genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57044447--57044653	47	4.3	47	79	6	175	29	27	16	26	1.97
57047870--57047904	17	2.0	18	88	5	54	60	8	11	20	1.57
57048212--57048237	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
57048321--57048359	19	2.2	18	86	9	53	69	0	2	28	1.02
57048469--57048522	24	2.2	24	83	6	65	61	1	9	27	1.37
57048588--57048688	47	2.2	44	77	17	102	62	1	4	30	1.27
57048764--57048805	19	2.0	22	86	13	63	59	0	9	30	1.29
57051691--57051728	20	2.0	20	85	10	53	44	31	2	21	1.66
57053370--57053413	22	2.0	22	95	0	79	61	0	6	31	1.22
57057359--57057735	131	2.9	130	85	2	504	26	19	19	34	1.96
57064971--57065293	176	1.8	176	85	3	448	39	18	17	24	1.91
57066262--57066314	3	17.7	3	84	0	52	9	33	1	54	1.43
57073300--57073415	58	2.0	58	100	0	232	41	13	20	24	1.89
57079450--57079507	27	2.1	27	81	12	66	60	1	6	31	1.33
57081904--57082079	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
57081901--57082072	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
57085935--57085973	20	2.0	20	85	10	53	69	0	2	28	1.02
57087518--57087677	52	3.1	51	83	8	196	25	15	27	32	1.95
57092772--57092904	66	2.0	66	94	0	230	36	6	6	51	1.51
57098456--57098642	61	3.1	60	77	5	173	24	18	11	46	1.81
57100857--57100975	55	2.2	55	84	6	152	22	23	28	25	1.99
57101509--57101560	25	2.0	26	85	3	70	59	1	7	30	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57103065--57103103	19	2.1	19	100	0	78	30	0	15	53	1.42
57109145--57109198	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
57109184--57109232	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
57109188--57109226	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
57109184--57109225	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
57109624--57109656	10	3.1	11	86	8	50	54	0	33	12	1.37
57111378--57111490	23	4.8	23	73	12	104	15	29	23	32	1.94
57113819--57113847	15	1.9	15	100	0	58	34	24	13	27	1.93
57122471--57122526	10	5.7	10	75	12	53	12	7	1	78	1.02
57122458--57122515	28	2.0	29	86	3	82	6	8	5	79	1.06
57122474--57122515	14	2.9	15	82	7	59	9	9	0	80	0.89
57122474--57122529	29	2.0	28	82	10	69	12	7	1	78	1.02
57122493--57122575	29	2.9	27	80	18	73	18	3	4	73	1.16
57122603--57122646	21	2.1	22	91	8	74	38	0	0	61	0.96
57122624--57122659	13	2.8	13	91	8	56	38	0	0	61	0.96
57122603--57122689	21	4.6	19	72	25	69	41	0	0	58	0.98
57122640--57122689	20	2.5	19	83	6	64	46	0	0	54	1.00
57122680--57122880	70	2.9	70	76	19	224	36	2	4	55	1.35
57122729--57122761	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
57122746--57122829	21	4.7	20	66	29	62	34	0	3	61	1.13
57122729--57122791	21	3.3	20	77	14	62	38	0	1	60	1.07
57122776--57122819	21	2.2	20	95	4	79	25	0	4	70	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57122729--57122813	9	8.9	9	70	20	57	35	0	2	62	1.08
57122745--57122821	30	2.6	30	89	4	111	33	0	3	62	1.14
57128743--57128821	40	2.0	40	97	0	149	29	17	13	39	1.89
57129073--57129110	20	1.9	20	88	0	58	28	2	0	68	1.03
57129093--57129133	15	2.8	15	88	3	57	46	0	0	53	1.00
57129111--57129157	19	2.5	19	73	13	51	51	2	2	44	1.25
57129412--57129483	19	4.0	19	70	18	64	58	1	0	40	1.07
57129407--57129480	33	2.2	32	83	13	96	55	1	0	43	1.08
57129522--57129614	4	22.2	4	77	16	91	73	4	3	19	1.14
57138332--57138371	13	3.1	13	81	0	53	70	2	0	27	1.01
57143137--57143189	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
57144671--57144754	26	3.2	26	98	0	159	36	26	4	32	1.77
57152192--57152232	11	3.7	11	80	0	55	21	14	7	56	1.63
57152455--57152488	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
57153261--57153295	18	1.9	18	100	0	70	62	0	28	8	1.24
57158424--57158479	29	1.9	29	85	7	78	46	0	5	48	1.25
