genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81922217--81922559	46	7.6	46	80	6	342	21	20	13	43	1.87
81922475--81922576	45	2.3	45	82	3	125	26	19	12	41	1.87
81929100--81929238	74	1.9	74	96	0	260	25	21	17	34	1.96
81934218--81934387	85	2.0	85	89	0	259	37	17	27	18	1.93
81934757--81934927	86	2.0	86	96	0	315	35	9	21	32	1.87
81938206--81938341	68	2.0	68	100	0	272	38	11	14	35	1.83
81957424--81957554	67	2.0	67	98	0	253	19	9	35	35	1.85
81957676--81957776	50	2.0	50	100	0	202	31	13	23	30	1.94
81980369--81980473	42	2.5	42	84	6	133	30	21	15	32	1.94
81990761--81990858	27	3.5	28	87	5	119	24	13	28	33	1.93
81990789--81990871	27	3.0	27	84	5	87	28	12	25	33	1.92
81998495--81998563	27	2.5	28	95	2	122	26	13	28	31	1.93
81998495--81998577	27	3.0	27	87	5	94	28	12	25	33	1.92
82003601--82003770	27	6.3	27	79	5	166	40	20	9	30	1.84
82003601--82003739	53	2.6	54	82	6	167	40	20	9	29	1.84
82003601--82003770	80	2.1	81	82	5	202	40	20	9	30	1.84
82003722--82003783	27	2.3	27	88	5	90	43	11	11	33	1.76
82007909--82008020	43	2.6	42	84	1	134	18	13	33	34	1.90
82011614--82011671	15	3.9	15	83	0	80	12	15	13	58	1.63
82017559--82017700	48	3.0	47	84	8	187	32	29	16	21	1.95
82019916--82019954	20	2.0	20	89	0	60	10	28	38	23	1.87
82025214--82025279	32	2.1	32	100	0	132	36	15	9	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82027651--82027820	38	4.4	38	90	3	243	20	21	25	32	1.98
82027631--82027820	76	2.5	78	85	6	253	21	21	25	31	1.98
82030000--82030094	25	3.8	25	90	0	136	25	23	25	26	2.00
82030141--82030188	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
82031830--82031871	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
82040615--82041147	44	12.1	44	75	12	339	30	17	25	26	1.97
82040601--82041135	85	6.2	85	80	9	451	30	17	25	26	1.97
82040743--82041132	174	2.2	175	83	6	499	30	18	25	25	1.98
82041090--82041270	80	2.3	79	81	5	206	29	17	25	27	1.98
82041418--82041452	18	1.9	18	94	0	61	71	5	5	17	1.25
82053409--82053739	44	7.5	44	86	3	434	31	15	24	28	1.95
82054023--82054057	18	1.9	18	100	0	70	74	5	2	17	1.14
82054645--82054682	19	2.1	18	85	9	51	5	2	10	81	0.94
82055305--82055365	23	2.6	22	87	10	77	31	1	0	67	1.01
82055392--82055508	33	3.7	30	75	19	96	29	3	5	62	1.33
82058741--82058795	23	2.3	23	81	9	65	40	23	12	23	1.89
82058916--82058957	22	2.0	21	85	4	57	52	30	4	11	1.59
82062395--82062554	43	3.7	42	74	15	130	31	26	18	23	1.97
82068181--82068329	76	2.0	75	85	4	201	47	9	12	30	1.73
82068304--82068717	137	3.0	136	90	2	636	41	8	5	44	1.58
82070525--82070642	44	2.7	44	81	5	148	31	24	18	25	1.98
82081517--82081663	75	2.0	74	93	1	249	45	8	15	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82081639--82081922	138	2.1	136	88	5	412	42	7	3	46	1.49
82084703--82084741	18	2.3	18	86	8	55	20	17	7	53	1.68
82087526--82087612	43	2.0	43	90	0	138	34	21	8	35	1.83
82088329--82088362	17	1.9	18	88	5	52	41	11	5	41	1.66
82089082--82089188	27	4.0	27	88	9	148	24	14	18	42	1.88
82089084--82089200	27	4.3	26	83	6	117	23	14	18	43	1.87
82093387--82093459	31	2.4	31	90	2	112	41	21	4	32	1.72
82094363--82094416	27	2.0	27	92	0	90	46	9	20	24	1.79
82094759--82094849	24	3.9	24	81	11	100	30	16	24	28	1.96
82094759--82094882	46	2.6	47	82	10	146	32	17	23	26	1.97
82100525--82100731	53	3.8	54	78	1	227	20	24	18	36	1.94
82107805--82107841	16	2.3	16	95	0	65	54	5	16	24	1.63
82108026--82108204	55	3.3	54	78	2	207	19	24	18	37	1.93
82112349--82112452	24	4.4	24	75	15	92	33	16	22	27	1.95
82112349--82112463	23	4.9	23	74	18	103	33	17	21	27	1.96
82120734--82120855	48	2.6	46	80	7	140	28	15	28	27	1.96
82120916--82121046	49	2.7	50	86	10	173	27	22	28	22	1.99
