genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13421300--13421369	26	2.6	27	93	4	124	47	24	5	22	1.73
13421354--13421548	54	3.6	54	85	1	257	36	18	18	26	1.94
13421354--13421549	27	7.3	27	82	1	223	36	18	18	26	1.94
13422266--13422324	27	2.2	26	84	3	73	22	22	18	37	1.94
13425463--13425791	38	7.9	38	72	20	243	31	25	14	28	1.95
13425470--13425791	85	3.8	85	92	2	515	31	25	14	28	1.95
13425509--13425757	38	5.7	46	76	17	262	31	24	14	28	1.95
13429575--13429635	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
13440738--13440779	13	3.2	13	93	0	66	21	26	30	21	1.98
13442836--13442979	55	2.6	55	82	2	155	18	27	25	28	1.98
13447450--13447661	40	5.3	40	84	6	216	23	19	27	30	1.98
13451435--13451538	27	4.0	27	81	9	126	32	17	22	27	1.96
13451452--13451498	23	2.0	23	95	0	85	36	17	23	23	1.95
13451523--13451971	27	16.7	26	77	7	287	41	22	8	28	1.83
13451530--13451971	81	5.5	81	76	4	356	41	22	8	27	1.83
13451893--13452028	55	2.5	55	81	8	152	42	16	10	30	1.82
13451530--13452028	27	18.4	27	77	6	168	41	21	9	28	1.84
13452292--13452369	41	1.9	41	91	0	129	23	19	28	29	1.98
13452515--13452580	22	3.0	22	78	8	80	19	27	22	30	1.98
13453279--13453343	27	2.4	26	82	7	85	35	16	20	27	1.94
13453327--13453722	81	4.9	79	73	10	286	40	20	9	30	1.83
13453334--13453722	54	7.2	54	74	6	232	40	20	9	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13453352--13453723	27	13.7	27	74	5	153	40	19	8	30	1.82
13453677--13453751	27	2.8	27	83	4	80	36	21	13	29	1.91
13454211--13454276	22	3.0	22	76	8	71	19	25	22	31	1.98
13456937--13456971	10	3.6	10	88	3	54	14	22	45	17	1.84
13457110--13457449	27	12.6	27	83	5	307	39	21	10	29	1.87
13457110--13457449	81	4.2	81	80	5	348	39	21	10	29	1.87
13457157--13457539	27	14.1	27	81	2	158	39	21	10	29	1.86
13457803--13457916	41	2.9	40	84	7	135	23	22	28	25	2.00
13458060--13458124	22	3.0	22	77	8	69	20	24	23	32	1.98
13463394--13463571	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
13463395--13463550	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
13463391--13463571	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
13471457--13471634	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
13471458--13471613	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
13471454--13471634	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
13485290--13485335	22	2.1	22	95	0	83	34	19	17	28	1.94
13496122--13496224	46	2.2	48	85	3	138	35	14	23	26	1.93
13500474--13500585	46	2.3	46	81	6	125	35	14	22	27	1.93
13504965--13505090	25	5.1	25	75	7	114	24	23	19	33	1.97
13504973--13505082	49	2.2	49	85	3	150	24	23	18	33	1.97
13505447--13505548	30	3.4	29	67	18	84	40	11	10	37	1.77
13505426--13505544	59	2.0	59	95	0	211	42	10	11	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13506371--13506397	12	2.2	12	100	0	54	29	40	22	7	1.81
13511780--13511997	40	5.5	40	84	4	255	26	28	23	22	1.99
13519918--13520020	40	2.6	40	90	0	170	25	28	25	21	1.99
13526401--13526439	20	2.0	20	100	0	78	46	12	0	41	1.42
13528504--13528567	33	1.9	33	90	0	101	25	28	9	37	1.87
13530111--13530184	32	2.3	32	97	0	139	2	51	5	40	1.39
13533212--13533272	22	2.8	22	82	0	68	31	21	26	21	1.98
13533147--13534052	216	4.2	216	99	0	1794	33	21	22	22	1.98
13533428--13533488	22	2.8	22	82	0	68	31	21	26	21	1.98
13533644--13533704	22	2.8	22	82	0	68	31	21	26	21	1.98
13533860--13533920	22	2.8	22	82	0	68	31	21	26	21	1.98
13534069--13534147	41	1.9	41	92	0	131	29	30	18	21	1.97
13534412--13534708	54	5.5	52	75	8	227	29	9	18	41	1.83
13534405--13534708	27	11.2	27	77	7	195	30	10	18	40	1.84
13535825--13535908	44	1.9	44	92	0	141	33	17	14	34	1.90
13536891--13536947	27	2.1	27	93	0	96	26	8	22	42	1.83
