genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  156  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53144858--53144918	22	2.8	22	82	9	72	19	22	22	34	1.97
53146759--53146934	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
53146756--53146926	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
53157634--53157658	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
53159042--53159294	47	5.4	47	91	0	382	32	9	30	28	1.88
53159413--53159491	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
53162134--53162158	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
53164480--53164701	94	2.4	93	83	3	275	28	16	29	24	1.97
53164480--53164699	47	4.7	47	79	7	225	28	16	29	25	1.97
53165408--53165502	42	2.3	42	89	5	140	13	25	34	26	1.93
53165425--53165513	42	2.1	42	91	2	144	13	26	32	26	1.94
53172265--53172578	27	11.6	27	87	0	412	38	21	8	31	1.83
53172395--53172622	27	8.4	27	85	6	117	39	19	8	32	1.81
53172265--53172650	81	4.8	81	81	7	381	38	20	8	31	1.83
53172562--53172687	27	4.7	27	74	3	92	38	20	7	32	1.82
53172671--53172892	27	8.3	27	87	0	302	33	19	21	25	1.97
53173542--53173615	27	2.8	27	81	2	78	17	24	20	37	1.93
53173752--53174576	31	26.6	31	99	0	1632	19	16	16	48	1.81
53175785--53175918	28	4.7	28	88	3	196	23	15	33	26	1.95
53175785--53175918	58	2.4	56	88	2	196	23	15	33	26	1.95
53178834--53178890	29	2.0	27	80	12	62	36	5	22	35	1.77
53192233--53192305	26	2.8	26	97	0	137	26	32	24	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53192233--53192301	13	5.3	13	69	0	57	27	30	24	17	1.97
53194320--53194421	29	3.6	28	80	9	100	29	26	16	27	1.97
53200197--53200226	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
53202016--53202076	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
53204099--53204249	28	5.4	27	90	4	221	27	12	28	31	1.93
53204099--53204249	55	2.7	55	93	2	248	27	12	28	31	1.93
53212420--53212571	40	3.8	40	90	1	216	23	19	29	27	1.98
53217559--53217620	32	1.9	33	83	9	83	35	24	19	20	1.96
53221546--53222037	164	3.0	164	97	0	921	35	16	16	31	1.91
53225434--53225491	28	2.1	28	96	0	107	32	22	12	32	1.91
53235288--53235409	40	3.0	40	85	2	156	25	20	26	27	1.99
53246577--53247717	47	24.6	47	91	3	1375	29	28	8	33	1.87
53246763--53246854	48	1.9	48	95	4	168	33	27	5	33	1.80
53246851--53247717	94	9.2	94	97	0	1533	29	28	8	33	1.87
53246851--53247717	141	6.1	141	96	0	1533	29	28	8	33	1.87
53253274--53253372	50	2.0	50	95	0	180	28	21	10	40	1.85
53253690--53253937	114	2.2	114	88	1	372	28	26	18	25	1.98
53254094--53254142	22	2.2	22	88	0	71	32	30	22	14	1.93
53254107--53254158	22	2.4	22	80	6	61	36	25	26	11	1.90
53254689--53254730	17	2.3	19	92	8	70	26	45	19	9	1.80
53258333--53258366	17	1.9	17	88	5	50	29	44	23	2	1.68
53258951--53258997	23	2.0	23	87	0	67	48	10	29	10	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53261454--53261635	91	2.0	91	95	0	328	26	28	18	25	1.98
53263968--53264076	55	2.0	55	98	0	209	29	12	26	31	1.93
53264938--53265127	40	4.8	40	90	1	247	24	22	28	24	1.99
53264938--53265127	80	2.4	80	89	1	274	24	22	28	24	1.99
53266827--53266979	28	5.5	28	86	0	198	28	30	16	24	1.96
53267479--53267512	17	1.9	18	88	5	52	14	5	17	61	1.52
53268758--53268820	31	2.0	31	96	0	117	36	12	20	30	1.90
53269074--53269179	37	2.9	37	80	6	108	29	16	28	25	1.97
53269113--53269442	42	7.7	42	76	11	162	27	16	27	28	1.97
53269174--53269313	48	2.9	48	92	0	226	30	17	25	27	1.97
53276323--53276397	28	2.7	28	81	4	89	30	13	29	26	1.94
53278801--53278922	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
53283639--53283720	26	3.1	26	75	16	80	58	0	4	36	1.20
53283684--53283725	10	4.4	10	79	11	52	61	2	0	35	1.09
53283743--53283782	16	2.5	16	88	8	55	77	2	0	20	0.88
53300583--53300753	46	3.7	45	80	9	168	23	28	19	27	1.99
