genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15948398--15948449	27	1.9	27	96	0	95	17	28	26	26	1.97
15951617--15951768	64	2.4	63	96	1	277	37	3	11	46	1.59
15951866--15951941	38	2.0	37	97	2	143	56	9	2	31	1.45
15964692--15964746	28	1.9	29	82	10	69	34	0	7	58	1.26
15965110--15965206	7	13.4	7	73	6	50	24	1	42	31	1.62
15965102--15965171	29	2.4	29	83	4	79	24	1	38	35	1.64
15965120--15965201	29	2.8	29	86	1	101	24	1	37	36	1.64
15965243--15965373	7	17.7	7	68	16	59	18	1	32	47	1.58
15965334--15965373	15	2.6	16	88	7	57	15	5	30	50	1.65
15973313--15973420	26	4.2	26	89	0	171	33	6	23	37	1.80
15976594--15976666	26	2.7	27	85	10	89	43	4	4	47	1.41
15976781--15976815	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
15978204--15978299	41	2.3	41	85	0	120	37	23	19	18	1.94
15978308--15978702	41	9.6	41	91	1	594	23	21	29	26	1.99
15978832--15978863	15	2.1	15	94	0	55	62	3	0	34	1.11
15979008--15979058	18	2.8	18	85	8	68	45	3	1	49	1.32
15979478--15979509	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
15979481--15979548	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
15980156--15980233	38	2.1	37	81	9	88	35	23	23	17	1.95
15984026--15984093	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
15984415--15984526	9	12.6	9	83	1	118	48	14	0	36	1.50
15984415--15984526	27	4.2	27	88	1	136	48	14	0	36	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15990358--15990424	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
15992088--15992476	47	8.1	47	86	5	490	33	11	28	26	1.92
15992162--15992237	24	3.2	24	64	17	68	30	11	32	25	1.91
15992088--15992476	94	4.0	96	89	4	545	33	11	28	26	1.92
15992450--15992540	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
15992682--15992793	37	3.0	37	94	0	188	25	18	29	25	1.98
15993626--15993832	43	4.7	43	84	8	279	23	33	19	24	1.97
15994461--15994508	19	2.6	17	81	15	60	33	6	4	56	1.44
15996388--15996756	9	42.1	9	70	9	138	46	17	1	35	1.56
15996287--15996772	130	3.7	130	92	1	758	47	15	1	35	1.55
15996448--15996510	33	2.0	31	90	0	81	52	11	1	34	1.47
16002342--16002397	21	2.9	18	80	14	67	33	17	46	1	1.59
16002384--16002423	21	1.9	21	94	0	71	35	15	50	0	1.44
16002662--16002743	31	2.5	33	78	7	96	14	4	19	60	1.51
16008203--16008265	27	2.3	27	91	0	99	20	33	20	25	1.97
16026699--16026877	47	3.8	45	75	7	169	27	20	27	24	1.99
16026844--16026961	48	2.5	48	91	1	193	29	18	33	18	1.95
16026704--16026877	94	1.9	94	88	2	260	27	20	27	24	1.99
16034844--16035017	49	3.6	47	79	11	142	27	28	16	28	1.97
16034938--16035109	48	3.7	46	82	9	165	25	31	16	26	1.96
16034838--16035066	98	2.4	96	80	9	254	26	30	16	27	1.97
16034988--16035156	46	3.7	43	80	13	151	25	30	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16042829--16042954	50	2.5	50	84	1	155	25	31	18	24	1.97
16042825--16043141	46	6.7	48	74	14	182	24	30	17	27	1.97
16042973--16043186	46	4.6	46	77	11	188	24	29	17	28	1.97
16042825--16043176	48	7.4	47	74	15	219	24	30	17	26	1.97
16052015--16052039	12	2.1	12	100	0	50	16	32	44	8	1.76
16054052--16054098	23	2.1	22	84	4	58	31	10	8	48	1.68
16054434--16054483	25	2.0	25	96	0	91	38	0	26	36	1.57
16058184--16058220	18	2.1	18	89	0	56	43	0	8	48	1.32
16066739--16066781	16	2.7	16	92	0	68	48	18	23	9	1.76
16066739--16066781	8	5.4	8	85	0	50	48	18	23	9	1.76
16066994--16067087	29	3.3	29	85	4	111	23	10	32	32	1.89
16070695--16070728	2	17.0	2	87	0	50	0	5	50	44	1.26
16070866--16070910	2	22.5	2	95	0	81	51	46	0	2	1.13
16078066--16078250	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
16078047--16078250	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
16100376--16100459	15	5.7	15	70	21	70	14	3	20	61	1.47
16100377--16100455	31	2.7	29	83	12	92	12	3	21	62	1.46
