genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  208  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71692706--71692743	20	2.1	18	85	14	51	55	13	0	31	1.38
71695110--71695280	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	29	1.98
71695114--71695285	46	3.7	46	77	13	199	21	20	28	29	1.98
71702371--71702479	55	2.0	55	98	0	209	38	9	22	29	1.85
71702761--71702931	93	1.8	93	92	0	288	22	22	28	27	1.99
71702765--71702936	46	3.7	46	77	13	190	22	22	27	27	1.99
71710584--71710627	19	2.3	19	84	7	54	34	15	22	27	1.95
71713459--71713499	6	6.8	6	94	0	64	26	0	2	70	0.99
71719440--71719529	47	1.9	47	88	4	137	33	8	28	28	1.87
71719608--71719880	47	6.0	47	85	7	366	32	9	30	27	1.89
71719631--71719797	85	2.0	85	95	0	298	34	8	27	29	1.86
71720003--71720118	37	3.1	37	93	0	187	23	18	31	25	1.97
71720302--71720602	150	2.0	150	98	0	584	35	12	20	31	1.91
71728293--71728378	41	2.1	41	91	0	136	34	15	31	18	1.92
71731857--71731950	49	1.9	49	95	0	170	31	12	15	39	1.86
71732894--71732929	16	2.2	16	95	0	63	22	16	16	44	1.86
71745400--71745611	79	2.7	79	81	10	236	25	26	21	25	1.99
71745416--71745609	40	4.8	40	83	5	232	25	27	21	25	1.99
71753574--71753629	27	2.1	27	100	0	112	21	7	26	44	1.78
71754604--71754786	40	4.5	40	80	6	156	32	26	15	24	1.96
71759447--71759493	23	2.0	23	100	0	94	34	17	4	44	1.68
71762479--71762523	17	2.7	18	77	22	53	64	8	15	11	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71766530--71766594	28	2.4	27	84	2	76	27	23	26	23	2.00
71793413--71793503	44	2.1	44	97	0	173	16	27	18	37	1.92
71795778--71795804	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
71800268--71801288	255	4.0	255	99	0	2024	33	13	21	31	1.92
71809389--71809448	30	2.1	28	76	11	66	18	21	31	28	1.97
71809526--71809667	66	2.2	64	82	8	171	22	27	28	21	1.99
71815020--71815044	13	1.9	13	100	0	50	20	24	40	16	1.91
71815502--71815558	24	2.2	26	84	9	73	5	42	1	50	1.35
71815804--71815843	7	5.9	7	94	5	73	15	0	0	85	0.61
71815804--71815843	13	2.9	14	96	3	73	15	0	0	85	0.61
71820404--71820442	15	2.6	15	91	0	69	30	33	17	17	1.94
71827693--71827830	40	3.5	40	85	6	167	23	27	23	24	2.00
71830754--71830811	25	2.3	26	87	3	82	34	13	12	39	1.82
71830900--71830935	18	2.0	18	88	0	54	44	19	2	33	1.65
71834558--71834611	24	2.3	24	96	3	101	44	0	24	31	1.54
71844981--71845054	25	2.9	27	72	27	79	29	0	2	67	1.04
71845075--71845115	19	2.2	19	86	4	57	43	0	0	56	0.99
71848327--71848364	19	2.0	19	85	10	51	31	18	5	44	1.72
71850282--71850482	43	4.8	41	83	5	213	28	23	16	30	1.96
71850282--71850488	85	2.4	85	81	6	231	28	23	16	30	1.96
71871423--71871591	43	4.0	42	72	6	124	26	15	23	35	1.94
71876876--71877146	47	5.8	48	75	11	199	22	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71876970--71877143	94	1.9	92	84	7	235	21	29	20	28	1.98
71881741--71881862	43	2.9	42	70	11	113	23	15	25	35	1.94
71884484--71884531	23	2.1	23	96	0	87	31	22	16	29	1.96
71884556--71884674	42	2.8	42	74	6	114	28	21	16	32	1.96
71889900--71890007	55	2.0	55	90	0	171	27	20	21	30	1.98
71890888--71890921	15	2.2	15	89	5	50	79	8	5	5	1.05
71901466--71901532	33	2.0	33	100	0	134	53	8	11	25	1.66
71904608--71904795	100	1.9	100	92	0	313	29	25	18	26	1.98
71904603--71904797	49	3.9	49	81	2	246	29	26	17	27	1.97
71909314--71909484	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.99
71909309--71909481	46	3.7	46	77	13	192	28	27	21	21	1.99
71921090--71921139	18	2.8	18	81	0	64	28	16	12	44	1.83
71932570--71932757	40	4.7	40	95	0	322	21	26	20	31	1.98
71944264--71944328	27	2.4	26	75	7	67	29	26	20	24	1.99
71944349--71944533	28	6.6	28	75	11	123	26	24	18	30	1.98
