genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14375624--14375662	17	2.3	17	90	0	60	58	0	0	41	0.98
14377897--14377937	15	2.9	14	77	22	50	26	7	36	29	1.83
14381679--14381995	158	2.0	158	99	0	625	32	13	18	35	1.90
14382275--14382310	18	2.0	18	89	10	56	44	0	27	27	1.55
14394628--14394810	40	4.6	40	79	6	194	25	21	28	25	1.99
14394679--14394833	79	2.0	79	81	7	181	26	20	27	25	1.99
14396497--14396577	30	2.7	30	80	3	101	33	20	22	23	1.97
14401619--14401782	87	1.9	86	86	3	231	34	22	15	27	1.95
14403143--14403205	26	2.4	26	86	0	90	38	33	9	19	1.84
14410828--14410926	45	2.2	46	87	8	150	42	7	23	27	1.80
14411409--14411495	26	3.3	27	82	7	117	20	24	25	29	1.99
14413691--14413763	34	2.2	34	87	7	105	26	19	24	30	1.98
14421369--14421444	34	2.3	34	86	6	111	28	22	21	27	1.99
14424613--14424726	44	2.6	44	83	8	144	33	28	15	22	1.95
14424617--14424743	44	2.9	43	72	16	109	32	28	14	24	1.95
14425621--14425655	17	2.1	17	100	0	70	48	11	0	40	1.39
14431827--14431869	19	2.2	20	87	4	61	37	0	20	41	1.53
14432475--14432605	49	2.7	49	80	4	140	29	21	26	22	1.99
14432378--14432647	142	1.9	144	84	8	363	26	20	28	24	1.99
14435938--14436062	28	4.5	28	73	4	117	27	27	15	30	1.96
14435913--14436037	56	2.2	56	92	0	214	27	25	12	35	1.91
14440176--14440201	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14449877--14449926	24	2.1	24	100	0	100	34	4	32	30	1.76
14474280--14474379	50	2.0	50	100	0	200	34	16	18	32	1.92
14475429--14475486	18	3.2	18	83	9	64	25	18	5	50	1.68
14478735--14478949	43	5.0	43	85	5	283	23	16	28	32	1.96
14480243--14480275	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
14491251--14492219	49	19.9	49	97	1	1819	30	28	8	32	1.86
14504249--14504273	13	1.9	13	100	0	50	16	40	24	20	1.91
14515960--14516031	34	2.1	35	82	7	85	22	25	9	43	1.83
14531846--14531993	75	2.0	75	98	0	287	32	12	26	29	1.92
14533495--14533640	40	3.7	40	82	7	172	23	21	28	26	1.99
14533495--14533663	80	2.1	80	80	7	184	24	21	27	26	1.99
14542897--14542962	33	2.0	33	96	0	123	22	22	15	39	1.91
14562998--14563115	46	2.6	46	95	0	209	35	22	18	22	1.96
14566157--14566190	12	2.8	12	86	0	50	11	17	0	70	1.16
14568061--14568489	50	8.6	49	79	13	450	31	22	19	26	1.98
14568064--14568489	100	4.3	100	100	0	852	30	22	19	26	1.98
14569077--14569197	61	2.0	61	98	0	233	47	23	1	27	1.61
14570273--14570319	23	2.0	23	95	0	85	29	25	4	40	1.75
14575690--14575869	50	3.6	50	88	3	281	28	26	19	25	1.99
14578663--14578762	50	2.0	51	86	2	139	36	14	15	35	1.87
14582532--14582611	37	2.2	37	93	2	135	43	10	0	46	1.37
14586972--14587050	35	2.3	35	82	4	88	35	2	18	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14587088--14587156	35	2.0	35	88	8	106	39	0	20	40	1.52
14587137--14587172	18	2.0	18	94	0	63	44	2	16	36	1.63
14587212--14587288	35	2.2	36	84	6	97	42	1	14	41	1.53
14587393--14587898	126	4.0	126	87	1	701	38	16	17	27	1.91
14587393--14587898	252	2.0	251	90	0	787	38	16	17	27	1.91
14590422--14590600	39	4.5	39	95	2	297	29	29	23	18	1.98
14593248--14593315	2	34.0	2	93	0	118	48	48	1	1	1.19
14593459--14593508	26	1.9	26	84	15	68	40	22	10	28	1.86
14596492--14596670	39	4.6	38	89	3	223	28	27	24	20	1.99
14597440--14597475	18	2.0	18	94	0	63	36	22	13	27	1.92
14601139--14601199	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14624495--14624651	43	3.7	41	78	5	127	30	23	20	25	1.98
14638258--14638397	40	3.5	40	89	0	192	21	20	27	30	1.98
14641457--14641532	26	3.1	24	77	5	73	40	15	22	21	1.90
14641916--14641956	21	1.9	22	85	5	57	56	19	0	24	1.42
14642205--14642231	14	1.9	14	100	0	54	37	18	7	37	1.79
14645457--14645824	48	7.8	49	75	12	263	24	28	19	27	1.98
