genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312163--2312257	46	2.1	46	87	0	136	38	23	15	22	1.92
2314476--2314707	56	4.1	56	99	0	455	22	22	9	45	1.80
2315054--2315212	43	3.7	43	78	9	146	30	27	18	23	1.98
2315054--2315213	86	1.9	85	83	8	209	30	27	18	23	1.98
2319844--2319926	41	2.0	41	95	0	148	27	16	14	40	1.88
2322551--2322594	21	2.0	22	86	4	63	31	27	0	40	1.56
2322756--2322915	43	3.7	44	81	9	179	31	25	17	25	1.97
2322756--2322915	86	1.9	85	83	6	207	31	25	17	25	1.97
2327354--2327427	37	2.0	37	100	0	148	51	8	13	27	1.69
2331638--2331675	18	2.1	18	100	0	76	26	10	21	42	1.85
2334597--2334954	46	7.7	46	72	15	299	22	19	29	28	1.98
2334590--2334947	93	3.9	93	92	2	596	22	19	29	28	1.98
2334640--2334900	47	5.6	47	73	17	249	22	19	29	28	1.98
2340048--2340117	33	2.1	34	89	7	108	28	24	21	25	1.99
2342180--2342576	132	3.0	132	96	0	742	37	20	14	27	1.92
2348419--2348470	27	1.9	27	84	0	68	28	17	19	34	1.94
2373370--2373403	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
2374070--2374137	21	3.2	21	81	4	75	35	47	8	8	1.66
2374695--2374729	18	1.9	18	88	0	52	17	45	11	25	1.81
2377722--2377752	4	7.8	4	92	0	53	29	0	19	51	1.47
2377718--2377752	12	3.0	12	87	4	54	31	0	17	51	1.45
2380793--2380869	38	2.1	37	92	2	127	19	41	2	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384558--2384769	70	3.0	70	98	0	406	36	13	20	29	1.90
2389270--2389319	20	2.4	21	80	12	59	60	8	0	32	1.26
2391192--2391251	29	2.1	29	90	0	93	40	31	8	20	1.82
2394335--2394376	15	2.8	15	100	0	84	19	28	21	30	1.97
2403456--2403489	15	2.3	15	90	5	52	58	0	0	41	0.98
2404046--2404071	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
2409514--2409555	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
2410871--2410896	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2430724--2430771	25	1.9	25	86	0	69	64	2	33	0	1.05
2430722--2430764	16	2.8	15	83	13	52	67	2	30	0	1.03
2431719--2431746	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
2432642--2432684	22	2.0	22	100	0	86	51	9	13	25	1.71
2433406--2433467	31	2.0	31	83	3	79	51	9	3	35	1.51
2447493--2447537	15	2.8	16	81	15	56	40	4	0	55	1.20
2447487--2447554	9	7.9	9	71	12	54	38	2	0	58	1.13
2447495--2447554	18	3.4	18	77	11	61	36	3	0	60	1.14
2447608--2447729	12	10.6	11	66	18	54	34	1	4	59	1.29
2447607--2447704	26	4.0	24	78	19	87	37	0	5	57	1.21
2447880--2447962	38	2.1	41	86	6	118	36	2	2	59	1.24
2447879--2447973	38	2.5	35	76	21	86	34	3	2	60	1.25
2447957--2448012	23	2.5	22	81	16	62	33	5	8	51	1.56
2450011--2450059	20	2.4	22	73	16	59	40	0	6	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454206--2454264	21	2.9	19	81	16	66	42	1	0	55	1.09
2454206--2454262	20	2.8	21	85	15	68	43	1	0	54	1.10
2454566--2454609	17	2.5	17	77	3	52	34	4	2	59	1.30
2455876--2455912	18	2.1	18	89	0	56	24	0	10	64	1.25
2462472--2462527	28	2.0	28	96	0	103	16	23	10	50	1.76
2465871--2465905	12	2.9	12	86	0	52	40	11	5	42	1.65
2466927--2466968	21	2.0	21	85	0	57	69	2	2	26	1.13
2472705--2472744	20	2.0	20	90	0	62	20	40	10	30	1.85
2483953--2484003	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
2487021--2487052	3	10.7	3	100	0	64	34	65	0	0	0.93
2489654--2489678	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
2491389--2491429	21	2.0	21	90	0	64	29	19	9	41	1.83
2492225--2492299	38	2.0	37	97	2	141	45	20	21	13	1.84
2494529--2494704	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
2494526--2494697	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
2509329--2509573	39	6.3	39	91	0	393	24	27	24	23	2.00
