genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68555813--68555930	27	4.4	27	87	0	164	37	7	23	31	1.83
68555398--68556096	271	2.6	267	80	7	684	33	9	21	36	1.85
68555941--68556090	27	5.5	28	75	15	120	32	8	19	40	1.80
68558280--68558349	29	2.4	29	73	9	70	22	22	2	51	1.61
68562724--68562976	47	5.4	47	90	0	371	33	9	30	27	1.88
68562735--68562854	22	5.2	22	64	25	68	30	10	31	26	1.90
68566837--68566940	47	2.2	47	96	0	190	35	9	27	26	1.88
68566837--68566980	47	3.1	47	85	4	166	33	10	29	26	1.90
68568522--68569562	40	26.0	40	95	0	1850	21	22	30	25	1.99
68571694--68572153	253	1.8	251	82	6	581	36	9	22	30	1.87
68572885--68573007	22	5.3	22	63	18	70	33	14	28	23	1.94
68572885--68573054	22	7.3	22	63	20	69	33	14	27	24	1.94
68573169--68573242	22	3.2	22	64	17	60	32	14	29	22	1.94
68573355--68573524	22	7.3	22	62	30	61	31	12	30	25	1.93
68572864--68573903	47	22.1	47	93	1	1699	34	13	27	25	1.93
68573927--68574053	46	2.8	46	88	0	200	34	9	32	23	1.87
68576689--68576729	18	2.3	18	95	0	73	46	4	26	21	1.72
68591351--68591560	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
68591298--68591560	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	26	1.99
68591298--68591560	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	26	1.99
68591351--68591595	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
68594097--68594217	46	2.6	48	79	9	126	23	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68598492--68598601	27	4.0	26	82	9	121	20	23	20	35	1.96
68598492--68598601	55	2.0	54	84	5	141	20	23	20	35	1.96
68606320--68606408	27	3.2	27	79	3	97	19	24	22	33	1.97
68606320--68606432	27	4.2	26	77	13	93	18	23	21	36	1.95
68609129--68609229	44	2.3	44	93	1	168	28	12	7	50	1.69
68610263--68610310	17	3.0	17	74	20	50	39	0	22	37	1.55
68611962--68612001	19	2.1	19	90	0	62	40	12	12	35	1.81
68615674--68615912	49	4.8	49	81	3	289	30	26	17	26	1.97
68616166--68616219	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
68622015--68622068	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
68630016--68630067	20	2.6	20	84	0	68	15	30	30	23	1.95
68630202--68630235	13	2.6	13	100	0	68	17	50	20	11	1.77
68630943--68631122	46	3.9	46	88	0	252	20	22	13	43	1.87
68630943--68631167	92	2.4	92	82	2	283	20	22	12	44	1.86
68630958--68631160	46	4.4	45	83	4	219	20	21	12	45	1.84
68631142--68631257	45	2.6	45	88	0	178	21	20	16	41	1.90
68631136--68631274	45	3.1	44	81	8	149	23	18	18	39	1.92
68631284--68631422	33	4.2	33	74	10	104	21	26	20	30	1.98
68633193--68633264	30	2.4	29	81	4	81	26	19	5	48	1.70
68635143--68635320	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
68635164--68635319	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
68643207--68643384	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68643228--68643383	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
68646052--68646163	43	2.7	41	76	6	118	26	27	16	29	1.97
68648906--68649127	40	5.6	41	83	7	235	25	21	27	26	1.99
68648910--68649160	40	6.3	38	80	10	179	26	20	26	26	1.99
68648910--68649160	119	2.1	119	79	7	260	26	20	26	26	1.99
68650988--68651095	55	2.0	55	98	0	207	36	13	14	35	1.86
68667674--68667935	39	6.7	40	87	7	319	24	27	22	25	2.00
68675895--68676236	40	8.6	40	91	5	443	25	27	21	25	2.00
68677893--68678034	38	3.7	38	84	3	153	23	21	23	30	1.99
68690454--68690631	27	6.6	26	79	6	160	26	15	27	29	1.96
68690455--68690610	82	1.9	81	84	3	206	26	16	27	29	1.96
68690451--68690631	82	2.2	81	80	2	202	27	16	27	29	1.96
68690536--68690642	27	3.9	27	81	1	70	26	15	27	30	1.96
68691555--68692210	328	2.0	328	97	0	1231	35	18	20	26	1.95
68694679--68694704	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
68694729--68694895	41	4.1	41	81	7	151	41	19	19	19	1.91
68694754--68694855	42	2.5	43	84	6	122	44	18	18	18	1.88
