genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

This is table  182  of  290  ( 34714 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62258888--62258917	14	2.1	14	100	0	60	33	6	6	53	1.53
62260820--62260930	43	2.6	42	77	8	125	28	13	26	31	1.94
62262586--62262758	86	2.0	86	96	0	319	38	23	8	30	1.85
62266742--62266850	27	3.9	29	74	6	98	28	13	29	28	1.94
62266742--62266806	29	2.3	28	86	5	87	27	15	30	26	1.96
62272314--62272494	46	3.8	46	74	15	163	19	20	29	30	1.97
62274295--62274332	19	2.0	20	84	5	51	39	13	21	26	1.89
62281931--62281997	33	2.0	33	100	0	134	38	8	22	29	1.85
62285202--62285425	27	8.3	27	80	3	227	28	25	7	39	1.83
62285202--62285425	107	2.1	108	85	2	299	28	25	7	39	1.83
62285424--62285608	27	6.8	27	74	6	142	40	21	9	28	1.85
62285424--62285664	109	2.2	110	79	7	258	40	19	9	29	1.84
62285564--62285671	27	3.9	27	77	13	94	41	18	8	31	1.80
62285454--62285691	110	2.2	109	79	6	259	39	20	9	30	1.84
62285712--62285785	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
62286599--62286665	25	2.7	25	92	0	107	26	28	22	22	1.99
62286599--62286681	25	3.4	24	85	8	87	30	24	21	24	1.99
62286880--62286963	31	2.7	31	90	1	134	27	17	27	27	1.98
62289230--62289454	27	8.3	27	88	2	272	28	24	8	39	1.83
62289230--62289454	81	2.8	81	88	1	317	28	24	8	39	1.83
62289446--62289636	27	7.1	26	73	14	122	38	22	10	28	1.87
62289486--62289635	81	1.9	81	87	5	223	41	22	8	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62289486--62289637	54	2.8	55	77	5	168	40	22	7	28	1.82
62289614--62289699	27	3.1	27	73	17	77	40	15	8	36	1.77
62289740--62289813	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
62289753--62289817	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
62290627--62290695	24	2.8	24	86	8	86	24	27	23	24	2.00
62290843--62290976	42	3.2	42	95	0	241	29	14	20	35	1.93
62291000--62291114	31	3.7	31	88	1	169	26	14	28	30	1.95
62294947--62295318	40	9.3	39	82	4	440	26	28	20	24	1.99
62294966--62295314	80	4.4	80	98	0	662	26	28	21	23	1.99
62299313--62299468	56	2.8	54	83	5	188	28	33	18	19	1.96
62307809--62307961	39	3.9	39	91	0	234	19	23	32	24	1.98
62314722--62314806	3	28.3	3	100	0	170	67	0	0	32	0.91
62314805--62314874	3	23.3	3	100	0	140	32	0	0	67	0.91
62317398--62317435	15	2.7	14	84	11	51	5	23	2	68	1.23
62319133--62319168	17	2.1	18	89	5	56	0	27	2	69	1.02
62319138--62319172	15	2.3	15	90	0	52	0	22	2	74	0.95
62339166--62339397	49	4.7	49	82	3	284	30	26	17	25	1.97
62344342--62344579	43	5.7	43	76	8	188	26	18	26	28	1.98
62344379--62344579	43	4.7	43	79	6	203	25	17	25	30	1.98
62344349--62344579	85	2.8	85	86	5	294	25	19	25	29	1.98
62344386--62344580	42	4.6	42	78	5	160	25	18	25	30	1.98
62352957--62353010	26	2.1	25	83	13	65	66	3	5	24	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62357618--62357710	25	3.7	25	82	4	98	35	19	24	20	1.96
62357653--62357741	24	3.6	25	77	8	78	34	19	28	17	1.95
62362491--62362546	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
62362596--62362721	67	1.9	67	98	0	243	30	20	20	28	1.98
62362872--62363010	71	2.0	71	95	0	251	37	24	12	25	1.91
62363097--62363148	22	2.3	23	83	9	72	28	30	26	13	1.94
62365668--62365767	50	2.0	50	98	0	191	40	18	23	19	1.92
62368836--62368969	68	2.0	68	95	0	241	38	12	23	26	1.90
62368863--62368970	36	3.1	36	62	20	84	37	12	25	25	1.91
62368991--62369148	56	2.8	55	79	7	169	22	18	30	29	1.97
62369222--62369358	69	2.0	68	92	0	220	36	9	29	24	1.87
62372204--62372322	59	2.0	59	98	0	229	28	10	28	31	1.91
62372965--62373074	55	2.0	55	98	0	211	30	15	13	40	1.86
62376330--62376359	15	2.0	15	93	0	51	26	23	20	30	1.98
62376381--62376406	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
62385308--62385413	55	1.9	55	96	0	194	28	19	25	26	1.99
62388436--62388596	83	1.9	83	92	0	268	26	17	20	35	1.95
