genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96725095--96725229	30	4.5	30	76	7	121	40	11	24	23	1.88
96725091--96725229	60	2.3	60	74	10	149	39	11	25	23	1.88
96727408--96727475	33	2.1	33	100	0	136	26	26	25	22	2.00
96730049--96730305	47	5.4	47	89	3	365	33	9	30	26	1.88
96730156--96730277	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
96733630--96733858	49	4.7	49	98	0	431	33	8	28	29	1.87
96733993--96734095	37	2.8	37	89	0	161	23	17	32	27	1.97
96736129--96736173	3	15.3	3	86	4	56	31	6	0	62	1.21
96739344--96739424	40	2.1	39	95	2	144	19	20	29	29	1.97
96739585--96739639	25	2.2	25	87	6	76	29	10	30	29	1.91
96739623--96739721	28	3.5	28	72	5	101	20	19	30	30	1.97
96739622--96739748	56	2.3	56	98	0	245	18	18	33	29	1.95
96739651--96739748	28	3.5	28	73	5	108	17	19	35	27	1.94
96746869--96746955	27	3.3	26	83	4	93	20	21	20	36	1.95
96748523--96748655	27	4.9	27	78	3	142	29	16	16	37	1.91
96748523--96748647	55	2.3	54	86	4	162	30	16	16	36	1.91
96748999--96749039	18	2.3	18	86	0	55	19	21	12	46	1.82
96749029--96749146	40	3.0	39	77	7	114	27	19	21	32	1.97
96751756--96751933	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
96751757--96751912	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
96751753--96751933	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
96754852--96754959	44	2.5	43	81	12	132	23	15	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96754890--96754996	42	2.5	43	80	8	119	26	15	25	32	1.96
96754839--96755011	43	4.0	43	74	12	149	24	16	26	32	1.96
96762401--96762528	44	3.0	43	77	12	129	22	16	27	33	1.95
96765495--96765556	31	2.0	31	96	0	115	30	22	8	38	1.83
96774448--96774530	43	1.9	43	87	0	121	27	30	19	22	1.98
96774741--96774787	22	2.1	22	88	0	67	46	10	4	38	1.58
96776781--96776867	43	2.0	45	86	4	124	52	1	24	21	1.53
96776786--96776850	15	4.4	16	69	25	61	53	1	26	18	1.53
96784921--96784951	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
96784918--96784957	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
96785030--96785074	23	1.9	24	86	4	65	22	26	11	40	1.87
96800664--96800715	3	16.3	3	76	11	50	28	0	3	67	1.08
96800673--96800708	12	2.8	13	91	8	56	25	0	5	69	1.10
96800687--96800737	21	2.4	21	90	6	77	23	3	5	66	1.30
96800684--96800736	24	2.4	20	79	17	52	24	3	3	67	1.23
96807778--96807899	43	2.8	44	84	9	155	31	25	18	24	1.98
96808309--96808333	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
96814597--96814701	55	1.9	55	84	0	138	38	22	29	9	1.86
96817602--96817637	12	2.8	13	91	8	56	25	0	5	69	1.10
96828955--96829049	48	2.0	48	91	0	154	28	24	18	28	1.98
96830736--96831330	298	2.0	298	99	0	1172	29	14	17	37	1.90
96831853--96832108	55	4.8	54	79	10	246	35	17	25	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96831861--96832061	108	1.8	110	87	4	300	33	17	25	23	1.96
96839486--96839618	55	2.5	55	83	4	173	33	18	26	22	1.97
96840982--96841060	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
96841181--96842204	49	21.0	49	98	0	1948	30	30	8	30	1.87
96846008--96846110	40	2.6	40	88	0	143	24	25	23	27	2.00
96846418--96846496	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
96846478--96846580	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
96848447--96848525	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
96848680--96848794	47	2.4	47	86	0	140	25	33	13	28	1.93
96848622--96848965	173	2.0	173	98	0	670	25	31	12	30	1.93
96848817--96849057	47	5.1	47	88	1	329	26	30	10	32	1.90
96852624--96852657	14	2.4	14	85	0	50	52	0	5	41	1.25
96860636--96860669	18	1.9	17	88	5	50	38	17	2	41	1.65
96862625--96862767	48	3.0	48	92	0	232	32	30	20	16	1.95
96862991--96863059	27	2.5	27	83	2	75	18	21	10	49	1.77
