genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76643111--76643222	28	4.0	28	79	9	120	29	8	30	31	1.88
76647122--76647205	28	3.0	28	82	1	105	40	14	8	36	1.76
76647247--76647312	23	2.9	23	84	6	89	34	12	16	36	1.86
76647570--76647599	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
76651294--76651340	18	2.6	18	82	0	58	40	17	19	23	1.91
76651462--76651532	22	3.2	21	64	24	56	30	21	23	23	1.99
76651660--76651771	27	4.1	27	70	15	79	39	18	10	31	1.85
76656761--76656793	16	2.1	16	94	0	57	45	30	3	21	1.67
76658412--76658446	17	2.1	17	88	0	52	14	17	51	17	1.77
76658917--76658955	16	2.5	15	88	8	60	58	2	0	38	1.12
76676790--76676976	96	1.9	96	84	4	252	12	32	16	38	1.86
76679555--76679615	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
76679555--76679631	21	3.7	20	81	5	82	35	12	18	33	1.89
76687445--76687502	21	2.8	21	81	5	73	37	10	20	31	1.86
76687553--76687624	25	3.0	24	78	13	67	29	23	22	25	1.99
76691395--76691574	50	3.7	49	81	8	174	31	18	27	22	1.97
76691500--76691621	47	2.6	47	92	1	190	31	16	23	28	1.96
76691353--76691621	145	1.9	144	80	9	323	30	17	26	25	1.97
76697788--76697921	50	2.7	50	85	6	182	28	18	32	20	1.97
76697741--76697921	100	1.9	95	86	5	254	28	18	30	23	1.97
76697793--76697967	50	3.5	50	82	6	162	30	17	28	23	1.97
76697893--76698056	43	3.7	43	74	9	136	28	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76702054--76702167	27	4.2	27	83	12	137	35	21	22	19	1.96
76702054--76702169	55	2.2	53	86	9	155	36	22	22	18	1.95
76704345--76704430	28	3.1	28	68	0	82	32	16	27	23	1.96
76707437--76707545	27	4.0	27	85	2	130	28	16	17	37	1.91
76707537--76707823	27	10.6	27	79	8	203	28	9	22	39	1.86
76707537--76707823	54	5.3	53	78	7	242	28	9	22	39	1.86
76707535--76707774	81	3.0	80	80	3	268	30	9	21	38	1.85
76707537--76707823	81	3.5	79	78	6	258	28	9	22	39	1.86
76710302--76710341	16	2.5	16	79	0	53	72	0	5	22	1.04
76714192--76714219	12	2.3	12	100	0	56	7	25	42	25	1.80
76720394--76720474	42	2.0	41	83	11	105	61	2	2	33	1.22
76730399--76730520	61	2.0	61	96	0	226	37	22	14	25	1.92
76735033--76735600	27	21.0	27	84	5	682	28	22	8	40	1.84
76735609--76735803	27	7.2	27	84	2	212	36	18	19	25	1.95
76736007--76736081	27	2.8	26	81	4	78	22	18	21	37	1.94
76737300--76737324	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
76737297--76737369	29	2.5	31	78	13	82	60	4	0	35	1.16
76737304--76737375	31	2.4	30	73	22	71	61	2	0	36	1.11
76741374--76741539	43	3.9	43	77	8	160	27	16	24	32	1.96
76749253--76749410	33	4.8	33	76	3	122	42	19	21	16	1.89
76751402--76751444	20	2.0	20	86	8	59	25	2	11	60	1.43
76765087--76765155	33	2.1	34	83	8	88	26	8	27	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76767738--76767779	20	2.0	20	86	13	59	52	4	11	30	1.59
76769048--76769095	22	2.2	22	100	0	96	52	12	6	29	1.63
76770634--76770698	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
76770634--76770700	30	2.3	30	82	15	86	61	16	13	8	1.56
76770969--76771043	39	1.9	39	100	0	150	42	18	12	26	1.85
76773752--76773976	49	4.5	49	84	4	265	28	26	17	27	1.98
76773750--76773983	99	2.3	100	82	5	278	28	26	17	26	1.98
76778331--76778462	27	4.9	26	83	9	140	25	21	17	35	1.95
76778331--76778462	54	2.4	54	88	0	192	25	21	17	35	1.95
76778347--76778462	27	4.3	27	91	0	187	24	20	18	36	1.95
76782546--76782655	28	3.9	28	86	3	150	28	14	29	28	1.95
76794589--76794667	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
76794785--76794942	49	3.2	49	93	2	266	30	29	7	32	1.85
76798384--76798415	16	2.0	16	100	0	64	31	0	12	56	1.37
76801953--76802012	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
76807360--76807509	49	3.2	45	76	13	149	56	6	8	30	1.52
76807342--76807496	49	3.2	49	76	14	142	56	5	7	30	1.49
76807661--76807700	17	2.3	18	86	4	55	62	0	5	32	1.17
76809326--76809804	88	5.4	88	78	9	440	36	19	15	29	1.92
