genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70919988--70920053	33	2.0	33	96	0	123	27	31	24	16	1.96
70923037--70923179	40	3.6	40	90	1	207	20	23	29	26	1.99
70923038--70923214	80	2.2	79	81	5	196	22	22	28	25	1.99
70926361--70926517	43	3.7	43	69	15	101	30	24	22	22	1.99
70933826--70933981	43	3.7	43	76	11	135	30	25	19	24	1.98
70935809--70935976	43	3.9	43	83	2	196	34	23	13	28	1.93
70944378--70944413	14	2.6	14	95	0	63	33	8	0	58	1.28
70947882--70947988	43	2.5	42	80	3	124	21	17	27	33	1.96
70963409--70963461	13	4.1	13	90	0	88	26	30	33	9	1.88
70963401--70963457	26	2.2	25	87	6	87	28	33	31	7	1.84
70966445--70966487	15	3.0	15	83	6	54	48	37	0	13	1.43
70974749--70974787	19	2.1	19	100	0	78	69	10	0	20	1.17
70981969--70982072	33	3.3	34	71	23	100	26	23	24	25	2.00
70981979--70982072	28	3.2	28	71	19	82	25	23	25	25	2.00
70983811--70983995	39	4.7	39	91	2	291	29	26	22	21	1.99
70984968--70985000	16	2.1	16	100	0	66	24	30	18	27	1.98
70991886--70992060	39	4.5	39	88	0	269	30	26	20	22	1.98
71005428--71005583	43	3.7	43	76	11	153	24	15	28	32	1.95
71005426--71005556	44	3.0	43	76	10	115	24	14	26	34	1.94
71016386--71016557	40	4.3	40	83	5	224	24	22	26	26	2.00
71016386--71016557	80	2.2	79	88	5	249	24	22	26	26	2.00
71016785--71016826	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71028144--71028241	27	3.5	28	90	2	135	26	14	28	30	1.95
71028172--71028254	27	3.0	27	85	5	87	30	13	25	31	1.93
71028144--71028255	28	4.0	27	83	6	89	28	13	25	32	1.94
71030032--71030150	44	2.7	45	82	3	152	23	16	29	30	1.96
71034529--71034703	46	3.8	46	77	10	203	29	26	21	22	1.99
71034534--71034704	93	1.8	93	92	0	288	29	28	21	21	1.98
71035121--71035180	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
71039898--71040122	40	5.7	40	80	7	199	24	20	27	28	1.99
71039973--71040155	79	2.3	80	80	1	208	25	20	27	26	1.99
71043239--71043296	25	2.3	23	75	16	62	13	6	6	72	1.26
71053184--71053242	26	2.3	26	79	5	66	23	10	15	50	1.74
71061822--71061888	21	3.2	21	65	0	53	26	23	31	17	1.97
71061823--71061902	42	1.9	42	86	0	115	28	23	30	17	1.97
71061823--71061912	42	2.1	42	83	4	110	26	23	31	18	1.98
71064700--71064767	33	2.1	33	94	0	118	38	5	22	33	1.78
71065126--71065180	21	2.7	21	82	2	58	27	30	29	12	1.93
71069727--71069756	4	7.5	4	100	0	60	53	0	0	46	1.00
71072010--71072062	24	2.3	23	80	9	54	30	22	13	33	1.92
71076617--71076699	35	2.4	35	83	0	103	44	18	8	28	1.78
71084203--71084382	70	2.6	70	76	0	171	40	18	10	31	1.84
71084245--71084368	35	3.6	34	74	11	90	42	16	9	31	1.80
71084282--71084379	35	2.8	35	79	0	106	43	18	7	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71088672--71088753	43	1.9	43	85	5	112	30	28	18	23	1.97
71097034--71097091	30	1.9	30	100	0	116	43	17	10	29	1.82
71100397--71100715	49	6.6	48	75	12	230	23	29	18	28	1.98
71100397--71100715	93	3.3	95	81	9	337	23	29	18	28	1.98
71100397--71100718	98	3.4	97	81	8	313	23	29	18	27	1.98
71100397--71100723	142	2.3	143	82	6	401	24	29	18	27	1.98
71102454--71102510	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
71102562--71102668	26	4.3	26	88	7	143	27	18	23	30	1.98
71114492--71114586	40	2.4	40	94	0	163	29	28	20	22	1.98
71125513--71125722	48	4.4	47	73	7	156	30	19	24	25	1.98
71125513--71125743	96	2.4	96	79	5	243	29	19	24	25	1.99
71147506--71147537	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
71155381--71155527	71	2.1	71	85	2	197	40	10	21	27	1.86
71178425--71178841	48	8.7	48	80	0	456	24	27	19	28	1.98
71178425--71178838	96	4.3	96	95	0	702	24	27	19	28	1.98
71182085--71182342	51	5.2	49	76	10	183	32	18	20	28	1.96
71182210--71182344	51	2.6	51	89	0	198	36	17	19	26	1.94
