genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60036466--60036508	14	3.0	14	86	10	52	72	2	20	4	1.14
60037799--60037842	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
60042284--60042319	17	2.2	17	90	9	58	22	38	30	8	1.83
60046240--60046270	16	2.0	16	93	6	55	6	16	0	77	0.97
60051729--60051781	21	2.5	21	78	6	54	16	33	26	22	1.96
60051743--60051830	21	4.0	21	76	5	77	15	30	26	27	1.96
60051748--60051825	21	3.7	21	77	3	84	16	30	28	24	1.97
60056701--60056759	29	2.0	30	86	6	84	20	40	0	38	1.53
60061972--60062363	131	3.0	130	87	2	545	37	19	17	25	1.93
60071827--60071852	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
60073264--60073335	36	2.0	36	100	0	144	36	11	22	30	1.89
60079297--60079350	19	2.7	20	80	8	56	64	1	0	33	1.04
60079296--60079374	21	4.0	20	75	9	63	63	1	0	35	1.03
60079317--60079387	31	2.2	34	76	16	80	63	0	1	35	1.03
60079346--60079421	30	2.4	32	80	8	77	65	2	1	30	1.14
60079571--60079769	28	7.0	28	70	13	95	32	4	1	61	1.25
60079722--60079759	18	2.0	20	85	15	53	42	0	0	57	0.98
60079678--60079770	19	5.0	19	71	18	70	37	2	0	60	1.09
60083040--60083091	21	2.5	21	84	3	61	51	3	11	32	1.56
60088453--60088500	24	2.0	24	100	0	96	37	4	8	50	1.52
60088711--60088762	26	2.0	25	82	10	61	40	5	1	51	1.37
60088945--60088978	16	2.1	16	94	0	59	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60101434--60101472	19	2.1	19	100	0	78	38	15	10	35	1.81
60102712--60102868	78	2.0	78	91	0	251	39	14	15	31	1.87
60111600--60111725	47	2.7	47	86	2	155	29	25	15	29	1.96
60111729--60111757	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
60111756--60111964	31	6.7	31	89	0	301	26	26	18	28	1.98
60111942--60112118	50	3.5	50	86	2	230	27	21	15	35	1.94
60114685--60114832	27	5.4	27	78	9	97	40	20	9	29	1.84
60114664--60114833	81	2.1	81	80	8	186	40	21	9	28	1.84
60114783--60114950	54	3.1	54	86	2	149	33	22	5	37	1.79
60114810--60114950	27	5.2	27	87	2	194	31	22	5	39	1.78
60115452--60115545	6	15.3	6	75	16	86	18	15	15	50	1.79
60115452--60115531	31	2.6	31	87	0	115	17	16	16	50	1.79
60115455--60115534	25	3.2	24	81	15	92	17	16	16	50	1.79
60121243--60121268	13	2.0	13	100	0	52	23	38	30	7	1.83
60139370--60139410	21	2.0	21	100	0	82	58	17	14	9	1.62
60140861--60140902	3	14.0	3	94	0	75	30	2	33	33	1.71
60163872--60163936	20	3.3	19	78	6	76	46	1	0	52	1.10
60163967--60164027	17	3.5	17	68	24	54	67	3	3	26	1.22
60168761--60168899	45	3.1	45	98	0	269	32	19	15	33	1.93
60170422--60170466	23	1.9	24	86	4	65	40	0	0	60	0.97
60170427--60170465	15	2.5	15	79	4	51	43	0	0	56	0.99
60170962--60171020	31	1.9	30	82	3	73	45	1	1	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60170965--60171039	30	2.4	30	76	12	71	45	1	2	50	1.24
60173059--60173125	33	2.0	33	97	0	125	31	4	22	41	1.73
60173916--60173985	26	2.7	26	86	6	99	21	24	17	37	1.94
60173942--60174018	23	3.2	23	88	5	100	16	24	22	36	1.94
60174144--60174191	25	1.9	25	87	8	71	29	22	8	39	1.83
60179809--60179849	21	2.0	21	90	0	64	46	19	0	34	1.50
60183700--60183785	6	13.3	6	80	13	75	17	4	0	77	0.93
60184064--60184174	41	2.7	40	83	9	118	29	35	11	23	1.90