53304385--53304502	27	4.4	27	79	2	121	36	16	19	27	1.94
53304912--53305116	103	2.0	103	99	0	401	40	13	17	29	1.87
53305347--53305406	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
53308920--53308983	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
53309191--53309274	26	3.4	25	83	6	100	28	22	21	27	1.99
53309322--53309367	19	2.3	20	96	3	85	34	19	10	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53311901--53312078	39	4.6	39	85	2	225	29	26	21	22	1.99
53311901--53312046	78	1.9	78	94	0	256	31	25	19	23	1.98
53326036--53326209	40	4.4	39	72	10	147	27	28	21	23	1.99
53326062--53326214	80	1.9	80	97	0	288	25	28	22	23	1.99
53326063--53326208	40	3.7	40	84	7	215	25	28	23	22	1.99
53327610--53327655	24	1.9	24	95	0	83	39	8	10	41	1.71
53340637--53340676	6	6.1	7	82	11	50	72	0	27	0	0.85
53350694--53351109	139	3.0	138	85	3	494	26	19	21	32	1.97
53351682--53351995	35	9.0	35	73	6	260	20	25	18	35	1.95
53351749--53352008	105	2.5	105	81	5	301	20	25	18	36	1.94
53352146--53352223	34	2.3	35	81	4	95	11	23	10	55	1.66
53353258--53353308	20	2.4	21	81	18	61	41	7	1	49	1.43
53353266--53353308	20	2.1	21	87	12	63	41	9	0	48	1.35
53353266--53353337	18	3.8	20	72	20	64	38	12	0	48	1.41
53354099--53354156	28	2.1	28	83	3	82	50	3	1	44	1.29
53359355--53359433	29	2.7	29	80	5	88	29	31	15	24	1.95
53369246--53369315	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
53369246--53369343	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
53373262--53373321	30	2.0	30	100	0	120	36	23	0	40	1.55
53377448--53377655	53	3.9	54	84	4	240	21	25	17	35	1.95
53377459--53377647	55	3.5	53	84	5	227	20	25	19	34	1.96
53377683--53377888	95	2.2	95	100	0	412	21	21	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53377683--53377838	48	3.3	48	72	8	174	21	21	19	38	1.94
53377731--53377883	47	3.2	47	72	9	175	22	22	18	35	1.95
53377898--53377980	43	1.9	43	82	4	105	25	25	12	37	1.90
53379664--53379884	49	4.4	49	82	4	237	25	18	27	28	1.98
53383597--53383741	49	2.9	48	83	4	191	24	20	27	27	1.99
53387301--53387337	17	2.2	17	100	0	74	24	10	24	40	1.87
53392944--53393032	40	2.2	40	90	4	135	29	15	10	44	1.79
53401878--53402052	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
53406676--53406727	20	2.6	20	84	0	77	25	30	28	15	1.96
53411526--53411586	28	2.1	29	84	3	79	31	13	34	21	1.91
53411525--53411649	29	4.4	28	69	13	85	32	13	30	23	1.93
53430171--53430296	43	2.9	45	81	5	161	23	13	26	35	1.92
53432657--53432710	26	2.1	26	89	0	81	29	14	16	38	1.89
53444341--53444488	63	2.3	67	78	14	157	31	15	28	25	1.96
53446692--53446833	73	1.9	73	98	0	275	26	14	23	34	1.94
53455200--53455232	12	2.7	13	86	13	52	36	9	0	54	1.32
53455536--53455759	49	4.5	49	81	6	272	29	25	18	26	1.98
53455536--53455760	100	2.3	98	85	5	292	28	26	18	26	1.98
53456498--53456621	59	2.1	59	96	0	230	29	29	10	29	1.90
53465506--53465546	16	2.6	16	92	0	64	46	19	24	9	1.80
53465760--53465906	29	5.2	29	81	4	149	28	13	30	27	1.94
53473541--53473692	29	5.3	29	75	6	134	26	15	31	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53476226--53476304	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
53485415--53485482	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
53485304--53485631	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	30	1.95
53485584--53485662	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
53488493--53488526	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
53490894--53490930	18	2.2	18	85	9	51	37	16	8	37	1.78
53492343--53492389	19	2.6	17	81	15	58	46	8	2	42	1.46
53492771--53492831	24	2.6	24	94	2	106	55	11	8	24	1.62
53496305--53496395	45	2.0	45	91	0	146	26	12	23	38	1.89
53499687--53499717	16	1.9	16	100	0	62	45	19	25	9	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290