genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26858226--26858280	6	9.2	6	77	15	51	49	16	18	16	1.81
26858225--26858283	18	3.4	18	81	4	68	49	15	16	18	1.80
26858610--26858825	27	8.0	27	81	4	231	40	19	13	25	1.89
26858639--26858852	81	2.6	81	80	2	243	39	18	13	29	1.88
26858814--26858876	27	2.3	27	83	5	74	23	15	17	42	1.88
26864611--26865315	40	17.6	40	95	0	1232	27	19	27	24	1.99
26867607--26867650	22	2.0	22	90	0	70	34	0	9	56	1.31
26867617--26867650	12	3.0	12	91	8	54	32	0	8	58	1.29
26867612--26867662	10	4.9	10	86	9	66	31	0	7	60	1.25
26867612--26867662	22	2.5	20	87	6	66	31	0	7	60	1.25
26869179--26869205	14	1.9	14	100	0	54	18	7	0	74	1.05
26871639--26871740	52	2.0	51	90	0	150	29	17	22	29	1.96
26873204--26873284	41	2.0	41	92	0	135	32	11	18	38	1.86
26875380--26875460	40	2.0	40	92	4	137	50	18	17	13	1.78
26875551--26875583	11	3.1	11	86	8	50	42	27	0	30	1.56
26875831--26875913	22	3.6	22	79	10	87	36	15	19	28	1.93
26882942--26883020	24	3.3	24	80	7	81	35	17	21	25	1.95
26885428--26885472	17	2.6	17	92	0	72	11	42	26	20	1.85
26896614--26896673	30	2.0	30	93	0	102	45	8	23	23	1.80
26898220--26898269	26	1.9	26	91	0	82	40	24	16	20	1.91
26898227--26898294	26	2.7	26	81	2	66	36	23	22	17	1.94
26898432--26898485	27	2.0	27	85	3	74	31	14	20	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26910156--26910489	48	7.0	47	80	3	319	27	18	29	23	1.98
26910166--26910484	144	2.2	142	84	3	399	28	19	29	22	1.98
26910818--26910851	14	2.4	14	85	5	50	35	8	5	50	1.58
26912538--26913125	295	2.0	293	89	4	898	40	21	7	29	1.82
26913877--26914022	42	3.5	42	75	10	136	30	27	17	25	1.97
26915105--26915129	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
26925075--26925100	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
26931363--26931615	48	5.3	48	76	1	204	29	18	29	22	1.97
26931367--26931584	96	2.3	96	93	0	373	28	19	29	22	1.98
26931367--26931615	96	2.6	96	88	3	367	29	18	29	22	1.97
26934317--26934395	34	2.3	33	78	6	86	24	25	25	25	2.00
26952894--26953005	43	2.6	43	80	5	120	30	25	15	28	1.96
26955872--26955938	20	3.3	20	79	4	82	37	11	17	32	1.87
26955986--26956087	25	4.2	24	86	5	125	29	20	19	30	1.97
26956302--26956365	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
26966684--26966730	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
26966778--26966885	50	2.2	49	86	8	148	27	21	22	28	1.99
26966778--26966885	25	4.4	24	87	5	128	27	21	22	28	1.99
26966778--26966897	49	2.4	51	83	9	142	26	22	22	28	1.99
26967093--26967156	31	2.1	31	90	0	101	39	14	23	23	1.91
26972362--26972413	10	5.1	10	82	11	52	34	0	3	61	1.14
26972361--26972404	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26977131--26977209	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
26977330--26977575	47	5.2	47	88	1	323	28	30	9	31	1.88
26982130--26982283	28	5.5	28	89	1	220	32	27	12	27	1.92
26985563--26985735	27	6.4	27	82	5	197	37	17	19	25	1.93
26986386--26986437	27	2.0	26	84	3	68	15	26	21	36	1.93
26992650--26992750	27	3.7	27	90	0	148	35	19	18	25	1.95
26992907--26992958	27	2.0	26	84	3	68	15	26	21	36	1.93
26997753--26998134	206	1.9	206	92	0	647	31	12	14	41	1.83
26998159--26998193	11	3.2	11	87	0	52	48	5	11	34	1.63
27014757--27014808	26	2.0	25	82	14	61	32	26	1	38	1.68
27016131--27016244	57	2.0	57	96	0	210	29	17	19	33	1.95
27016206--27016281	37	2.1	37	94	0	134	32	18	18	30	1.95
27016983--27017041	29	2.0	29	100	0	118	52	16	10	20	1.72
27020299--27020331	17	1.9	17	100	0	66	48	6	12	33	1.65
27020375--27020472	51	2.0	49	87	4	133	55	11	4	29	1.54
27029867--27030052	40	4.7	38	79	10	151	28	26	20	24	1.99
27029867--27030052	80	2.3	80	81	9	202	28	26	20	24	1.99