96863014--96863067	27	2.0	27	100	0	108	22	14	7	55	1.64
96865413--96865491	39	2.0	39	97	0	149	21	34	20	24	1.97
96870844--96870919	38	2.0	38	97	0	143	28	19	25	26	1.99
96872907--96872997	46	2.0	46	84	0	119	31	20	16	30	1.95
96874736--96875080	70	5.0	70	91	2	552	31	10	17	40	1.83
96880260--96880307	25	1.9	25	82	0	60	35	20	14	29	1.93
96880343--96880429	20	4.3	20	91	2	140	35	10	19	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96880354--96880429	11	7.5	10	71	16	59	35	10	19	34	1.86
96880365--96880421	9	5.9	9	76	15	60	35	7	21	36	1.80
96880343--96880443	40	2.5	39	82	9	114	35	10	18	34	1.86
96880743--96880806	31	2.1	31	90	0	101	37	15	25	21	1.93
96880793--96880817	7	3.6	7	100	0	50	52	0	16	32	1.44
96888415--96888501	20	4.3	20	92	2	140	34	9	19	36	1.84
96888426--96888493	9	6.9	9	76	15	55	33	8	20	36	1.84
96888437--96888495	9	6.1	9	81	14	73	33	6	20	38	1.79
96888429--96888515	40	2.2	39	86	12	115	34	10	18	36	1.85
96888549--96888631	25	3.4	24	86	8	105	28	22	22	25	1.99
96891566--96891591	7	3.7	7	100	0	52	42	42	15	0	1.47
96903014--96903057	20	2.3	19	84	4	52	43	2	25	29	1.67
96914803--96914884	26	3.2	26	98	0	155	37	26	4	30	1.77
96920379--96920464	43	2.0	43	97	0	163	26	11	12	48	1.75
96921708--96921815	26	4.2	26	95	0	189	37	25	6	30	1.81
96922154--96922303	43	3.5	42	79	9	153	27	27	18	27	1.98
96928089--96928341	68	3.9	64	79	10	201	28	16	29	24	1.97
96928158--96928341	67	2.8	64	80	8	212	28	16	30	23	1.97
96928134--96928311	67	2.7	64	82	8	198	30	15	30	23	1.95
96936250--96936293	23	1.9	24	86	9	65	61	4	27	6	1.41
96936248--96936299	22	2.3	22	78	12	61	63	3	26	5	1.34
96936259--96936302	23	1.9	22	81	9	52	61	4	27	6	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96942176--96942260	37	2.3	37	85	0	107	30	29	16	23	1.96
96942245--96942305	25	2.3	26	94	5	106	34	21	16	27	1.95
96942335--96942563	49	4.7	49	91	5	367	30	29	6	33	1.84
96942340--96942563	100	2.3	96	91	3	358	30	29	7	32	1.84
96950534--96950752	49	4.6	47	87	7	316	34	6	27	31	1.83
96950534--96950752	47	4.6	49	88	6	324	34	6	27	31	1.83
96950534--96950752	96	2.3	95	92	3	350	34	6	27	31	1.83
96952736--96952887	40	3.8	39	81	3	169	24	21	27	26	1.99
96954179--96954220	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
96955359--96955766	47	8.7	47	96	0	726	31	8	30	29	1.87
96955888--96955966	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
96961987--96962114	39	3.3	39	89	0	202	32	20	25	21	1.97
96961986--96962132	78	1.9	77	84	4	197	31	21	25	21	1.98
96965781--96966028	27	9.2	27	83	5	313	27	24	10	37	1.87
96966033--96966228	27	7.3	27	82	2	223	35	18	19	26	1.95
96966033--96966227	54	3.6	54	83	2	248	35	18	19	26	1.95
96966033--96966226	81	2.4	82	84	1	257	36	18	19	26	1.94
96966427--96966509	27	3.1	26	86	5	103	20	21	21	36	1.96
96966597--96966655	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
96966828--96966893	27	2.5	27	85	7	82	16	22	22	37	1.93
96967017--96967191	6	28.8	6	71	17	130	21	16	13	48	1.80
96967017--96967125	49	2.2	49	86	3	148	22	18	12	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96967017--96967191	67	2.6	67	85	9	225	21	16	13	48	1.80
96967042--96967212	30	5.9	30	75	10	149	21	16	13	49	1.79
96982732--96982804	38	1.9	38	88	0	110	28	27	16	27	1.97
96984166--96984293	40	3.2	40	92	1	213	25	30	22	21	1.99
96986164--96986369	38	4.9	40	73	19	177	29	24	15	30	1.96
96986206--96986339	48	2.8	48	89	1	198	30	22	15	31	1.95
96987976--96988006	15	2.0	16	93	6	55	45	6	9	38	1.63
96990720--96990791	25	2.9	24	81	8	74	25	25	18	31	1.97
97005246--97005468	40	5.6	39	82	5	207	26	28	20	24	1.99
97005246--97005392	79	1.9	80	88	1	224	27	28	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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