genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75377110--75377323	27	7.9	26	86	6	266	16	23	23	36	1.94
75378615--75378772	75	2.1	75	97	1	300	28	10	20	41	1.84
75382429--75382460	16	1.9	17	93	6	57	28	12	0	59	1.34
75383211--75383244	10	3.3	10	84	8	50	52	14	11	20	1.73
75386242--75386281	19	2.1	19	95	0	71	42	12	5	40	1.64
75386386--75386470	23	3.5	25	76	13	72	32	21	24	21	1.97
75395694--75395751	25	2.3	25	82	11	66	65	1	10	22	1.32
75395694--75395777	26	3.4	25	72	21	70	67	1	10	20	1.27
75397319--75397371	27	2.0	27	92	7	90	56	3	24	15	1.55
75399197--75399338	39	3.6	39	88	1	196	23	23	29	23	1.99
75399196--75399358	78	2.1	77	81	7	188	23	22	28	25	1.99
75400697--75400801	55	1.9	54	86	1	147	15	32	26	25	1.95
75406560--75406606	19	2.4	19	89	3	67	44	19	8	27	1.79
75406572--75406611	19	2.1	19	100	0	80	42	15	5	37	1.68
75406739--75406818	23	3.4	23	80	1	88	38	18	20	22	1.93
75414288--75414329	19	2.3	18	88	8	59	66	2	0	30	1.04
75414473--75414513	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
75414990--75415035	10	3.8	12	86	13	60	26	2	0	71	0.97
75415016--75415046	9	3.3	9	95	4	53	19	0	0	80	0.71
75414990--75415035	6	7.7	6	81	18	60	26	2	0	71	0.97
75415019--75415060	10	4.2	10	84	9	50	28	2	0	69	1.01
75415015--75415058	19	2.3	19	84	0	61	27	2	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75418870--75418920	25	2.0	25	100	0	102	39	19	11	29	1.87
75420734--75420956	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
75420734--75420956	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
75420734--75420989	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
75423361--75423418	29	2.0	30	89	3	91	46	20	1	31	1.61
75424990--75425024	18	1.9	18	88	11	54	57	2	5	34	1.37
75425078--75425129	21	2.5	20	79	11	61	67	3	5	23	1.29
75431276--75431334	30	1.9	31	83	10	77	49	3	1	45	1.28
75433364--75433541	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75433385--75433540	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75441554--75441731	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75441575--75441730	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75442215--75442241	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
75444113--75444184	33	2.2	33	92	0	117	37	15	2	44	1.61
75445245--75445276	13	2.5	13	95	5	57	50	9	0	40	1.35
75448698--75448828	28	4.7	28	86	5	167	33	11	23	31	1.90
75450710--75450815	47	2.3	45	78	12	115	22	17	20	38	1.93
75458718--75458875	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
75468861--75469014	68	2.2	68	78	12	161	21	29	15	33	1.94
75470886--75471033	40	3.6	40	78	4	154	22	29	20	27	1.98
75470965--75471094	44	3.0	45	80	10	144	26	29	19	25	1.98
75474487--75474773	139	2.1	139	97	1	542	29	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75486808--75486992	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
75486809--75486992	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
75486809--75487025	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
75496582--75496764	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
75496561--75496764	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	1.99
75501965--75502019	28	2.0	28	88	0	83	27	16	21	34	1.95
75505711--75505801	27	3.4	27	83	1	121	38	18	17	25	1.92
75506155--75506209	28	2.0	28	88	0	83	27	16	21	34	1.95
75508781--75508859	20	4.0	20	69	9	63	37	18	27	15	1.91
75508788--75508876	40	2.2	40	86	4	117	39	17	28	14	1.89
75508821--75508881	20	3.0	20	74	9	61	37	18	31	13	1.88
75509438--75509475	19	2.1	18	85	14	51	52	13	0	34	1.40
75510124--75510195	17	4.1	18	68	25	55	68	0	11	20	1.20
75510836--75510881	24	2.0	24	91	4	76	13	19	26	41	1.88
75510973--75511036	27	2.5	26	82	14	71	25	18	18	37	1.94