14652046--14652152	55	1.9	55	82	0	133	24	32	21	21	1.98
14653012--14653277	48	5.7	46	78	6	191	24	30	18	25	1.98
14657707--14657748	20	2.1	20	100	0	84	40	14	21	23	1.90
14663455--14663703	56	4.4	56	90	1	374	28	12	24	34	1.92
14663934--14663969	18	1.9	19	88	5	56	47	0	16	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14664131--14664179	25	2.0	25	83	0	62	30	0	18	51	1.47
14672038--14672097	29	2.1	29	81	6	68	31	26	0	41	1.56
14676614--14676673	29	2.1	29	81	6	68	31	26	0	41	1.56
14681060--14681321	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
14687106--14687369	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
14687106--14687402	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
14692071--14692347	40	6.9	40	94	0	473	26	20	28	24	1.99
14700708--14700781	24	3.3	23	65	27	59	32	9	17	40	1.82
14700705--14700795	44	2.1	44	97	0	173	29	8	20	40	1.83
14700717--14700809	44	2.1	43	88	7	134	32	10	18	38	1.85
14701112--14701141	12	2.5	12	94	0	51	36	33	20	10	1.86
14703284--14703612	161	2.0	161	93	0	559	40	10	16	32	1.83
14706180--14706332	40	3.8	40	84	5	204	27	28	21	22	1.99
14713579--14713755	40	4.4	40	84	4	234	26	28	22	23	1.99
14718046--14718141	27	3.6	27	82	10	124	33	18	8	39	1.81
14718026--14718141	54	2.1	54	80	3	135	34	20	7	37	1.82
14718120--14718423	27	11.2	27	74	10	122	39	20	8	31	1.82
14718047--14718168	54	2.3	54	85	0	154	35	18	7	38	1.79
14718120--14718450	54	6.1	54	72	7	231	38	20	9	31	1.84
14718134--14718341	81	2.6	81	83	5	244	39	20	9	30	1.83
14718134--14718365	81	2.9	81	82	7	231	40	19	9	30	1.83
14718483--14718547	27	2.4	27	79	5	69	35	16	24	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14720001--14720064	31	2.1	31	88	5	94	37	12	23	26	1.90
14721477--14721669	97	2.0	96	91	1	314	33	20	16	30	1.94
14725441--14725825	190	2.0	190	99	0	761	38	11	13	36	1.81
14726892--14726943	23	2.3	23	83	6	70	44	5	0	50	1.26
14731934--14731980	4	11.8	4	100	0	94	25	0	23	51	1.49
14736258--14736282	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
14736267--14736310	22	2.0	22	82	8	54	63	0	0	36	0.95
14737220--14737329	42	2.6	42	83	9	118	22	29	20	28	1.98
14737262--14737523	45	5.9	45	87	4	347	26	27	20	24	1.99
14737503--14737691	97	1.9	97	97	0	360	38	21	14	24	1.92
14738429--14738572	47	3.0	47	89	1	225	44	14	13	27	1.83
14745115--14745317	45	4.6	45	85	3	261	28	28	20	23	1.99
14746127--14746238	48	2.4	48	90	1	172	43	14	14	27	1.84
14746207--14746274	35	1.9	35	96	0	127	38	16	13	32	1.87
14749061--14749157	50	1.9	50	89	0	149	30	26	16	25	1.97
14758174--14758339	83	2.0	83	98	0	323	25	14	16	43	1.86
14771380--14771413	13	2.6	13	95	0	59	29	11	29	29	1.92
14779136--14779227	27	3.4	27	92	0	148	26	22	9	41	1.85
14779219--14779409	27	7.1	26	78	10	147	39	22	10	27	1.87
14779226--14779409	54	3.4	52	82	5	190	40	21	10	28	1.86
14779259--14779408	81	1.9	81	86	8	216	42	22	8	28	1.81
14779259--14779466	54	3.8	54	81	6	181	41	20	8	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14779365--14779472	27	3.9	27	77	13	103	41	18	8	31	1.80
14780400--14780464	25	2.6	25	92	0	103	27	26	23	23	2.00
14780616--14780707	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
14780731--14780814	31	2.7	31	98	1	161	28	17	26	27	1.98
14782443--14782534	42	2.2	43	84	5	116	28	20	20	30	1.98
14782822--14782923	50	2.0	50	98	0	195	32	21	5	40	1.77
14796744--14796781	19	2.0	19	85	10	51	42	21	15	21	1.89
14805794--14805836	16	2.7	16	96	0	77	20	6	23	48	1.73
14818530--14818572	21	2.0	21	86	0	59	44	0	16	39	1.48
14818704--14818745	22	2.0	21	90	4	66	26	0	23	50	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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