genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26620391--26620568	73	2.4	74	91	1	295	26	32	16	24	1.96
26620715--26620897	98	1.9	95	88	5	278	31	25	6	37	1.81
26620715--26620898	48	3.8	48	88	5	273	31	25	6	36	1.81
26620891--26621013	47	2.6	46	89	1	183	27	27	12	32	1.92
26623683--26623796	31	3.7	31	92	2	187	28	25	16	28	1.97
26624017--26624086	25	2.8	25	86	0	86	25	21	24	28	1.99
26624898--26624973	27	2.8	27	76	11	75	22	19	21	36	1.95
26625014--26625099	27	3.1	27	76	17	86	36	9	15	39	1.79
26625077--26625200	27	4.6	27	80	6	135	28	7	21	42	1.79
26625078--26625233	81	1.9	81	82	7	192	28	10	19	41	1.84
26625102--26625240	27	5.1	27	72	12	97	28	11	22	37	1.89
26625232--26625348	27	4.3	27	82	4	119	35	7	26	30	1.85
26632435--26632514	41	2.0	41	94	0	142	26	20	23	30	1.98
26634650--26634742	42	2.2	43	80	5	109	29	18	24	27	1.98
26638115--26638147	9	3.7	9	100	0	66	33	9	24	33	1.87
26639056--26639180	48	2.6	48	83	5	157	28	20	27	23	1.99
26650945--26651135	40	4.8	40	90	2	287	23	23	28	25	2.00
26650945--26651157	80	2.7	81	87	5	274	23	22	27	26	1.99
26659266--26659430	40	4.2	40	85	3	192	23	21	28	26	1.99
26661944--26662018	34	2.2	34	78	4	80	21	29	22	26	1.99
26663292--26663320	10	2.7	11	94	5	51	65	6	27	0	1.18
26667994--26668066	36	2.0	36	100	0	146	26	8	27	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26670307--26670399	29	3.2	29	84	6	118	33	12	21	32	1.91
26670319--26670468	58	2.6	56	79	7	142	28	12	22	36	1.91
26670319--26670425	29	3.7	29	82	7	128	28	13	22	36	1.91
26670334--26670468	57	2.3	58	78	6	141	30	12	22	34	1.91
26675133--26675176	22	2.0	22	86	0	61	52	4	0	43	1.22
26678027--26678086	25	2.4	26	76	15	63	58	1	5	35	1.30
26683784--26683893	54	2.0	54	89	0	166	27	11	22	38	1.89
26701482--26701601	43	2.8	42	78	9	145	30	20	17	31	1.96
26704225--26704266	21	2.0	20	82	13	50	45	14	7	33	1.72
26705109--26705152	22	2.0	22	86	8	63	54	4	2	38	1.33
26706282--26706407	53	2.4	53	90	2	191	21	25	14	38	1.91
26706284--26706407	26	4.7	26	76	3	131	20	25	14	39	1.91
26711434--26711486	26	2.0	28	88	7	83	18	5	20	54	1.64
26712443--26712499	28	2.0	28	100	0	114	28	33	7	31	1.84
26717219--26717316	28	3.5	28	91	2	153	33	25	12	28	1.92
26722535--26722620	30	2.9	30	94	0	145	27	20	15	36	1.93
26733670--26733719	24	2.1	24	85	10	68	14	8	2	76	1.10
26747308--26747381	23	3.1	23	77	11	62	31	20	21	27	1.98
26747306--26747365	23	2.5	24	81	8	68	28	21	23	26	1.99
26751297--26751445	42	3.5	43	73	16	121	30	25	17	26	1.97
26759673--26759897	49	4.5	48	87	4	279	24	17	28	29	1.97
26759666--26759905	99	2.4	100	84	2	313	24	18	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26763419--26763586	46	3.6	46	80	10	164	25	29	17	27	1.98
26767152--26767301	67	2.2	67	81	8	171	33	18	27	21	1.96
26767176--26767360	67	2.9	64	77	8	187	30	17	28	23	1.97
26775054--26775089	17	2.1	17	100	0	72	36	16	5	41	1.72
26783676--26783767	28	3.3	28	96	0	166	20	41	18	19	1.91
26789151--26789194	15	2.9	15	82	0	61	54	13	15	15	1.71
26804461--26804581	47	2.6	49	79	13	137	28	19	28	23	1.98
26814091--26814221	49	2.7	49	77	2	147	31	20	27	20	1.98
26818052--26818228	48	3.7	48	80	1	203	29	23	19	28	1.98
26818052--26818228	96	1.8	96	84	4	241	29	23	19	28	1.98
26832818--26832993	46	3.8	45	77	7	192	23	21	27	27	1.99
26832815--26832985	93	1.8	93	91	2	281	23	21	27	26	1.99
26836171--26836219	25	2.0	25	87	0	71	34	20	14	30	1.92
26837581--26837763	48	3.8	48	86	1	233	30	24	18	27	1.98
26839097--26839126	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
26844086--26844137	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
26844098--26844247	70	2.1	71	92	1	248	30	30	16	23	1.96
26844167--26844389	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
