genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33423228--33423310	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
33423200--33423311	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
33431444--33431667	112	2.0	112	95	0	403	26	5	22	44	1.75
33438884--33438953	33	2.1	34	86	2	97	21	22	27	28	1.99
33443681--33443849	25	7.0	24	82	9	193	27	21	20	30	1.98
33443907--33443963	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
33443895--33443965	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
33443900--33443954	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
33444002--33444049	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
33445322--33445658	27	12.4	27	78	6	207	33	8	19	38	1.82
33445580--33445712	27	4.9	27	77	0	113	39	6	20	34	1.77
33445571--33445712	54	2.6	54	82	0	167	38	5	21	34	1.77
33448445--33448508	31	2.1	31	88	5	94	26	23	12	37	1.90
33448723--33448864	25	5.8	25	93	3	229	28	23	20	27	1.99
33448923--33448979	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
33448911--33448981	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
33448916--33448970	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
33449018--33449065	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
33450310--33450633	27	12.0	27	73	8	169	32	8	18	39	1.82
33450396--33450542	79	1.9	78	81	4	179	31	6	19	41	1.78
33450475--33450626	53	2.8	54	84	2	189	30	9	19	41	1.82
33450619--33450715	27	3.6	27	77	5	106	40	8	18	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33453472--33453536	32	2.1	31	88	2	94	26	23	13	36	1.92
33453729--33453898	25	7.0	24	84	9	211	27	23	20	28	1.99
33453956--33454049	9	9.9	9	78	14	91	36	21	7	35	1.81
33453944--33454051	20	5.6	20	89	5	168	34	21	9	35	1.85
33453956--33454051	38	2.5	39	91	5	151	35	20	8	35	1.83
33454087--33454134	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
33455371--33455658	55	5.4	54	76	7	216	32	8	18	40	1.81
33455371--33455672	27	11.3	27	76	9	190	32	8	19	39	1.82
33455651--33455745	27	3.6	27	79	11	115	38	8	20	32	1.82
33455624--33455743	52	2.3	53	85	1	161	38	6	20	35	1.79
33458768--33458937	25	7.0	24	84	9	211	27	23	20	28	1.99
33458995--33459051	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
33458983--33459053	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
33458988--33459042	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
33459090--33459137	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
33459938--33459991	20	2.7	20	82	8	65	38	22	25	12	1.90
33463393--33463471	26	3.0	26	83	7	88	39	17	24	18	1.92
33463630--33463694	22	3.0	22	75	8	69	30	21	26	21	1.98
33464068--33464553	27	18.0	27	82	1	544	25	18	18	37	1.94
33464067--33464552	54	9.0	54	86	2	618	25	18	18	37	1.93
33466304--33466359	18	3.1	18	84	0	67	46	12	17	23	1.82
33466689--33466902	27	8.0	27	84	5	245	40	20	14	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33466687--33466902	80	2.7	80	82	4	254	40	19	14	25	1.90
33466924--33467033	53	2.1	54	86	5	152	20	15	20	42	1.88
33466895--33467033	27	5.2	27	80	5	138	23	14	19	42	1.88
33471592--33471755	43	3.8	43	74	9	147	28	14	25	31	1.95
33475200--33475273	37	2.0	37	82	15	91	25	8	24	41	1.82
33481028--33481140	44	2.7	41	76	9	109	25	15	23	35	1.94
33481491--33481658	88	1.9	88	90	0	264	26	18	19	35	1.95
33496681--33496803	39	3.2	39	86	0	174	26	27	21	25	1.99
33501904--33501931	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30
33507426--33507594	43	4.0	43	80	6	166	27	16	23	32	1.96
33507433--33507594	85	1.9	84	85	7	220	27	16	24	32	1.96
33507475--33507613	43	3.3	43	77	4	120	28	17	23	30	1.97
33515158--33515188	14	2.3	13	94	5	53	29	16	6	48	1.70
33519972--33520122	82	1.8	82	88	0	230	50	6	2	40	1.42
33522549--33522589	20	2.1	19	86	13	57	31	24	14	29	1.95
