genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84228304--84228407	41	2.5	41	90	0	163	32	21	22	24	1.98
84229021--84229069	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
84229570--84229597	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
84229680--84229719	10	4.0	10	84	12	55	80	0	7	12	0.91
84229682--84229718	11	3.5	11	85	10	51	83	0	5	10	0.79
84231667--84231694	9	3.1	9	100	0	56	21	10	32	35	1.88
84233530--84233683	76	2.0	76	98	0	299	28	5	9	56	1.53
84233548--84233669	38	3.2	38	63	17	99	30	5	10	53	1.59
84233550--84233706	76	2.1	76	89	2	235	31	5	9	54	1.55
84233884--84234042	43	3.7	43	89	3	234	28	17	25	28	1.98
84240466--84241447	487	2.0	486	94	0	1739	41	13	12	32	1.82
84248596--84248673	39	2.0	38	80	9	86	32	5	20	42	1.74
84251516--84251779	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
84251516--84251812	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
84259599--84259860	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
84260289--84260668	191	2.0	189	97	1	724	23	15	24	36	1.93
84262274--84262371	34	2.9	34	79	11	96	24	24	22	28	1.99
84268994--84269021	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
84270166--84270349	40	4.6	40	89	3	255	21	23	28	26	1.99
84273554--84273604	24	2.1	24	100	0	102	41	5	19	33	1.76
84273561--84273613	24	2.2	24	89	0	79	45	7	18	28	1.77
84275109--84275259	81	1.8	81	84	5	205	30	25	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84284514--84284758	48	5.1	48	76	5	235	27	18	26	26	1.98
84284526--84284758	96	2.4	98	84	4	303	27	17	27	27	1.97
84289850--84290031	79	2.3	81	83	7	230	24	21	28	25	1.99
84289850--84290031	40	4.6	40	83	9	212	24	21	28	25	1.99
84289900--84290064	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
84290107--84290400	149	2.0	149	100	0	588	27	15	21	34	1.94
84290399--84290521	47	2.6	47	84	0	147	31	8	32	26	1.87
84291933--84292096	71	2.3	71	83	4	188	28	14	25	31	1.95
84297083--84297161	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
84297280--84297700	47	8.9	47	94	1	698	28	30	8	33	1.87
84306245--84306367	42	2.9	43	82	7	121	27	21	17	32	1.96
84321944--84322022	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
84322140--84322360	47	4.7	47	97	0	415	30	29	8	31	1.87
84322795--84322941	74	2.0	74	90	2	233	33	12	11	42	1.78
84325453--84325793	40	8.5	40	83	3	375	25	27	22	24	2.00
84326099--84326177	29	2.7	29	84	5	97	27	31	15	25	1.95
84328646--84328907	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
84336636--84336713	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
84336666--84336993	174	1.9	174	97	0	620	30	14	24	30	1.95
84340963--84341022	30	2.0	30	100	0	120	33	23	13	30	1.93
84341110--84341438	163	2.0	163	100	0	658	41	20	10	27	1.84
84341409--84341482	37	2.0	37	100	0	148	48	21	2	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84347844--84347998	43	3.6	43	75	7	154	25	20	23	30	1.98
84350098--84350133	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
84350085--84350125	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
84350362--84350419	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
84350365--84350423	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
84369160--84369185	9	2.9	9	100	0	52	11	19	23	46	1.82
84373743--84373802	21	3.0	21	68	26	58	36	13	13	36	1.84
84376177--84376228	21	2.5	21	80	0	59	42	3	34	19	1.69
84378097--84378241	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
84379869--84379961	28	3.3	28	95	3	161	34	27	7	30	1.85
84380077--84380156	27	2.9	27	87	9	108	21	23	21	33	1.97
84380077--84380181	55	1.9	56	82	9	135	20	23	20	36	1.95
84380610--84380650	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
84387273--84387375	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