26844718--26844781	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
26844725--26844781	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
26851723--26851934	104	2.0	104	94	1	372	31	30	19	18	1.96
26852276--26852339	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26852283--26852339	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
26861623--26861713	43	2.1	43	83	4	121	32	26	14	26	1.94
26865667--26865768	50	2.0	50	84	0	132	41	21	7	29	1.81
26867735--26867912	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	28	1.96
26867735--26867912	54	3.3	54	81	8	200	26	15	28	28	1.96
26867736--26867891	82	1.9	81	85	6	217	26	16	28	28	1.97
26867732--26867912	82	2.2	81	81	4	213	27	16	28	28	1.97
26873128--26873250	44	2.8	44	80	10	142	26	30	18	25	1.98
26876120--26876372	68	3.9	64	77	10	219	30	15	28	25	1.96
26882813--26882923	55	2.0	55	87	3	161	27	32	18	21	1.97
26883824--26884141	47	6.7	47	76	11	258	23	30	19	26	1.98
26883824--26884141	141	2.2	140	81	5	354	23	30	19	26	1.98
26903646--26903867	40	5.7	40	87	5	294	24	22	27	25	2.00
26903646--26903867	79	2.8	80	86	6	294	24	22	27	25	2.00
26912626--26912850	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
26912626--26912882	119	2.2	118	81	7	281	25	21	27	24	1.99
26916438--26916521	42	2.0	42	97	0	159	32	16	20	30	1.95
26918320--26918398	29	2.7	28	84	7	104	18	18	29	32	1.96
26926266--26926300	16	2.2	16	100	0	70	25	22	11	40	1.88
26926272--26926319	16	2.9	16	87	3	60	29	22	14	33	1.94
26926506--26926535	12	2.5	12	100	0	60	30	0	20	50	1.49
26927380--26927435	28	2.0	28	100	0	112	35	0	17	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26928471--26928508	20	1.9	20	88	0	58	36	2	5	55	1.37
26932344--26932421	35	2.4	33	85	10	99	20	1	10	67	1.27
26932361--26932431	35	2.1	34	92	7	119	16	0	14	69	1.20
26934323--26934495	43	4.0	43	74	6	154	30	26	15	28	1.96
26937984--26938099	47	2.4	48	79	1	144	33	30	14	21	1.93
26939931--26939965	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
26941169--26941260	48	1.9	48	86	6	134	54	9	5	30	1.56
26943989--26944108	40	3.0	41	85	4	156	33	25	17	23	1.96
26950636--26950715	42	1.9	42	84	0	106	27	31	22	18	1.97
26956404--26956462	27	2.2	27	93	0	100	18	25	27	28	1.98
26961384--26961426	22	2.0	22	86	9	61	65	0	4	30	1.13
26961395--26961447	18	2.9	18	76	15	56	66	1	3	28	1.20
26961402--26961455	18	3.1	17	74	15	56	66	1	3	27	1.19
26964802--26965128	73	4.5	73	79	5	338	26	22	14	36	1.93
26964817--26965085	145	1.9	144	82	3	344	25	21	15	36	1.93
26969439--26969475	6	6.2	6	96	0	65	35	16	29	18	1.93
26981116--26981194	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26981313--26981830	47	11.1	47	93	2	792	27	30	8	32	1.87
26984511--26984682	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
26984504--26984679	46	3.8	46	77	12	198	29	28	20	21	1.98
26990798--26990965	43	3.9	43	74	9	119	29	14	23	32	1.94
26993533--26993569	6	6.2	6	96	0	65	35	16	29	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26996979--26997027	25	2.0	25	83	0	62	36	14	20	28	1.92
26997966--26997995	15	2.0	15	93	0	51	70	13	13	3	1.30
27021841--27021883	17	2.4	18	84	11	61	60	6	0	32	1.23
27024734--27024770	19	1.9	19	100	0	74	45	5	10	37	1.62
27035163--27035202	21	2.0	20	85	14	55	30	22	12	35	1.91
27040010--27040229	40	5.6	41	83	8	269	23	23	27	25	2.00
27043434--27043536	44	2.4	42	82	7	127	33	25	18	22	1.96
27058272--27058306	17	2.0	18	94	5	63	48	5	11	34	1.63
27061011--27061044	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
27067657--27067774	43	2.8	42	79	2	137	32	12	22	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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