genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65398001--65398178	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65398022--65398177	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65399053--65399306	126	2.0	126	99	0	499	32	9	22	35	1.87
65401807--65401852	22	2.1	22	92	8	76	32	8	19	39	1.82
65404888--65404921	6	5.7	6	100	0	68	85	0	14	0	0.60
65410259--65410393	43	3.2	41	79	9	137	23	14	28	33	1.94
65410296--65410393	41	2.3	43	79	8	112	25	16	26	31	1.96
65411749--65413474	907	1.9	901	97	0	3245	29	24	15	31	1.96
65414038--65414300	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
65414038--65414300	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
65414232--65414309	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
65421984--65422366	40	9.6	40	92	2	565	27	27	20	24	1.99
65425736--65425770	17	2.0	18	88	5	54	14	22	42	20	1.88
65425958--65426020	28	2.3	27	83	8	74	42	14	12	30	1.82
65430370--65430430	28	2.2	27	85	2	77	39	19	16	24	1.92
65432034--65432154	46	2.6	48	84	5	140	29	15	26	28	1.96
65435612--65435823	46	4.5	46	79	11	175	28	19	29	23	1.98
65435606--65435827	93	2.4	94	79	9	231	27	19	29	23	1.98
65435606--65435827	47	4.7	46	74	11	175	27	19	29	23	1.98
65439135--65439163	9	3.2	9	100	0	58	44	0	34	20	1.52
65442614--65442690	27	2.8	28	78	6	75	27	18	35	19	1.95
65442949--65443288	27	12.7	27	80	3	330	39	20	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65442949--65443315	81	4.6	81	81	3	393	39	19	9	31	1.85
65443252--65443333	27	3.0	27	90	0	128	36	15	18	29	1.92
65446130--65446166	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
65447095--65447146	27	2.0	27	84	3	70	25	15	25	34	1.95
65447097--65447154	27	2.2	26	81	3	62	24	17	27	31	1.97
65449632--65450403	389	2.0	380	95	2	1382	29	16	24	29	1.96
65453714--65453771	30	1.9	30	89	0	89	34	10	20	34	1.87
65454106--65454318	46	4.6	45	77	9	153	30	19	28	22	1.98
65478001--65478207	53	3.8	54	78	4	220	36	17	24	21	1.94
65478827--65478927	27	3.8	26	87	6	139	35	20	24	18	1.95
65478827--65478937	54	2.1	53	89	1	168	35	21	25	18	1.95
65480371--65480447	24	3.2	24	90	0	118	20	41	3	33	1.71
65488043--65488077	16	2.2	16	94	0	61	40	0	22	37	1.55
65490043--65490118	36	2.1	36	85	4	100	17	15	28	38	1.90
65501652--65501830	27	6.6	27	84	3	207	30	27	15	26	1.96
65501673--65501828	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65513406--65513520	55	2.1	56	82	11	139	34	21	22	20	1.97
65513431--65513520	27	3.2	28	84	7	121	32	23	22	22	1.98
65513627--65513691	28	2.3	28	91	0	103	32	7	26	33	1.85
65521291--65521405	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
65521316--65521405	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
65521512--65521575	28	2.3	28	91	0	101	31	7	29	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65528452--65528511	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
65538118--65538142	12	2.1	12	100	0	50	8	16	44	32	1.76
65538298--65538332	6	5.8	6	96	0	61	82	0	2	14	0.77
65538297--65538339	18	2.3	19	80	4	61	76	0	11	11	1.02
65541259--65541295	19	1.9	19	100	0	74	27	13	27	32	1.94
65543594--65543667	37	2.0	37	100	0	148	27	18	16	37	1.92
65548621--65548650	10	3.0	10	100	0	60	30	0	10	60	1.30
65562241--65562360	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
65568960--65569097	39	3.5	39	84	3	143	23	25	23	26	2.00
65568994--65569114	40	3.0	40	87	4	174	26	24	22	26	2.00
65576382--65576668	145	2.0	145	99	0	565	31	10	16	42	1.81
65576747--65576901	42	3.7	41	82	3	184	29	16	24	29	1.96
65576746--65576901	85	1.8	84	86	4	224	29	16	24	30	1.96
65582792--65582845	24	2.2	24	90	0	81	44	12	29	12	1.80
65583217--65583598	191	2.0	191	98	0	737	45	13	25	16	1.84
65589832--65589913	41	2.0	41	95	0	146	31	36	10	20	1.88
