genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15101984--15102138	67	2.2	67	90	6	238	47	14	18	20	1.83
15102258--15102344	27	3.3	26	88	4	102	35	24	22	17	1.95
15102698--15102766	27	2.6	27	88	4	95	37	18	23	20	1.94
15102717--15102774	27	2.1	27	84	6	73	37	27	18	15	1.92
15102430--15103146	380	1.9	380	98	0	1391	34	22	21	21	1.97
15103077--15103159	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
15103360--15103761	27	14.9	27	87	0	554	26	20	17	36	1.94
15103362--15103761	54	7.4	54	94	0	660	26	20	17	36	1.94
15103774--15104508	27	27.3	27	81	6	837	40	9	22	27	1.84
15106501--15106726	24	8.8	24	80	14	265	47	14	18	19	1.82
15106524--15106754	31	7.4	31	75	17	153	47	13	18	20	1.82
15106501--15106754	79	3.2	79	98	0	481	47	13	18	20	1.82
15106501--15106729	6	37.8	6	76	16	215	48	13	17	20	1.81
15106872--15106937	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
15106872--15106945	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
15106896--15106953	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
15106876--15107406	213	2.5	213	99	0	1044	34	25	21	17	1.96
15107090--15107158	27	2.6	27	88	4	95	37	18	23	20	1.94
15107109--15107166	27	2.1	27	84	6	73	37	27	18	15	1.92
15107303--15107371	27	2.6	27	88	4	95	37	18	23	20	1.94
15107322--15107379	27	2.1	27	84	6	73	37	27	18	15	1.92
15107536--15107594	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15107682--15107764	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
15108028--15108252	27	8.3	28	86	4	243	42	10	20	26	1.84
15108031--15108252	81	2.7	81	83	6	297	42	10	20	26	1.85
15109046--15109234	6	31.0	6	74	17	149	47	13	18	20	1.83
15109082--15109234	25	5.7	25	79	17	164	46	13	19	20	1.83
15109046--15109234	85	2.2	86	95	0	335	47	13	18	20	1.83
15109352--15109438	27	3.3	26	88	4	102	35	24	22	17	1.95
15109771--15109839	27	2.6	27	88	4	95	37	18	23	20	1.94
15109790--15109847	27	2.1	27	84	6	73	37	27	18	15	1.92
15110094--15110289	27	7.3	27	86	0	212	26	18	18	36	1.94
15110094--15110289	54	3.6	54	87	0	239	26	18	18	36	1.94
15110299--15111575	54	23.7	53	84	6	1341	41	10	21	27	1.85
15110299--15111559	135	9.3	135	93	2	1959	41	10	21	27	1.85
15112494--15112527	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
15119239--15119268	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
15119340--15119392	20	2.6	21	80	16	67	15	3	5	75	1.13
15119347--15119392	10	4.6	10	80	17	51	15	4	6	73	1.19
15122890--15122979	42	2.1	42	89	0	135	51	13	7	27	1.68
15123004--15123043	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
15124491--15124555	32	2.0	32	100	0	130	21	32	12	33	1.90
15126803--15126891	42	2.1	42	89	0	133	50	15	6	26	1.69
15126916--15126955	19	2.2	18	90	4	62	42	12	2	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15132801--15132861	31	2.0	31	83	0	77	40	3	8	47	1.49
15133576--15133633	26	2.1	27	81	15	66	24	39	0	36	1.55
15134891--15135009	47	2.6	45	80	11	134	30	17	28	23	1.97
15155855--15155887	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
15155984--15156037	23	2.4	23	87	6	76	59	7	1	31	1.36
15155987--15156046	26	2.3	26	85	8	77	60	6	1	31	1.33
15155987--15156057	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
15156651--15156688	16	2.4	16	90	0	58	13	2	2	81	0.90
15164915--15164960	17	2.6	17	80	16	58	8	8	2	80	0.99
15164914--15164959	16	2.6	18	83	10	60	8	8	2	80	0.99
15172921--15172978	10	5.7	10	81	4	71	43	24	20	12	1.86
15172915--15172975	31	2.0	31	100	0	122	44	22	19	13	1.85
15180847--15180905	25	2.4	25	83	13	77	38	5	0	55	1.22
15180847--15180907	26	2.5	24	80	15	70	39	4	0	55	1.21
15181976--15182026	18	2.7	19	81	6	59	49	0	1	49	1.12
15193502--15193565	32	2.0	32	96	0	119	40	15	10	32	1.82
15197371--15197412	21	2.0	21	100	0	84	28	23	19	28	1.98
