genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83549222--83549414	40	4.4	44	72	18	161	31	26	13	27	1.94
83549223--83549416	88	2.2	87	93	2	336	31	26	13	27	1.94
83550474--83550737	40	6.7	40	89	5	369	25	21	27	25	1.99
83550474--83550770	119	2.5	118	81	9	338	25	20	27	25	1.99
83557916--83557984	33	2.1	33	97	0	129	28	21	27	21	1.99
83559797--83559845	21	2.4	20	83	6	71	34	18	28	18	1.94
83570889--83570940	21	2.4	22	87	6	70	5	21	0	73	1.04
83573025--83573066	20	2.2	20	86	4	59	2	14	2	80	0.90
83573036--83573066	10	3.1	10	90	0	53	0	12	0	87	0.55
83574520--83574570	10	5.0	10	80	4	57	43	19	23	13	1.87
83574526--83574573	21	2.3	20	85	3	60	43	22	20	12	1.86
83575103--83575379	50	5.6	50	77	7	260	22	28	18	30	1.97
83575103--83575328	97	2.3	98	81	6	242	23	28	18	30	1.98
83578099--83578180	40	2.0	40	85	0	110	30	26	14	28	1.95
83578073--83578236	90	1.8	88	94	2	292	33	23	13	29	1.93
83582983--83583162	55	3.3	54	74	2	182	21	22	18	37	1.94
83582620--83584204	792	2.0	792	100	0	3170	34	19	13	33	1.90
83583775--83583954	55	3.3	54	74	2	182	21	22	18	37	1.94
83584645--83584799	55	2.8	55	73	0	150	22	22	18	36	1.95
83591929--83592058	45	2.9	45	88	2	183	23	21	29	26	1.99
83599570--83599761	53	3.6	53	76	3	186	20	23	18	36	1.94
83603581--83603802	64	3.4	65	76	9	218	23	29	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83608156--83608405	68	3.8	65	76	6	211	24	28	15	32	1.95
83622070--83622332	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
83631505--83631852	40	8.7	40	95	0	561	22	27	20	30	1.98
83643146--83643201	28	2.0	28	100	0	112	21	28	25	25	1.99
83644656--83644737	41	2.0	41	97	0	155	34	35	4	25	1.78
83657340--83657614	116	2.4	116	89	1	410	22	22	24	30	1.99
83657340--83657614	38	7.1	38	87	2	361	22	22	24	30	1.99
83657616--83657740	45	2.9	44	84	7	141	24	21	29	24	1.99
83660179--83660222	23	1.9	23	100	0	88	50	9	9	31	1.65
83661492--83661527	18	2.0	18	100	0	72	38	16	16	27	1.90
83668057--83668158	50	2.1	50	85	5	136	29	9	11	49	1.72
83671357--83671399	19	2.4	17	84	7	50	65	0	9	25	1.22
83673627--83673708	31	2.7	31	78	1	85	23	26	19	30	1.98
83673933--83674027	25	3.8	25	88	0	118	27	18	25	28	1.98
83674075--83674123	11	4.7	11	80	12	59	32	18	12	36	1.88
83685544--83685653	27	4.1	26	87	8	148	37	22	23	16	1.94
83685544--83685653	54	2.0	54	89	3	168	37	22	23	16	1.94
83692873--83692939	30	2.2	30	91	0	107	26	16	22	34	1.95
83696320--83696447	27	4.7	27	85	0	148	28	21	9	40	1.84
83696320--83696610	54	5.6	54	83	7	357	29	21	7	41	1.81
83696320--83696610	81	3.7	80	80	8	355	29	21	7	41	1.81
83696404--83696547	45	3.0	45	75	16	153	31	20	6	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83696449--83696610	27	6.0	27	86	0	225	29	22	6	41	1.79
83696343--83696610	99	2.6	104	82	6	339	29	21	7	41	1.80
83696323--83696573	126	2.0	126	87	0	358	29	19	8	41	1.81
83696320--83696600	153	1.8	153	89	0	436	29	20	8	41	1.81
83696932--83696991	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
83697131--83697231	37	2.7	37	90	0	157	19	18	13	47	1.82
83697165--83697245	6	13.3	6	82	12	103	17	17	16	49	1.80
83697109--83697225	31	3.6	31	77	13	126	19	18	13	47	1.82
83700999--83701060	26	2.3	26	81	8	72	48	22	12	16	1.80
83701084--83701164	26	3.2	25	76	13	85	37	20	24	17	1.94
83713893--83713954	24	2.6	24	89	0	97	27	32	16	24	1.96
83715054--83715092	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
83717568--83718366	40	20.0	40	97	1	1496	22	20	25	31	1.98
83726626--83726731	40	2.7	41	88	4	146	23	20	26	29	1.99
83737143--83737186	2	22.0	2	95	0	79	0	2	47	50	1.13
83746632--83746816	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
83746632--83746816	79	2.3	81	80	8	209	25	27	22	24	2.00
83754111--83754181	36	2.0	36	100	0	142	42	11	5	40	1.64
