genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  268  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92717165--92717337	46	3.7	46	77	13	192	31	28	19	21	1.97
92717758--92717817	30	2.0	30	90	0	93	35	25	3	36	1.72
92724452--92724546	40	2.4	40	90	0	145	22	17	28	31	1.97
92726724--92726815	45	2.0	45	97	0	175	23	17	29	29	1.97
92728895--92729066	93	1.8	93	87	0	254	29	29	19	21	1.98
92730178--92730218	18	2.3	18	100	0	82	29	19	4	46	1.71
92733164--92733268	27	3.9	27	81	12	117	17	21	22	38	1.93
92733163--92733270	54	2.0	54	85	3	146	17	21	22	38	1.93
92737958--92738040	43	1.9	43	87	0	121	22	19	30	27	1.98
92741393--92741624	49	4.7	49	82	3	284	29	25	18	25	1.98
92747503--92747732	49	4.6	50	79	7	238	30	24	18	26	1.98
92749904--92749961	23	2.4	25	80	8	66	41	17	20	20	1.90
92749924--92749976	25	2.2	24	86	10	72	37	24	22	15	1.92
92755293--92755399	50	2.1	50	86	3	144	28	19	16	35	1.94
92761287--92761336	25	2.0	25	88	7	75	40	32	2	26	1.67
92767878--92768141	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
92767878--92768174	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
92769970--92770803	43	19.4	43	98	0	1616	23	14	35	27	1.93
92770785--92770858	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
92771171--92771366	40	4.9	40	81	5	184	26	22	27	24	2.00
92771171--92771367	80	2.5	81	82	5	222	25	22	26	24	2.00
92772267--92772666	200	2.0	200	99	0	782	38	10	18	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92780140--92780339	40	5.0	40	85	2	258	24	23	26	27	2.00
92780551--92780612	31	2.0	31	100	0	124	41	3	22	32	1.70
92780610--92780651	22	1.9	22	85	9	59	30	9	14	45	1.77
92783161--92783339	27	6.6	27	84	3	207	30	27	15	26	1.96
92783182--92783337	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
92786875--92787092	47	4.6	48	77	10	202	23	28	19	27	1.98
92789856--92790018	82	2.0	82	92	0	272	36	9	20	32	1.86
92790254--92790406	76	2.0	76	96	0	279	43	12	11	32	1.77
92791019--92791097	25	3.3	25	65	22	69	35	10	25	29	1.88
92790993--92791118	47	2.7	47	94	0	216	36	11	26	25	1.90
92791001--92791072	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
92791088--92791224	48	2.8	48	91	4	204	35	7	26	31	1.84
92791371--92791442	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
92793459--92793638	90	2.0	90	98	0	351	25	22	15	37	1.93
92797334--92797554	40	5.6	40	82	7	256	25	28	23	23	2.00
92806234--92806440	47	4.4	47	83	7	219	23	28	19	28	1.98
92806234--92806440	93	2.2	94	81	8	244	23	28	19	28	1.98
92810904--92810950	24	2.0	23	87	4	67	46	12	17	23	1.82
92817329--92817407	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
92817313--92817600	47	6.1	47	94	1	486	31	9	30	28	1.88
92817313--92817600	96	3.0	94	93	2	486	31	9	30	28	1.88
92817313--92817600	143	2.0	141	93	1	495	31	9	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92819613--92819715	43	2.4	43	95	0	188	22	15	35	26	1.94
92819697--92819770	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
92820081--92820396	40	7.9	40	82	2	316	24	21	27	25	1.99
92820081--92820381	80	3.8	80	85	2	356	24	22	27	25	2.00
92823805--92824779	47	20.7	47	99	0	1896	31	8	29	29	1.87
92824897--92824975	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
92829505--92829548	22	2.0	22	95	0	79	29	31	29	9	1.88
92829505--92829561	22	2.6	22	91	0	78	26	33	29	10	1.90
92841531--92841592	28	2.2	28	94	0	106	35	27	6	30	1.82
92841698--92841790	28	3.3	27	86	10	118	19	22	23	34	1.96
92855789--92855957	85	2.0	85	97	0	320	33	16	27	23	1.96
92857131--92857345	108	2.0	108	99	0	421	30	18	23	27	1.97
92857612--92857775	82	2.0	82	97	0	310	32	12	29	25	1.92
92861955--92862066	27	4.2	25	83	10	116	37	25	23	14	1.92
92861955--92862066	54	2.1	54	86	3	154	37	25	23	14	1.92
92869813--92869924	27	4.1	27	78	7	111	38	23	22	16	1.93