84391468--84391498	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
84392609--84392661	16	3.3	16	76	10	54	62	0	15	22	1.32
84394081--84394188	51	2.1	51	91	1	171	49	19	4	26	1.68
84402544--84402577	16	2.1	16	100	0	68	11	14	29	44	1.81
84412321--84412372	21	2.5	21	96	3	97	44	19	0	36	1.51
84422605--84422640	18	1.9	19	88	5	56	36	16	0	47	1.47
84422871--84423118	56	4.4	56	93	1	399	34	24	13	27	1.93
84424013--84424046	18	1.9	17	88	5	50	50	5	0	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84425968--84426185	40	5.5	40	87	2	280	25	27	22	23	2.00
84427437--84427477	5	7.8	5	84	10	55	0	19	0	80	0.71
84427437--84427477	11	3.9	10	84	12	55	0	19	0	80	0.71
84435284--84435324	10	4.0	10	87	6	55	0	17	0	82	0.66
84435824--84435997	45	3.9	45	84	3	194	22	20	29	27	1.99
84443542--84443666	45	2.8	45	91	0	187	22	22	26	28	1.99
84459705--84459750	22	2.1	22	91	0	74	32	13	23	30	1.93
84460312--84460437	35	3.6	36	79	6	118	40	29	11	19	1.86
84461169--84461199	15	2.1	15	100	0	62	48	0	6	45	1.28
84461218--84461500	147	1.9	147	80	6	322	45	5	9	39	1.59
84474300--84474330	16	1.9	16	93	0	53	19	22	6	51	1.69
84474298--84474344	24	2.0	24	91	0	76	19	21	6	53	1.67
84476553--84476616	32	2.0	32	96	0	119	39	25	17	18	1.92
84478282--84478386	50	2.1	50	96	1	194	40	20	7	31	1.81
84486378--84486460	39	2.3	39	79	10	95	68	3	22	4	1.24
84487416--84487667	42	6.0	42	89	0	369	20	18	24	36	1.94
84495561--84495757	56	3.7	55	76	16	220	30	22	17	28	1.97
84495561--84495754	101	1.9	101	90	2	309	30	21	18	29	1.97
84497696--84497742	23	2.0	23	91	0	76	38	25	4	31	1.75
84498983--84499132	28	5.3	29	76	10	118	27	31	13	28	1.94
84503113--84503258	27	5.4	27	85	2	168	36	19	19	23	1.94
84503910--84503960	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84504000--84504059	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
84507098--84507219	35	3.5	35	90	1	183	40	33	9	16	1.80
84507098--84507206	35	3.1	35	93	1	184	38	33	10	18	1.84
84507073--84507219	35	4.2	35	87	2	179	40	34	8	16	1.79
84509038--84509115	25	3.2	24	82	7	86	26	20	21	30	1.98
84509162--84509200	10	3.8	10	86	6	60	30	20	17	30	1.96
84509241--84509292	26	2.0	26	85	3	70	28	19	21	30	1.97
84522388--84522526	40	3.4	39	83	4	134	22	28	23	25	1.99
84525437--84525599	85	1.9	85	81	5	195	28	26	19	25	1.98
84527638--84527738	29	3.4	29	82	4	114	42	18	13	24	1.87
84539789--84540108	160	2.0	160	97	0	604	26	15	27	29	1.96
84540026--84540190	82	2.0	82	97	0	312	28	18	29	24	1.98
84544944--84545122	27	6.6	27	79	7	166	26	14	29	29	1.95
84544946--84545101	82	1.9	81	85	3	215	26	14	29	28	1.95
84544942--84545122	82	2.2	81	80	2	211	27	14	28	29	1.95
84549186--84549231	21	2.2	21	96	0	83	50	8	4	36	1.53
84552392--84552482	31	3.0	31	79	7	105	10	35	32	20	1.88
84552395--84552497	30	3.4	30	82	1	116	12	39	30	17	1.87
84558492--84558596	27	3.9	27	70	9	88	33	21	15	29	1.94
84562169--84562328	41	3.9	41	95	0	293	26	14	25	33	1.94
84563380--84563409	12	2.5	12	94	0	51	13	26	36	23	1.92
84564269--84564333	27	2.4	27	84	0	85	27	24	10	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84564432--84564542	27	4.1	27	80	0	132	33	22	10	33	1.89
84566733--84566911	66	2.7	65	78	3	187	31	15	23	29	1.95
84582526--84582644	57	2.1	56	89	7	179	49	6	15	28	1.69
84582616--84582645	7	4.4	7	91	8	53	73	0	13	13	1.10
84582616--84582645	13	2.2	14	94	5	53	73	0	13	13	1.10
84583580--84583610	16	1.9	16	93	0	53	58	3	19	19	1.53
84584183--84584394	90	2.4	89	81	3	237	25	21	26	26	1.99
84584229--84584385	42	3.6	42	72	16	138	27	21	26	24	1.99
84591290--84591392	51	2.0	51	96	0	188	28	21	12	37	1.90
84591494--84591528	18	1.9	18	94	0	61	65	2	14	17	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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