2510479--2510514	18	2.1	18	94	5	65	33	11	13	41	1.80
2510468--2510514	18	2.8	16	81	12	58	42	12	12	31	1.81
2510516--2510551	17	2.2	16	90	5	54	47	11	2	38	1.54
2510479--2510561	37	2.2	37	80	2	94	38	10	9	40	1.73
2510533--2510573	22	2.0	20	85	9	55	46	7	4	41	1.53
2510586--2510716	21	6.8	20	63	18	62	42	9	12	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510583--2510691	37	2.9	37	76	10	114	43	10	13	33	1.78
2510632--2510716	20	4.3	19	73	19	77	43	5	11	38	1.66
2510634--2510791	59	3.0	51	80	10	160	42	8	12	36	1.73
2510745--2510835	34	2.6	34	83	11	114	40	8	14	36	1.77
2510746--2510839	17	5.6	16	73	10	80	43	8	13	34	1.75
2510746--2510874	17	7.3	17	68	27	65	44	9	13	32	1.76
2510812--2510905	39	2.4	39	87	3	127	47	11	10	29	1.74
2511321--2511360	21	1.9	21	94	0	71	42	20	20	17	1.89
2511386--2511465	21	3.7	21	81	14	90	0	18	2	78	0.86
2511384--2511479	7	12.5	8	78	16	55	0	20	2	77	0.88
2511385--2511444	31	1.9	32	89	3	95	0	20	0	80	0.72
2511380--2511444	32	2.0	32	85	14	89	0	23	0	76	0.78
2511386--2511465	7	11.0	7	79	12	81	0	18	2	78	0.86
2511744--2511787	18	2.5	18	82	10	56	0	43	34	22	1.54
2511806--2511863	20	3.0	20	80	9	68	0	37	0	62	0.96
2512088--2512204	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
2512103--2512204	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
2513235--2513331	49	2.0	49	97	0	185	39	11	12	37	1.79
2513501--2514177	316	2.1	316	99	0	1345	36	9	18	35	1.83
2515632--2515689	30	1.9	30	100	0	116	25	20	10	43	1.84
2517267--2517297	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2517380--2517418	20	2.0	20	94	0	69	48	15	2	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520934--2520977	7	6.1	7	92	5	70	68	0	2	29	1.02
2523208--2523311	25	4.1	25	71	6	66	40	25	12	21	1.88
2523213--2523323	50	2.2	52	84	9	149	41	25	12	20	1.88
2523294--2523350	26	2.2	26	93	0	96	45	24	10	19	1.81
2523240--2523415	77	2.3	76	81	5	203	40	24	11	22	1.88
2526264--2526327	21	3.0	20	86	11	58	64	15	3	17	1.42
2537530--2537571	17	2.5	16	82	17	50	57	0	2	40	1.12
2546509--2547118	303	2.0	303	98	0	1175	29	13	27	29	1.94
2548290--2548384	42	2.3	42	98	0	181	29	16	23	30	1.96
2548669--2548733	28	2.3	29	86	2	87	27	15	29	27	1.96
2548669--2548746	28	2.7	27	78	9	75	26	15	29	28	1.96
2550595--2550704	34	3.2	33	81	12	132	19	28	27	25	1.98
2554870--2554915	18	2.8	16	84	12	65	4	21	4	69	1.24
2554876--2554915	18	2.3	18	91	8	66	5	20	5	70	1.26
2558254--2558293	15	2.8	14	77	7	53	40	2	0	57	1.12
2563159--2563214	28	2.0	28	92	0	94	32	14	32	21	1.93
2565334--2565387	27	2.0	27	96	0	99	29	31	11	27	1.91
2568479--2568513	18	1.9	18	88	11	54	25	22	11	40	1.88
2573345--2573389	22	2.0	22	86	4	63	35	17	6	40	1.76
2573368--2573493	35	3.5	36	86	7	175	35	15	11	38	1.82
2573368--2573493	54	2.3	54	97	0	234	35	15	11	38	1.82
2573368--2573493	19	6.9	19	85	10	192	35	15	11	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575863--2575982	26	4.5	26	75	9	100	59	0	8	31	1.33
2575854--2575985	54	2.4	55	78	6	153	57	1	9	31	1.40
2577354--2577383	15	1.9	16	93	6	53	16	6	0	76	0.99
2578433--2578720	43	6.7	43	71	7	190	21	21	21	35	1.96
2578476--2578712	87	2.7	87	83	5	282	20	22	21	35	1.96
2578390--2578632	130	1.9	130	90	0	387	20	22	22	34	1.97
2578702--2578739	19	2.0	19	94	0	67	23	10	28	36	1.88
2578615--2578825	105	2.0	106	88	0	316	19	20	23	36	1.95
2578721--2579216	86	5.8	86	99	0	974	18	23	22	36	1.95
2579107--2579346	130	1.8	130	87	1	356	18	22	22	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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