Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  115  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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1.98
Indices
Period
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Copy
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Score
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0
0.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39398295--39398334
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1.42
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2
4
62
1.27
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2.5
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0
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0
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39413065--39413141
26
3.0
25
77
9
75
2
22
1
74
1.02
39413076--39413117
14
2.9
15
82
10
52
0
23
0
76
0.79
39417465--39417521
28
2.0
28
93
6
98
36
10
10
42
1.74
39419638--39419685
19
2.6
19
86
3
71
35
2
14
47
1.56
39419702--39419790
42
2.1
42
87
0
124
28
5
13
52
1.62
39422881--39422928
19
2.6
19
83
3
62
35
2
12
50
1.52
39422945--39423032
42
2.1
42
95
0
158
28
4
14
52
1.62
39427464--39427509
22
2.1
22
87
0
65
43
45
10
0
1.39
39427794--39427833
3
13.3
3
94
0
71
32
32
0
35
1.58
39434597--39435628
35
29.5
35
94
0
1728
31
13
25
29
1.94
39435744--39435997
35
7.3
35
79
3
269
29
13
26
30
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39435746--39435997
70
3.6
70
84
2
317
28
13
26
30
1.94
39438051--39438088
8
4.8
8
100
0
76
60
0
0
39
0.97
39438051--39438107
24
2.4
24
85
5
71
57
0
0
42
0.98
39445245--39445286
12
3.4
12
81
15
50
83
0
2
14
0.75
39445245--39445286
19
2.3
18
87
4
57
83
0
2
14
0.75
39450953--39451043
45
2.0
45
97
0
173
38
4
7
49
1.52
39450952--39451026
25
3.2
25
62
30
65
40
4
6
49
1.48
39468427--39468490
6
10.7
6
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21
32
1
43
1.62
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16
2.6
18
78
10
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45
0
29
25
1.54
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2.4
17
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4
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32
0
7
60
1.25
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27
1.9
26
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77
27
5
11
54
1.59
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14
2.4
14
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13
52
73
0
5
20
1.04
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32
2.0
32
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0
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15
4
21
1.55
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6
5.5
6
92
7
57
84
0
0
15
0.63
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3.7
11
87
6
57
78
0
2
19
0.86
39486294--39486362
34
2.0
34
97
0
129
28
20
10
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1.85
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4
7.5
4
100
0
60
26
0
0
73
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30
2.0
30
90
0
95
24
13
16
45
1.83
39496018--39496046
11
2.6
11
100
0
58
17
6
6
68
1.34
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23
6.6
24
74
11
111
26
23
18
32
1.97
39508921--39509052
46
2.9
46
81
3
151
25
24
15
34
1.95
39511942--39511990
5
9.8
5
95
0
89
77
0
2
20
0.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39518121--39518174
29
1.9
29
92
7
94
31
27
22
18
1.97
39521261--39521285
13
1.9
13
100
0
50
32
32
8
28
1.86
39524600--39524640
17
2.4
17
87
0
55
19
26
41
12
1.87
39527531--39527632
39
2.6
39
88
3
159
26
17
22
33
1.96
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3
8.7
3
100
0
52
0
34
0
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0.93
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10
2.9
10
100
0
58
51
6
0
41
1.28
39547648--39547785
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3.3
43
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6
174
28
26
20
25
1.99
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10.8
27
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0
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1.81
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27
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132
38
21
7
31
1.82
39550616--39550824
27
7.8
26
84
7
156
39
21
9
29
1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290