33525282--33525315	16	2.2	16	89	5	52	70	0	26	2	1.01
33529912--33530008	44	2.2	44	82	8	110	42	2	1	54	1.19
33529964--33529988	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
33529971--33530023	26	2.1	24	83	13	63	50	0	1	47	1.12
33530442--33530479	17	2.2	17	90	9	60	50	5	2	42	1.39
33531762--33531805	21	2.0	22	86	4	63	22	13	9	54	1.67
33532940--33532975	7	5.0	7	89	3	54	25	5	13	55	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33533578--33533620	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
33536769--33536917	49	3.0	50	82	3	192	28	24	20	26	1.99
33538584--33538731	6	23.8	6	69	16	88	47	15	18	18	1.82
33538589--33538731	31	4.6	31	91	0	187	47	16	18	18	1.83
33538868--33538969	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
33539139--33539192	22	2.5	22	77	17	67	38	20	20	20	1.93
33539577--33539638	27	2.3	27	77	0	70	38	22	17	20	1.93
33539618--33539679	26	2.3	27	83	2	72	27	20	16	35	1.94
33539620--33539822	27	7.2	27	77	12	158	27	20	16	35	1.94
33539621--33539788	90	1.9	89	85	3	230	26	20	16	35	1.94
33539710--33539822	54	2.1	54	91	0	181	25	21	17	35	1.95
33539872--33540289	27	15.5	26	80	6	122	32	9	19	38	1.83
33539861--33540364	81	6.2	81	83	0	542	30	8	20	39	1.83
33539914--33540364	27	16.7	27	83	1	526	31	8	20	39	1.83
33539915--33540370	54	8.4	54	90	0	597	31	8	20	39	1.83
33542600--33542906	125	2.5	125	89	3	483	27	18	15	38	1.92
33542934--33543838	158	5.7	157	89	4	1367	43	20	1	35	1.62
33543346--33543381	16	2.2	16	90	0	54	50	33	2	13	1.57
33543373--33543432	22	2.7	23	82	7	70	50	23	0	26	1.50
33543691--33543995	140	2.2	142	90	3	481	43	19	1	35	1.61
33543820--33543871	24	2.2	22	87	12	77	61	21	0	17	1.34
33543817--33543890	23	3.2	23	82	3	78	54	24	0	21	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33545026--33545058	15	2.2	15	94	0	57	39	0	0	60	0.97
33546167--33546288	64	1.9	64	96	0	226	34	18	13	34	1.89
33548269--33548300	16	1.9	17	93	6	57	3	15	0	81	0.82
33552552--33552610	9	6.6	9	82	7	66	45	18	8	27	1.78
33552561--33552619	18	3.3	18	79	9	66	45	20	6	27	1.76
33552551--33552619	27	2.6	28	79	9	72	46	18	7	27	1.75
33552551--33552619	36	1.9	36	90	0	111	46	18	7	27	1.75
33552551--33552619	9	7.7	9	80	6	50	46	18	7	27	1.75
33552639--33552679	6	6.5	6	89	10	64	14	0	4	80	0.87
33552637--33552676	20	2.0	20	95	0	71	15	0	7	77	0.98
33552704--33552728	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
33552705--33552742	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
33554460--33554535	31	2.5	31	100	0	152	44	11	17	26	1.83
33560285--33560352	32	2.1	32	94	0	118	30	16	10	42	1.81
33562770--33562809	16	2.5	16	100	0	80	12	7	5	75	1.18
33565488--33565605	45	2.7	45	90	5	179	24	26	23	25	2.00
33573241--33573371	41	3.1	41	62	25	92	39	6	24	29	1.81
33573202--33573330	39	3.0	44	61	26	103	37	9	26	26	1.86
33573202--33573380	85	2.1	85	97	0	340	36	8	27	26	1.85
33575595--33575911	47	6.6	47	85	4	409	32	11	29	26	1.92
33575570--33575911	94	3.6	98	86	5	457	32	11	28	27	1.92
33575721--33575795	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33575733--33575808	25	3.2	25	62	24	63	30	11	31	26	1.92
33575885--33575975	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
33576120--33576300	37	4.9	37	92	0	292	23	19	31	25	1.98
33577570--33577934	40	9.1	40	92	0	577	23	21	29	25	1.99
33578133--33578241	57	1.9	57	88	1	164	23	19	28	28	1.98
33579690--33579868	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
33582081--33582350	47	5.6	47	86	5	378	31	12	29	26	1.92
33582056--33582350	100	3.0	97	90	4	443	31	12	29	26	1.92
33582324--33582414	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
33582559--33582666	37	2.9	37	90	0	162	25	20	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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