genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  254  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87538561--87538832	6	44.8	6	76	15	258	47	14	18	19	1.82
87538561--87538832	30	9.4	30	83	12	363	47	14	18	19	1.82
87538561--87538832	85	3.2	85	98	0	526	47	14	18	19	1.82
87538950--87539015	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
87538950--87539023	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
87538974--87539031	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
87539188--87539246	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
87539334--87539416	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
87539615--87539856	27	9.0	27	90	0	367	25	21	19	33	1.97
87539616--87539864	81	3.1	81	91	0	408	25	21	18	34	1.96
87539869--87540143	27	10.2	27	85	4	376	39	10	22	26	1.87
87546004--87546125	43	2.9	42	86	1	154	30	30	18	20	1.97
87546012--87546125	42	2.7	43	86	1	149	30	29	20	19	1.97
87548694--87548738	23	2.0	23	86	0	63	37	26	22	13	1.91
87549228--87549275	21	2.3	21	85	7	62	35	16	0	47	1.47
87553418--87553524	29	3.7	29	82	5	126	27	14	22	35	1.93
87553476--87553547	29	2.4	29	86	2	90	26	19	25	29	1.99
87555694--87555824	48	2.8	48	90	2	212	34	26	18	20	1.96
87560739--87560936	43	4.6	43	80	2	211	30	26	16	27	1.96
87582415--87582622	71	2.9	72	73	5	224	47	13	4	33	1.65
87584603--87584648	22	2.1	22	84	8	58	58	8	2	30	1.40
87589673--87589711	11	3.5	11	89	0	60	12	10	17	58	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87590478--87590563	35	2.5	35	80	3	93	37	22	17	23	1.94
87599755--87599794	19	2.0	21	85	9	57	22	27	0	50	1.50
87602429--87602495	29	2.3	29	84	5	91	28	29	13	28	1.94
87602317--87602644	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.95
87602597--87602675	29	2.7	29	82	2	104	29	31	15	24	1.95
87619183--87619453	39	7.0	39	91	0	436	22	25	28	23	1.99
87619183--87619453	116	2.3	117	92	0	445	22	25	28	23	1.99
87623248--87623480	39	6.0	39	92	0	376	21	26	28	22	1.99
87623458--87623623	86	1.9	86	100	0	332	29	15	22	31	1.95
87633602--87633665	30	2.0	33	88	8	98	34	9	0	56	1.32
87637828--87637861	12	2.8	12	86	0	50	50	17	23	8	1.74
87638001--87638161	83	1.9	84	83	6	211	32	34	13	19	1.91
87646181--87646485	45	6.8	44	73	13	212	30	17	23	28	1.97
87646223--87646578	93	3.8	92	74	10	323	32	16	21	28	1.96
87646319--87646706	41	8.8	41	68	16	141	31	18	21	28	1.97
87646181--87646617	181	2.4	182	89	1	662	32	16	22	28	1.96
87646501--87646739	135	1.8	130	83	4	316	30	19	19	30	1.97
87646538--87646780	135	1.8	135	80	1	299	30	21	18	28	1.97
87647407--87647436	13	2.3	13	100	0	60	6	10	0	83	0.81
87648519--87648578	30	2.0	30	83	6	77	28	8	3	60	1.42
87658397--87659538	49	23.6	49	97	0	2078	29	28	8	32	1.86
87664072--87664347	39	7.1	39	90	0	435	23	29	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87664067--87664353	117	2.4	117	94	0	502	24	28	22	24	1.99
87682602--87682639	20	1.9	20	84	10	51	55	15	7	21	1.66
87686919--87686988	20	3.5	20	76	16	56	47	14	4	34	1.64
87692297--87692361	25	2.9	23	80	15	66	64	9	1	24	1.31
87692323--87692361	19	2.0	20	90	5	62	69	10	2	17	1.28
87698225--87698255	5	6.0	5	96	3	53	77	3	0	19	0.90
87698803--87698850	20	2.3	21	79	10	55	45	6	8	39	1.59
87698892--87698943	21	2.7	20	77	19	65	34	11	13	40	1.81
87700094--87700150	24	2.4	23	83	13	80	49	1	1	47	1.22
87700982--87701218	131	1.8	131	84	3	325	27	21	4	46	1.69
87718162--87718243	43	1.9	43	84	0	110	36	25	14	23	1.93
87731892--87732058	43	3.9	42	76	8	131	33	23	18	23	1.97
87741745--87741912	43	4.0	42	74	14	159	31	28	16	23	1.96
87747528--87747604	26	3.5	21	76	18	61	53	7	5	33	1.52
87750507--87750534	13	2.2	13	100	0	56	35	35	0	28	1.58
