Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  290  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100220803--100220860
29
2.0
29
96
0
107
46
3
0
50
1.18
100231681--100231747
21
3.2
21
64
16
57
25
8
13
52
1.69
100231675--100231761
42
2.1
42
100
0
174
26
9
11
52
1.67
100231918--100231949
16
2.0
16
100
0
64
18
12
31
37
1.88
100233163--100233219
30
1.9
30
96
0
105
21
36
24
17
1.94
100235685--100235737
20
2.6
20
96
3
97
15
15
13
56
1.67
100238151--100238268
45
2.7
43
78
6
148
27
16
27
27
1.97
100238565--100238735
38
4.5
38
84
4
211
22
21
24
31
1.98
100238565--100238735
76
2.2
76
88
2
245
22
21
24
31
1.98
100238728--100238857
45
2.9
45
89
2
199
21
22
28
27
1.99
100250610--100250725
56
2.1
57
95
1
207
37
10
6
44
1.65
100251085--100251138
20
2.7
21
77
8
58
20
9
0
70
1.14
100251090--100251149
25
2.4
24
73
13
59
23
6
0
70
1.11
100251131--100251161
15
2.1
15
93
0
53
32
3
0
64
1.09
100252147--100252201
27
2.0
27
100
0
110
43
10
25
20
1.84
100268469--100268493
13
1.9
13
100
0
50
8
40
36
16
1.77
100275160--100275233
31
2.4
31
97
0
139
20
29
28
21
1.98
100284567--100284671
54
1.9
54
92
0
174
23
28
26
20
1.99
100285233--100285298
33
2.0
33
100
0
132
45
15
18
21
1.85
100287869--100287988
56
2.1
56
98
0
231
45
9
23
22
1.81
100289118--100289222
40
2.6
41
79
8
117
23
22
27
25
2.00
100301992--100302339
47
7.4
47
93
0
570
31
9
31
28
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100302458--100302536
37
2.1
37
88
4
115
25
18
30
25
1.98
100308103--100308137
11
3.1
12
92
8
56
68
8
22
0
1.16
100308103--100308146
21
2.0
23
82
8
56
63
11
22
2
1.38
100313308--100314213
40
22.6
40
98
0
1683
27
27
20
24
1.99
100318438--100318503
5
12.8
5
84
15
82
18
3
0
78
0.87
100318424--100318503
32
2.4
34
88
12
114
18
3
0
77
0.92
100318425--100318503
39
2.1
37
83
9
97
18
3
0
77
0.92
100329836--100329985
46
3.2
46
72
10
142
22
29
19
29
1.98
100333334--100333503
49
3.6
48
73
9
161
27
19
27
25
1.99
100334782--100334823
22
2.0
22
85
4
59
11
42
26
19
1.85
100341682--100341711
12
2.5
12
100
0
60
6
10
43
40
1.64
100342699--100342752
26
2.0
27
82
3
65
22
1
18
57
1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290

The End!