genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9131431--9131608	83	2.2	80	87	4	250	24	23	27	25	2.00
9137326--9137352	10	2.7	10	100	0	54	40	22	18	18	1.91
9141674--9141916	40	6.1	40	94	2	384	25	29	23	22	1.99
9151929--9151969	19	2.2	19	100	0	82	31	36	4	26	1.78
9152513--9152617	41	2.6	41	83	8	126	39	26	16	18	1.91
9152590--9152633	16	2.8	16	85	0	61	34	29	20	15	1.94
9163539--9163599	31	1.9	32	86	3	88	21	24	16	37	1.93
9167930--9167958	15	2.0	15	93	6	51	20	13	0	65	1.26
9173890--9174052	40	4.0	40	82	10	202	29	14	25	31	1.94
9173890--9174052	85	2.0	82	85	6	220	29	14	25	31	1.94
9181924--9181948	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9182076--9182113	20	1.9	19	89	5	58	52	5	5	36	1.47
9184443--9184658	46	4.6	45	75	9	164	29	19	28	22	1.98
9184528--9184658	49	2.7	48	79	8	149	30	18	29	22	1.97
9184804--9184866	31	2.0	31	100	0	126	26	9	34	28	1.88
9186905--9187119	40	5.4	40	84	5	244	26	29	21	23	1.99
9195017--9195239	40	5.6	40	82	4	222	25	27	21	25	2.00
9208017--9208049	12	2.8	12	86	4	50	48	15	3	33	1.60
9208365--9208396	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
9209134--9209328	69	2.9	67	76	6	205	36	19	22	22	1.95
9213655--9213761	53	2.0	52	91	3	178	35	20	24	18	1.95
9220029--9220090	30	2.0	31	81	9	74	56	9	20	12	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9235426--9235592	43	3.9	43	94	0	289	8	22	34	33	1.86
9235761--9235857	29	3.4	27	73	7	77	22	20	26	29	1.99
9235758--9235868	57	1.9	58	88	1	170	23	19	28	27	1.98
9255639--9255823	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
9255620--9255823	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
9263580--9263711	40	3.3	39	85	6	176	28	28	20	23	1.99
9266719--9266763	23	2.0	23	100	0	90	44	4	4	46	1.43
9270337--9270370	17	1.9	17	88	5	50	64	5	0	29	1.17
9270336--9270378	18	2.4	18	76	7	52	62	4	0	32	1.15
9273932--9274192	47	5.6	47	92	1	407	29	29	8	32	1.87
9278828--9279035	43	4.9	43	83	5	235	34	26	13	25	1.94
9281799--9281923	43	3.0	42	81	6	153	28	24	15	32	1.95
9286215--9286294	6	12.8	6	75	17	74	50	13	18	17	1.79
9286215--9286294	31	2.5	31	91	2	124	50	13	18	17	1.79
9286702--9286790	27	3.3	27	80	4	108	23	21	20	34	1.96
9286773--9287031	27	9.9	27	71	11	128	29	7	22	40	1.81
9287197--9289368	567	3.8	567	97	0	4046	27	30	16	25	1.97
9290662--9290730	31	2.2	31	84	0	93	46	14	20	18	1.84
9291149--9291263	27	4.3	27	82	0	140	26	20	17	35	1.94
9291217--9291320	27	3.9	26	79	2	100	28	12	19	39	1.88
9291328--9291387	27	2.2	27	84	0	75	30	6	28	35	1.83
9291245--9291387	54	2.6	54	76	2	135	28	9	23	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9291405--9291499	27	3.5	27	80	5	102	30	8	20	41	1.81
9292849--9292882	17	2.1	16	88	5	50	35	2	23	38	1.70
9302907--9302961	18	3.1	18	89	0	83	16	21	18	43	1.88
9308075--9308157	31	2.7	31	88	3	125	28	24	15	31	1.96
9308377--9308446	25	2.8	25	91	4	106	25	22	24	27	2.00
9309256--9309319	27	2.4	27	81	2	76	21	25	18	34	1.96
9309240--9309321	26	3.2	25	75	13	69	24	24	18	32	1.97
9309370--9309506	56	2.5	54	81	5	159	32	9	17	40	1.82
9309370--9309601	27	8.6	27	72	8	132	31	11	18	38	1.86
9309350--9309559	110	1.9	108	79	5	235	31	10	18	39	1.84
9309579--9309666	27	3.3	26	81	7	88	39	11	20	28	1.87
9309591--9309678	27	3.3	27	86	0	122	40	10	21	27	1.85
9319429--9319484	18	3.1	18	89	0	85	23	37	23	16	1.93
9328983--9329025	18	2.4	17	82	17	52	72	0	4	23	1.04
9328983--9329025	17	2.5	17	85	14	54	72	0	4	23	1.04
9329101--9329126	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
9329310--9329345	3	11.7	3	94	5	63	63	0	0	36	0.94