87757226--87757324	49	2.0	49	92	0	162	26	39	16	18	1.91
87761934--87761995	30	2.0	30	84	3	79	32	22	6	38	1.80
87769218--87769277	30	2.0	29	96	3	111	28	10	16	43	1.80
87776488--87776623	27	5.0	27	73	10	109	41	20	8	28	1.82
87776488--87776599	27	4.1	27	77	3	118	40	21	8	29	1.84
87776493--87776595	54	1.9	54	84	7	138	42	17	9	30	1.81
87776632--87776686	27	2.1	26	89	3	83	40	10	10	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87777618--87777695	25	3.2	23	79	15	77	28	19	24	28	1.98
87777835--87777926	42	2.2	42	96	0	166	30	16	20	32	1.95
87777950--87778033	31	2.7	31	96	1	152	27	17	27	27	1.98
87779738--87779901	27	6.1	27	84	2	188	39	21	9	29	1.84
87779743--87779900	81	2.0	81	86	5	221	40	19	9	30	1.83
87779744--87779960	54	4.0	55	80	6	192	41	17	8	32	1.80
87779871--87779961	28	3.2	28	80	13	107	41	17	7	32	1.78
87779879--87779957	29	2.8	29	84	11	101	45	13	6	34	1.69
87782892--87783055	27	6.1	27	84	2	188	39	21	9	29	1.84
87782897--87783054	81	2.0	81	86	5	221	40	19	9	30	1.83
87782957--87783114	27	5.8	28	75	12	98	42	17	8	31	1.80
87782930--87783114	54	3.4	55	77	7	173	42	18	8	30	1.80
87784045--87784114	25	2.8	24	82	4	77	25	25	21	27	1.99
87784070--87784127	25	2.4	24	80	11	64	29	18	22	29	1.98
87784262--87784560	42	7.2	42	98	1	568	31	16	19	33	1.94
87784584--87784698	31	3.7	31	95	1	205	28	17	26	27	1.97
87787939--87788000	29	2.1	29	84	0	79	24	20	25	29	1.99
87793365--87793405	20	2.0	20	90	0	64	39	26	12	21	1.89
87821741--87821831	29	3.2	28	77	10	94	29	28	14	27	1.95
87836077--87836149	27	2.7	27	89	0	119	35	17	10	35	1.85
87836080--87836192	27	4.1	29	75	10	114	35	16	11	36	1.85
87840463--87840523	31	2.0	31	83	3	79	34	9	24	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87844227--87844411	50	3.7	49	80	7	194	25	18	27	28	1.98
87847420--87847484	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
87847416--87847484	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
87849146--87849332	50	3.7	50	77	5	164	25	16	28	29	1.97
87855020--87855118	30	3.4	30	80	8	105	30	1	21	47	1.57
87855042--87855101	21	3.0	21	73	14	72	30	0	23	46	1.52
87855033--87855118	9	9.2	9	77	7	82	30	1	20	47	1.58
87855935--87855984	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
87859394--87859427	13	2.6	13	90	0	59	38	0	38	23	1.55
87859936--87859970	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
87860084--87860158	26	2.9	27	88	4	109	45	4	6	44	1.48
87860549--87860638	29	3.1	28	80	9	92	34	37	1	26	1.64
87860574--87860634	22	2.8	22	78	9	63	40	32	1	24	1.65
87861005--87861059	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
87861353--87861484	40	3.3	39	73	16	119	24	18	23	33	1.97
87870603--87870696	30	3.2	30	96	1	172	34	22	17	26	1.96
87872053--87872161	45	2.3	46	87	4	148	28	20	28	22	1.99
87880114--87880295	40	4.6	40	88	2	260	26	26	23	22	2.00
87888962--87889040	31	2.5	31	93	0	131	26	25	18	29	1.98
87889246--87889407	26	6.3	26	89	2	242	27	23	20	27	1.99
87890205--87890286	27	3.1	26	86	8	103	21	26	19	31	1.97
87890237--87890297	27	2.3	27	91	0	95	18	27	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87890330--87890687	27	13.2	27	76	10	221	30	8	20	40	1.82
87890443--87890673	82	2.9	78	82	5	273	29	7	19	43	1.78
87890330--87890687	54	6.6	53	73	12	244	30	8	20	40	1.82
87890665--87890795	27	4.9	27	87	0	163	40	7	20	31	1.81
87890665--87890795	54	2.4	54	87	0	181	40	7	20	31	1.81
87893004--87893029	13	2.0	13	100	0	52	53	7	30	7	1.57
87896171--87896471	40	7.6	40	93	1	500	26	26	23	22	2.00
87898702--87898728	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
87906682--87906859	46	3.8	46	77	4	196	29	28	20	22	1.98
87906690--87906861	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290