genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61284789--61284847	19	3.3	19	65	29	56	37	23	20	18	1.94
61284838--61285097	46	5.7	46	87	0	342	41	15	23	20	1.90
61285383--61285415	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
61288638--61288735	43	2.3	43	79	11	103	28	16	24	30	1.96
61295580--61295749	43	4.0	43	77	10	177	22	18	28	30	1.98
61297216--61297358	32	4.5	33	68	23	85	29	26	18	25	1.98
61297239--61297410	60	2.8	59	81	11	174	26	26	20	26	1.99
61297403--61297448	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
61297415--61297458	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
61298897--61298952	25	2.3	24	73	14	60	62	0	35	1	1.06
61306089--61306261	47	3.7	46	75	11	156	24	31	20	24	1.98
61306091--61306261	94	1.8	92	82	6	218	23	31	19	24	1.98
61307032--61307137	28	3.7	27	71	19	81	27	26	18	27	1.98
61307011--61307145	60	2.2	62	83	9	179	30	25	17	26	1.97
61307037--61307173	60	2.3	59	80	8	152	26	24	20	28	1.99
61311318--61311456	60	2.3	60	81	6	156	25	25	19	28	1.99
61318561--61318668	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
61335796--61335892	42	2.3	41	77	13	99	24	17	23	34	1.96
61336850--61337051	100	2.0	100	100	0	404	20	28	32	18	1.96
61338697--61338847	28	5.4	28	90	1	205	33	27	12	26	1.92
61343580--61343606	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
61344963--61345015	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61360127--61360153	13	2.1	13	100	0	54	55	0	14	29	1.40
61371528--61371567	19	2.1	19	100	0	80	32	20	15	32	1.93
61375839--61376223	40	9.6	40	94	1	646	27	20	28	23	1.99
61380797--61380856	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
61388267--61388408	67	2.1	67	84	5	176	31	21	28	18	1.97
61388338--61388389	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
61395853--61396026	45	3.8	46	79	13	223	29	28	20	21	1.98
61395861--61396030	93	1.8	92	96	1	313	29	28	20	21	1.98
61397268--61397329	30	2.1	29	81	3	70	33	20	4	40	1.74
61401035--61401156	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
61411498--61411692	20	9.8	20	88	0	273	11	21	28	38	1.89
61411695--61411776	26	3.2	26	85	0	110	20	21	23	34	1.97
61414254--61414301	24	2.0	24	95	0	87	43	12	10	33	1.77
61417138--61417283	43	3.4	43	79	6	136	31	27	17	23	1.97
61421427--61421580	40	3.9	40	90	0	247	27	23	27	22	1.99
61426997--61427242	49	5.0	49	82	3	312	29	27	18	25	1.98
61427890--61427949	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
61435600--61435672	34	2.1	34	87	5	103	24	21	24	28	1.99
61437629--61437734	27	3.9	27	86	0	104	33	22	9	33	1.86
61437632--61437761	54	2.4	54	87	5	165	31	22	9	36	1.86
61437659--61437789	27	4.9	27	90	0	190	27	22	9	40	1.84
61437767--61438013	27	9.2	27	80	6	241	40	22	8	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61437686--61437817	54	2.4	54	79	0	147	31	24	8	36	1.85
61437646--61437830	81	2.3	81	76	0	199	32	23	8	35	1.85
61437781--61438015	81	2.9	81	87	1	294	41	21	8	28	1.81
61437808--61438054	27	9.1	27	78	12	206	42	20	8	29	1.81
61437833--61438039	81	2.6	81	87	6	271	42	19	9	28	1.82
61438052--61438103	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
61438155--61438248	27	3.5	26	81	12	102	36	20	24	19	1.95
61439049--61439898	51	16.7	51	98	1	1627	25	21	23	29	1.99
61440031--61440122	42	2.2	42	94	0	157	28	14	22	34	1.93
61440146--61440217	31	2.3	31	95	4	128	29	18	25	27	1.98
61446104--61446128	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
61448628--61448659	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
61450476--61450518	20	2.2	20	86	0	59	27	41	18	11	1.85
61452671--61452868	108	1.8	110	87	4	303	22	25	18	33	1.97
61452624--61452878	55	4.8	54	79	9	260	21	25	18	34	1.96
61458626--61458657	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