71944377--71944532	85	1.8	85	83	5	208	26	24	18	30	1.98
71944382--71944533	57	2.7	56	77	7	146	26	23	18	31	1.97
71947849--71949188	132	10.2	132	87	1	1814	31	18	23	26	1.97
71947849--71949106	44	28.6	44	62	15	205	31	18	24	26	1.97
71949081--71949269	88	2.2	88	87	2	265	30	22	22	24	1.99
71950959--71951150	39	4.9	39	89	3	271	26	21	27	25	1.99
71950959--71951183	78	2.9	79	83	7	219	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71954371--71954470	50	2.0	50	98	0	191	47	11	10	32	1.72
71956566--71956665	52	1.9	52	87	4	148	28	28	27	17	1.97
71963262--71963313	23	2.3	23	84	15	65	21	7	3	67	1.32
71972558--71972741	48	3.8	48	77	2	192	28	17	27	26	1.98
71972541--71972736	96	2.0	96	91	1	313	27	18	26	27	1.98
71975697--71975831	43	3.2	41	77	5	126	37	21	14	27	1.92
71975758--71975904	44	3.4	43	78	5	127	36	24	14	24	1.93
71984176--71984293	46	2.5	47	83	5	141	32	32	16	19	1.94
71985100--71985162	32	2.0	32	96	0	117	39	19	7	33	1.80
71989018--71989068	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
71989786--71989877	44	2.1	45	93	2	159	23	18	25	32	1.97
71995272--71995316	17	2.5	17	85	7	54	2	31	2	64	1.18
71995637--71995666	10	3.0	10	100	0	60	60	0	0	40	0.97
71997834--71997868	15	2.3	15	100	0	70	51	8	11	28	1.67
72010428--72010485	27	2.1	28	81	9	66	58	3	5	32	1.37
72010719--72010772	28	1.9	28	96	0	99	20	22	14	42	1.88
72018547--72018591	16	2.9	15	87	6	63	46	0	2	51	1.13
72018554--72018596	15	2.8	15	85	3	50	46	2	2	48	1.27
72022346--72022644	40	7.5	40	88	2	379	27	28	20	24	1.99
72030338--72030796	40	11.5	40	92	1	663	26	28	20	24	1.99
72032849--72032887	21	1.9	20	89	5	60	28	2	23	46	1.65
72047581--72047640	27	2.2	27	90	0	93	30	21	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72057844--72057875	12	2.8	12	86	13	50	34	28	0	37	1.57
72066472--72066506	14	2.5	14	95	0	61	17	22	11	48	1.79
72068777--72068888	40	2.8	40	79	5	145	26	27	22	23	1.99
72072817--72072849	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
72079556--72079681	43	2.9	43	85	0	162	31	25	16	26	1.96
72091955--72091995	20	2.0	20	100	0	82	51	19	9	19	1.74
72094756--72094846	45	2.0	45	91	0	146	25	13	24	37	1.91
72100994--72101157	37	4.5	37	83	5	199	39	30	12	17	1.86
72103379--72103584	27	7.6	27	86	3	137	34	22	7	34	1.83
72103363--72103476	54	2.1	54	83	0	138	30	22	8	37	1.85
72103390--72103519	54	2.4	54	92	0	206	28	20	9	41	1.83
72103390--72103546	54	2.9	54	85	1	154	31	21	8	39	1.82
72103345--72103561	81	2.7	81	75	0	218	34	21	7	35	1.83
72103512--72103825	27	11.7	26	79	6	322	40	20	9	29	1.83
72103540--72103828	81	3.6	81	93	1	447	40	20	9	29	1.85
72103963--72104053	27	3.4	27	80	8	105	37	20	23	18	1.94
72104851--72104955	26	4.1	26	88	2	151	30	20	20	28	1.98
72104851--72104948	52	1.9	51	93	2	169	27	21	22	28	1.99
72104851--72104971	26	4.7	25	85	5	102	28	21	23	26	1.99
72105167--72105245	31	2.5	31	85	0	113	31	17	24	26	1.97
72107297--72107341	20	2.1	23	88	12	69	28	8	11	51	1.68
72108022--72108138	56	2.1	56	80	6	130	36	16	7	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72110748--72110774	13	2.1	13	100	0	54	7	37	18	37	1.79
72111129--72111463	27	12.3	27	87	2	393	29	22	6	40	1.80
72111129--72111463	81	4.1	81	88	1	465	29	22	6	40	1.80
72111453--72111617	53	3.1	54	87	5	237	39	21	9	30	1.84
72111462--72111619	27	5.9	27	87	3	221	39	20	8	31	1.83
72111467--72111645	54	3.3	53	84	8	197	41	20	8	29	1.82
72111656--72111707	27	1.9	27	84	7	70	40	15	11	32	1.83
72112130--72112187	21	2.8	21	92	2	91	22	22	32	22	1.98
72112531--72112586	20	2.9	20	82	12	64	37	7	19	35	1.79
72112636--72112755	26	4.7	26	92	1	190	26	22	23	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290