genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3552349--3552641	49	5.6	52	81	7	183	35	17	24	22	1.95
3552356--3552652	108	2.8	110	80	8	300	35	16	24	22	1.95
3552466--3552652	49	3.7	49	87	2	239	35	17	25	21	1.95
3552844--3552874	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
3565430--3565495	20	3.2	20	78	6	60	24	0	24	51	1.48
3565483--3565523	21	2.0	21	85	0	55	14	0	29	56	1.39
3565579--3565621	22	1.9	23	90	4	70	20	2	41	34	1.65
3565736--3565797	7	8.9	7	83	0	79	19	1	38	40	1.61
3565714--3565794	21	3.9	21	81	4	92	20	3	35	39	1.71
3568833--3569119	43	6.7	43	73	4	186	29	19	22	28	1.98
3570015--3570047	14	2.4	14	100	0	66	30	21	9	39	1.84
3571295--3571412	44	2.7	45	83	10	149	26	19	22	31	1.98
3583383--3583484	29	3.6	29	82	4	118	29	27	16	26	1.97
3586860--3586892	12	2.8	12	95	0	57	42	6	9	42	1.61
3592690--3592965	46	5.9	46	77	11	210	25	19	31	24	1.98
3592690--3592954	140	1.9	138	83	6	338	26	18	30	24	1.97
3592695--3592954	94	2.8	92	78	12	266	26	18	31	23	1.98
3592700--3593059	49	7.6	49	72	13	190	26	19	30	23	1.98
3596822--3596891	28	2.5	28	83	0	77	27	15	25	31	1.96
3602667--3602728	21	3.0	21	76	4	72	35	19	11	33	1.87
3602667--3602727	10	5.9	10	74	11	52	34	19	11	34	1.88
3603372--3603434	27	2.3	27	81	5	74	22	25	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3603478--3603530	27	2.0	27	84	0	70	37	15	13	33	1.86
3603488--3603573	27	3.1	27	81	8	93	38	9	12	39	1.76
3603562--3603707	27	5.4	27	75	8	127	29	10	19	40	1.85
3603706--3603824	27	4.4	27	86	4	150	42	9	21	27	1.83
3614561--3614693	40	3.3	39	85	4	167	24	19	21	33	1.97
3614682--3614737	28	2.0	28	86	6	78	28	12	30	28	1.93
3637110--3637934	2	412.5	2	100	0	1650	0	0	49	50	1.00
3638992--3639043	10	5.1	10	83	2	50	25	5	1	67	1.23
3644694--3644746	10	5.3	10	86	8	72	22	7	1	67	1.25
3645470--3645503	17	1.9	18	94	5	61	26	5	5	61	1.42
3648060--3648284	79	2.8	79	80	9	244	26	21	27	24	2.00
3648062--3648284	40	5.6	40	84	8	226	26	21	27	24	2.00
3648153--3648317	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
3650525--3650639	23	4.9	23	77	9	90	38	18	20	23	1.93
3652937--3652972	8	4.5	8	89	0	54	50	8	2	38	1.47
3654157--3654273	35	3.3	35	64	23	91	43	17	5	32	1.74
3654127--3654278	71	2.1	71	97	0	286	42	19	4	33	1.71
3657447--3657554	53	2.0	53	94	0	189	30	15	20	33	1.94
3658010--3658060	26	2.0	26	84	0	66	54	11	5	27	1.59
3658165--3658825	51	13.0	51	100	0	1322	29	15	3	50	1.62
3661043--3661090	24	2.0	24	100	0	96	50	4	8	37	1.52
3661498--3661562	21	3.1	21	76	8	69	29	15	9	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3665173--3665363	90	2.1	90	83	1	231	26	28	13	31	1.94
3667686--3667725	20	2.0	20	90	0	62	80	2	12	5	0.98
3667671--3667722	10	5.1	10	78	2	50	78	1	17	1	0.93
3676387--3676529	42	3.4	42	84	1	196	30	16	23	29	1.96
3677105--3677159	20	2.8	20	76	15	60	27	9	1	61	1.36
3677889--3677922	17	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
3680907--3680983	15	5.3	14	77	22	70	22	3	0	74	0.98
3680919--3680983	5	12.4	5	75	15	60	21	3	0	75	0.94
3680909--3680982	28	2.8	26	80	15	89	22	4	0	72	1.01
3680879--3680982	53	2.0	53	85	11	142	20	4	0	75	0.99
3680916--3680979	25	2.4	25	80	12	67	23	3	0	73	0.97
3685389--3685448	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
3689695--3690705	46	22.0	46	97	0	1837	37	15	23	23	1.93
3696160--3696312	42	3.6	42	81	5	182	32	15	22	30	1.95
3697225--3697258	18	1.9	18	88	5	52	29	5	32	32	1.81
3698370--3698446	6	14.4	5	76	16	50	70	1	27	1	1.03
3698372--3698443	9	7.7	10	79	13	50	69	1	27	1	1.05