9330580--9330699	64	1.9	64	94	0	213	30	25	19	25	1.98
9330634--9330954	77	4.2	77	90	1	468	35	21	16	26	1.94
9331208--9331241	13	2.6	13	85	0	50	0	11	0	88	0.52
9331207--9331248	22	1.9	22	85	0	57	0	14	2	83	0.75
9333172--9333347	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9333169--9333340	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
9346118--9346333	3	72.0	3	68	20	82	62	3	3	31	1.27
9345848--9346297	142	3.2	142	90	4	702	60	4	4	30	1.35
9347380--9347433	15	3.7	15	80	9	58	12	0	37	50	1.41
9347381--9347431	14	3.5	14	82	10	50	11	0	39	49	1.40
9356453--9356570	62	1.9	62	98	0	227	35	18	11	33	1.88
9358288--9358343	26	2.1	28	86	6	80	12	19	3	64	1.42
9361002--9361055	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
9361002--9361075	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
9361002--9361066	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
9363465--9363508	22	2.0	23	82	13	56	36	0	2	61	1.09
9367430--9367683	104	2.4	104	79	4	280	22	31	20	24	1.98
9369663--9369697	17	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
9373390--9373446	20	3.0	19	84	5	71	49	0	28	22	1.50
9373412--9373458	19	2.4	19	86	10	60	53	0	21	25	1.46
9379088--9379141	27	2.0	27	100	0	108	22	11	7	59	1.56
9388424--9388488	34	1.9	34	84	6	87	27	24	23	24	2.00
9388934--9388983	18	2.8	18	88	8	68	12	38	32	18	1.87
9395059--9395167	37	2.9	37	90	2	157	26	33	18	22	1.97
9395370--9395516	47	3.1	47	90	0	231	26	29	11	32	1.91
9398910--9398996	37	2.3	37	88	2	120	25	20	11	42	1.86
9400945--9401036	28	3.4	27	82	10	109	35	13	23	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9406860--9406950	28	3.4	28	82	11	120	36	13	24	26	1.92
9406974--9407172	51	3.9	51	92	1	319	31	13	25	29	1.94
9425492--9425553	21	3.0	21	90	2	90	19	32	35	12	1.90
9426865--9427082	94	2.3	94	100	0	436	25	29	16	27	1.97
9426819--9427082	46	5.7	45	79	12	250	25	29	16	28	1.97
9446162--9446217	26	2.2	26	96	0	103	51	8	14	25	1.70
9450939--9451116	40	4.5	40	91	3	263	23	23	28	25	1.99
9454737--9454778	21	2.0	21	81	9	50	33	23	4	38	1.76
9455670--9455826	43	3.7	43	79	3	163	32	24	16	26	1.96
9459762--9459848	43	2.0	43	90	0	138	35	25	13	25	1.93
9466679--9466856	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
9466680--9466835	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
9466676--9466856	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
9472296--9472356	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
9480361--9480664	49	6.3	49	93	2	508	28	29	8	32	1.87
9481335--9481446	58	1.9	58	96	0	206	30	20	10	38	1.87
9484183--9484301	40	3.0	40	80	4	141	25	26	23	25	2.00
9484195--9484306	40	2.8	40	83	0	152	24	25	23	26	2.00
9484378--9484452	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
9490891--9491002	56	2.0	56	98	0	215	38	8	24	28	1.85
9495530--9495625	48	2.0	48	95	0	174	27	18	20	33	1.96
9495945--9496079	40	3.4	39	73	7	130	31	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9496874--9496906	12	2.8	12	95	4	59	0	21	0	78	0.75
9496881--9496933	17	3.2	17	76	10	56	3	18	3	73	1.14
9496882--9496939	16	3.5	17	79	6	57	5	18	3	72	1.18
9496971--9497013	8	5.2	8	91	2	68	60	0	2	37	1.10
9496969--9497012	3	15.7	3	84	13	58	61	0	2	36	1.09
9507678--9507810	51	2.6	51	80	2	162	26	20	26	27	1.99
9511172--9511212	21	2.0	21	90	0	64	17	34	24	24	1.96
9513507--9514197	47	14.6	47	95	1	935	28	30	9	31	1.88
9537675--9537812	62	2.2	61	86	6	181	26	29	15	28	1.96
9540335--9540406	33	2.2	33	85	9	94	31	22	20	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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