genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71393305--71393343	12	3.2	12	77	0	51	74	15	5	5	1.17
71394364--71394434	34	2.0	36	86	10	101	49	0	1	49	1.09
71394650--71394687	19	2.0	20	84	5	51	47	18	0	34	1.49
71396165--71396252	28	3.1	29	70	20	78	69	3	5	21	1.25
71396165--71396203	14	2.7	14	84	4	51	69	2	5	23	1.21
71399287--71399328	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
71402495--71402758	43	6.2	43	89	3	392	28	31	17	23	1.97
71402495--71402758	85	3.1	85	88	2	404	28	31	17	23	1.97
71402493--71402758	128	2.1	128	89	4	412	28	30	17	22	1.97
71403772--71403832	30	2.0	30	100	0	122	63	22	3	9	1.39
71406498--71406708	105	2.0	105	99	0	413	39	10	13	36	1.79
71407240--71407284	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
71407442--71407701	41	6.4	40	89	3	331	20	23	23	33	1.97
71407443--71407701	81	3.2	81	88	2	358	20	23	23	32	1.98
71408013--71408041	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
71416984--71417016	14	2.3	14	94	5	57	6	0	9	84	0.76
71420705--71420759	28	2.0	28	92	0	92	27	10	30	30	1.91
71422612--71422659	25	1.9	25	87	8	71	50	10	0	39	1.37
71427357--71427397	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
71430870--71430930	30	2.0	30	93	0	104	37	0	13	49	1.42
71433812--71433954	40	3.5	40	83	7	182	25	15	24	34	1.94
71437156--71437339	48	3.8	47	78	2	152	23	28	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71443011--71443244	100	2.3	100	100	0	468	29	25	18	26	1.98
71443010--71443259	51	5.0	50	82	12	300	30	25	18	26	1.98
71447947--71448077	48	2.7	48	83	0	163	25	31	16	27	1.96
71448830--71448927	24	4.0	24	86	1	124	37	4	37	20	1.72
71455699--71455762	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
71455955--71456098	24	6.0	24	87	2	182	27	21	20	29	1.98
71456147--71456193	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
71456229--71456276	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
71463825--71463888	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
71464081--71464224	24	6.0	24	91	2	209	26	22	22	29	1.99
71464273--71464339	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
71464259--71464339	40	2.0	39	86	9	110	33	19	12	34	1.89
71464273--71464328	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
71467845--71467942	24	4.0	24	91	1	151	35	5	39	19	1.74
71469562--71469642	33	2.4	34	75	8	85	28	17	23	30	1.97
71476340--71476369	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
71479460--71479499	21	1.9	21	94	0	71	40	15	0	45	1.46
71482662--71482922	49	5.5	47	73	12	196	26	19	29	24	1.98
71482656--71482831	92	1.9	93	88	1	264	26	19	29	25	1.98
71490367--71490683	49	6.6	48	70	15	178	26	18	29	24	1.98
71490367--71490687	98	3.4	94	75	11	278	26	18	30	24	1.98
71490360--71490683	142	2.2	143	83	5	386	26	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71497967--71498010	21	2.1	21	82	0	52	31	20	2	45	1.64
71502236--71502265	14	2.1	14	100	0	60	30	50	20	0	1.49
71504046--71504083	16	2.4	16	100	0	76	36	0	21	42	1.53
71506530--71506659	43	3.0	42	84	6	147	30	25	18	26	1.98
71511837--71512791	46	20.7	46	96	1	1756	30	28	19	21	1.98
71513219--71513277	30	2.0	30	89	0	91	28	25	8	37	1.85
71514802--71514869	33	2.1	33	97	0	127	32	26	5	35	1.81
71520271--71521173	46	19.6	46	98	0	1752	30	28	19	21	1.98
71521599--71521658	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
71522268--71522369	51	2.0	51	100	0	204	27	17	11	43	1.84
71525490--71525560	34	2.1	34	84	5	90	19	26	15	38	1.92
71527651--71527751	50	2.0	50	100	0	202	39	9	17	32	1.83
71528969--71529143	46	3.8	46	95	1	298	21	20	28	29	1.98
71536544--71536719	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
71536541--71536712	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