83759762--83759798	18	2.1	18	100	0	74	43	0	10	45	1.39
83762156--83762188	13	2.5	13	100	0	66	6	45	27	21	1.75
83764587--83764675	45	2.0	45	93	0	151	24	19	26	29	1.98
83764888--83764956	20	3.5	20	93	0	120	37	7	18	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83764890--83764956	9	6.7	10	79	16	68	37	5	19	37	1.76
83764890--83764946	9	5.9	9	80	15	69	36	3	21	38	1.70
83764890--83764969	40	2.0	40	87	4	117	37	7	17	37	1.78
83765001--83765096	24	3.9	24	80	9	95	30	21	22	25	1.99
83765001--83765070	24	2.8	25	86	4	97	28	22	22	25	1.99
83773162--83773334	46	3.7	46	75	13	183	22	20	27	30	1.98
83773159--83773329	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
83783062--83783130	20	3.5	20	90	7	113	39	8	17	34	1.80
83783056--83783130	9	7.6	10	71	16	59	38	8	17	36	1.79
83783175--83783244	24	2.8	25	91	4	106	25	25	24	24	2.00
83787161--83787220	27	2.3	26	85	2	75	38	18	20	23	1.93
83787535--83787593	27	2.2	26	84	3	73	38	16	20	23	1.92
83789051--83789114	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
83789130--83789181	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
83789839--83789894	27	2.1	27	89	0	85	28	16	14	41	1.87
83789875--83789975	27	3.7	27	71	7	89	33	6	20	38	1.80
83789923--83790059	27	5.1	27	82	3	141	30	10	21	37	1.88
83792104--83792179	29	2.7	29	83	6	93	28	34	13	23	1.92
83798830--83798859	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
83807768--83807832	32	2.0	32	90	0	103	23	23	16	36	1.94
83808018--83808100	26	3.2	25	81	13	80	24	22	20	32	1.98
83808158--83808214	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83808150--83808226	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
83808150--83808225	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
83812527--83812624	40	2.5	40	90	5	146	21	29	24	24	1.99
83814305--83814435	52	2.6	50	80	6	156	32	27	13	25	1.94
83814753--83814821	34	2.0	34	91	0	111	10	30	20	39	1.85
83822242--83822372	52	2.6	50	80	6	156	32	27	13	25	1.94
83827305--83827361	27	2.1	27	90	0	87	49	15	8	26	1.74
83830114--83830232	47	2.5	47	84	0	157	27	30	8	33	1.86
83830457--83830598	40	3.6	39	78	12	137	23	28	23	24	2.00
83834607--83834705	40	2.5	40	88	0	144	26	27	21	25	1.99
83835593--83835650	29	2.0	30	89	3	91	29	1	50	18	1.57
83840533--83840671	40	3.5	40	92	0	224	25	28	20	25	1.99
83841990--83842381	40	9.8	40	91	0	631	24	21	27	26	1.99
83843954--83844036	27	3.0	26	89	5	94	32	24	13	30	1.93
83843967--83844064	27	3.5	28	88	2	126	31	27	14	26	1.95
83844511--83844538	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
83849838--83850178	47	7.0	47	86	6	457	31	11	29	26	1.92
83849838--83850178	100	3.5	97	90	3	508	31	11	29	26	1.92
83849859--83850155	147	2.0	149	91	2	481	32	11	27	27	1.92
83850152--83850242	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
83850392--83850496	37	2.8	37	94	0	174	25	17	31	25	1.97
83854921--83854970	19	2.5	21	83	6	68	76	2	12	10	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83854921--83854970	20	2.5	21	80	6	59	76	2	12	10	1.11
83855013--83855055	18	2.3	18	80	4	50	53	0	25	20	1.46
83864556--83864763	47	4.4	47	91	1	310	28	31	8	31	1.86
83869999--83870176	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
83870020--83870175	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
83874548--83874697	43	3.6	42	81	6	169	30	26	13	30	1.94
83877276--83877339	31	2.1	31	96	0	119	32	12	9	45	1.74
83884025--83884055	15	2.0	16	93	6	55	38	29	0	32	1.57
83886608--83886686	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
83886805--83887291	49	10.1	49	93	3	751	29	30	9	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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