82126198--82126414	108	2.0	108	100	0	434	22	18	30	29	1.97
82129970--82130101	66	2.0	66	96	0	246	34	15	14	36	1.87
82130180--82130287	55	2.0	55	96	0	198	37	9	25	28	1.87
82130691--82131091	49	8.3	49	93	3	645	31	9	29	29	1.89
82131070--82131160	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82131305--82131412	37	2.9	37	92	0	171	25	19	29	25	1.98
82134190--82134264	22	3.3	22	64	29	57	29	13	32	25	1.93
82134166--82134310	47	3.1	47	89	2	204	32	10	29	27	1.90
82134517--82134625	37	2.9	37	93	0	182	22	20	31	26	1.98
82136386--82136574	40	4.7	40	84	2	254	26	22	25	25	2.00
82144256--82144451	80	2.5	80	89	5	281	28	22	26	23	1.99
82144256--82144467	40	5.3	40	82	9	247	28	22	25	23	1.99
82150663--82150874	46	4.6	46	77	8	166	27	17	30	25	1.97
82153604--82153640	19	1.9	20	94	5	67	45	5	13	35	1.66
82159920--82160078	43	3.7	43	72	10	128	24	16	27	31	1.97
82162001--82162216	46	4.6	45	78	11	190	27	18	30	23	1.98
82162051--82162266	47	4.6	47	76	11	160	28	18	30	23	1.98
82162006--82162268	140	1.9	141	81	7	320	28	19	29	23	1.98
82167086--82167131	24	1.9	24	86	8	67	73	2	17	6	1.14
82169506--82169683	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
82169507--82169662	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82169503--82169683	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
82171529--82171713	40	4.7	40	77	7	173	24	21	27	27	1.99
82179376--82179480	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
82186633--82186684	21	2.5	21	90	0	86	23	7	38	30	1.83
82194911--82194944	9	3.8	9	88	0	50	47	14	8	29	1.75
82195248--82195300	16	3.1	15	78	21	52	22	30	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82195242--82195301	19	3.4	18	78	19	63	21	28	0	50	1.49
82195270--82195309	20	2.0	20	85	9	55	22	30	0	47	1.52
82195803--82195859	5	11.2	5	83	10	71	22	24	15	36	1.94
82200344--82200387	15	2.9	15	77	12	54	79	0	4	15	0.89
82201103--82201625	44	11.2	44	64	22	142	27	19	19	33	1.96
82201064--82201724	142	4.7	142	94	0	1162	27	19	19	33	1.96
82201275--82201456	98	1.9	98	81	6	226	28	19	19	32	1.96
82201549--82201641	44	2.1	44	86	2	125	25	21	22	30	1.99
82211738--82211798	30	2.0	30	90	0	95	19	8	34	37	1.82
82214357--82214393	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
82215156--82215298	71	2.0	71	97	0	268	18	40	25	14	1.89
82228997--82229180	78	2.3	81	85	6	243	23	22	27	25	2.00
82228997--82229180	40	4.7	40	83	8	225	23	22	27	25	2.00
82229050--82229213	78	2.1	77	85	5	213	25	21	27	25	1.99
82230714--82231906	100	11.9	100	98	0	1926	32	20	22	24	1.98
82231953--82232133	100	1.8	100	90	2	292	29	21	24	23	1.99
82231953--82232158	100	2.1	100	87	3	290	31	20	23	23	1.98
82231998--82232158	50	3.2	50	70	6	146	32	20	23	23	1.98
82232284--82232381	44	2.2	45	85	1	126	30	14	26	28	1.95
82246345--82246513	84	2.0	85	92	1	286	44	8	13	33	1.75
82252083--82252122	16	2.5	16	83	0	53	52	12	20	15	1.74
82253455--82253508	25	2.2	25	82	0	63	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82256841--82256884	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
82256929--82257017	45	2.0	45	95	0	160	34	24	15	24	1.95
82257028--82257164	51	2.7	51	81	4	168	32	27	17	23	1.97
82260643--82260723	39	2.1	39	95	0	144	39	12	17	30	1.86
82262821--82262968	41	3.6	41	91	0	226	22	20	25	31	1.98
82262821--82262987	82	2.1	80	86	4	228	23	20	24	31	1.98
82268049--82268093	22	2.0	22	83	8	56	26	6	31	35	1.82
82269284--82269471	41	4.6	41	84	2	236	27	19	23	29	1.98
82269284--82269471	81	2.3	82	84	1	236	27	19	23	29	1.98
82275824--82275869	23	2.0	22	84	16	58	45	2	26	26	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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