92875426--92875526	24	4.2	23	70	12	69	34	20	24	19	1.96
92875523--92875574	24	2.2	24	82	0	59	50	15	17	17	1.79
92875571--92875625	23	2.3	23	78	3	56	34	21	25	18	1.96
92878811--92878857	19	2.5	20	83	13	55	29	0	4	65	1.11
92889902--92889935	17	2.0	17	94	0	59	41	32	0	26	1.56
92890060--92890100	10	4.3	10	75	12	50	39	19	4	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92893654--92893712	26	2.3	26	87	0	82	20	23	20	35	1.96
92908737--92908948	79	2.7	79	80	10	227	25	26	21	25	2.00
92908753--92908946	40	4.8	40	82	5	223	24	27	22	25	2.00
92915275--92915312	15	2.5	15	80	12	51	50	0	15	34	1.45
92923403--92923594	35	5.5	35	86	1	244	28	7	20	42	1.80
92926777--92926899	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
92926777--92926899	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
92926802--92926912	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
92935487--92935525	17	2.3	17	86	0	51	20	28	30	20	1.98
92935496--92935530	17	2.1	17	88	0	52	14	34	37	14	1.86
92940713--92940761	3	16.0	3	91	4	53	57	2	8	32	1.40
92943636--92943660	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
92944020--92944077	6	10.3	6	75	14	61	18	17	1	62	1.42
92944022--92944077	22	2.5	22	94	0	103	19	17	1	60	1.45
92946011--92946121	28	3.9	28	85	4	152	27	29	15	27	1.96
92946013--92946123	57	2.0	57	91	5	181	27	29	15	27	1.96
92957256--92957355	42	2.4	42	75	8	103	26	20	24	30	1.98
92957541--92957596	29	1.9	29	85	7	78	44	5	19	30	1.73
92957539--92957602	28	2.2	30	77	5	78	42	4	20	32	1.73
92961292--92961329	19	2.0	19	85	10	51	21	44	23	10	1.83
92963112--92963759	322	2.0	322	99	0	1269	33	9	20	35	1.85
92968156--92968193	15	2.5	15	86	0	58	13	10	18	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92971921--92971981	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
92974233--92974264	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
92974281--92974462	101	1.8	101	88	0	283	28	19	23	29	1.98
92974230--92974511	50	5.6	50	76	3	226	25	17	25	30	1.97
92976419--92976448	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
92976658--92976937	50	5.6	50	82	3	312	31	26	17	25	1.97
92976709--92976890	101	1.8	101	91	2	303	29	24	19	26	1.98
92979617--92979661	15	3.1	14	83	6	54	55	13	17	13	1.69
92983199--92983428	50	4.6	48	79	7	237	25	18	26	29	1.98
92990875--92991033	44	3.7	44	75	18	145	23	17	26	32	1.97
92990875--92991033	43	3.7	43	75	13	148	23	17	26	32	1.97
92991204--92991259	30	1.9	29	82	13	71	44	5	21	28	1.74
92991202--92991265	28	2.2	30	75	10	71	42	4	21	31	1.74
93000730--93000877	43	3.5	42	74	12	124	28	18	22	29	1.98
93020102--93020280	92	1.9	92	97	0	340	32	23	8	35	1.86
93021736--93021800	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
93021736--93021804	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
93028976--93029005	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
93030155--93030199	18	2.5	18	92	0	72	22	24	22	31	1.99
93033192--93033275	42	2.0	41	93	2	141	33	26	7	32	1.83
93036254--93036283	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
93037428--93037699	48	5.7	48	81	0	310	27	26	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93037435--93037699	96	2.8	94	87	3	377	27	26	17	29	1.97
93056886--93057014	46	2.8	46	93	0	213	30	27	20	20	1.98
93058372--93058410	20	2.0	20	94	0	69	41	12	28	17	1.87
93060372--93060452	29	2.7	31	77	11	78	41	9	13	34	1.78
93060501--93060552	20	2.5	20	75	15	52	48	5	3	42	1.45
93063889--93063919	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
93068494--93068541	23	2.3	21	86	13	64	50	0	0	50	1.00
93070525--93070573	19	2.6	19	86	0	62	53	2	6	38	1.38
93071890--93072241	119	3.0	119	90	0	551	30	17	25	26	1.97
93074014--93074057	21	2.1	21	91	0	70	43	15	2	38	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290