genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94571755--94571906	39	3.9	39	98	0	286	27	30	21	20	1.98
94578300--94578353	29	2.0	27	82	10	65	24	1	5	68	1.21
94579008--94579037	14	2.1	14	93	0	51	30	6	3	60	1.39
94579183--94579232	15	3.4	15	71	15	50	34	4	4	58	1.36
94580350--94580385	18	1.9	19	88	5	56	66	5	0	27	1.13
94581738--94581783	18	2.4	18	85	10	56	17	43	13	26	1.85
94585487--94585550	13	4.9	13	79	7	76	34	7	21	35	1.83
94585495--94585551	26	2.1	27	90	3	89	40	7	21	31	1.80
94585798--94585848	20	2.4	21	81	15	61	50	1	1	45	1.24
94585798--94585850	21	2.5	21	82	14	65	49	1	1	47	1.23
94588888--94588943	28	2.0	28	82	6	69	23	1	5	69	1.18
94589884--94589955	21	3.3	21	68	21	67	37	6	13	41	1.72
94589878--94589967	44	2.0	44	100	0	180	38	6	13	41	1.71
94605803--94605858	19	2.9	19	100	0	112	26	26	32	14	1.95
94607543--94607618	30	2.5	30	89	8	109	34	13	2	50	1.55
94607562--94607619	30	1.9	30	100	0	116	29	15	3	51	1.60
94613223--94613257	15	2.3	15	100	0	70	31	28	11	28	1.92
94620680--94620754	28	2.7	28	87	8	116	28	34	13	24	1.93
94628258--94628326	28	2.5	28	87	0	102	30	31	11	26	1.91
94628545--94628577	16	2.1	16	94	0	57	12	15	21	51	1.75
94634218--94634398	80	2.3	81	87	3	260	25	22	26	25	2.00
94634219--94634398	40	4.5	40	82	10	208	25	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94639500--94639539	21	2.0	20	90	5	62	12	40	27	20	1.88
94640685--94640779	41	2.3	43	83	10	117	25	9	27	37	1.87
94641386--94641429	23	1.9	23	81	9	54	34	0	27	38	1.57
94648444--94648522	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
94648641--94649173	49	11.1	49	96	2	917	29	29	8	32	1.87
94657063--94657117	20	2.8	19	83	8	74	7	27	23	41	1.80
94657063--94657158	39	2.4	40	78	5	95	11	27	19	41	1.86
94660628--94660745	40	3.0	40	89	0	182	29	29	18	22	1.97
94662453--94662767	157	2.0	157	98	0	612	33	19	14	32	1.92
94670464--94670515	24	2.2	24	92	0	86	25	26	23	25	2.00
94672970--94673008	20	2.0	20	85	10	53	30	5	7	56	1.49
94678079--94678103	7	3.6	7	100	0	50	28	44	0	28	1.55
94687691--94687874	79	2.3	82	82	10	222	24	27	22	25	2.00
94687691--94687874	40	4.7	40	83	8	209	24	27	22	25	2.00
94690907--94690976	28	2.5	28	92	0	122	35	10	25	28	1.88
94697360--94697439	28	2.9	28	86	0	106	32	12	27	27	1.93
94702431--94702492	18	3.5	16	79	14	52	37	17	9	35	1.83
94702442--94702494	18	2.9	18	88	0	70	39	16	9	33	1.81
94703727--94703768	15	2.7	16	77	7	50	7	21	0	71	1.09
94703822--94703860	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
94703884--94703914	15	2.1	14	94	5	53	29	0	0	70	0.87
94703884--94703952	13	5.2	13	72	18	52	34	2	0	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94709769--94709841	6	11.8	6	72	16	60	49	15	17	17	1.80
94709769--94709841	31	2.4	31	88	0	110	49	15	17	17	1.80
94709953--94710032	28	3.0	27	78	12	83	37	18	22	21	1.94
94710624--94710952	27	12.2	26	86	5	390	24	17	19	38	1.93
94710624--94710945	81	4.0	81	87	0	457	24	18	19	37	1.93
94710991--94711296	27	11.3	27	87	0	369	31	8	20	39	1.83
94714618--94714795	27	6.6	27	83	3	178	28	29	15	26	1.96
94714639--94714794	82	1.9	81	85	3	215	28	29	15	26	1.96
94714618--94714794	54	3.3	54	81	6	196	28	29	15	26	1.96
94715345--94715369	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
94727656--94727697	20	2.3	19	84	15	54	38	7	26	28	1.82
94732262--94732416	78	2.0	77	87	5	215	33	17	9	38	1.82
94733777--94733808	12	2.6	13	85	14	50	9	50	0	40	1.35
94732620--94733887	653	1.9	650	94	0	2135	28	24	15	31	1.96
94741131--94741170	20	2.0	20	100	0	80	40	10	10	40	1.72
94747338--94747394	30	1.9	30	85	7	80	19	29	35	15	1.93
94747522--94747588	22	3.1	21	83	14	75	25	1	1	71	1.03
