genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83890403--83890510	43	2.5	43	82	8	114	33	22	17	26	1.96
83900923--83901025	42	2.4	44	82	11	124	32	23	18	26	1.97
83902343--83902497	42	3.7	42	81	2	168	30	25	12	30	1.93
83906493--83906605	27	4.2	27	85	5	149	36	23	23	17	1.95
83906493--83906606	55	2.1	54	87	6	160	36	22	22	17	1.94
83908952--83909093	48	3.0	46	78	11	144	23	28	21	26	1.99
83913240--83913396	46	3.4	45	75	8	129	31	18	28	22	1.97
83913284--83913412	46	2.8	46	79	4	134	30	17	28	23	1.97
83918265--83918588	48	6.8	46	78	10	287	24	18	32	24	1.97
83918221--83918588	96	3.9	96	77	9	337	25	18	31	24	1.98
83918218--83918588	48	7.8	46	74	15	258	25	18	31	25	1.98
83920308--83920354	19	2.5	19	89	6	69	23	29	34	12	1.92
83921799--83921908	57	1.9	57	92	0	184	18	15	17	49	1.80
83922580--83922740	83	1.9	83	86	5	227	20	18	26	35	1.95
83922580--83922742	42	3.9	41	86	4	211	20	17	26	35	1.95
83933785--83934228	222	2.0	222	91	2	723	22	13	26	37	1.91
83934981--83935116	39	3.5	39	94	1	227	25	22	27	24	1.99
83934967--83935151	39	4.7	39	87	4	221	26	21	25	25	2.00
83934933--83935157	79	2.9	81	81	9	250	27	21	26	24	1.99
83934981--83935184	79	2.6	77	81	9	200	26	21	26	25	1.99
83953711--83953839	2	64.5	2	77	6	91	41	48	1	7	1.41
83954859--83954981	44	2.9	44	80	6	128	30	26	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83954820--83954986	43	3.9	43	76	3	165	30	26	17	25	1.97
83955626--83955678	24	2.2	24	96	0	97	52	18	11	16	1.73
83962405--83962466	18	3.3	18	66	16	54	32	14	24	29	1.94
83962392--83962468	38	2.0	38	100	0	154	33	16	23	25	1.96
83977222--83977396	49	3.5	49	86	3	242	25	17	26	30	1.97
83977217--83977398	100	1.8	100	93	0	319	24	18	26	30	1.98
83981636--83981678	21	2.0	21	95	0	77	23	32	16	27	1.96
83984654--83984736	28	2.9	29	85	3	107	25	15	31	27	1.96
83994528--83994588	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
83999385--83999608	40	5.6	40	81	7	249	26	27	21	24	1.99
83999385--83999608	83	2.8	79	81	6	254	26	27	21	24	1.99
84005240--84005469	40	5.8	40	86	4	306	24	24	28	22	1.99
84010308--84010371	33	2.0	32	84	3	83	37	20	21	20	1.94
84015482--84015541	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
84016188--84016333	50	2.9	50	84	1	177	26	15	26	30	1.96
84019073--84019104	15	2.1	15	94	5	55	12	12	15	59	1.61
84021838--84021983	50	2.9	50	88	1	204	26	17	28	28	1.97
84024642--84024796	43	3.7	42	74	13	156	30	30	16	22	1.96
84035554--84035629	34	2.2	34	88	0	107	30	22	19	27	1.98
84045404--84045483	40	2.0	40	97	0	151	32	8	16	42	1.79
84045855--84045939	34	2.5	34	88	1	127	31	21	17	29	1.96
84047126--84047200	23	3.2	23	62	20	55	40	29	14	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84047112--84047207	48	2.0	48	97	0	183	39	32	12	15	1.85
84054322--84054351	7	4.1	7	91	8	51	53	0	0	46	1.00
84054375--84054408	7	4.7	7	92	7	59	88	0	0	11	0.52
84054375--84054408	15	2.4	14	95	5	59	88	0	0	11	0.52
84059460--84059492	12	2.8	12	100	0	66	24	24	27	24	2.00
84065644--84065712	36	1.9	36	90	0	111	26	26	21	26	2.00
84065595--84065761	85	2.0	85	95	0	298	28	26	19	25	1.99
84074192--84074318	49	2.6	47	82	6	148	25	27	18	27	1.98
84076445--84076619	40	4.3	40	87	7	246	26	28	22	22	1.99
84076461--84076615	83	1.9	83	94	0	274	25	29	23	21	1.99
84084206--84084367	40	4.0	40	83	11	204	28	27	21	22	1.99
84085768--84085807	20	2.0	20	90	0	62	40	10	35	15	1.80
84088925--84088990	33	2.0	33	100	0	132	51	3	15	30	1.58
84088926--84088999	33	2.3	32	93	4	123	50	2	16	31	1.59
84098005--84098266	40	6.6	40	91	1	411	23	22	25	28	1.99
84102366--84102517	55	2.8	54	85	4	200	22	25	18	34	1.96
