genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82586638--82586704	20	3.3	20	81	8	82	32	20	13	32	1.92
82590077--82590116	21	2.0	20	85	5	53	27	32	5	35	1.79
82594147--82594313	84	2.0	83	96	0	298	28	31	12	27	1.93
82594283--82594429	24	6.0	24	88	5	206	25	21	22	29	1.99
82594478--82594544	20	3.3	20	89	0	107	34	20	11	32	1.90
82598137--82598249	43	2.7	42	78	5	129	19	16	30	32	1.94
82605277--82605301	12	2.1	12	100	0	50	28	0	16	56	1.41
82605376--82605459	44	1.9	44	82	4	107	36	11	26	25	1.90
82605465--82605881	47	9.0	45	71	9	271	34	18	25	22	1.96
82605565--82605858	95	3.1	95	73	8	312	35	18	24	22	1.95
82605475--82605780	92	3.3	92	73	8	312	32	19	25	22	1.97
82605464--82605873	187	2.2	187	92	0	676	33	19	25	21	1.97
82605464--82605876	95	4.4	94	71	10	292	33	18	25	22	1.97
82605839--82605943	54	1.9	55	88	1	158	39	15	20	25	1.91
82613587--82613894	40	7.7	40	99	0	598	30	20	27	22	1.98
82621630--82621839	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
82621577--82621839	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
82621630--82621874	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
82631137--82631430	38	7.0	38	71	18	183	29	24	15	30	1.95
82631152--82631350	85	2.3	85	94	0	344	29	24	15	31	1.95
82631182--82631393	47	4.7	47	79	10	253	30	23	15	31	1.95
82631262--82631400	48	2.9	48	86	1	199	30	21	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82631182--82631430	133	1.9	132	88	0	372	29	23	15	30	1.95
82632006--82632671	332	2.0	332	100	0	1332	34	16	11	37	1.86
82633320--82633395	38	2.0	38	92	0	125	26	23	3	46	1.70
82641316--82641356	20	2.0	20	100	0	82	39	9	9	41	1.71
82644852--82644999	73	2.0	73	92	0	242	18	25	20	35	1.95
82652043--82652121	39	2.0	39	97	0	149	24	6	24	45	1.76
82653232--82653296	29	2.2	31	86	5	89	20	21	16	41	1.90
82666582--82666952	50	7.5	49	83	7	405	23	29	21	25	1.99
82666582--82666952	100	3.8	100	84	6	447	23	29	21	25	1.99
82675260--82675427	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
82675283--82675427	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
82677603--82677774	50	3.5	48	82	7	204	25	27	20	26	1.99
82677603--82677914	50	6.3	49	74	11	187	24	27	21	26	1.99
82677580--82677863	100	2.8	100	75	8	265	24	27	21	27	1.99
82684794--82684833	21	1.9	21	85	10	55	37	2	5	55	1.35
82687945--82687987	22	2.0	22	95	0	77	32	2	16	48	1.58
82689585--82689752	40	4.2	40	80	3	205	23	20	27	27	1.99
82689989--82690030	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
82701013--82701157	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
82708140--82708316	40	4.4	40	81	4	207	24	23	26	25	2.00
82708544--82708585	22	1.9	22	85	9	59	33	9	16	40	1.81
82709849--82709879	16	2.0	15	93	6	53	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82711195--82711265	22	3.2	22	97	0	133	11	45	21	22	1.83
82714219--82714262	19	2.3	19	84	0	52	22	22	27	27	1.99
82716033--82716169	6	22.0	6	65	14	55	70	5	5	17	1.27
82716094--82716169	6	12.5	6	72	10	57	75	6	3	14	1.16
82716094--82716181	12	7.4	11	72	16	52	75	5	5	13	1.17
82716094--82716181	18	4.9	17	72	18	63	75	5	5	13	1.17
82716369--82716397	8	3.6	8	100	0	58	65	0	10	24	1.23
82734268--82734306	19	2.1	19	85	4	53	46	15	10	28	1.78
82745928--82746055	40	3.2	40	85	7	181	25	21	26	26	2.00
82746133--82746216	39	2.2	39	85	8	109	28	21	27	22	1.99
82746141--82746226	39	2.2	39	79	8	95	29	23	26	20	1.99
82745974--82746290	161	2.0	162	94	1	566	28	21	23	26	1.99
82754083--82754210	40	3.2	40	85	7	181	25	21	26	26	2.00
82754288--82754374	40	2.2	40	87	6	124	26	22	28	21	1.99
82754288--82754384	40	2.5	40	85	8	110	26	23	28	20	1.99
82754129--82754450	164	2.0	164	97	0	608	28	21	23	26	1.99
