genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87130743--87130898	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87131380--87131406	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
87143199--87143288	45	2.0	45	95	0	162	37	17	13	31	1.89
87146092--87146201	43	2.6	43	82	0	139	28	16	22	32	1.96
87152928--87153074	43	3.4	43	81	1	161	28	14	23	32	1.95
87158504--87158574	34	2.1	33	82	7	81	30	22	15	30	1.95
87160914--87161069	78	2.0	78	94	0	276	43	11	12	32	1.79
87161473--87161537	32	2.0	33	85	5	89	40	27	18	13	1.89
87161740--87161822	32	2.6	32	80	0	103	33	18	19	28	1.95
87162294--87162408	27	4.3	27	80	12	112	31	12	14	41	1.83
87162294--87162409	54	2.1	54	84	3	153	31	12	14	41	1.83
87162310--87162410	27	3.7	27	80	5	114	32	10	14	41	1.81
87182645--87182677	13	2.5	13	90	0	57	30	30	30	9	1.88
87191363--87191519	54	2.9	54	75	1	154	23	28	14	33	1.93
87197761--87197871	58	1.9	58	83	1	143	27	30	15	27	1.96
87197795--87197871	29	2.7	29	85	0	100	27	27	18	27	1.98
87197943--87197976	17	1.9	18	88	5	52	20	44	23	11	1.84
87198095--87198140	8	5.8	8	86	0	56	19	21	17	41	1.90
87202326--87202433	29	3.8	29	80	1	110	25	28	17	27	1.98
87202636--87203410	412	1.9	412	98	0	1496	31	25	12	30	1.93
87204471--87204541	29	2.4	29	80	0	88	33	28	12	25	1.92
87204517--87204577	29	2.1	28	88	8	88	27	26	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87204789--87204823	16	2.2	16	89	0	52	8	22	20	48	1.76
87209874--87210040	42	4.0	42	83	3	201	24	17	25	32	1.97
87210111--87210174	32	2.0	32	93	0	110	39	12	21	26	1.89
87211703--87211800	24	4.0	24	83	1	115	37	5	34	22	1.76
87219641--87219738	24	4.0	24	87	1	133	36	4	37	21	1.73
87227912--87228834	47	19.7	47	96	2	1648	27	29	19	23	1.98
87229274--87229366	47	2.0	47	97	0	177	27	31	8	32	1.87
87233070--87233131	26	2.4	26	91	0	97	22	19	22	35	1.96
87233081--87233152	26	2.7	26	85	6	83	27	20	15	36	1.93
87236469--87236593	28	4.6	27	93	2	187	31	28	13	26	1.94
87236469--87236593	55	2.3	56	90	2	173	31	28	13	26	1.94
87240006--87240178	93	1.9	93	90	0	274	29	30	20	19	1.97
87240001--87240174	46	3.8	46	77	10	174	31	29	20	19	1.97
87240050--87240193	46	3.1	45	72	11	121	31	29	18	20	1.96
87240646--87240793	74	2.0	74	97	0	278	25	23	10	41	1.85
87240760--87240912	76	2.0	76	100	0	306	27	20	10	41	1.85
87242927--87243140	46	4.6	47	77	12	187	26	17	30	25	1.97
87242928--87243144	47	4.6	48	75	15	165	26	17	30	25	1.97
87249177--87249335	43	3.7	42	80	11	180	24	20	25	30	1.99
87249178--87249335	42	3.7	43	79	12	182	24	20	25	29	1.99
87254762--87254823	25	2.5	25	78	0	70	51	16	16	16	1.77
87254950--87255010	27	2.2	28	85	5	81	39	18	21	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87254969--87255024	27	2.1	27	83	6	69	41	23	19	16	1.90
87255075--87255129	20	2.8	20	94	0	92	43	32	12	10	1.78
87255714--87255880	81	2.1	80	87	3	244	24	20	17	37	1.94
87255710--87255871	27	6.0	27	88	0	216	23	21	19	35	1.96
87255910--87256149	27	8.9	26	82	7	241	28	6	23	41	1.79
87255916--87256158	54	4.5	54	85	4	269	28	6	23	41	1.79
87255916--87256149	81	2.9	80	85	5	274	27	6	23	41	1.79
87261246--87261453	67	3.2	64	78	10	206	31	17	28	22	1.96
87267077--87267243	43	3.9	43	76	10	164	31	26	16	26	1.96
87269266--87269316	20	2.7	19	82	14	54	43	0	19	37	1.51
87271289--87271319	15	2.1	15	100	0	62	19	19	12	48	1.81
87275622--87275672	20	2.7	18	80	14	59	45	0	17	37	1.49
87278215--87278347	45	3.0	45	86	0	185	27	25	21	24	1.99
87285282--87285452	93	1.8	93	93	0	297	29	29	19	21	1.98
87285273--87285448	46	3.8	46	78	15	200	30	28	19	21	1.97
87316542--87316660	57	2.1	57	80	3	132	41	11	13	32	1.81
87330575--87330649	29	2.6	29	91	4	116	28	16	30	25	1.96
87331528--87331570	18	2.4	18	100	0	86	46	4	18	30	1.69
