genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1632320--1632450	27	4.9	26	77	6	120	31	8	22	38	1.84
1631889--1632328	81	5.4	81	91	0	677	40	10	20	27	1.86
1632310--1632450	54	2.6	53	81	6	158	30	8	21	39	1.84
1632378--1632459	27	3.1	25	76	11	83	29	7	24	39	1.82
1633327--1633427	27	3.7	27	81	5	96	20	24	18	35	1.95
1633586--1633715	6	21.0	6	64	17	52	20	16	15	47	1.82
1633564--1633698	31	4.3	31	85	0	162	22	15	13	48	1.79
1641327--1641409	37	2.2	38	86	2	123	32	27	19	20	1.97
1650087--1650127	17	2.4	17	83	0	55	9	43	31	14	1.78
1651715--1651759	13	3.5	13	96	0	81	51	13	28	6	1.66
1655391--1655430	21	1.9	21	89	0	62	47	0	17	35	1.48
1660900--1661190	44	6.9	42	75	10	263	25	17	26	30	1.97
1660924--1661190	85	3.1	85	98	0	516	24	17	26	31	1.97
1664216--1665228	79	12.8	79	97	1	1811	25	27	21	25	1.99
1667304--1667331	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
1667513--1667658	40	3.7	38	78	9	132	27	23	19	29	1.98
1670056--1670151	43	2.3	43	98	1	185	35	9	14	40	1.78
1671976--1672282	43	7.2	43	80	7	261	23	19	26	30	1.98
1672123--1672289	85	2.0	84	86	3	237	23	19	22	34	1.97
1672080--1672282	42	4.8	42	81	1	208	24	20	25	30	1.99
1678652--1678759	26	4.2	26	95	0	198	35	25	7	32	1.84
1685697--1685806	26	4.2	26	96	0	175	36	23	5	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1689020--1689236	61	3.7	61	85	9	297	47	13	17	20	1.81
1689020--1689236	6	35.8	6	78	12	221	47	13	17	20	1.81
1689379--1689444	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
1689379--1689452	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
1689403--1689460	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
1689617--1689675	22	2.7	22	81	0	64	33	22	25	18	1.96
1689763--1689845	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
1690044--1690239	27	7.3	27	88	0	248	26	18	18	36	1.94
1690244--1690733	27	18.2	27	83	4	605	40	10	22	26	1.86
1692109--1692166	27	2.2	27	87	9	84	53	3	20	22	1.60
1693228--1694222	142	7.0	142	99	0	1981	45	14	13	26	1.81
1700121--1700283	87	1.9	86	85	1	227	26	14	22	36	1.92
1702563--1702637	28	2.6	29	81	8	100	22	12	8	57	1.60
1702856--1702895	13	2.7	16	85	14	59	35	0	0	65	0.93
1702896--1702921	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
1704129--1704215	29	3.0	29	80	12	90	41	18	28	11	1.85
1708700--1708743	20	2.2	20	87	0	61	54	9	2	34	1.44
1721609--1721656	19	2.6	19	80	3	53	35	4	12	47	1.60
1721673--1721761	42	2.1	42	89	0	133	29	6	13	50	1.67
1722125--1722155	15	2.1	15	93	0	53	48	22	0	29	1.51
1725520--1725567	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
1725584--1725672	42	2.1	42	91	0	142	28	6	14	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1725690--1726506	43	19.0	43	100	0	1634	32	13	4	48	1.63
1732754--1732782	3	10.0	3	92	7	51	68	0	31	0	0.89
1736289--1736694	202	2.0	201	97	0	758	25	13	21	40	1.89
1741171--1741412	117	2.1	116	89	4	369	41	2	3	52	1.31
1742266--1742300	18	1.9	18	94	0	61	34	8	17	40	1.80
1744257--1744298	17	2.4	18	88	7	61	19	2	0	78	0.86
1747387--1747430	22	2.0	22	100	0	88	40	13	22	22	1.89
1751206--1751282	39	2.0	39	86	0	109	40	10	11	37	1.76
1753971--1754027	30	1.9	30	88	0	87	36	15	28	19	1.92
1756166--1756257	44	2.1	44	93	0	157	32	21	18	27	1.97
1756019--1756247	94	2.4	91	73	13	212	32	19	20	27	1.97
1756102--1756396	137	2.1	138	88	3	425	31	19	19	28	1.97
1756373--1756557	92	2.0	93	81	6	214	34	16	18	29	1.94
1759697--1759725	14	2.1	14	100	0	58	41	20	13	24	1.89
1764248--1764286	20	2.0	20	94	0	69	43	0	5	51	1.24
1773618--1773727	55	2.0	55	98	0	211	29	29	13	28	1.94
1777993--1778114	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