61460263--61460307	20	2.2	20	92	0	72	22	31	28	17	1.97
61462621--61462840	45	5.0	45	87	2	286	21	19	30	27	1.98
61466047--61466197	27	5.6	27	78	4	151	27	16	28	27	1.97
61466047--61466197	82	1.9	81	85	4	214	27	16	28	27	1.97
61466046--61466223	27	6.6	27	75	10	121	28	15	28	27	1.96
61474105--61474281	27	6.5	27	83	3	194	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61474106--61474256	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
61475247--61476032	399	2.0	398	87	4	1156	31	17	22	28	1.97
61476474--61476578	44	2.3	44	84	9	124	25	20	29	24	1.99
61479758--61479935	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61479779--61479934	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61487446--61487623	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61487467--61487622	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61492279--61492336	30	1.9	31	85	3	82	39	10	22	27	1.86
61495005--61495062	15	3.9	15	86	0	80	10	10	17	62	1.54
61495005--61495062	30	1.9	30	92	0	98	10	10	17	62	1.54
61501829--61501997	40	4.3	40	91	3	245	28	26	20	23	1.99
61502846--61503109	131	2.0	131	98	0	510	35	26	5	32	1.79
61507327--61507589	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
61507327--61507589	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
61507521--61507598	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
61515278--61515580	40	7.6	40	87	4	344	26	27	21	25	1.99
61515512--61515589	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
61517591--61518157	54	10.5	54	89	0	776	38	19	16	24	1.92
61517573--61518157	27	21.6	27	83	1	670	38	19	17	25	1.93
61518491--61518541	22	2.3	22	96	0	93	27	23	17	31	1.97
61518726--61518829	27	3.9	26	86	6	127	19	22	19	39	1.93
61518947--61519088	6	23.0	6	68	18	78	18	18	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61518947--61519011	25	2.6	25	80	9	87	18	18	15	47	1.82
61518975--61519051	37	2.1	37	87	0	109	16	16	15	50	1.78
61519013--61519076	25	2.6	25	82	0	83	18	18	14	48	1.81
61518947--61519112	62	2.7	62	83	0	215	18	18	13	49	1.80
61519037--61519124	37	2.4	37	88	0	122	18	18	11	52	1.74
61530357--61530609	47	5.3	47	76	13	182	27	19	29	23	1.98
61530489--61530614	49	2.6	49	86	6	159	27	19	30	22	1.98
61551237--61551349	43	2.7	41	77	9	111	24	20	25	29	1.99
61552176--61552214	20	1.9	21	89	5	62	35	0	25	38	1.56
61572725--61572768	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
61572761--61572798	20	1.9	20	84	10	51	52	0	7	39	1.31
61572904--61572958	15	3.7	15	75	20	53	60	1	5	32	1.30
61573016--61573355	77	4.4	77	98	1	655	57	1	7	33	1.34
61573323--61573394	5	14.4	5	72	16	60	62	1	1	34	1.13
61573016--61573344	53	6.4	51	69	23	187	57	1	7	33	1.34
61573323--61573390	23	3.1	21	73	21	59	63	1	1	33	1.13
61573206--61573394	25	7.4	25	67	25	85	59	1	5	33	1.28
61575011--61575772	206	3.7	206	90	0	1123	29	21	17	31	1.96
61576661--61576726	1	66.0	1	75	0	60	1	3	7	87	0.69
61576667--61576726	22	2.7	22	85	10	86	0	3	8	88	0.62
61576667--61576725	26	2.3	25	82	8	73	0	3	8	88	0.63
61585393--61585608	79	2.7	80	82	5	260	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61585407--61585610	40	5.1	40	82	4	243	26	28	21	23	1.99
61592828--61592991	40	4.1	40	82	5	109	25	28	23	23	2.00
61592851--61592991	40	3.5	40	85	5	196	23	26	24	24	2.00
61600530--61600573	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
61600708--61600762	15	3.7	15	75	20	53	60	1	5	32	1.30
61600891--61600962	5	14.4	5	72	16	51	62	2	1	33	1.18
61600892--61600953	23	2.9	21	73	19	56	64	3	1	30	1.19
61600853--61600935	26	3.4	24	77	14	80	60	0	6	33	1.21
61600949--61600999	25	2.0	26	81	11	61	58	1	1	37	1.20
61608482--61608727	40	6.2	40	93	0	395	26	27	22	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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