87345326--87345364	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
87345416--87345533	23	5.1	23	86	4	166	28	19	19	32	1.96
87345414--87345535	45	2.6	47	85	5	176	29	18	19	31	1.96
87345414--87345554	23	6.0	24	82	9	141	28	19	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87351734--87352212	40	12.0	40	96	0	737	29	18	26	26	1.98
87358203--87358297	40	2.4	40	92	0	154	26	23	29	21	1.99
87360996--87361040	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
87363690--87363761	25	3.0	24	78	13	67	26	22	22	29	1.99
87363985--87364269	27	10.6	27	86	0	374	23	19	20	36	1.95
87363994--87364269	54	5.1	54	94	1	457	23	19	20	36	1.95
87364007--87364432	81	5.3	79	77	9	292	25	14	22	38	1.92
87364224--87364433	27	7.8	27	84	2	269	28	7	23	40	1.82
87364223--87364486	81	3.3	80	77	5	280	29	8	23	38	1.84
87364225--87364486	27	9.7	27	79	4	237	29	8	24	38	1.84
87366926--87366963	19	2.0	19	94	0	67	34	26	28	10	1.90
87371600--87371653	27	2.0	27	88	0	81	42	7	11	38	1.68
87371882--87372025	51	2.9	51	81	2	157	26	18	24	30	1.98
87380887--87381064	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
87380908--87381063	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
87382847--87382946	50	2.0	50	100	0	200	16	34	18	32	1.92
87387307--87387334	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
87389646--87389731	43	2.0	43	97	0	163	27	10	27	33	1.90
87390806--87390972	38	4.3	39	86	3	203	22	23	25	28	1.99
87390806--87390958	78	2.0	78	84	5	202	23	24	26	26	2.00
87390962--87391288	43	7.6	43	92	0	528	10	25	32	31	1.90
87401068--87401126	29	2.1	28	87	9	84	30	25	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87406278--87406500	47	4.7	47	73	10	165	28	18	29	24	1.98
87417689--87417767	40	2.0	40	97	0	149	25	6	20	48	1.73
87436101--87436159	26	2.3	26	97	2	111	16	23	10	49	1.77
87441083--87441128	24	1.9	24	82	8	58	8	21	2	67	1.29
87450996--87451268	46	5.8	48	81	10	296	24	31	17	26	1.97
87450996--87451268	93	2.9	95	80	10	308	24	31	17	26	1.97
87455600--87455645	22	2.0	22	83	8	56	28	21	32	17	1.96
87457193--87457248	28	2.0	28	100	0	112	35	10	28	25	1.89
87458899--87459211	46	6.6	48	74	14	206	23	30	18	27	1.98
87472778--87472807	15	2.0	15	100	0	60	40	26	6	26	1.81
87472777--87472813	15	2.7	13	84	15	56	37	24	5	32	1.78
87485190--87485223	16	2.2	16	89	5	52	29	23	8	38	1.85
87489544--87489600	28	2.0	28	96	0	105	17	21	12	49	1.79
87493739--87493962	40	5.6	40	89	4	319	24	23	26	25	2.00
87502479--87502531	16	3.1	16	80	19	70	11	24	41	22	1.86
87502472--87502539	20	3.6	20	82	15	99	11	29	36	22	1.89
87504893--87505064	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
87504840--87505062	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
87504920--87505097	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
87507565--87508526	480	2.0	480	96	0	1789	24	21	25	27	1.99
87513231--87513493	40	6.6	40	88	3	316	24	20	28	26	1.99
87513270--87513528	80	3.3	80	84	3	247	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87516887--87516950	26	2.5	26	86	0	83	39	23	12	25	1.90
87516876--87516967	26	3.5	27	75	5	73	39	26	13	21	1.90
87525909--87525959	13	3.9	14	77	12	54	43	0	0	56	0.99
87525906--87525947	14	3.0	14	82	10	59	50	0	0	50	1.00
87526056--87526145	10	9.2	10	71	16	64	35	7	0	56	1.28
87526058--87526145	19	4.5	19	72	12	72	35	7	0	56	1.28
87526923--87526976	21	2.6	21	68	26	51	25	11	0	62	1.28
87529762--87529820	24	2.5	24	75	10	59	32	22	28	16	1.96
87529969--87530011	22	2.0	22	90	4	70	51	16	0	32	1.45
87535071--87535104	8	4.2	8	100	0	68	26	26	0	47	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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