15208422--15208528	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
15210607--15210761	43	3.7	43	81	8	192	23	17	29	30	1.97
15210915--15210945	16	1.9	16	93	0	53	48	6	9	35	1.62
15222250--15222417	39	4.3	39	89	0	237	32	20	25	21	1.98
15222250--15222443	78	2.5	78	82	2	185	31	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15227062--15227096	13	2.6	14	91	8	56	8	20	42	28	1.81
15229756--15229780	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
15233124--15233308	40	4.7	38	75	14	133	24	27	22	24	2.00
15233124--15233255	40	3.3	39	81	5	149	25	28	21	25	1.99
15233124--15233306	79	2.3	81	79	7	187	24	27	22	25	2.00
15241758--15241815	30	1.9	30	85	0	80	39	6	22	31	1.80
15242550--15242733	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.97
15247378--15247546	54	3.1	53	82	5	196	52	15	17	14	1.76
15248687--15248824	44	3.1	44	67	6	116	29	24	19	26	1.98
15248761--15249523	176	4.3	176	85	1	967	30	17	23	27	1.97
15248993--15249264	43	6.2	43	66	15	135	30	15	25	29	1.96
15248728--15249522	353	2.3	354	85	2	1066	30	17	24	27	1.97
15252080--15252118	6	6.7	6	85	5	53	15	0	5	79	0.90
15252080--15252118	17	2.2	18	86	4	53	15	0	5	79	0.90
15267402--15267478	22	3.6	22	72	17	65	27	3	5	63	1.33
15275909--15275966	23	2.5	23	97	0	107	29	31	13	25	1.94
15275909--15275974	23	2.9	23	90	0	69	28	30	15	25	1.96
15279592--15279653	3	22.0	3	71	12	51	67	1	27	3	1.15
15279592--15279651	17	3.4	17	78	13	59	68	1	26	3	1.15
15285889--15285924	18	2.1	18	89	5	56	30	2	0	66	1.06
15294077--15294122	11	4.3	11	75	13	51	23	2	0	73	0.94
15301099--15301136	18	2.2	16	90	9	58	81	2	0	15	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15307691--15307884	49	3.9	49	82	1	253	27	27	18	26	1.98
15308111--15308164	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
15310502--15310536	10	3.4	10	84	7	52	82	2	0	14	0.77
15311145--15311500	51	7.0	49	68	16	165	42	10	3	42	1.57
15312066--15312147	40	2.0	40	100	0	164	42	7	4	45	1.53
15317502--15317571	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
15317502--15317599	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
15325608--15325677	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
15325608--15325705	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
15326156--15326187	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
15331302--15331326	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
15335738--15335762	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
15336578--15336607	14	2.1	14	93	0	51	36	3	0	60	1.14
15337774--15337825	19	2.7	19	80	16	63	1	23	0	75	0.91
15337844--15337880	13	3.1	13	77	22	53	8	32	0	59	1.27
15346391--15346426	6	5.7	6	87	12	54	19	0	0	80	0.71
15356130--15356190	27	2.3	27	85	0	86	42	16	27	13	1.85
15356276--15356315	17	2.4	17	86	0	53	80	0	17	2	0.83
15359074--15359104	14	2.2	14	94	0	53	35	9	25	29	1.88
15359765--15359824	19	3.1	19	88	7	93	51	3	3	41	1.35
15363315--15363362	20	2.4	20	82	6	62	52	16	8	22	1.71
15363917--15363981	33	2.0	33	87	0	94	23	15	4	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15366116--15366154	15	2.6	15	83	0	51	58	2	0	38	1.12
15366299--15366360	31	2.0	32	83	3	81	43	8	6	41	1.60
15374838--15374863	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
15374839--15374883	13	2.9	16	84	12	51	40	2	0	57	1.11
15374847--15375049	98	2.1	97	87	4	293	45	3	1	49	1.30
15383980--15384008	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
15383820--15384004	99	1.9	98	81	7	223	51	1	5	41	1.34
15392546--15392721	46	3.8	46	78	15	209	20	21	29	28	1.98
15392543--15392713	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
15392975--15393147	46	3.7	46	79	10	199	19	20	31	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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