84102371--84102530	54	2.9	55	85	2	207	21	25	17	35	1.95
84102792--84102950	55	2.9	54	77	12	164	21	25	17	35	1.95
84102792--84102963	54	3.2	55	80	6	174	20	25	16	37	1.94
84102364--84103213	433	2.0	434	96	0	1585	23	23	16	35	1.95
84103140--84103223	44	1.9	44	85	4	116	25	21	11	41	1.87
84107726--84107877	40	3.7	40	87	4	216	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84112361--84112566	53	3.8	53	77	6	173	21	22	17	37	1.94
84112411--84112566	55	2.9	54	79	10	167	22	22	17	37	1.94
84112378--84112580	109	1.9	108	83	5	266	22	23	17	37	1.94
84112556--84112664	47	2.3	47	90	0	164	26	23	14	34	1.94
84112652--84112757	48	2.2	48	91	0	167	19	22	19	37	1.94
84112671--84112849	48	3.8	48	81	10	156	21	24	20	34	1.96
84112726--84112849	45	2.7	46	81	6	135	22	25	20	32	1.98
84113485--84113545	30	2.0	31	90	3	97	32	24	8	34	1.85
84115959--84116008	21	2.4	21	89	0	82	30	18	30	22	1.97
84120200--84120266	28	2.4	28	89	0	98	35	34	10	19	1.86
84120273--84120349	40	1.9	40	89	5	120	35	24	18	22	1.96
84120851--84120889	21	1.9	20	84	5	51	41	28	2	28	1.69
84122282--84122459	40	4.4	40	80	6	200	27	27	21	23	1.99
84122282--84122447	81	2.1	79	87	4	235	28	27	21	22	1.99
84130972--84131076	40	2.6	40	84	0	120	36	25	17	20	1.94
84133611--84133734	27	4.6	27	89	3	187	41	22	8	28	1.82
84133578--84133733	54	2.9	54	84	3	181	39	20	10	28	1.86
84133611--84133847	27	8.7	27	79	6	158	40	18	8	31	1.82
84133611--84133761	81	1.9	81	83	5	198	43	20	7	29	1.79
84134750--84134803	25	2.1	26	96	3	101	29	25	22	22	1.99
84134750--84134819	25	2.8	25	89	4	88	25	25	22	25	2.00
84135039--84135121	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84135149--84135220	33	2.2	33	82	2	81	23	20	25	30	1.99
84152055--84152139	43	2.0	43	95	0	152	27	21	21	30	1.98
84158559--84158618	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
84159107--84159195	43	2.1	43	93	0	151	23	22	22	31	1.98
84160514--84160550	10	3.5	11	85	10	51	72	0	2	24	0.97
84167805--84167980	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
84167802--84167973	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
84173342--84173768	40	10.7	40	95	0	764	22	27	20	30	1.98
84181995--84182861	40	21.7	40	99	0	1707	22	27	20	29	1.98
84185984--84186010	11	2.5	11	100	0	54	25	25	18	29	1.98
84188954--84188993	14	2.9	14	88	0	62	42	5	20	32	1.73
84190145--84190194	19	2.7	18	84	9	57	42	2	20	36	1.63
84190637--84190904	45	6.0	45	76	4	229	24	16	25	33	1.95
84190655--84190902	134	1.8	135	89	0	390	23	16	25	34	1.95
84197220--84197485	46	5.8	45	78	11	279	24	19	27	28	1.99
84197217--84197480	93	2.8	93	95	0	465	23	20	28	28	1.99
84200385--84200563	45	4.0	45	82	2	207	26	12	25	35	1.92
84203791--84203848	30	1.9	30	85	0	80	37	8	24	29	1.85
84208799--84208823	10	2.5	10	100	0	50	44	0	8	48	1.32
84209352--84209405	15	3.3	15	74	18	54	44	0	3	51	1.19
84209438--84209474	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
84209482--84209542	20	3.2	20	78	17	67	47	0	3	49	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84209520--84209554	16	2.2	16	89	0	52	40	2	2	54	1.30
84212823--84212934	48	2.4	47	90	1	170	41	15	16	26	1.87
84223979--84224029	20	2.4	21	83	6	68	62	9	0	27	1.26
84224076--84224213	19	7.7	19	72	19	118	60	3	1	34	1.23
84224080--84224213	10	14.0	9	77	14	126	60	2	1	35	1.21
84224082--84224214	29	4.6	30	74	21	79	61	3	1	33	1.20
84226755--84226795	19	2.1	20	86	4	57	56	0	0	43	0.99
84227778--84227848	33	2.2	33	84	0	88	28	12	5	53	1.61
84227793--84227865	30	2.3	31	84	13	96	32	12	6	47	1.67
84228229--84228254	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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