genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77030703--77030791	24	3.7	24	86	7	110	24	31	15	28	1.96
77047713--77047942	45	5.1	45	86	4	295	25	28	22	23	1.99
77047713--77047942	91	2.6	90	86	4	304	25	28	22	23	1.99
77072203--77072252	21	2.5	20	84	12	59	12	40	30	18	1.86
77077971--77078004	17	1.9	17	88	5	50	20	44	26	8	1.81
77082502--77082679	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77082503--77082658	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77082499--77082679	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77090565--77090742	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77090566--77090721	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77090562--77090742	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77095188--77095351	42	3.9	42	79	6	179	29	24	14	31	1.95
77098035--77098443	48	8.7	46	74	11	216	27	18	29	24	1.98
77098038--77098204	46	3.6	45	75	10	151	29	19	27	23	1.98
77098273--77098398	49	2.5	50	84	3	166	25	18	30	25	1.98
77103015--77103061	16	2.9	16	75	12	51	44	19	25	10	1.82
77103272--77103381	29	3.9	28	83	7	123	29	11	27	31	1.92
77103569--77103697	65	2.0	65	95	0	231	23	27	17	31	1.97
77108459--77108559	38	2.6	38	84	3	112	25	23	24	25	2.00
77108569--77108743	43	4.1	42	85	4	233	13	21	31	33	1.92
77108569--77108731	86	1.9	86	93	0	281	12	22	31	33	1.92
77108851--77109007	29	5.4	29	67	11	115	23	19	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77108880--77109071	29	6.7	29	72	10	144	22	18	29	29	1.98
77108848--77109071	58	3.9	58	95	0	396	23	19	28	29	1.98
77114357--77114530	47	3.7	47	88	0	258	24	28	13	33	1.93
77114450--77114521	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
77118831--77118909	40	2.0	40	92	0	131	22	26	27	22	1.99
77120053--77120095	16	2.6	17	78	10	54	53	16	18	11	1.72
77120213--77120248	17	2.1	18	89	5	56	25	22	33	19	1.97
77120320--77120400	29	2.8	29	90	0	108	25	17	32	24	1.97
77127397--77127670	145	1.9	145	94	0	485	30	23	15	29	1.96
77127653--77127720	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
77127510--77127869	174	2.1	174	98	0	693	30	25	15	29	1.96
77127827--77127900	29	2.5	30	85	12	109	28	29	14	27	1.95
77137129--77137198	34	2.1	34	97	0	131	28	24	21	25	1.99
77138005--77138030	7	3.7	7	100	0	52	42	42	15	0	1.47
77140446--77140500	28	1.9	29	82	10	69	52	3	12	30	1.56
77144273--77144377	44	2.4	44	83	9	128	21	18	27	32	1.97
77144308--77144413	43	2.5	43	77	14	112	25	16	26	32	1.96
77151914--77152029	43	2.7	43	81	1	153	22	18	26	31	1.97
77153812--77153858	20	2.3	22	78	14	55	21	48	0	29	1.50
77155906--77155985	31	2.7	29	80	5	79	52	10	1	36	1.43
77158878--77159045	42	4.0	43	88	0	223	29	14	25	30	1.95
77158886--77159053	43	4.0	43	83	5	126	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77165713--77165857	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
77167539--77167581	21	2.0	21	82	8	52	30	27	27	13	1.95
77168944--77168998	16	3.3	16	68	26	51	43	20	5	30	1.74
77168936--77169005	34	2.1	34	91	5	115	42	18	7	31	1.77
77169316--77169378	3	20.7	3	77	3	54	36	6	3	53	1.42
77169870--77169952	40	2.0	45	83	11	113	48	0	12	39	1.40
77170676--77170722	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
77179621--77179732	28	4.0	28	90	2	163	27	11	26	33	1.91
77189061--77189118	30	1.9	30	89	0	89	39	6	24	29	1.81
77210496--77210625	27	4.8	27	84	0	152	26	18	17	36	1.93
77210605--77210702	27	3.7	27	83	2	126	35	17	16	30	1.92
77210618--77210692	26	2.8	26	89	2	114	38	17	17	26	1.92
77214183--77214207	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
77226589--77226773	40	4.7	40	81	7	225	25	21	26	26	2.00
77226590--77226806	79	2.7	78	78	10	226	27	21	25	25	1.99
77228415--77228511	27	3.6	27	87	2	131	29	29	14	25	1.95