71572765--71572834	34	2.1	34	97	0	131	38	12	27	21	1.90
71587786--71587840	25	2.4	25	85	11	73	40	0	0	60	0.97
71587801--71587849	25	2.0	24	84	4	62	51	2	0	46	1.12
71589461--71589510	26	1.9	26	84	8	66	40	2	2	56	1.22
71589470--71589531	25	2.7	21	73	23	54	35	1	1	61	1.16
71596618--71596651	6	5.5	6	96	3	59	20	0	0	79	0.73
71596933--71597013	32	2.6	32	84	11	107	27	16	11	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71597233--71597286	24	2.3	23	81	9	56	40	1	1	55	1.21
71597471--71597630	59	2.7	59	81	5	171	50	11	14	24	1.75
71600325--71600362	19	2.0	19	94	0	67	31	7	15	44	1.75
71600682--71600762	40	2.0	40	97	0	153	32	2	13	51	1.54
71620075--71620252	27	6.6	27	85	1	223	39	19	8	32	1.83
71620075--71620306	54	4.3	54	81	6	166	38	20	9	31	1.84
71620236--71620310	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
71620302--71620836	27	19.8	27	89	1	777	28	22	7	41	1.81
71620302--71620836	81	6.6	81	96	1	950	28	22	7	41	1.81
71620836--71621114	27	10.0	27	81	10	303	35	17	23	23	1.96
71620857--71620934	35	2.2	35	90	4	122	39	19	20	20	1.92
71621442--71621501	27	2.3	26	82	2	66	20	23	20	36	1.95
71621557--71621728	86	2.0	86	100	0	344	17	15	31	36	1.91
71621706--71621830	6	20.3	6	73	16	96	18	16	14	50	1.78
71621709--71621770	25	2.5	25	91	0	97	19	17	14	48	1.81
71621706--71621809	31	3.4	30	74	15	104	18	17	14	50	1.79
71621734--71621804	19	3.8	19	76	10	83	16	18	15	49	1.80
71621729--71621821	37	2.5	37	87	0	132	18	17	13	50	1.78
71623775--71623970	54	3.6	54	77	2	196	38	20	9	30	1.85
71623775--71623971	27	7.3	27	83	3	159	38	21	9	30	1.85
71623775--71623970	81	2.4	81	80	3	198	38	20	9	30	1.85
71623949--71624104	27	5.8	27	89	0	204	31	20	6	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71623949--71624104	54	2.9	54	88	0	231	31	20	6	41	1.77
71623922--71624117	81	2.4	80	77	3	212	32	21	7	38	1.81
71623936--71624116	54	3.4	54	81	3	186	33	20	6	38	1.79
71624106--71624309	27	7.6	27	87	0	264	35	19	21	23	1.96
71624106--71624345	81	3.0	80	85	1	291	35	18	21	24	1.95
71624098--71624345	27	9.2	27	79	6	202	36	17	20	24	1.94
71624582--71624633	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
71624674--71624733	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
71624852--71624982	6	21.3	6	70	16	63	19	15	12	51	1.75
71624883--71624947	19	3.5	19	73	12	71	20	12	12	55	1.68
71624852--71624919	25	2.7	25	86	0	91	20	14	13	51	1.76
71624861--71624968	37	2.9	37	83	4	137	19	15	12	51	1.75
71628509--71628576	35	1.9	35	93	0	118	35	26	10	27	1.89
71631336--71631517	50	3.8	48	78	11	173	26	19	31	22	1.98
71633873--71633911	10	3.9	11	87	12	50	17	10	0	71	1.12
71648239--71648388	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
71648211--71648388	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
71648212--71648367	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
71651180--71651399	44	4.8	44	71	11	170	30	22	22	25	1.99
71651221--71651761	45	11.4	45	67	16	214	29	17	22	29	1.97
71651174--71651638	143	3.3	141	85	3	610	29	20	23	27	1.99
71651461--71651804	97	3.6	96	79	8	316	30	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71652469--71652498	14	2.2	14	94	5	53	6	13	0	80	0.91
71653169--71653218	3	16.7	3	87	0	64	32	6	0	62	1.20
71653174--71653214	21	2.0	21	95	0	73	31	7	0	60	1.24
71666751--71666800	20	2.5	20	84	15	68	24	22	0	54	1.45
71672308--71672523	27	8.1	27	87	1	274	39	19	9	30	1.84
71672523--71672588	27	2.4	27	84	0	78	39	16	18	25	1.91
71676424--71676484	30	2.0	30	90	6	97	42	6	21	29	1.78
71681638--71681749	27	4.2	26	83	7	134	16	25	24	34	1.95
71681638--71681749	54	2.1	54	86	3	154	16	25	24	34	1.95
71685385--71685725	48	7.1	48	97	0	619	36	6	27	29	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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