75515324--75515358	13	2.7	13	86	0	52	48	8	2	40	1.49
75515637--75515713	39	2.0	39	94	0	136	44	11	12	31	1.79
75515717--75515742	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
75525410--75525463	24	2.2	24	83	6	65	35	29	14	20	1.93
75529572--75529686	43	2.6	42	77	14	108	22	17	29	30	1.97
75538051--75538308	46	5.6	46	93	1	376	31	24	21	22	1.98
75538051--75538308	23	11.2	23	79	8	267	31	24	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75540350--75540400	20	2.5	20	87	0	66	41	15	7	35	1.76
75547611--75547714	43	2.4	42	90	3	154	31	18	20	29	1.96
75553547--75553611	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
75555479--75555544	29	2.4	27	87	10	89	12	18	0	69	1.18
75555550--75555600	18	2.9	18	82	2	68	5	15	5	72	1.24
75555482--75555613	69	1.9	68	84	7	178	10	18	2	68	1.30
75555476--75555600	6	20.7	6	66	6	56	9	18	2	69	1.27
75556616--75556693	27	2.9	28	75	12	74	8	16	5	69	1.33
75556686--75556711	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
75558832--75558907	29	2.6	28	79	10	82	27	14	27	30	1.95
75558885--75559190	145	2.1	145	99	0	603	29	15	24	30	1.96
75559028--75559506	174	2.8	174	98	0	913	29	14	25	31	1.95
75562111--75562239	47	2.7	48	87	1	188	21	29	19	29	1.98
75566681--75566810	66	1.9	68	82	7	165	33	16	30	20	1.94
75568130--75568297	47	3.6	48	75	19	183	27	16	30	25	1.97
75571564--75571721	85	1.9	85	81	5	194	29	25	18	26	1.98
75579379--75579496	59	2.0	59	93	0	200	29	22	10	38	1.87
75580108--75580378	137	2.0	137	97	0	515	43	15	9	30	1.79
75581802--75581996	38	5.0	38	82	3	203	31	24	21	22	1.98
75587948--75587987	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
75589119--75589291	47	3.7	49	79	11	186	24	31	19	24	1.98
75594449--75594484	17	2.0	19	89	10	58	13	27	38	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75594575--75594661	27	3.2	27	88	0	129	29	13	19	36	1.91
75601164--75601241	39	2.0	39	97	0	147	37	29	17	15	1.91
75605212--75605522	27	11.5	27	83	1	374	25	14	19	40	1.90
75605846--75605923	36	2.2	36	85	0	102	24	20	16	38	1.93
75605846--75605923	18	4.3	18	78	0	84	24	20	16	38	1.93
75608713--75609140	40	10.7	40	95	0	712	30	20	27	21	1.98
75616874--75617123	40	6.3	40	94	0	385	24	20	28	26	1.99
75616821--75617123	80	3.8	80	88	2	387	24	20	28	26	1.99
75616821--75617123	120	2.5	119	86	2	401	24	20	28	26	1.99
75619048--75619109	26	2.4	26	83	0	79	41	22	9	25	1.84
75619794--75619872	37	2.1	37	90	0	131	35	30	10	24	1.88
75625082--75625122	19	2.1	20	90	4	66	41	9	4	43	1.59
75626823--75626919	48	2.0	48	93	0	167	24	28	7	39	1.82
75633386--75633434	21	2.3	21	93	6	82	20	26	18	34	1.95
75640014--75640081	32	2.1	32	89	5	102	51	2	29	16	1.59
75640246--75640275	15	1.9	16	93	6	53	46	6	26	20	1.75
75640462--75640516	22	2.5	22	79	5	58	1	61	7	29	1.33
75640509--75640641	39	3.4	39	81	6	144	9	54	3	33	1.47
75648278--75648920	64	9.9	64	80	6	596	23	28	15	31	1.96
75649382--75649442	30	2.0	30	87	0	86	31	24	4	39	1.77
75650379--75650460	41	2.0	41	95	0	146	24	24	9	41	1.85
75653321--75653447	68	1.9	68	83	6	168	23	28	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75653538--75653583	19	2.5	18	82	6	56	63	10	4	21	1.44
75653912--75653971	30	2.0	29	87	3	84	30	25	5	40	1.77
75662073--75662124	27	1.9	27	84	7	70	23	19	26	30	1.98
75662393--75662477	32	2.7	32	92	0	143	25	20	27	27	1.99
75667100--75667257	51	3.1	51	92	1	255	32	14	23	29	1.94
75669872--75669915	23	1.9	23	85	0	61	18	13	29	38	1.89
75669975--75670041	30	2.2	30	81	5	82	20	19	31	28	1.97
75670294--75670325	15	2.1	15	100	0	64	37	18	25	18	1.94
75671094--75671148	28	1.9	29	85	10	78	18	47	21	12	1.82
75687160--75687205	16	2.5	19	73	23	53	47	6	2	43	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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