genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99078628--99078829	106	1.9	106	81	2	246	26	19	29	24	1.99
99078791--99078899	42	2.6	42	80	0	137	29	20	32	18	1.96
99080356--99080409	19	2.6	20	77	14	56	37	1	0	61	1.07
99080362--99080411	19	2.4	21	80	16	59	38	0	0	62	0.96
99083952--99083979	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
99090817--99090881	21	3.2	21	74	12	73	41	21	24	12	1.87
99090799--99090899	39	2.6	39	95	0	175	37	23	25	12	1.91
99094652--99094760	53	2.1	53	98	0	209	46	17	11	24	1.80
99100676--99100712	19	1.9	19	88	0	56	48	2	5	43	1.40
99104983--99105030	25	1.9	25	100	0	96	27	8	16	47	1.75
99105928--99106126	101	2.0	101	96	0	371	46	8	20	24	1.79
99107106--99107130	12	2.1	12	100	0	50	8	8	40	44	1.63
99124785--99124814	6	4.8	6	95	4	51	33	0	3	63	1.11
99126007--99126060	23	2.5	20	75	16	54	59	1	3	35	1.26
99126121--99126204	11	7.3	11	72	24	66	63	2	2	32	1.20
99127878--99127933	26	2.2	26	100	0	112	26	16	14	42	1.86
99129438--99129474	17	2.2	17	90	0	56	35	2	10	51	1.51
99129505--99129552	15	3.0	15	77	14	51	43	2	2	52	1.24
99129505--99129547	17	2.6	17	82	7	54	44	2	2	51	1.27
99129667--99129735	27	2.5	28	77	13	72	39	0	1	59	1.06
99134192--99134248	21	2.8	20	81	7	69	21	29	35	14	1.92
99139066--99139128	25	2.5	25	86	0	81	28	0	3	68	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99139067--99139108	13	3.3	13	78	18	52	30	0	0	69	0.89
99140274--99140298	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
99141110--99141175	33	2.0	33	82	11	82	40	16	24	18	1.90
99147832--99147887	26	2.2	26	93	6	96	39	23	7	30	1.81
99149804--99149853	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
99150039--99150072	17	1.9	18	88	5	52	20	20	5	52	1.67
99150513--99150689	96	1.8	96	85	0	246	31	27	15	25	1.95
99154477--99154510	17	1.9	18	94	5	61	55	0	11	32	1.36
99160857--99160983	42	3.0	41	80	11	134	29	25	14	30	1.95
99161098--99161180	31	2.7	31	92	0	139	22	28	19	28	1.98
99161508--99161634	42	3.0	42	80	8	136	29	25	14	31	1.94
99160530--99161831	651	2.0	651	99	0	2579	29	22	13	33	1.93
99161749--99161858	31	3.5	31	92	0	175	24	28	19	28	1.98
99161834--99161962	50	2.5	51	90	5	199	26	22	16	34	1.95
99176326--99176369	18	2.4	18	85	7	54	52	0	0	47	1.00
99184153--99184221	35	2.0	35	91	0	111	27	26	8	37	1.86
99188551--99188721	85	2.0	85	84	0	225	41	18	13	26	1.88
99189455--99189491	13	2.8	13	100	0	74	32	16	35	16	1.91
99193929--99193967	12	3.5	11	86	13	53	53	2	0	43	1.14
99195554--99195610	22	2.5	23	85	2	71	29	3	31	35	1.75
99195561--99195610	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
99196206--99196351	79	1.8	79	92	2	249	50	2	15	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99196206--99196360	39	3.9	40	93	0	242	49	3	17	30	1.63
99196355--99196414	30	2.0	30	96	0	111	18	10	38	33	1.84
99210800--99211585	205	3.8	203	93	1	1234	29	18	22	29	1.97
99211620--99211990	44	8.5	44	75	9	319	31	18	23	25	1.97
99211684--99211990	132	2.3	131	93	1	501	31	18	24	26	1.97
99212892--99212930	20	2.0	20	89	0	60	43	2	10	43	1.52
99212921--99213051	40	3.3	40	87	5	133	58	3	12	26	1.49
99212948--99213064	40	2.9	41	91	6	195	52	3	15	29	1.59
99223212--99223260	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
99234100--99234148	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
99242463--99242503	21	1.9	22	90	5	66	41	0	0	58	0.98
99243509--99243542	15	2.3	15	89	0	50	47	0	17	35	1.48
99246370--99246398	15	1.9	15	100	0	58	48	6	0	44	1.29
99246564--99246608	21	2.1	21	84	8	56	42	24	13	20	1.87
99246684--99246734	21	2.5	21	84	9	61	45	31	5	17	1.72
99246882--99246931	21	2.4	21	86	0	73	34	8	18	40	1.79
99247101--99247149	19	2.4	21	90	10	75	57	34	0	8	1.29
