genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78816393--78816432	8	4.8	9	76	17	50	50	37	2	10	1.50
78817923--78818041	29	4.2	29	79	6	136	28	14	30	26	1.95
78817927--78818039	58	2.0	57	85	5	156	28	15	30	25	1.95
78819882--78819927	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
78822413--78822559	20	7.3	20	94	0	258	34	12	20	32	1.90
78822839--78822902	31	2.1	31	85	5	85	40	15	17	26	1.89
78822889--78822916	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
78826377--78826639	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
78826416--78826674	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
78834329--78834551	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
78834404--78834586	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
78847216--78847312	27	3.6	27	83	4	124	36	22	17	23	1.95
78852327--78852559	27	8.7	26	78	6	182	39	22	9	29	1.84
78852381--78852566	81	2.3	81	83	1	221	39	21	8	30	1.83
78852515--78852615	27	3.7	27	69	5	69	38	21	6	32	1.80
78852598--78852712	27	4.3	27	87	0	149	34	19	20	25	1.96
78852959--78853010	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78852940--78853115	67	2.6	67	93	0	298	18	30	20	30	1.97
78853298--78853428	6	21.3	6	72	16	90	19	16	13	50	1.78
78853301--78853362	25	2.5	25	91	0	97	20	19	12	46	1.83
78853298--78853407	31	3.5	31	76	14	109	20	16	13	50	1.78
78853320--78853407	37	2.4	37	82	0	113	19	15	14	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78866653--78866686	16	2.1	16	88	5	50	76	11	11	0	1.02
78868076--78868105	15	2.0	15	100	0	60	33	26	13	26	1.93
78870339--78870418	33	2.4	33	89	0	124	26	20	23	30	1.98
78877202--78877273	36	2.0	36	97	0	135	23	13	34	27	1.93
78878203--78878244	21	2.0	22	85	4	59	7	2	52	38	1.42
78878261--78878341	33	2.5	33	93	0	135	25	20	24	28	1.99
78881664--78881705	21	2.0	21	86	4	59	42	4	21	30	1.73
78888390--78888652	40	6.6	40	88	3	316	26	28	20	24	1.99
78888584--78888661	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
78895384--78895597	93	2.3	94	86	2	315	31	28	18	22	1.97
78895430--78895595	47	3.6	47	75	14	180	30	29	16	22	1.96
78896582--78896632	25	2.0	25	96	0	93	31	11	13	43	1.80
78900752--78900837	27	3.1	27	85	5	84	47	17	12	22	1.81
78900769--78900837	27	2.6	27	90	0	111	44	17	15	21	1.86
78903892--78904014	41	3.0	41	92	2	212	22	22	29	25	1.99
78903889--78904015	40	3.2	40	93	2	218	22	22	29	25	1.99
78907755--78907819	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
78907925--78908014	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
78907925--78908039	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
78908478--78908516	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
78918225--78918280	20	2.8	20	89	10	96	48	0	30	21	1.51
78920464--78920721	46	5.6	44	78	10	243	27	28	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78920464--78920815	138	2.5	138	87	2	483	27	28	16	28	1.97
78920556--78920818	46	5.7	45	73	16	173	27	29	16	26	1.97
78926588--78926626	21	1.9	20	94	5	69	20	25	38	15	1.92
78927981--78928186	43	4.8	43	87	2	315	28	29	18	23	1.98
78935019--78935092	33	2.2	33	78	4	78	25	22	22	28	1.99
78938666--78938800	28	4.8	28	72	8	112	21	31	18	28	1.97
78939028--78939058	16	1.9	16	93	0	53	9	19	22	48	1.78
78943030--78943090	30	2.0	30	100	0	122	29	36	14	19	1.92
78943187--78943311	28	4.4	28	79	9	139	25	31	12	30	1.93
78943186--78943331	57	2.6	57	80	8	158	26	30	12	30	1.93
78943187--78943331	28	5.1	27	72	9	103	26	30	12	30	1.93
78956462--78956699	117	2.0	118	97	0	451	16	20	27	35	1.94
78958424--78958593	40	4.3	40	90	0	234	26	28	20	24	1.99
78958424--78958646	40	5.6	39	83	6	218	26	28	20	24	1.99
78958422--78958646	80	2.8	79	83	4	256	27	28	20	24	1.99
78958573--78958805	116	2.0	116	98	0	448	31	26	16	25	1.96