62391962--62392180	109	2.0	109	99	0	429	37	24	17	21	1.94
62392929--62393043	58	2.0	58	98	0	221	26	19	18	35	1.94
62400143--62400174	6	5.3	6	100	0	64	18	18	15	46	1.84
62400143--62400180	18	2.1	18	90	0	58	18	23	13	44	1.85
62404358--62404405	22	2.2	22	92	0	78	20	31	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62406795--62407017	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
62406795--62407017	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
62414772--62415033	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
62423264--62423295	12	2.7	12	100	0	64	25	6	9	59	1.52
62423345--62423373	15	1.9	15	100	0	58	48	6	10	34	1.64
62432177--62432348	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
62436394--62436456	3	20.7	3	74	9	56	28	6	1	63	1.28
62438740--62438945	44	4.8	43	79	9	181	23	17	25	33	1.97
62440530--62440577	24	2.0	24	84	4	62	66	2	2	29	1.14
62442192--62442736	44	12.4	44	89	0	768	28	25	14	31	1.95
62462368--62462427	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
62465155--62465315	43	3.7	43	79	12	170	23	20	26	29	1.99
62470634--62470690	5	11.2	5	80	10	53	35	14	26	24	1.93
62482954--62483133	31	5.8	31	89	1	245	27	25	19	27	1.99
62482954--62483133	93	1.9	93	88	0	270	27	25	19	27	1.99
62483124--62483935	50	16.2	50	99	0	1579	27	22	14	36	1.92
62484969--62485027	30	2.0	30	93	0	100	32	33	1	32	1.68
62484977--62485049	30	2.4	29	80	13	78	35	27	1	35	1.66
62485205--62485248	21	2.0	23	86	8	65	43	20	4	31	1.72
62485257--62485416	80	2.0	80	97	0	302	46	16	10	26	1.80
62488160--62488281	50	2.4	51	84	2	165	25	22	13	37	1.92
62502824--62502902	38	2.1	38	97	0	149	34	18	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62508378--62508599	40	5.6	40	90	1	340	23	23	26	26	2.00
62515651--62515686	8	4.2	8	92	7	54	69	0	0	30	0.89
62523952--62523976	9	2.8	9	100	0	50	44	24	0	32	1.54
62542677--62542854	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62542698--62542853	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62550925--62551102	27	6.6	27	81	5	189	30	28	14	26	1.95
62550945--62551101	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
62553535--62553948	138	3.0	139	89	3	628	40	7	5	47	1.53
62561055--62561101	20	2.3	20	92	0	76	17	29	31	21	1.96
62573764--62573864	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
62575683--62575732	24	2.1	24	85	7	66	48	0	0	52	1.00
62575654--62575743	20	4.5	19	73	14	65	37	0	2	60	1.09
62578971--62579089	39	3.1	39	96	0	220	26	21	24	27	1.99
62585149--62585326	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62585150--62585305	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62585146--62585326	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62591306--62591360	22	2.5	22	90	0	92	43	5	10	40	1.63
62592733--62592770	20	1.9	20	88	0	58	52	15	0	31	1.43
62593377--62593409	17	2.0	17	88	5	50	39	12	18	30	1.87
62595684--62595708	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
62600090--62600114	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
62602487--62602645	42	3.7	43	78	9	155	25	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62602476--62602643	86	1.9	88	84	5	227	26	19	26	27	1.99
62608890--62609174	51	5.7	51	78	5	260	25	17	25	30	1.98
62608889--62609178	49	5.8	48	76	9	260	26	17	26	29	1.98
62608993--62609174	100	1.8	100	98	0	355	25	18	25	29	1.98
62609834--62609881	24	2.0	24	95	0	87	47	12	6	33	1.66
62611985--62612049	15	4.4	15	76	16	64	9	15	13	61	1.56
62611981--62612049	30	2.3	31	80	14	83	8	14	17	59	1.60
62614287--62614416	65	2.0	65	96	0	242	26	16	26	30	1.97
62617747--62617787	12	3.4	12	93	0	64	46	0	34	19	1.50
62623070--62623101	16	2.0	16	93	0	55	46	37	9	6	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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