Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  58  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19256681--19256773
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21
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25
2
0
72
0.96
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2.6
24
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7
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3
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1.01
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1.21
19256691--19256771
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2.1
39
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1.13
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2.3
27
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80
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20
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11
27
0
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1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19342855--19342906
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3
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27
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19399997--19400101
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48
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144
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20
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21
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2.1
31
93
0
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23
23
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
22
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1.99
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2.5
22
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22
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2
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1.13
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0
0
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20
2.8
20
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82
28
0
1
69
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19454006--19454064
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14
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0
1
69
0.98
19454006--19454090
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10.9
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72
18
56
31
0
2
65
1.05
19454401--19454452
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23
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44
1.45
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3
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1.62
19454882--19454979
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4.6
22
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12
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19
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2.8
40
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127
30
18
22
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19
19
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0
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0
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32
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0
62
1.19
19468079--19468164
16
5.4
16
73
20
72
27
9
0
62
1.25
19468423--19468482
28
2.3
24
75
22
59
25
10
5
60
1.49
19469726--19469774
19
2.6
18
77
6
53
65
4
4
26
1.29
19470390--19470460
31
2.3
31
85
2
90
52
8
15
23
1.70
19470962--19471010
15
3.2
16
72
13
50
42
8
10
38
1.68
19472941--19473008
16
4.2
16
94
0
118
27
0
36
35
1.58
19472989--19473098
45
2.6
41
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116
32
5
29
32
1.80
19473224--19473265
15
2.7
16
82
14
52
52
2
0
45
1.13
19473233--19473274
15
2.9
15
82
10
52
52
0
0
47
1.00
19473364--19473398
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
19475812--19475888
31
2.5
31
85
4
104
24
7
12
54
1.64
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19485280--19485344
25
2.8
22
76
23
62
58
4
3
33
1.34
19485317--19485360
15
2.9
15
83
6
54
52
11
2
34
1.50
19485319--19485362
21
2.1
21
83
8
54
52
11
2
34
1.50
19485700--19485733
17
2.0
17
88
0
50
55
5
0
38
1.24
19486273--19486319
21
2.5
19
76
16
53
65
0
34
0
0.93
19486163--19487678
756
2.0
756
98
0
2919
38
15
21
24
1.92
19486163--19487678
377
4.0
378
98
0
2919
38
15
21
24
1.92
19487860--19488243
147
2.6
147
94
0
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25
24
1.97
19488530--19489102
176
3.3
176
84
4
748
30
17
24
27
1.97
19488772--19488870
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2.2
45
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3
139
29
15
24
31
1.95
19488752--19489021
88
3.1
86
66
20
205
28
17
25
28
1.97
19496644--19496701
27
2.1
28
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3
109
27
10
13
48
1.75
19498284--19498338
21
2.6
21
79
0
56
41
5
20
32
1.75
19500263--19500310
20
2.5
20
83
10
55
45
10
10
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1.72
19502915--19502954
11
3.6
11
86
0
53
50
5
2
42
1.37
19503948--19504093
37
4.0
37
93
1
242
24
21
16
36
1.94
19504057--19504325
46
5.6
46
84
10
340
28
22
14
34
1.93
19504100--19504319
52
4.3
52
85
8
299
27
22
14
35
1.93
19504057--19504325
98
2.7
98
93
0
457
28
22
14
34
1.93
19509580--19509618
16
2.4
16
88
12
62
64
0
12
23
1.28
19511484--19511533
22
2.2
22
85
3
64
54
4
4
38
1.38
19511666--19511730
25
2.6
25
80
9
69
70
0
3
26
1.01
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19516973--19517008
18
1.9
19
94
5
65
33
2
16
47
1.61
19516978--19517014
18
2.1
18
89
0
56
35
2
21
40
1.68
19519413--19519615
46
4.3
48
88
7
265
35
14
21
28
1.92
19519347--19519615
98
2.7
98
93
0
457
34
14
22
28
1.93
19519579--19519724
37
4.0
37
93
1
242
36
16
21
24
1.94
19520978--19521145
58
3.0
58
87
10
237
22
13
30
33
1.92
19520997--19521087
28
3.2
28
66
22
80
25
15
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1.95
19521038--19521180
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2.9
49
93
0
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13
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1.94
19524372--19524574
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4.3
48
88
7
265
35
14
21
28
1.92
19524306--19524574
98
2.7
98
93
0
457
34
14
22
28
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290