71182116--71182292	95	1.9	94	82	8	225	32	17	22	27	1.96
71188291--71188510	41	5.4	41	80	1	237	31	24	17	27	1.97
71195773--71196002	82	2.8	81	83	5	284	32	25	14	27	1.95
71195773--71196002	41	5.7	41	82	4	234	32	25	14	27	1.95
71195773--71195993	122	1.8	122	82	3	284	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71197675--71197705	15	2.1	15	93	0	53	41	6	45	6	1.55
71202230--71202284	22	2.6	21	77	11	58	47	1	32	18	1.59
71207912--71207988	29	2.6	30	80	13	88	57	0	1	41	1.07
71207955--71207998	19	2.4	19	92	3	72	63	0	2	34	1.07
71207955--71208003	18	2.7	18	87	9	73	63	0	2	34	1.06
71211113--71211214	45	2.2	47	79	8	111	27	21	16	34	1.95
71211747--71211803	23	2.5	23	97	0	105	40	5	14	40	1.68
71223809--71223986	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71223810--71223965	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71223806--71223986	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71228594--71228771	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71228595--71228750	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71228591--71228771	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71240719--71240774	25	2.2	25	81	12	62	30	16	19	33	1.94
71240732--71240791	25	2.4	25	86	10	79	25	18	20	36	1.94
71247633--71247683	22	2.4	21	86	3	66	31	5	0	62	1.19
71247666--71247704	18	2.3	17	91	8	62	30	2	0	66	1.05
71249190--71249231	21	2.0	21	85	0	57	28	19	26	26	1.98
71249272--71249296	12	2.1	12	100	0	50	36	40	0	24	1.55
71254676--71254827	35	4.2	37	76	12	136	39	15	20	24	1.91
71254700--71254922	35	6.3	35	71	13	154	39	13	20	26	1.89
71254667--71254898	35	6.4	37	72	13	126	39	14	20	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71254667--71254906	73	3.3	71	80	5	234	39	14	21	25	1.91
71255034--71255073	6	6.5	6	94	2	62	67	0	2	30	1.04
71259229--71259279	23	2.2	23	85	3	66	41	19	21	17	1.91
71263297--71264052	176	4.3	176	88	1	1034	28	24	16	30	1.97
71263294--71264229	351	2.7	350	84	4	1109	28	24	17	29	1.98
71263297--71264232	176	5.3	176	85	3	761	28	24	17	29	1.97
71264407--71264598	64	3.0	64	92	0	303	36	13	17	31	1.89
71265735--71265784	14	3.8	12	80	19	55	10	4	2	84	0.84
71265730--71265781	26	1.9	28	84	7	72	7	7	1	82	0.91
71265730--71265784	27	2.0	28	85	7	76	9	7	1	81	0.93
71267217--71267347	40	3.3	40	78	5	140	28	27	21	22	1.99
71276679--71276740	29	2.2	29	85	2	81	6	14	8	70	1.30
71281232--71281298	32	2.0	33	88	5	100	61	2	2	32	1.26
71283239--71283294	14	4.0	14	73	15	53	14	0	8	76	1.00
71283249--71283287	17	2.2	18	86	4	53	15	0	2	82	0.79
71283266--71283294	12	2.3	13	94	5	51	6	0	10	82	0.83
71284884--71284917	18	1.9	17	88	5	50	17	8	2	70	1.25
71314604--71314655	21	2.5	20	78	9	59	55	3	1	38	1.29
71314609--71314652	22	2.0	22	86	8	63	52	4	2	40	1.34
71315232--71315263	5	6.4	5	92	0	55	0	78	0	21	0.76
71316742--71316812	24	2.9	24	76	17	67	50	1	1	46	1.18
71330519--71330616	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71348011--71348075	28	2.3	28	84	12	80	60	6	29	4	1.41
71361157--71361235	29	2.7	30	86	2	115	34	5	15	45	1.68
71361513--71361575	18	3.5	18	73	0	63	31	4	17	46	1.69
71362206--71362271	17	3.9	17	85	0	87	34	4	13	46	1.64
71362204--71362288	34	2.5	33	80	12	91	34	4	14	47	1.65
71364966--71365037	34	2.1	34	85	10	94	37	1	6	54	1.36
71380273--71380315	21	2.1	20	86	4	59	46	25	2	25	1.65
71386643--71386708	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
71386660--71386721	19	3.2	19	95	4	106	35	17	9	37	1.83
71388255--71388289	17	2.1	17	88	0	52	22	5	11	60	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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