genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  284  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97925967--97926468	143	3.5	141	92	2	797	29	29	8	32	1.87
97925967--97926468	190	2.6	190	94	1	862	29	29	8	32	1.87
97925967--97926468	96	5.3	93	91	3	637	29	29	8	32	1.87
97931481--97931548	30	2.3	30	84	0	91	20	19	32	27	1.97
97934573--97934702	47	2.7	48	76	4	138	29	20	24	25	1.99
97939516--97939772	48	5.4	47	80	6	293	26	31	17	25	1.97
97939516--97939832	96	3.3	96	81	6	342	26	30	16	25	1.97
97939519--97939827	142	2.2	144	82	5	351	26	30	16	25	1.97
97941803--97941960	68	2.3	68	77	13	153	21	27	15	35	1.94
97952783--97952823	15	2.8	15	88	3	57	58	17	14	9	1.62
97954357--97954407	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
97961885--97961948	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
97961910--97961967	27	2.2	26	84	3	71	22	24	18	34	1.96
97963610--97963686	40	1.9	40	100	0	154	45	10	6	37	1.64
97965202--97965364	42	3.9	41	88	4	213	34	26	19	19	1.95
97965202--97965364	83	2.0	83	84	7	215	34	26	19	19	1.95
97969180--97969321	47	3.0	47	96	1	259	28	13	14	43	1.83
97974666--97974760	27	3.4	28	86	2	120	25	12	29	32	1.93
97974691--97974773	27	3.0	27	84	5	87	28	12	26	32	1.92
97983923--97983992	28	2.4	29	88	2	106	28	31	15	24	1.96
97983923--97984013	29	3.2	28	80	9	89	28	32	14	24	1.94
97991113--97991138	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98003000--98003170	93	1.8	93	88	0	261	28	28	21	21	1.99
98007641--98007700	29	2.1	29	90	0	93	28	26	16	28	1.97
98010112--98010235	46	2.7	46	91	0	194	29	26	22	20	1.99
98012577--98012634	28	2.1	28	86	0	80	22	8	34	34	1.85
98012956--98013400	27	16.7	27	81	5	392	38	19	9	31	1.85
98012956--98013373	53	7.8	54	81	5	413	38	19	9	32	1.84
98012955--98013400	133	3.3	134	83	3	526	38	19	10	31	1.85
98013352--98013417	27	2.4	27	89	0	96	36	16	18	28	1.93
98020374--98020485	28	4.0	28	82	2	118	27	31	13	27	1.94
98020714--98020758	16	2.8	16	89	0	63	11	17	17	53	1.72
98020706--98020766	24	2.5	24	78	0	68	11	18	19	50	1.76
98020706--98020766	16	3.8	16	82	0	50	11	18	19	50	1.76
98027704--98027768	30	2.2	29	89	5	103	21	35	7	33	1.82
98038448--98038633	77	2.4	77	100	0	372	29	27	15	27	1.96
98045496--98045549	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
98046803--98046940	43	3.2	43	83	2	152	26	16	24	31	1.96
98054452--98054606	43	3.6	43	81	7	154	30	16	21	30	1.96
98057475--98057506	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
98058940--98059047	29	3.7	29	91	0	171	31	12	24	32	1.91
98063528--98063614	29	3.0	29	91	0	138	29	13	28	27	1.94
98066790--98066846	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
98067092--98067126	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98089004--98089182	89	2.0	89	98	0	349	31	10	25	32	1.90
98090001--98090141	70	2.0	70	98	0	273	39	12	32	15	1.85
98090364--98090461	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
98090392--98090474	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
98090364--98090475	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
98093925--98094156	49	4.7	49	81	3	257	30	27	17	25	1.97
98093974--98094154	100	1.8	101	85	1	256	30	25	18	25	1.98
98095357--98095630	136	2.0	136	95	0	494	20	29	16	33	1.94
98100877--98100982	27	4.0	27	84	6	126	37	18	25	17	1.93
98100875--98100985	54	2.1	53	87	1	159	36	20	25	17	1.94
98102393--98102493	24	4.2	24	93	0	157	23	40	1	33	1.66
98111176--98111253	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
98111231--98111504	145	1.9	145	100	0	548	30	14	24	31	1.95
98123421--98123472	23	2.3	22	83	12	70	44	0	0	55	0.99
98123977--98124083	55	2.0	51	91	7	169	21	19	14	43	1.86
98130041--98130149	53	2.1	53	98	0	209	35	31	8	24	1.85
98133888--98134152	48	5.3	50	75	9	204	26	27	17	27	1.98