76809626--76809660	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
76809375--76809824	179	2.5	178	84	7	558	37	18	16	28	1.92
76809735--76809878	76	1.9	76	88	0	216	32	19	15	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76810684--76810776	40	2.2	40	79	12	98	16	19	15	49	1.80
76810715--76810792	40	2.0	40	87	5	113	11	17	15	55	1.69
76821108--76821272	83	2.0	83	93	0	285	35	13	33	17	1.89
76824585--76824725	70	2.0	70	95	0	255	36	12	23	26	1.91
76826369--76826442	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
76828092--76828163	35	2.0	36	97	2	137	41	5	23	29	1.77
76828581--76828744	46	3.5	46	78	9	163	29	18	29	22	1.97
76831375--76831427	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
76831408--76831498	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
76833171--76834016	104	8.1	104	96	0	1451	40	15	10	32	1.82
76835382--76835423	12	3.4	12	87	9	50	2	50	2	45	1.27
76845577--76845760	40	4.7	40	79	11	177	26	22	26	24	2.00
76845629--76845793	79	2.1	79	81	8	185	26	21	27	24	1.99
76854159--76854192	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
76865299--76865331	14	2.2	16	89	10	52	27	6	18	48	1.71
76874162--76874262	45	2.2	45	89	3	150	24	22	23	28	1.99
76879960--76880033	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
76889742--76889815	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
76898764--76898824	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76899865--76899921	25	2.3	24	85	11	71	57	17	1	22	1.49
76903729--76903753	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
76904445--76904669	46	4.8	46	76	10	197	26	21	30	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76911196--76911220	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
76911935--76912152	46	4.6	45	78	12	183	28	20	29	21	1.98
76912077--76912207	50	2.6	50	90	0	199	32	19	25	22	1.98
76918171--76918433	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
76926121--76926423	40	7.6	40	87	4	344	26	27	21	25	1.99
76926355--76926432	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
76939117--76939170	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
76939430--76939653	49	4.5	49	78	8	238	25	19	25	29	1.98
76939429--76939704	149	1.9	149	83	4	369	27	18	25	28	1.98
76942797--76942848	15	3.5	15	78	2	61	11	9	15	63	1.52
76948810--76949034	49	4.5	50	74	6	197	25	17	26	30	1.97
76957128--76957193	33	2.0	33	87	0	96	24	19	24	31	1.98
76962136--76962326	87	2.2	87	99	0	373	30	18	26	24	1.98
76966512--76966708	99	2.0	99	96	0	367	25	27	16	29	1.97
76976108--76976170	16	3.9	16	87	4	83	41	6	26	25	1.79
76979779--76979875	48	2.0	48	100	0	194	29	18	22	28	1.97
76986043--76986220	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76986064--76986219	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76986773--76986797	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
76995880--76996054	46	3.8	46	96	0	314	20	21	29	29	1.98
76996836--76997002	42	4.0	42	83	0	199	23	15	27	32	1.95
76997061--76997131	32	2.3	31	90	4	115	33	4	33	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76998405--76998559	27	5.8	26	88	1	202	40	21	8	30	1.83
76998405--76998560	53	2.9	53	87	3	206	39	21	8	30	1.83
77010272--77010429	27	5.9	27	87	2	210	39	22	8	29	1.84
77010467--77010546	27	3.0	27	74	7	72	27	18	26	27	1.98
77015245--77015321	30	2.6	29	78	15	84	57	16	12	12	1.66
77015254--77015325	15	4.9	15	81	3	83	58	16	12	12	1.63
77017283--77017318	18	2.1	18	89	5	56	19	47	16	16	1.83
77023667--77023754	24	3.6	24	84	7	99	23	31	15	28	1.96
77023691--77023777	24	3.6	24	82	0	93	24	32	18	25	1.97
77025142--77025528	194	2.0	194	98	0	756	28	19	21	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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