1784982--1785108	39	3.5	39	73	16	135	40	22	22	14	1.90
1785031--1785094	31	2.1	31	90	0	101	42	20	21	15	1.89
1788610--1788641	15	2.1	15	94	0	55	31	18	9	40	1.83
1789844--1789898	20	2.6	21	77	5	58	32	3	0	63	1.12
1792402--1792428	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1792564--1792588	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
1797538--1797593	24	2.4	24	82	8	71	3	26	7	62	1.38
1797621--1797655	6	5.8	6	87	12	54	0	20	0	80	0.72
1797678--1797718	21	2.0	21	90	0	64	48	4	36	9	1.58
1797675--1797742	24	2.8	24	81	0	82	45	8	36	8	1.67
1797681--1797742	27	2.3	27	88	0	88	46	6	37	9	1.62
1797824--1797901	15	5.3	15	70	13	54	1	26	2	69	1.09
1797831--1797912	6	13.2	6	73	16	51	1	29	2	67	1.11
1797975--1798025	24	2.1	24	82	7	59	3	39	3	52	1.38
1806072--1806170	33	3.0	33	90	0	153	18	7	40	34	1.78
1815564--1815652	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
1815564--1815632	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
1819795--1819823	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
1822268--1822333	33	2.0	33	93	0	114	31	40	7	19	1.80
1826524--1826548	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
1827814--1827840	14	1.9	14	100	0	54	70	7	7	14	1.32
1842144--1842388	131	1.8	133	83	6	327	36	4	4	53	1.43
1844394--1844486	41	2.3	42	84	5	127	33	5	11	49	1.62
1844407--1844485	41	1.9	41	94	0	140	32	6	12	48	1.67
1848181--1848221	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
1848723--1848775	20	2.9	17	76	15	52	39	16	15	28	1.89
1848919--1848962	22	2.0	22	95	0	79	31	20	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1849192--1849316	45	2.7	45	85	6	169	44	8	2	44	1.48
1849192--1849317	46	2.7	46	81	9	157	43	8	2	45	1.48
1851055--1851101	23	2.0	23	95	0	85	27	14	4	53	1.60
1856553--1856592	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
1856655--1856759	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
1857854--1857934	26	3.2	26	91	1	128	35	25	6	32	1.81
1861137--1861405	40	6.7	40	91	1	432	26	26	21	24	1.99
1861104--1861405	120	2.5	118	90	2	453	26	26	21	25	2.00
1869432--1869505	19	3.4	22	75	16	66	27	2	5	64	1.28
1878620--1878776	43	3.7	41	78	12	165	29	25	19	26	1.98
1878620--1878779	86	1.9	86	84	7	218	29	25	19	25	1.98
1883099--1883141	22	2.0	22	81	9	52	23	18	20	37	1.94
1883718--1883917	102	2.0	102	96	0	373	37	12	16	34	1.86
1889568--1889628	30	2.0	30	87	0	86	36	16	22	24	1.94
1889965--1890236	47	5.8	44	72	11	147	27	20	29	22	1.99
1890408--1890449	20	2.1	20	100	0	84	45	0	26	28	1.54
1891311--1891454	72	2.0	72	98	0	279	30	4	23	40	1.75
1892019--1892112	49	1.9	49	95	0	170	43	7	25	23	1.79
1895017--1895156	39	3.6	39	88	7	187	24	24	29	22	1.99
1909030--1909210	48	3.8	48	79	10	199	33	28	19	18	1.96
1911691--1911753	27	2.2	29	83	10	78	17	15	28	38	1.91
1911715--1911769	29	1.9	28	85	3	74	18	18	27	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1918246--1918673	40	10.7	40	99	0	838	22	27	20	30	1.98
1922153--1922184	15	2.1	15	100	0	64	56	6	0	37	1.25
1922251--1922276	8	3.2	8	100	0	52	34	11	0	53	1.37
1922251--1922285	16	2.2	16	89	0	52	37	11	0	51	1.38
1924994--1925131	69	2.0	69	95	0	249	33	10	28	28	1.89
1925405--1925504	49	2.0	49	100	0	200	41	4	19	36	1.70
1940997--1941258	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
1951639--1951772	45	3.1	43	76	9	130	32	26	18	23	1.97
1982532--1982599	31	2.2	31	86	0	91	20	19	13	47	1.82
1982532--1982644	6	18.3	6	66	18	54	20	18	12	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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