65596108--65596160	26	2.0	26	100	0	106	47	15	3	33	1.63
65601750--65601787	20	1.9	20	94	0	67	26	7	5	60	1.46
65603261--65603298	19	2.0	19	94	0	67	47	18	0	34	1.49
65617869--65618046	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65617890--65618045	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65626375--65626546	67	2.7	64	74	7	168	28	16	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65634648--65634752	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
65634611--65634752	40	3.6	40	80	12	150	24	22	28	24	2.00
65634977--65635097	47	2.6	47	86	0	170	33	8	31	27	1.86
65644492--65644566	39	1.9	39	86	0	105	16	26	18	38	1.91
65658649--65658683	17	2.1	17	88	0	52	0	17	0	82	0.66
65658651--65658685	10	3.4	10	92	4	52	0	14	0	85	0.59
65669098--65669164	30	2.2	30	94	0	116	13	41	23	20	1.88
65670104--65670300	43	4.6	42	69	8	121	31	23	18	26	1.97
65670145--65670284	43	3.3	43	70	9	133	31	25	17	26	1.97
65670117--65670315	85	2.3	85	86	0	272	33	24	17	25	1.96
65682839--65682926	43	2.0	43	93	4	151	25	7	27	39	1.83
65696127--65696163	15	2.4	16	82	13	51	35	0	16	48	1.46
65697837--65697941	24	4.4	22	85	9	111	44	18	18	19	1.87
65697832--65697969	48	2.9	48	80	10	147	42	20	18	19	1.90
65699288--65699323	19	1.9	18	88	5	54	44	0	16	38	1.48
65699467--65699546	20	4.0	20	75	6	72	10	32	18	38	1.84
65703770--65703808	18	2.2	18	95	0	69	35	25	5	33	1.78
65704489--65704527	21	1.9	21	89	5	62	20	28	38	12	1.89
65705715--65705932	46	4.6	47	75	12	173	23	27	19	28	1.98
65708845--65708880	13	2.5	15	91	8	58	27	11	0	61	1.30
65708854--65708890	19	1.9	19	88	0	56	24	10	0	64	1.25
65708845--65708887	13	3.2	13	83	6	50	25	11	0	62	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65710093--65710119	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
65710094--65710155	14	4.4	14	79	2	61	67	1	3	27	1.15
65710109--65710172	29	2.2	28	83	8	76	67	3	3	26	1.21
65713636--65713667	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
65716185--65716238	8	7.0	8	95	4	94	25	0	0	74	0.83
65716185--65716263	8	9.5	8	85	10	70	30	0	1	68	0.98
65719164--65719387	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
65719168--65719387	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
65732621--65732728	41	2.7	40	88	4	153	28	25	16	28	1.97
65734395--65734452	20	3.0	19	82	7	64	60	0	1	37	1.07
65735813--65735842	11	2.6	12	94	5	53	6	10	3	80	1.01
65739862--65740010	43	3.5	43	76	13	146	25	19	25	29	1.98
65741462--65741491	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
65743411--65743524	43	2.7	43	87	0	165	26	19	28	25	1.98
65747151--65747224	37	2.0	37	97	0	139	8	20	27	44	1.79
65751321--65751447	43	3.0	43	77	10	143	25	14	25	35	1.93
65751321--65751427	42	2.5	44	82	11	141	27	15	23	33	1.95
65754060--65754138	28	2.8	28	94	0	140	35	11	24	29	1.90
65758431--65758678	27	9.3	27	85	3	259	41	20	13	24	1.88
65759875--65759899	13	1.9	13	100	0	50	72	8	16	4	1.24
65766060--65766512	47	10.5	45	77	14	376	30	13	24	32	1.93
65766151--65766510	38	8.7	38	79	13	281	30	12	24	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65766099--65766431	85	4.0	85	92	4	534	30	12	24	32	1.92
65766447--65766523	38	2.0	38	89	0	118	29	14	25	29	1.95
65767617--65767673	29	2.0	29	96	0	105	22	10	21	45	1.82
65771802--65771933	29	4.6	29	77	0	129	34	21	13	30	1.92
65774407--65774449	18	2.4	18	92	0	68	46	16	18	18	1.84
65774741--65774980	27	9.0	27	87	1	286	42	17	14	25	1.87
65777036--65777082	18	2.6	18	82	0	58	48	14	14	21	1.80
65777397--65777610	27	8.0	27	85	0	223	42	18	13	25	1.86
65790744--65790834	29	3.1	29	71	6	76	36	18	15	29	1.92
65790754--65790859	29	3.7	29	73	14	85	37	18	15	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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