94747551--94747616	27	2.4	27	79	18	75	28	4	0	66	1.11
94747600--94747646	23	2.0	23	84	8	60	29	4	0	65	1.11
94755450--94755571	42	2.9	42	81	0	145	29	17	27	26	1.97
94757231--94757330	27	3.7	28	79	12	86	26	24	18	32	1.97
94757252--94757399	27	5.5	27	85	3	199	25	21	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94769298--94769402	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
94769258--94769421	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
94769258--94769408	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
94786628--94786698	24	2.9	25	78	4	81	36	19	23	19	1.95
94788177--94788229	21	2.5	21	90	3	79	49	0	3	47	1.19
94788189--94788234	12	4.1	12	81	13	53	50	0	2	47	1.13
94791333--94791504	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
94791326--94791501	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
94794125--94794550	139	3.1	139	93	3	748	39	8	5	46	1.58
94797776--94797828	26	2.0	26	96	0	97	50	7	13	28	1.68
94797804--94798153	125	2.8	125	86	4	485	39	17	16	26	1.90
94800488--94800525	19	2.0	19	85	10	51	21	15	21	42	1.89
94801650--94801687	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
94803445--94803505	31	2.0	31	83	3	79	42	3	21	32	1.69
94814360--94814402	21	2.0	21	83	16	54	60	4	9	25	1.47
94816533--94816910	196	1.9	197	84	3	512	43	9	14	32	1.78
94818562--94818717	43	3.6	42	80	3	170	28	14	23	32	1.94
94820292--94820343	17	2.9	17	81	18	61	67	0	1	30	1.02
94820487--94820516	12	2.6	11	94	5	51	70	3	0	26	1.03
94820489--94820527	20	2.0	20	84	0	51	71	5	2	20	1.17
94820535--94820579	17	2.7	17	79	3	56	64	0	4	31	1.13
94820597--94820627	14	2.1	15	94	5	55	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94820998--94821036	17	2.3	17	95	0	69	20	0	51	28	1.48
94821426--94821904	169	2.9	168	89	3	750	16	21	24	37	1.93
94821664--94821801	40	3.3	40	67	18	120	15	18	26	38	1.92
94821408--94821900	253	1.9	253	89	4	771	17	20	24	37	1.93
94821408--94821904	84	5.9	83	90	3	735	17	20	24	37	1.93
94822317--94822413	45	2.2	45	81	3	106	28	23	19	27	1.98
94822047--94822480	236	1.8	236	89	2	674	31	21	20	27	1.98
94822486--94823228	88	8.4	88	99	0	1468	33	20	19	26	1.97
94823197--94823539	45	7.7	44	68	12	182	30	21	19	27	1.98
94823109--94823586	133	3.6	133	95	0	812	31	21	19	28	1.97
94822939--94823494	221	2.5	222	75	9	666	32	20	19	27	1.97
94827894--94827986	46	2.0	47	97	2	179	12	27	23	35	1.92
94830537--94830588	14	3.6	14	80	10	61	69	0	1	28	0.99
94830734--94830879	3	50.0	3	70	15	67	63	3	3	29	1.27
94830734--94830777	23	1.9	23	90	0	70	70	4	0	25	1.06
94830736--94830879	20	6.8	20	66	17	58	63	3	3	29	1.27
94830734--94830880	17	8.6	17	72	17	76	63	3	3	29	1.27
94831251--94831283	17	1.9	17	93	0	57	24	0	45	30	1.53
94835579--94835741	43	3.9	42	81	4	177	25	22	19	32	1.97
94835829--94835922	47	2.0	47	95	0	170	50	24	5	20	1.69
94845590--94845706	9	13.4	9	73	12	84	34	0	17	47	1.48
94845590--94845770	43	4.0	43	83	12	227	35	0	16	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94845636--94845770	52	2.8	49	88	9	192	34	0	16	48	1.46
94845593--94845770	95	1.9	95	93	0	311	35	0	16	47	1.47
94845742--94845793	27	1.9	27	92	0	86	36	0	11	51	1.38
94856678--94856725	16	3.1	15	77	17	53	39	22	4	33	1.74
94857574--94857611	20	1.9	20	88	0	58	31	10	0	57	1.32
94857948--94857993	4	12.0	4	82	17	62	0	23	0	76	0.79
94857948--94857993	19	2.4	19	89	7	67	0	23	0	76	0.79
94859570--94859605	7	5.0	7	86	6	54	41	11	2	44	1.54
94869446--94869568	60	2.1	55	82	12	142	10	12	22	54	1.68
94874710--94874744	14	2.3	15	90	9	54	34	2	17	45	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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