27062313--27062425	37	3.1	37	94	0	190	27	30	19	23	1.98
27062574--27062752	98	1.8	98	93	0	313	30	27	7	35	1.84
27062571--27062755	48	3.8	48	91	2	289	30	27	7	35	1.83
27062725--27062850	47	2.7	47	92	0	216	26	26	13	34	1.93
27066323--27066544	46	4.8	46	80	8	213	25	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27066270--27066539	94	2.9	92	79	12	284	24	28	18	27	1.98
27071575--27071647	38	1.9	38	86	5	103	35	12	13	38	1.83
27078278--27078388	57	1.9	57	81	3	134	36	22	11	29	1.90
27078607--27078639	17	1.9	17	93	0	57	24	12	18	45	1.83
27079785--27079902	26	4.6	25	85	4	128	34	36	9	19	1.84
27090448--27090477	11	2.7	11	94	0	51	70	0	3	26	1.03
27091721--27091768	16	2.9	16	77	17	53	39	0	0	60	0.97
27091721--27091761	9	4.9	9	82	11	52	39	0	0	60	0.96
27094562--27094595	17	2.0	17	100	0	68	47	11	23	17	1.81
27099883--27099933	6	8.8	6	85	8	52	82	5	11	0	0.83
27099882--27099937	16	3.5	15	75	17	58	82	5	12	0	0.83
27099884--27099938	28	2.0	27	85	3	74	80	5	14	0	0.89
27114035--27114098	24	2.7	24	90	0	92	48	9	4	37	1.56
27114190--27114248	29	2.0	29	90	0	91	35	35	8	20	1.83
27116739--27116780	18	2.3	18	76	8	50	21	38	26	14	1.91
27124895--27124964	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
27131777--27131970	42	4.5	42	71	10	131	27	24	17	31	1.97
27156600--27156642	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
27157196--27157386	48	4.0	48	87	3	278	19	18	29	31	1.96
27165859--27166084	89	2.5	89	99	0	443	42	23	7	26	1.82
27169896--27170032	58	2.3	60	85	8	174	49	3	4	42	1.40
27169917--27170032	61	1.9	58	87	5	169	50	2	4	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27170008--27170059	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
27179716--27179763	24	2.0	24	100	0	96	45	20	8	25	1.79
27181352--27181376	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
27181330--27181374	18	2.3	20	85	11	67	11	22	0	66	1.22
27183751--27183858	40	2.7	40	94	0	180	49	12	11	27	1.74
27186319--27186448	66	1.9	69	82	7	167	22	30	13	33	1.93
27198176--27198314	42	3.2	43	80	7	149	25	17	25	30	1.97
27202816--27202878	27	2.4	26	76	5	72	31	12	11	44	1.78
27206179--27206339	82	2.0	82	93	0	277	29	21	13	35	1.92
27207858--27207914	26	2.2	25	84	3	69	35	14	8	42	1.76
27227761--27227838	22	3.6	23	80	14	85	43	0	6	50	1.28
27227776--27227826	11	4.6	11	95	4	86	37	0	9	52	1.34
27227776--27227838	11	5.9	10	90	5	72	42	0	7	49	1.32
27244791--27244868	22	3.6	23	80	14	85	43	0	6	50	1.28
27244806--27244856	11	4.6	11	95	4	86	37	0	9	52	1.34
27244806--27244868	11	5.9	10	90	5	72	42	0	7	49	1.32
27247901--27248055	50	3.1	49	83	7	188	28	17	20	34	1.95
27247931--27248054	25	5.0	25	87	3	169	29	18	17	34	1.94
27249722--27249805	34	2.5	33	86	1	114	22	9	20	47	1.78
27249720--27249805	17	5.1	17	70	2	66	22	9	20	47	1.78
27253656--27253720	29	2.2	29	81	10	80	26	0	4	69	1.08
27260806--27260970	58	2.9	57	82	5	172	42	1	3	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27261104--27261169	12	5.7	11	80	18	57	48	0	1	50	1.10
27261092--27261221	46	2.8	47	72	21	114	46	0	2	51	1.13
27261429--27261483	16	3.4	16	89	0	83	30	27	7	34	1.84
27264211--27264342	68	1.9	68	100	0	264	28	29	10	31	1.90
27264693--27264823	67	2.0	67	100	0	262	20	28	18	32	1.96
27265930--27266028	33	3.0	33	90	0	153	18	7	40	34	1.78
27275044--27275112	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
27276833--27276863	16	1.9	16	93	0	53	58	0	6	35	1.24
27276881--27276911	12	2.5	12	94	5	53	19	16	0	64	1.29
27276907--27276974	17	3.7	18	75	24	63	42	0	0	57	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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