16100382--16100474	28	3.2	28	77	10	80	15	4	19	61	1.50
16101400--16101451	18	3.1	18	78	13	65	19	0	53	26	1.45
16101462--16101542	33	2.5	33	89	0	126	24	8	43	23	1.82
16103494--16103904	47	8.7	47	97	0	759	29	30	8	32	1.86
16105043--16105084	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16107859--16108165	40	7.8	40	89	3	462	25	28	22	23	1.99
16112312--16112443	40	3.3	40	85	3	169	24	19	28	28	1.99
16118909--16119041	49	2.7	51	75	11	150	24	24	19	31	1.98
16119059--16119224	48	3.5	47	81	4	183	22	25	19	31	1.98
16124586--16124680	24	4.0	24	82	6	113	29	23	18	28	1.98
16124607--16124679	23	3.1	23	88	2	101	31	21	17	28	1.97
16124730--16124794	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
16124730--16124783	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
16130498--16130715	49	4.6	48	73	10	139	26	26	20	27	1.99
16130687--16130857	48	3.6	48	79	4	193	23	27	18	29	1.98
16130687--16130865	94	1.9	95	87	1	261	23	27	18	29	1.98
16134818--16135211	197	2.0	196	95	0	707	31	16	17	34	1.92
16136795--16136885	29	3.2	28	81	7	103	30	29	13	26	1.94
16136968--16137001	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
16141346--16141449	29	3.6	29	83	6	122	26	26	17	28	1.97
16145735--16145770	19	1.9	19	88	5	56	36	11	16	36	1.84
16148041--16148091	23	2.2	23	82	0	66	29	23	29	17	1.97
16149539--16149760	64	3.4	65	70	12	177	23	29	15	31	1.95
16149662--16149788	68	1.9	68	80	6	150	25	28	14	32	1.94
16152926--16153195	133	2.0	133	83	2	337	29	19	24	26	1.98
16159537--16159745	97	2.2	96	83	3	258	31	24	22	22	1.98
16163166--16163373	80	2.6	80	81	4	240	33	16	27	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16163166--16163373	40	5.2	40	77	0	191	33	16	27	22	1.96
16166370--16166461	31	2.9	31	86	1	112	28	22	4	44	1.72
16166386--16166493	32	3.4	32	88	1	137	28	21	4	45	1.71
16170044--16170108	34	1.9	34	87	0	94	32	23	18	26	1.97
16173180--16173223	17	2.6	18	82	7	56	38	0	0	61	0.96
16176140--16176208	33	2.1	33	94	0	120	39	5	18	36	1.75
16186244--16186284	15	3.0	14	79	13	50	51	0	0	48	1.00
16194803--16194881	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
16195000--16195954	47	20.3	47	98	0	1838	29	29	8	31	1.87
16200703--16200744	17	2.4	18	80	15	52	19	42	23	14	1.87
16201790--16201842	27	2.0	27	96	0	97	43	20	3	32	1.70
16206382--16206433	27	1.9	27	84	7	70	36	17	25	21	1.94
16206512--16206723	78	2.7	78	94	0	352	32	29	19	18	1.96
16206733--16206812	27	3.0	26	83	5	88	36	20	22	21	1.95
16207040--16207718	27	25.2	27	86	3	877	26	20	18	35	1.95
16207675--16208012	27	12.7	27	79	6	305	30	9	20	39	1.84
16207245--16207925	135	5.1	132	79	9	372	28	16	18	37	1.92
16207672--16208011	161	2.1	159	83	5	443	30	9	20	39	1.84
16211247--16211305	31	1.9	31	92	0	100	11	28	30	28	1.92
16213101--16213127	8	3.4	8	100	0	54	74	0	14	11	1.08
16213536--16213584	25	2.0	25	100	0	98	44	18	8	28	1.78
16226490--16226535	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16226497--16226541	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
16229275--16229302	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
16234376--16234560	79	2.3	81	81	8	218	25	28	22	23	1.99
16234357--16234560	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
16241289--16241754	49	9.6	49	98	0	886	28	28	7	34	1.85
16243202--16243321	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
16247248--16247855	304	2.0	304	100	0	1216	23	26	14	35	1.93
16247856--16248070	100	2.1	101	97	1	414	29	23	12	33	1.92
16249771--16249814	21	2.0	22	86	4	63	36	20	2	40	1.65
16254708--16254895	49	3.8	49	81	5	243	26	18	26	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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