genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3222889--3222957	21	3.2	21	66	22	61	10	44	4	40	1.58
3222874--3222962	44	2.0	44	97	0	169	12	42	4	40	1.63
3222878--3222948	22	3.2	22	65	21	58	9	46	5	38	1.61
3222883--3222952	23	3.1	23	66	22	67	10	45	5	38	1.61
3229383--3229460	39	2.0	39	97	0	147	42	14	17	25	1.87
3230536--3230578	21	2.0	21	86	0	59	13	11	23	51	1.74
3230946--3230979	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
3251326--3251510	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
3251307--3251510	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
3255701--3255774	36	2.1	36	94	0	130	31	20	25	22	1.98
3259377--3259561	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
3259358--3259561	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
3263569--3263602	17	2.0	17	94	0	59	29	32	14	23	1.94
3269579--3270191	44	13.5	44	73	10	293	29	19	17	33	1.95
3269579--3270191	272	2.2	272	86	2	818	29	19	17	33	1.95
3269848--3270187	184	1.9	183	88	4	524	29	20	19	31	1.97
3276348--3276487	24	5.6	25	68	23	82	66	0	4	28	1.15
3276346--3276384	16	2.4	16	82	0	51	74	0	0	25	0.82
3276344--3276418	24	2.9	27	73	20	86	68	1	2	28	1.12
3276337--3276429	27	3.6	24	72	18	64	66	1	3	29	1.14
3276344--3276761	26	16.5	26	71	8	254	61	3	5	29	1.34
3276344--3276761	51	8.2	52	75	9	312	61	3	5	29	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3276344--3276761	101	4.1	102	74	14	323	61	3	5	29	1.34
3278268--3278331	20	3.3	20	79	14	71	17	3	6	73	1.17
3284968--3285030	22	2.9	22	80	4	74	23	11	6	58	1.55
3285155--3285195	13	3.2	13	80	13	57	43	12	14	29	1.82
3285155--3285205	26	2.0	26	92	0	84	43	11	15	29	1.82
3291045--3291103	30	1.9	30	82	3	73	6	10	8	74	1.22
3294860--3295041	48	3.9	48	72	12	171	27	19	25	26	1.99
3295200--3295400	83	2.4	83	100	0	402	32	14	27	24	1.95
3298536--3298571	16	2.2	16	95	0	63	30	0	2	66	1.06
3300310--3300340	15	2.1	15	100	0	62	6	35	6	51	1.53
3303132--3303215	39	2.2	39	93	0	141	33	23	9	33	1.87
3307758--3307796	20	2.0	20	85	10	53	7	7	5	79	1.05
3307784--3307829	19	2.4	19	82	17	51	15	6	4	73	1.19
3307784--3307846	29	2.2	28	83	8	74	14	4	6	74	1.18
3307812--3307843	10	3.1	10	95	4	55	9	3	9	78	1.07
3308813--3308853	21	2.0	21	85	9	57	51	4	7	36	1.51
3310077--3310128	17	3.1	17	97	2	97	50	0	5	44	1.26
3329040--3329092	26	2.0	26	100	0	106	43	0	18	37	1.51
3331934--3331971	13	2.9	14	88	7	53	13	5	5	76	1.13
3331927--3331964	19	1.9	19	89	5	58	15	2	5	76	1.08
3333917--3333953	15	2.5	15	100	0	74	18	18	8	54	1.68
3336452--3336636	40	4.6	39	81	5	194	24	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3336452--3336634	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	25	2.00
3336505--3336669	79	2.1	79	80	6	183	26	20	28	24	1.99
3341706--3341747	20	2.3	19	84	15	54	38	9	26	26	1.87
3346653--3346696	23	1.9	24	81	9	56	38	22	0	38	1.55
3347270--3347398	48	2.7	47	81	2	159	34	27	16	22	1.95
3348541--3348565	13	1.9	13	100	0	50	40	28	0	32	1.57
3355922--3355961	21	1.9	21	89	0	62	25	2	20	52	1.59
3365063--3365198	48	2.8	47	82	6	132	28	18	25	27	1.98
3372273--3372604	48	6.9	48	81	2	371	26	20	29	24	1.99
3374554--3374693	43	3.3	42	77	9	151	26	23	19	30	1.98
3376096--3376260	87	1.9	87	87	2	244	35	16	7	39	1.78
3382612--3382715	29	3.5	30	76	8	115	35	10	25	27	1.89
3382561--3382746	59	3.2	59	87	0	275	35	11	27	25	1.91
3382705--3382877	59	2.9	58	83	3	150	37	13	27	21	1.91
3382578--3382904	147	2.2	147	86	1	440	35	13	27	23	1.92
3382646--3382837	88	2.2	88	87	4	262	36	12	27	23	1.91
3382725--3382892	59	2.9	59	84	2	205	38	15	25	20	1.92
