	39	9	3	47	1.52
95012407--95012514	37	2.9	37	93	4	182	25	31	20	23	1.98
95012716--95012909	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
95012809--95012880	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
95017465--95017695	118	2.0	112	80	6	248	51	10	5	32	1.58
95018106--95018147	14	3.1	14	76	13	52	61	4	0	33	1.17
95019401--95019598	90	2.2	91	89	3	303	27	26	15	30	1.96
95022991--95023050	30	2.0	30	86	0	84	40	8	25	26	1.84
95024720--95024911	99	1.9	99	87	0	276	40	6	14	39	1.71
95027462--95028290	69	12.0	69	100	0	1658	26	10	21	42	1.84
95030829--95030926	47	2.1	48	88	9	148	35	11	21	31	1.89
95031431--95031489	29	2.0	30	83	3	75	40	6	25	27	1.80
95032233--95032295	31	2.0	31	96	0	117	31	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95042366--95042400	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
95042597--95042642	17	2.7	18	74	19	53	52	6	2	39	1.40
95042756--95042833	26	3.0	26	83	9	88	67	2	0	29	1.03
95042767--95042832	31	2.1	31	81	15	75	69	1	0	28	0.97
95042767--95042833	5	13.0	5	80	12	55	70	1	0	28	0.96
95046740--95047055	45	7.0	45	75	4	255	18	19	16	45	1.86
95054164--95054242	34	2.3	33	82	8	88	25	26	21	26	1.99
95069133--95069296	44	3.8	43	83	6	188	26	20	27	25	1.99
95069124--95069296	45	3.9	45	83	6	203	26	20	26	26	1.99
95082642--95082736	34	2.8	35	79	6	97	26	24	22	27	2.00
95088414--95088513	35	2.9	35	90	4	157	40	30	11	19	1.86
95088415--95088529	35	3.3	34	86	7	151	39	31	10	19	1.85
95090860--95091080	40	5.6	40	83	5	279	27	26	22	23	2.00
95090860--95091080	120	1.8	119	90	4	356	27	26	22	23	2.00
95097921--95098162	50	4.9	49	80	7	227	30	25	18	25	1.98
95097977--95098060	28	3.2	28	68	25	92	28	29	17	23	1.97
95108251--95108300	24	2.1	24	100	0	100	26	12	32	30	1.92
95108375--95108406	16	2.0	16	93	0	55	43	15	25	15	1.86
95108985--95109089	27	3.9	26	70	7	77	43	21	5	28	1.75
95109039--95109180	27	5.3	27	78	4	144	38	23	9	28	1.87
95109040--95109194	54	2.9	54	74	6	163	38	25	9	27	1.87
95125697--95125778	34	2.4	34	83	4	94	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95137096--95137129	16	2.1	16	94	0	59	47	17	17	17	1.84
95137366--95137434	28	2.4	29	87	2	95	24	13	36	26	1.92
95137734--95137858	27	4.7	27	79	2	117	42	20	7	30	1.78
95137788--95137908	27	4.5	27	74	9	86	39	21	9	29	1.84
95137734--95137916	80	2.3	80	82	8	203	39	21	8	29	1.84
95137788--95137908	54	2.3	54	80	1	136	39	21	9	29	1.84
95138375--95138406	16	2.0	16	100	0	64	25	12	12	50	1.75
95140221--95140438	40	5.5	39	86	4	224	26	20	27	26	1.99
95148340--95148377	20	1.9	20	88	0	58	10	36	31	21	1.87
95163151--95163213	33	1.9	33	83	0	81	28	20	23	26	1.99
95167085--95167182	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
95178831--95179050	40	5.6	40	81	5	250	25	26	22	24	2.00
95184325--95184433	37	2.9	37	91	0	173	26	29	19	24	1.98
95184639--95184832	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
95188597--95188811	46	4.6	46	74	11	161	26	26	17	30	1.97
95189427--95189487	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
95195966--95196035	25	2.8	25	95	0	122	22	22	27	27	1.99
95196238--95196479	27	9.0	27	87	3	290	24	20	18	36	1.95
95196239--95196479	54	4.5	54	87	1	322	24	20	18	36	1.95
95196470--95196689	27	8.1	28	82	6	213	30	8	22	39	1.83
95196472--95196879	27	15.2	27	83	5	175	33	8	23	34	1.86
95196470--95196677	81	2.6	81	85	3	260	29	8	21	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95196670--95196904	27	8.7	27	89	0	319	37	8	24	28	1.86
95198672--95198815	24	6.0	24	89	2	209	28	21	20	29	1.98
95198865--95198931	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
95198865--95198920	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
95212485--95212716	49	4.7	49	84	3	311	28	27	18	25	1.98
95217685--95217880	50	3.9	49	78	3	221	28	26	18	27	1.98
95227623--95227780	43	3.7	43	78	7	153	24	15	25	33	1.95
95227797--95227870	37	2.0	37	97	0	139	24	18	14	41	1.89
95232552--95232589	20	1.9	20	94	0	67	42	18	13	26	1.87
95237560--95237824	40	6.6	40	88	1	397	27	21	27	23	1.99
95244532--95244794	40	6.6	40	88	3	316	24	20	27	26	1.99
95247428--95247647	40	5.6	40	82	4	250	25	26	23	25	2.00
95255762--95255981	40	5.6	40	80	4	232	25	26	23	25	2.00
95255762--95255981	80	2.8	79	84	4	257	25	26	23	25	2.00
95262473--95262518	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
95275629--95275714	43	2.0	43	90	0	136	20	23	25	30	1.99
95278002--95278069	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
95277891--95278218	174	1.9	174	96	0	611	30	24	14	30	1.95
95278171--95278249	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
95286430--95286480	25	2.0	25	96	0	93	11	50	0	37	1.39
95289757--95289853	41	2.4	41	87	0	140	32	28	17	20	1.96
95293065--95293321	40	6.4	40	82	4	324	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95293065--95293321	80	3.2	80	92	2	403	27	28	21	22	1.99
95296645--95296722	39	2.0	39	100	0	156	41	20	5	33	1.74
95301616--95301648	7	4.7	7	85	14	50	81	0	0	18	0.68
95306111--95306150	21	1.9	21	85	10	55	22	17	25	35	1.95
95311601--95311804	40	5.1	40	79	10	213	24	28	23	24	2.00
95311622--95311804	79	2.3	79	82	7	210	24	28	23	24	2.00
95322092--95322135	20	2.2	20	83	4	52	56	6	6	29	1.51
95329729--95330031	40	7.6	40	90	2	405	27	27	20	25	1.99
95337717--95337939	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
95337871--95337948	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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