98140578--98141101	48	10.9	48	80	0	571	27	28	16	26	1.97
98140530--98141097	96	5.9	96	89	1	771	26	28	17	27	1.97
98141322--98141380	28	2.1	28	96	0	109	47	25	5	22	1.71
98145034--98145201	84	2.0	84	100	0	336	36	19	9	34	1.84
98147325--98147374	18	2.6	19	90	9	75	30	18	8	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98149540--98149663	27	4.6	27	92	4	196	29	29	14	27	1.95
98149540--98149663	55	2.3	54	91	4	196	29	29	14	27	1.95
98161779--98161883	23	4.6	23	75	12	99	40	19	18	21	1.91
98167641--98167688	24	2.0	24	83	0	60	79	0	12	8	0.94
98167635--98167686	6	8.7	6	84	0	50	78	1	9	9	1.03
98168520--98168545	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
98174250--98174511	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
98181517--98181716	100	2.0	100	100	0	400	25	24	14	37	1.92
98182359--98182542	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
98182359--98182542	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
98182732--98182879	73	2.0	73	97	0	278	19	25	18	36	1.94
98184327--98184497	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
98184319--98184494	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
98187997--98188980	206	4.8	206	92	0	1519	29	21	18	30	1.97
98200630--98200678	22	2.3	21	80	10	55	63	2	4	30	1.24
98206946--98206974	14	2.1	14	100	0	58	37	0	13	48	1.43
98211124--98211243	43	2.8	42	76	9	118	35	27	12	25	1.92
98211139--98211243	43	2.5	42	81	4	122	35	27	12	24	1.91
98214203--98214360	54	3.0	53	83	7	178	34	15	24	24	1.95
98214604--98214641	16	2.4	16	90	0	67	42	0	15	42	1.47
98252060--98252162	37	2.7	37	77	7	107	27	13	24	34	1.93
98263113--98263172	31	1.9	31	96	0	111	45	3	15	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98265385--98265489	48	2.2	48	86	3	140	35	16	11	37	1.84
98276096--98276141	21	2.3	20	78	14	51	32	4	17	45	1.68
98283728--98283800	25	3.0	24	76	11	60	38	2	0	58	1.12
98285659--98285930	40	6.8	40	96	0	431	24	29	24	21	1.99
98291123--98291153	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
98291120--98291159	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
98291392--98291599	55	3.8	53	81	7	240	22	25	17	35	1.95
98291392--98291592	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
98306839--98306896	30	1.9	30	89	6	91	18	29	29	22	1.98
98324109--98324135	8	3.4	8	100	0	54	40	0	33	25	1.56
98325459--98325500	22	1.9	22	100	0	84	38	7	26	28	1.82
98328974--98329006	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
98344550--98344607	25	2.3	25	100	0	116	27	24	17	31	1.97
98345587--98345645	10	5.9	10	86	9	77	67	1	8	22	1.26
98346289--98346470	96	1.9	97	86	3	260	29	26	17	26	1.97
98347195--98347260	28	2.4	26	77	22	73	77	3	1	18	0.98
98353672--98353721	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
98358139--98358217	30	2.6	31	76	11	92	44	3	22	29	1.70
98361458--98361500	5	8.6	5	100	0	86	39	0	0	60	0.97
98362420--98362454	17	2.0	18	88	5	54	48	0	2	48	1.16
98374949--98375136	100	1.9	100	93	0	322	28	24	20	27	1.99
98374944--98375138	49	3.9	49	82	2	255	27	25	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98377116--98377210	30	3.2	30	98	0	181	40	24	12	23	1.89
98377664--98377719	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
98385206--98385390	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
98385187--98385390	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
98386946--98387011	33	2.0	33	96	0	123	25	33	19	21	1.97
98405298--98405554	27	9.4	27	96	1	442	27	13	28	30	1.94
98413510--98413732	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
98413510--98413732	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
98413510--98413765	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
98419158--98419277	42	2.8	44	74	7	129	20	22	21	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290