3388389--3388652	29	9.0	29	69	10	180	37	11	26	24	1.90
3388419--3388621	59	3.5	59	87	3	293	36	10	27	24	1.89
3394778--3394824	23	2.0	23	87	0	67	44	2	12	40	1.54
3407362--3407579	109	2.0	109	97	0	409	37	10	16	35	1.83
3413965--3414003	18	2.1	18	90	4	60	30	17	0	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3414507--3414671	12	12.8	13	73	19	116	58	19	1	21	1.47
3414499--3414673	37	4.8	36	73	20	125	57	20	1	21	1.47
3414507--3414680	5	35.6	5	70	23	99	58	19	1	21	1.46
3414512--3414671	70	2.3	68	81	14	170	58	19	1	21	1.47
3414507--3414673	55	3.0	54	78	16	146	58	19	1	20	1.47
3416368--3416437	3	23.3	3	74	11	63	30	5	4	60	1.39
3416703--3416729	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
3416752--3416849	29	3.5	27	76	13	92	32	8	1	58	1.34
3418284--3418338	20	2.8	20	80	0	65	27	34	7	30	1.84
3420629--3420931	49	6.3	49	93	2	483	32	8	30	29	1.88
3421050--3421128	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
3423633--3423783	43	3.5	42	86	2	194	33	22	15	28	1.94
3425214--3425283	19	3.6	18	72	22	61	55	21	1	21	1.51
3425177--3425281	5	21.6	5	69	24	50	57	19	1	21	1.51
3425176--3425281	40	2.9	37	86	8	137	57	18	1	21	1.50
3425249--3425293	23	2.0	23	86	8	65	60	20	2	17	1.47
3425421--3425486	30	2.3	29	79	7	80	62	7	7	22	1.48
3429765--3429851	37	2.4	37	84	3	104	41	4	3	50	1.40
3429765--3429853	12	7.2	12	68	14	56	41	4	3	50	1.39
3439340--3439936	305	2.0	306	85	3	826	34	9	20	35	1.84
3440816--3440913	48	2.0	48	98	0	187	31	17	30	20	1.95
3442922--3442979	30	1.9	30	89	0	89	39	8	22	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3454885--3454931	16	2.5	20	70	25	57	42	4	6	46	1.48
3460726--3460754	14	2.0	15	93	6	51	65	6	6	20	1.40
3461005--3461047	19	2.3	19	87	0	59	37	34	9	18	1.83
3461736--3461829	40	2.3	41	85	5	129	29	27	2	40	1.68
3462274--3462305	15	2.0	17	88	11	50	18	0	0	81	0.70
3464356--3464474	58	2.0	59	90	1	186	46	10	5	36	1.63
3468566--3468642	38	2.0	38	94	0	136	38	18	15	27	1.91
3469134--3469222	37	2.3	38	79	12	101	30	24	2	42	1.67
3472754--3472855	32	3.3	32	70	13	104	36	25	13	24	1.92
3472754--3472889	61	2.2	61	93	0	227	33	24	14	27	1.94
3480509--3480567	27	2.2	27	93	0	100	49	5	15	30	1.66
3485311--3485335	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
3485324--3485371	21	2.3	20	83	16	62	62	6	6	25	1.42
3485532--3485558	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
3485636--3485675	18	2.3	18	86	4	55	65	2	5	27	1.27
3486597--3486650	27	2.0	27	100	0	108	18	22	25	33	1.97
3492608--3492645	13	3.0	13	82	17	53	52	10	0	36	1.36
3494982--3495012	16	1.9	16	93	0	53	54	12	0	32	1.38
3495530--3495561	6	5.3	6	96	0	55	81	0	3	15	0.82
3500962--3500990	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
3505733--3505770	13	2.9	13	100	0	76	31	21	15	31	1.94
3512193--3512324	50	2.6	50	88	4	178	25	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3515261--3515405	40	3.6	40	86	5	204	23	22	28	25	1.99
3518688--3519001	96	3.3	95	77	9	286	24	28	19	28	1.98
3518691--3518955	142	1.9	142	80	4	320	25	28	18	27	1.98
3518688--3519006	46	6.8	46	74	6	198	23	28	19	27	1.98
3532255--3532534	27	10.4	27	87	1	384	23	21	20	33	1.97
3532255--3532534	80	3.5	81	89	2	395	23	21	20	33	1.97
3534499--3534596	35	2.8	35	85	0	142	22	11	26	39	1.87
3535402--3535474	31	2.4	31	95	0	128	23	32	27	16	1.96
3541938--3541980	20	2.2	20	100	0	86	20	4	32	41	1.73
3547026--3547105	42	2.0	42	86	11	116	26	22	2	48	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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