78960710--78960940	40	5.8	39	87	1	275	22	22	29	25	1.99
78960710--78960940	120	1.9	119	86	2	329	22	22	29	25	1.99
78966226--78966312	42	2.1	42	91	0	138	18	40	24	17	1.91
78967558--78967661	43	2.4	43	80	0	127	30	24	15	29	1.95
78968718--78969123	201	2.0	203	96	1	753	38	16	12	33	1.85
78976751--78976809	23	2.6	22	80	15	75	33	18	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78976757--78976830	23	3.3	23	76	14	82	35	17	24	22	1.95
78976751--78976821	22	3.2	21	75	18	72	36	18	22	22	1.95
78996133--78996318	93	2.0	93	100	0	372	40	8	10	39	1.71
78997758--78997870	40	2.8	40	89	0	181	27	30	21	20	1.98
78997745--78997881	40	3.5	40	83	5	179	24	30	23	21	1.99
79001944--79002258	27	11.8	25	78	10	204	39	22	7	29	1.83
79001944--79002256	81	3.9	81	84	2	373	39	22	7	29	1.82
79001997--79002259	27	9.8	27	82	2	307	41	22	7	29	1.81
79001999--79002326	54	6.1	53	76	11	233	39	21	10	28	1.86
79001997--79002312	81	3.9	81	84	3	264	40	21	9	28	1.84
79002214--79002354	27	5.2	27	82	1	140	37	19	17	25	1.93
79002237--79002351	54	2.1	53	88	4	176	37	18	20	24	1.94
79002335--79002398	27	2.4	27	72	0	65	20	17	25	37	1.93
79003755--79004116	48	7.7	47	77	12	239	24	30	16	28	1.97
79003856--79004119	92	2.8	91	87	2	357	25	29	16	28	1.97
79003760--79004116	140	2.5	142	81	11	398	24	30	16	28	1.97
79019235--79019264	14	2.2	13	94	5	51	40	20	6	33	1.78
79026865--79026959	47	2.0	47	95	2	174	28	13	14	43	1.84
79027761--79027893	45	3.0	45	82	7	159	27	19	27	26	1.99
79028590--79028628	19	2.1	19	90	0	60	48	10	5	35	1.59
79040070--79040301	49	4.7	49	77	5	259	30	27	18	24	1.98
79040070--79040301	100	2.3	99	81	4	270	30	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79043960--79044420	93	5.0	93	99	0	913	30	29	18	22	1.97
79054271--79054448	52	3.5	50	87	4	232	27	14	30	26	1.95
79054266--79054448	51	3.6	51	82	7	221	27	14	30	27	1.95
79066212--79066473	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
79071790--79072053	40	6.7	40	87	7	310	25	26	22	25	2.00
79075071--79075104	12	2.7	12	90	9	50	70	5	5	17	1.28
79082899--79082937	20	2.0	20	100	0	78	25	25	5	43	1.75
79087549--79087715	46	3.6	45	78	12	169	31	28	17	22	1.97
79087550--79087720	93	1.8	93	89	0	270	30	28	18	22	1.97
79088140--79088199	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
79088900--79088992	28	3.2	28	64	24	75	46	19	3	31	1.66
79088897--79089016	59	2.0	59	100	0	240	44	19	3	33	1.67
79094934--79094971	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79095202--79095371	93	1.8	93	92	2	288	29	28	20	21	1.98
79095196--79095368	46	3.7	47	79	10	203	30	27	19	22	1.98
79095202--79095387	46	4.0	45	72	19	132	29	29	19	22	1.98
79099193--79099481	70	4.1	70	83	0	328	26	18	20	34	1.96
79099277--79099460	36	5.2	36	75	5	115	27	16	19	36	1.93
79099292--79099477	34	5.4	34	72	12	126	26	17	20	34	1.95
79099177--79099477	140	2.2	140	83	1	370	26	17	20	35	1.94
79101288--79101362	33	2.3	33	84	6	91	40	17	22	20	1.92
79111255--79111329	33	2.3	33	79	6	82	41	14	22	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79117168--79117304	40	3.3	40	77	11	118	28	16	27	28	1.97
79126511--79126567	30	1.9	30	85	7	80	42	7	21	29	1.79
79126865--79126918	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
79127163--79127308	50	2.9	50	88	1	204	26	17	27	28	1.98
79131302--79131528	49	4.6	49	78	5	258	30	26	17	25	1.97
79134195--79134321	46	2.8	45	90	4	186	29	18	28	23	1.98
79137175--79137219	14	2.9	17	84	15	62	42	4	0	53	1.21
79137179--79137230	17	3.2	16	82	12	54	40	7	0	51	1.30
79144781--79144831	22	2.3	22	86	0	75	7	35	33	23	1.84
79147558--79147671	46	2.4	47	83	2	140	27	21	14	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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