77247443--77247547	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
77247403--77247566	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
77247403--77247553	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
77250592--77250969	96	3.9	95	85	1	445	25	29	18	26	1.98
77250590--77250956	48	7.7	47	71	10	235	24	29	18	27	1.98
77258428--77259035	48	12.7	48	80	3	688	23	29	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77258428--77259048	96	6.5	96	95	0	1035	23	29	22	24	1.99
77259098--77259140	20	2.2	20	100	0	86	34	32	0	32	1.58
77261163--77261199	18	2.1	18	94	0	65	40	48	2	8	1.47
77261176--77261200	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
77261225--77261265	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
77261228--77261267	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
77261285--77261352	9	7.6	9	89	0	91	25	7	22	45	1.77
77262984--77263022	16	2.4	17	87	12	55	48	33	5	12	1.63
77264548--77264656	29	3.8	29	81	3	123	28	14	29	27	1.95
77268750--77268810	29	2.1	29	87	3	88	29	13	27	29	1.94
77268762--77268872	29	3.8	29	79	2	80	27	12	31	28	1.93
77268807--77268873	29	2.3	29	92	0	107	28	8	32	29	1.88
77275383--77275549	42	4.0	41	79	4	163	29	25	16	28	1.97
77275754--77276441	346	2.0	346	95	0	1225	31	20	10	37	1.87
77276443--77276513	36	2.0	35	91	2	115	40	22	4	32	1.73
77279102--77279274	46	3.7	46	75	7	170	30	25	19	24	1.98
77279117--77279323	93	2.2	93	89	0	315	30	26	18	24	1.98
77279156--77279330	47	3.7	47	71	15	155	32	26	17	24	1.97
77282062--77282124	15	4.4	14	72	20	58	57	15	14	12	1.66
77282067--77282124	30	1.9	30	86	6	82	56	13	15	13	1.67
77285155--77285329	47	3.7	47	81	10	216	32	28	17	22	1.97
77285155--77285329	93	1.9	91	87	10	255	32	28	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77287021--77287054	18	1.9	18	94	5	61	11	23	44	20	1.84
77287162--77287417	27	9.5	27	84	0	260	25	14	16	43	1.86
77287165--77287417	81	3.1	81	81	0	299	25	13	16	43	1.86
77287162--77287403	108	2.2	108	86	1	333	25	13	16	44	1.85
77287733--77287778	24	1.9	24	100	0	92	21	4	32	41	1.73
77294083--77294108	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
77294700--77294737	18	2.1	18	100	0	76	47	7	5	39	1.55
77294801--77294880	29	2.8	28	84	3	106	26	33	15	25	1.95
77297496--77297727	48	4.9	48	74	13	192	29	25	18	26	1.98
77297610--77297762	48	3.2	48	82	3	139	26	24	20	28	1.99
77302528--77302630	54	1.9	54	89	0	161	33	14	27	25	1.94
77302912--77303043	29	4.3	29	77	13	124	18	12	27	40	1.87
77302912--77303053	61	2.3	61	96	0	266	19	13	26	40	1.88
77302912--77303081	30	5.6	30	77	12	168	20	14	25	40	1.90
77302912--77303073	61	2.7	60	91	1	245	19	13	27	40	1.89
77309452--77309519	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
77309341--77309668	174	1.9	174	96	0	611	31	25	14	29	1.94
77309628--77309699	29	2.5	29	81	0	90	30	30	12	26	1.93
77317568--77317664	40	2.4	41	85	10	121	25	28	17	27	1.98
77325037--77325126	40	2.2	40	84	7	112	27	24	16	31	1.97
77342105--77342206	49	2.1	49	96	0	186	49	13	20	16	1.80
77343508--77343547	19	2.1	19	100	0	80	25	0	12	62	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77343667--77343833	43	3.9	44	80	4	180	29	14	23	31	1.95
77350551--77350758	53	3.9	54	82	4	231	35	16	24	24	1.95
77350551--77350747	54	3.6	54	82	4	236	35	17	23	23	1.95
77353286--77353554	47	5.7	48	81	9	313	27	19	30	22	1.98
77353235--77353543	94	3.3	92	86	5	390	28	19	28	22	1.98
77353286--77353554	141	1.9	142	84	6	359	27	19	30	22	1.98
77355633--77355841	38	5.0	38	75	16	150	29	24	15	30	1.96
77355673--77355811	48	2.9	48	85	5	192	29	23	15	31	1.95
77358422--77358459	18	2.1	19	90	5	60	42	2	15	39	1.61
77362448--77362515	28	2.4	29	92	2	111	22	13	35	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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