82764264--82764335	34	2.2	33	85	7	92	27	23	22	26	1.99
82764368--82764410	22	1.9	23	90	4	70	23	53	2	20	1.57
82767124--82767221	48	2.0	48	88	0	142	33	27	14	24	1.94
82767762--82767801	21	2.0	20	90	5	62	37	22	5	35	1.76
82769842--82769877	16	2.2	16	100	0	72	27	27	19	25	1.99
82773367--82773404	16	2.4	16	95	0	67	10	23	18	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82774381--82774411	16	2.0	15	93	6	53	12	6	29	51	1.65
82776638--82776729	40	2.3	40	92	0	148	28	25	15	31	1.95
82787828--82787861	14	2.5	13	86	9	50	67	11	2	17	1.34
82790287--82790313	13	2.1	13	100	0	54	7	33	22	37	1.82
82791235--82791406	31	5.5	31	90	0	254	29	24	15	30	1.96
82791432--82791521	42	2.1	42	91	0	144	33	20	15	31	1.93
82791656--82791740	25	3.5	24	81	9	91	25	22	23	28	1.99
82791669--82791738	25	2.8	25	89	4	97	24	22	27	25	2.00
82792663--82792906	27	9.0	27	83	3	231	31	9	19	40	1.83
82792656--82792948	81	3.6	81	77	6	202	31	10	19	38	1.86
82792938--82793054	27	4.3	27	81	4	128	37	6	26	29	1.82
82796436--82796487	20	2.7	20	87	3	79	44	15	25	15	1.85
82796762--82796842	39	2.1	39	90	4	128	8	17	25	48	1.76
82807638--82807676	3	13.0	3	88	0	60	33	0	30	35	1.58
82812637--82812666	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
82814506--82815119	308	2.0	308	98	0	1183	31	9	28	30	1.88
82815922--82815960	16	2.4	16	86	0	51	48	20	20	10	1.78
82816178--82816267	29	3.1	28	85	7	128	28	13	27	30	1.94
82830922--82831186	80	3.3	80	87	4	358	26	26	21	26	2.00
82830903--82831186	40	7.1	40	84	7	319	25	26	21	26	1.99
82835305--82835461	79	2.0	79	100	0	314	28	22	16	33	1.95
82835572--82835848	48	5.8	48	93	0	437	31	28	6	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82843969--82844092	27	4.7	26	75	14	83	41	22	7	29	1.80
82844115--82844171	27	2.1	27	87	3	80	33	21	5	40	1.75
82844129--82844189	27	2.3	27	91	0	104	34	19	4	40	1.73
82844007--82844494	161	3.0	161	96	1	890	37	20	7	34	1.80
82844276--82844332	27	2.1	27	87	3	80	33	21	5	40	1.75
82844290--82844350	27	2.3	27	91	0	104	34	19	4	40	1.73
82844208--82844461	54	4.7	54	69	12	137	39	18	7	33	1.80
82844443--82844792	27	13.0	27	85	1	434	28	22	8	40	1.83
82845096--82845159	33	2.0	32	81	9	76	21	23	18	35	1.95
82845121--82845178	27	2.2	26	84	3	71	22	24	18	34	1.96
82845327--82845414	37	2.4	37	92	0	149	21	20	10	47	1.79
82845327--82845435	18	5.9	18	72	12	78	21	19	11	48	1.79
82845355--82845435	6	13.3	6	75	12	67	19	17	12	50	1.77
82846575--82846616	21	2.0	21	90	4	68	45	4	19	30	1.71
82855990--82856095	27	3.9	28	79	7	92	28	16	16	39	1.89
82856019--82856095	27	2.8	28	84	4	102	29	15	12	41	1.85
82855989--82856095	55	1.9	55	88	0	160	28	15	15	40	1.89
82868564--82868710	75	2.0	74	81	4	170	31	12	10	44	1.76
82872877--82873008	45	2.9	45	93	2	221	25	28	22	23	2.00
82880519--82880645	45	2.8	45	90	0	200	27	26	22	22	1.99
82881897--82881994	45	2.2	46	94	3	173	42	22	1	33	1.60
82886663--82886886	46	4.8	46	79	9	249	24	20	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82886709--82886877	93	1.8	93	93	0	293	24	20	25	29	1.99
82891170--82891242	20	3.3	20	66	23	56	27	32	19	20	1.97
82891158--82891379	46	4.8	46	90	4	331	31	29	17	21	1.96
82898164--82898237	30	2.5	30	88	0	112	29	27	12	31	1.92
82902162--82902193	15	2.0	17	88	11	50	15	0	31	53	1.43
82903729--82903823	40	2.4	40	89	7	140	33	16	22	27	1.95
82903888--82903921	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
82904015--82904077	20	3.2	20	70	20	69	28	11	25	34	1.90
82904009--82904088	39	2.1	39	95	0	142	32	11	21	35	1.89
82907090--82907180	46	2.0	46	97	0	173	25	5	24	45	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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