57162872--57162900	6	4.8	6	100	0	58	48	0	0	51	1.00
57162872--57162907	18	2.0	18	88	0	54	50	0	2	47	1.15
57164566--57164601	17	2.1	17	90	10	56	66	0	33	0	0.92
57164568--57164604	6	6.3	6	84	15	51	67	0	32	0	0.91
57165142--57165168	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
57165383--57165451	30	2.3	30	92	0	120	27	50	5	15	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57165995--57166059	25	2.6	25	80	4	69	35	6	3	55	1.40
57166081--57166143	25	2.5	24	82	7	63	31	4	6	57	1.45
57166205--57166260	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
57179059--57179230	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	22	1.99
57179051--57179226	46	3.8	46	79	10	196	28	28	21	22	1.99
57179102--57179245	46	3.1	44	71	21	116	29	28	20	22	1.98
57181167--57181210	13	3.4	13	81	12	63	13	6	6	72	1.25
57181168--57181209	12	3.3	12	83	9	57	14	7	7	71	1.29
57181095--57181461	99	3.8	99	82	9	431	26	16	17	38	1.91
57181398--57181950	71	7.6	72	81	10	601	31	15	21	30	1.95
57181397--57181972	149	4.0	145	83	9	622	31	15	21	31	1.95
57181398--57181980	221	2.7	217	85	8	762	30	15	21	31	1.95
57182052--57182084	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
57181886--57182209	83	3.7	82	77	14	283	28	17	19	34	1.94
57181885--57182298	174	2.3	177	80	8	443	28	17	18	35	1.94
57182150--57182323	91	1.9	92	85	4	244	29	17	18	33	1.95
57181996--57182421	87	4.8	90	76	10	330	28	17	18	35	1.94
57182173--57182454	87	3.2	87	78	5	199	28	16	18	36	1.93
57182535--57182574	21	1.9	21	89	0	62	30	10	30	30	1.90
57193906--57194081	71	2.5	70	85	3	212	28	14	23	33	1.94
57194175--57194314	54	2.6	54	88	2	210	28	16	19	35	1.93
57194273--57194489	88	2.5	87	88	5	323	24	17	21	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57194445--57194636	56	3.6	54	83	8	225	30	13	17	39	1.87
57194680--57194774	44	2.2	44	100	0	190	26	13	26	33	1.94
57196717--57196751	18	1.9	18	88	0	52	34	0	5	60	1.21
57199418--57199587	9	17.9	9	67	13	56	65	1	1	31	1.10
57199419--57199494	28	2.8	28	78	13	77	67	0	2	30	1.05
57199456--57199610	28	5.2	29	72	18	97	63	2	0	34	1.08
57199474--57199615	9	14.8	9	67	17	56	64	2	0	33	1.08
57199487--57199552	33	2.0	32	88	8	98	60	3	0	36	1.12
57199490--57199594	27	3.6	27	74	22	81	65	2	0	31	1.07
57199623--57199652	15	2.0	15	100	0	60	60	6	0	33	1.23
57200133--57200187	21	2.6	22	80	13	62	36	0	5	58	1.21
57200118--57200193	29	2.5	30	83	8	84	32	0	6	60	1.22
57205023--57205077	28	2.0	28	82	7	67	27	3	0	69	1.05
57205036--57205067	15	2.1	15	94	5	55	25	0	0	75	0.81
57207006--57207048	11	3.9	11	81	0	50	34	0	4	60	1.17
57207174--57207226	12	4.2	12	79	15	63	37	3	1	56	1.28
57207320--57207420	3	34.3	3	68	15	50	31	6	1	59	1.35
57207350--57207409	23	2.5	26	82	17	76	35	10	0	55	1.34
57207351--57207414	26	2.5	27	80	14	73	34	9	1	54	1.42
57216173--57216217	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
57217786--57217879	49	1.9	49	86	0	134	30	28	19	21	1.97
57217652--57217880	127	1.8	127	93	0	395	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57218526--57218585	30	2.0	30	83	6	77	28	23	8	40	1.83
57220908--57220956	21	2.3	21	83	13	57	61	2	2	34	1.19
57231470--57231551	26	3.2	26	92	0	137	32	7	23	36	1.82
57238503--57238610	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
57246232--57246264	15	2.2	15	94	0	57	0	30	27	42	1.56
57248475--57248516	21	2.0	22	85	4	59	66	4	23	4	1.30
57252495--57252603	26	4.2	26	92	0	182	36	23	6	33	1.81
57255558--57255626	23	3.1	22	72	16	61	26	10	5	57	1.53
57255537--57255705	39	4.2	39	80	10	189	26	11	5	56	1.55
57255550--57255705	83	1.9	79	83	8	199	26	10	5	57	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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