13536909--13537039	27	4.9	26	83	3	136	25	8	24	41	1.83
13536939--13537081	27	5.3	27	78	5	137	30	8	21	39	1.83
13537032--13537089	26	2.2	27	87	3	82	39	10	12	37	1.77
13537071--13537126	27	2.1	27	89	0	85	32	23	16	28	1.96
13540134--13540189	27	2.1	27	96	0	103	35	17	16	30	1.92
13546962--13547044	28	3.0	28	91	3	132	31	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13547150--13547214	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
13549721--13549803	24	3.4	25	71	6	71	26	18	27	27	1.98
13555330--13555445	40	2.9	40	88	0	169	25	30	22	22	1.99
13555346--13555563	40	5.5	40	77	9	173	24	28	22	23	1.99
13555329--13555483	80	1.9	79	83	8	199	23	30	22	23	1.99
13555870--13555948	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
13578117--13578214	42	2.3	42	81	6	135	20	24	35	19	1.95
13581920--13581966	24	1.9	25	86	4	69	10	27	0	61	1.29
13583597--13583633	16	2.1	19	85	14	53	32	18	27	21	1.97
13590007--13590037	12	2.6	12	94	0	53	16	38	16	29	1.90
13593939--13594038	27	3.7	27	87	0	137	42	19	15	24	1.89
13608990--13609042	20	2.9	18	79	20	65	50	3	1	43	1.30
13613815--13613859	23	1.9	24	90	4	74	22	20	11	46	1.81
13614437--13614495	30	2.0	30	83	6	75	30	25	6	37	1.82
13629001--13629125	48	2.6	48	96	2	225	32	27	6	34	1.82
13630073--13630231	40	3.9	41	77	4	133	23	30	20	25	1.98
13630153--13630233	43	1.9	42	84	2	108	22	30	20	25	1.98
13630400--13630471	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
13630925--13630973	19	2.6	19	80	3	55	42	22	0	34	1.54
13631603--13631647	21	2.1	21	95	0	81	33	24	13	28	1.93
13646765--13646914	41	3.6	41	71	11	119	24	22	25	28	2.00
13651976--13652055	23	3.5	22	80	14	90	38	18	23	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13651991--13652114	23	5.3	24	81	2	137	40	19	20	20	1.92
13651991--13652104	47	2.4	47	83	1	140	41	19	19	20	1.91
13660664--13660713	19	2.6	19	87	6	66	52	8	0	40	1.31
13669535--13669866	73	4.5	73	98	0	628	40	24	6	28	1.78
13671823--13671865	20	2.2	20	86	0	59	48	0	4	46	1.22
13676031--13676071	21	2.0	21	95	0	73	53	12	12	21	1.70
13686903--13686973	35	2.0	35	97	0	133	38	28	7	26	1.82
13688397--13688423	7	3.9	7	100	0	54	25	14	0	59	1.36
13693529--13693563	16	2.2	16	89	0	52	31	5	25	37	1.80
13695526--13695581	24	2.3	25	81	9	62	42	5	5	46	1.49
13695513--13695581	25	2.9	24	78	6	61	42	4	5	47	1.47
13701429--13701473	24	2.0	22	83	16	56	66	6	13	13	1.43
13704477--13704511	18	1.9	18	88	0	52	14	5	5	74	1.19
13713115--13713383	47	5.7	44	72	16	148	25	19	31	23	1.98
13713168--13713383	49	4.6	47	74	12	147	25	19	31	24	1.98
13716317--13716404	40	2.2	40	95	0	158	51	23	18	6	1.70
13724132--13724175	17	2.4	19	85	11	56	50	4	4	40	1.43
13731454--13731561	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
13744156--13744271	43	2.7	43	80	11	148	29	28	20	21	1.98
13750746--13750906	54	3.0	54	90	1	252	31	13	26	28	1.94
13753864--13753893	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
13757322--13757350	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13757758--13757782	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
13758783--13758858	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
13772031--13772136	51	2.1	51	87	0	149	29	29	17	23	1.97
13772101--13772214	43	2.7	43	80	1	131	30	28	17	23	1.97
13775518--13775616	40	2.5	41	78	5	112	18	19	22	40	1.91
13778456--13778523	34	2.0	34	97	0	127	39	14	16	29	1.88
13782279--13782375	25	4.0	25	71	9	76	41	18	22	17	1.90
13782356--13782441	26	3.4	25	85	4	109	39	17	18	24	1.92
13782340--13782445	26	4.2	24	80	8	88	38	19	18	22	1.93
13783035--13783103	33	2.2	31	82	7	77	31	23	7	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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