3698398--3698443	3	16.3	3	82	13	62	69	0	30	0	0.89
3698935--3699044	34	3.4	33	70	24	108	49	1	1	47	1.23
3698939--3699041	28	3.1	35	68	18	96	49	1	1	46	1.24
3698925--3699050	62	2.0	62	98	0	243	49	1	2	46	1.24
3698925--3699018	28	3.1	28	68	16	80	52	1	3	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3699379--3699460	38	2.2	37	93	4	139	30	12	2	54	1.50
3701282--3701354	24	3.0	24	88	7	110	34	26	15	24	1.94
3702970--3703026	16	3.8	16	73	21	52	26	0	1	71	0.95
3703052--3703105	25	2.2	25	90	6	83	35	1	0	62	1.06
3703611--3703643	16	2.1	16	88	5	50	51	9	3	36	1.49
3706350--3706429	33	2.4	33	93	0	133	41	12	7	38	1.71
3709106--3709189	38	2.2	40	82	8	102	65	10	2	21	1.35
3710178--3710222	22	2.0	22	100	0	90	35	13	22	28	1.92
3716945--3716991	23	2.0	23	87	0	67	36	21	12	29	1.91
3724124--3724461	126	2.7	126	86	0	462	36	18	17	28	1.93
3728574--3728609	7	5.0	7	89	3	54	55	13	5	25	1.60
3729391--3729525	48	2.8	46	82	6	146	54	5	8	32	1.52
3730385--3730442	30	1.9	30	86	6	82	22	32	27	17	1.96
3737848--3737884	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
3738683--3738742	30	2.0	30	90	6	95	23	36	25	15	1.93
3745351--3745495	53	2.8	50	79	10	123	28	32	19	20	1.96
3745381--3745495	53	2.2	53	88	3	178	29	33	19	18	1.95
3751193--3751276	42	2.0	42	100	0	168	28	21	7	42	1.79
3758952--3759040	43	2.1	43	91	4	144	39	20	14	25	1.91
3759746--3759919	49	3.5	49	86	1	267	29	28	16	25	1.97
3759746--3759927	99	1.8	99	97	0	346	29	28	17	25	1.97
3768803--3768827	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3769551--3769859	47	6.6	46	72	14	224	26	19	30	23	1.98
3770121--3770163	19	2.3	19	100	0	86	30	20	11	37	1.89
3770127--3770168	19	2.4	17	88	11	59	28	21	9	40	1.84
3775758--3775782	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
3776064--3776319	64	4.0	64	98	0	485	31	11	12	44	1.77
3781463--3781591	69	1.9	68	88	1	195	51	4	3	40	1.41
3781456--3781556	20	5.6	18	70	20	61	50	5	1	41	1.38
3784260--3784436	48	3.7	48	81	10	209	27	20	29	22	1.98
3784260--3784439	96	1.9	96	87	2	263	27	20	28	23	1.99
3786308--3786385	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
3786338--3786664	173	1.9	174	92	0	557	29	14	24	31	1.94
3799126--3799445	48	6.7	46	78	8	261	24	28	19	27	1.99
3799182--3799458	144	1.9	143	83	5	362	25	28	18	27	1.98
3802704--3802754	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
3803494--3803716	95	2.4	94	82	6	240	25	19	30	24	1.98
3803541--3803668	48	2.7	49	84	6	165	26	21	30	21	1.98
3803539--3803716	95	1.9	97	85	4	254	26	19	30	23	1.98
3809520--3809714	65	3.0	65	96	1	356	38	16	23	21	1.93
3810114--3810237	46	2.7	47	85	9	166	29	21	29	19	1.98
3810156--3810283	46	2.7	46	83	6	150	30	21	27	21	1.98
3810318--3810353	17	2.1	17	100	0	72	25	27	22	25	2.00
3810335--3810381	24	2.0	24	95	0	85	25	21	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3810771--3810809	20	1.9	21	84	5	53	38	5	12	43	1.65
3817502--3817721	48	4.6	48	79	3	210	25	28	19	26	1.99
3821984--3822021	20	1.9	20	89	10	60	34	0	28	36	1.58
3823821--3823936	42	2.7	42	83	10	146	32	25	17	25	1.96
3823821--3823974	43	3.6	43	80	10	154	33	25	16	24	1.96
3823855--3823974	44	2.8	43	81	6	118	35	26	16	21	1.95
3826722--3826809	23	3.8	22	84	11	106	34	18	22	25	1.96
3826713--3826815	23	4.4	23	80	13	104	33	16	23	26	1.95
3832523--3832566	23	1.9	23	95	0	79	47	2	11	38	1.52
3832546--3832579	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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