68695053--68695097	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
68695938--68695979	15	2.9	15	89	3	59	57	0	7	35	1.26
68699286--68699325	21	2.0	20	85	5	53	7	7	17	67	1.38
68700857--68700890	10	3.4	10	100	0	68	50	0	20	29	1.49
68707109--68707156	21	2.3	21	85	0	60	25	18	56	0	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68707450--68707741	42	6.7	43	86	7	396	24	21	22	31	1.99
68707450--68707741	131	2.3	127	90	4	449	24	21	22	31	1.99
68708499--68708533	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
68723313--68723343	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68723310--68723349	20	2.0	20	85	0	53	40	20	0	40	1.52
68723534--68723788	55	4.8	54	79	7	220	20	26	17	35	1.95
68723573--68723725	53	2.8	53	85	4	200	21	25	18	34	1.96
68723582--68723778	108	1.8	110	85	4	283	22	25	16	35	1.95
68731686--68731769	31	2.7	31	96	1	152	26	26	17	29	1.98
68731793--68731884	42	2.2	42	88	0	130	35	20	14	29	1.92
68732017--68732152	26	5.3	26	88	3	190	26	22	22	28	1.99
68732017--68732152	52	2.7	51	93	5	224	26	22	22	28	1.99
68732202--68732288	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
68732995--68733059	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
68733203--68733354	27	5.6	27	87	3	200	26	8	23	41	1.83
68733347--68733555	81	2.6	81	83	5	255	38	9	23	28	1.85
68733357--68733555	27	7.4	27	81	4	213	38	9	24	28	1.85
68737596--68737631	17	2.1	17	100	0	72	36	16	11	36	1.84
68740877--68741023	41	3.6	39	81	11	170	35	15	28	20	1.93
68740859--68741016	82	2.0	80	86	7	221	35	16	28	19	1.94
68742349--68742451	46	2.2	48	82	3	120	26	23	14	35	1.93
68758177--68758296	46	2.6	47	86	5	154	23	30	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68759662--68759796	68	2.0	68	98	0	261	30	12	23	33	1.92
68761110--68761287	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68761111--68761266	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68761107--68761287	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68762112--68762247	67	2.0	67	97	0	254	37	11	27	24	1.89
68762397--68762540	72	2.0	72	97	0	270	32	18	25	22	1.97
68768399--68768576	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68768400--68768555	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68768396--68768576	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68772792--68772876	42	2.0	42	95	0	152	36	16	20	27	1.93
68776213--68776259	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
68776215--68776256	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
68776830--68776886	25	2.2	26	78	6	62	31	1	3	63	1.22
68794276--68794317	16	2.6	16	84	0	57	50	14	23	11	1.76
68794529--68794643	29	4.0	29	80	2	117	27	14	28	28	1.95
68795689--68795722	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
68798172--68798291	58	2.1	59	87	1	170	39	14	20	25	1.90
68804816--68804879	28	2.3	28	94	0	110	21	18	35	23	1.95
68806402--68806573	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
68806404--68806626	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
68806402--68806626	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
68806558--68806635	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68808351--68808430	27	3.0	27	88	0	115	40	17	16	26	1.90
68815783--68815919	68	2.0	68	97	0	256	52	5	22	19	1.65
68822374--68822435	30	2.1	30	96	0	115	27	16	20	35	1.94
68829527--68829588	30	2.1	30	90	0	97	27	16	20	35	1.94
68834009--68834192	40	4.6	40	83	8	214	25	26	22	25	2.00
68836474--68836660	39	4.7	40	79	9	213	25	27	21	25	1.99
68836474--68836660	79	2.4	78	84	5	243	25	27	21	25	1.99
68840280--68840449	43	4.0	43	70	7	123	28	16	22	32	1.95
68860493--68860588	23	4.1	23	94	1	165	31	20	19	28	1.97
68860637--68860683	20	2.3	20	85	0	76	31	23	12	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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