99249653--99249688	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
99263437--99263631	72	2.7	71	85	4	255	25	13	23	37	1.92
99263635--99263862	88	2.6	85	78	6	240	25	15	19	38	1.92
99263812--99263972	55	2.9	55	94	2	272	29	16	17	37	1.91
99263998--99264024	14	1.9	14	100	0	54	25	14	7	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99264096--99264130	14	2.5	14	90	0	52	20	22	2	54	1.58
99264012--99264249	89	2.7	86	85	8	320	26	17	19	36	1.94
99264185--99264218	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
99264267--99264641	72	5.1	72	87	6	484	29	17	18	33	1.95
99264257--99264641	145	2.6	145	86	6	524	29	17	18	34	1.94
99264841--99265191	72	4.7	73	86	4	440	29	15	19	34	1.93
99264411--99265217	423	1.9	424	85	5	1106	29	16	19	35	1.93
99272486--99272531	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
99272493--99272537	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
99276076--99276186	34	3.3	33	82	7	116	32	9	15	42	1.80
99276091--99276199	34	3.2	32	81	13	121	31	8	18	42	1.80
99279164--99279247	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
99279681--99279711	16	1.9	16	100	0	62	12	12	16	58	1.64
99285459--99285497	20	2.0	20	100	0	78	33	15	15	35	1.89
99286641--99286680	21	1.9	21	94	0	71	25	0	12	62	1.30
99287202--99287231	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
99292687--99292785	17	5.6	17	82	7	117	40	12	12	35	1.80
99292679--99292783	35	2.9	35	91	4	156	40	11	12	36	1.79
99292687--99292785	18	5.6	18	84	4	130	40	12	12	35	1.80
99296828--99296896	35	2.0	35	94	0	120	26	15	33	24	1.95
99297724--99297784	16	3.6	17	76	10	63	57	1	0	40	1.08
99304756--99304782	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99306297--99306348	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
99309613--99309699	43	2.0	43	100	0	174	52	16	9	21	1.71
99314578--99314653	27	2.8	27	75	2	71	35	14	31	18	1.91
99321727--99321774	18	3.1	15	75	18	53	56	0	0	43	0.99
99324806--99324857	24	2.1	25	82	10	63	50	7	0	42	1.31
99325665--99325865	106	1.9	106	96	0	375	30	19	20	29	1.97
99328086--99328118	14	2.4	14	100	0	66	6	6	6	81	0.97
99328121--99328958	44	19.0	44	78	6	651	29	25	16	28	1.97
99327960--99328236	150	1.8	150	99	0	545	28	22	15	32	1.95
99328191--99328782	222	2.7	222	86	3	834	28	25	15	30	1.96
99328122--99328958	132	6.3	133	82	5	845	29	25	16	29	1.97
99329042--99329235	46	4.3	46	66	15	143	30	24	19	25	1.98
99328966--99329305	134	2.5	134	94	0	581	29	22	20	27	1.98
99333535--99333578	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
99335481--99335514	15	2.3	15	89	0	50	58	8	14	17	1.61
99338318--99338410	38	2.4	38	84	5	116	16	13	25	44	1.85
99340448--99340519	28	2.6	27	84	4	108	31	4	18	45	1.68
99341870--99341924	21	2.6	21	88	5	76	34	5	1	58	1.32
99343531--99343588	24	2.4	23	75	13	64	48	1	0	50	1.11
99348631--99348661	7	4.4	7	100	0	62	16	12	45	25	1.83
99348619--99348661	21	2.0	21	86	0	59	16	9	41	32	1.80
99353020--99353204	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99353001--99353204	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
99359952--99360136	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
99359933--99360136	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
99365763--99365840	26	3.0	24	74	10	66	20	20	21	37	1.95
99372271--99372308	19	2.0	20	89	5	60	63	0	36	0	0.95
99373049--99373094	11	4.2	11	86	5	58	17	2	15	65	1.37
99375747--99375963	47	4.6	47	92	2	353	33	7	29	29	1.85
99378680--99378924	78	3.2	77	79	8	284	35	18	18	27	1.94
99378928--99379070	74	1.9	75	89	2	225	26	20	19	32	1.97
99378928--99379091	74	2.1	75	85	7	224	29	18	20	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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