60184827--60185039	118	1.8	118	94	0	381	22	16	31	29	1.96
60185184--60185244	11	5.5	11	80	7	70	85	0	11	3	0.72
60188640--60188913	46	6.0	46	91	0	397	22	23	14	38	1.92
60192110--60192144	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
60213664--60213692	6	4.8	6	100	0	58	13	0	68	17	1.20
60214145--60214182	14	2.7	14	84	8	51	44	10	13	31	1.77
60227363--60227399	17	2.2	17	90	0	56	48	0	0	51	1.00
60241845--60241869	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
60243775--60243803	13	2.1	14	93	6	51	27	3	0	68	1.05
60249064--60249098	5	6.8	5	96	3	61	22	0	0	77	0.78
60255691--60255783	42	2.2	42	86	5	125	33	33	12	20	1.91
60256556--60256773	118	1.8	118	92	0	364	22	16	31	29	1.96
60256877--60256928	26	2.0	26	85	7	70	76	3	0	19	0.93
60257530--60257582	28	1.9	28	88	3	81	45	0	11	43	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60257526--60257588	27	2.3	26	73	10	63	41	0	9	49	1.35
60260872--60261185	54	5.8	54	88	1	434	41	19	8	30	1.81
60260862--60261183	108	3.0	108	91	0	493	40	19	8	31	1.81
60260872--60261237	27	13.6	27	81	1	376	40	19	8	30	1.82
60260872--60261293	27	15.7	27	75	6	248	39	20	8	31	1.83
60261277--60261499	27	8.3	27	83	4	261	36	18	19	24	1.94
60261277--60261495	81	2.7	80	85	4	298	36	18	20	24	1.94
60262012--60262163	6	24.8	6	68	18	91	18	17	13	50	1.77
60262012--60262109	43	2.3	42	84	7	117	19	18	13	48	1.80
60262034--60262140	19	5.8	19	71	19	75	17	19	14	47	1.82
60262071--60262151	31	2.6	31	90	1	119	18	18	14	48	1.82
60262035--60262172	55	2.5	57	79	11	162	18	16	14	50	1.78
60263470--60263579	56	2.0	56	90	0	175	20	13	26	39	1.90
60264803--60264834	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
60265652--60265733	26	3.2	26	96	0	146	30	6	25	37	1.80
60270925--60270983	20	3.0	20	87	2	84	32	18	22	27	1.97
60273856--60273916	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
60278205--60278244	9	4.2	10	87	12	50	70	0	0	30	0.88
60278210--60278252	9	5.2	8	89	10	61	72	0	0	27	0.85
60281930--60281958	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
60285094--60285478	41	9.4	41	77	8	290	37	19	17	25	1.93
60285094--60285457	123	3.0	121	81	9	348	38	19	17	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60286850--60286944	41	2.3	40	89	1	136	27	23	12	36	1.91
60287242--60287279	11	3.4	11	92	3	58	15	23	5	55	1.61
60287242--60287280	17	2.3	16	86	8	51	17	23	5	53	1.63
60289275--60289919	241	2.7	241	99	0	1254	34	17	15	31	1.91
60290039--60290166	9	13.6	9	72	12	96	46	19	0	33	1.56
60290056--60290133	39	2.0	39	92	0	129	46	20	0	33	1.51
60290052--60290164	57	2.0	57	87	0	163	45	21	0	32	1.58
60290056--60290162	39	2.7	37	79	13	108	45	20	0	32	1.58
60296193--60296310	43	2.7	43	88	5	157	21	25	21	32	1.98
60301167--60301200	6	6.0	6	96	3	54	35	52	11	0	1.38
60301282--60301319	17	2.4	15	91	8	58	68	0	0	31	0.90
60301284--60301321	15	2.4	16	83	16	53	68	0	0	31	0.90
60304329--60304590	130	2.0	130	100	0	524	33	23	17	25	1.96
60307445--60307474	13	2.3	13	94	0	51	50	6	0	43	1.28
60308122--60308201	25	3.3	24	72	17	67	56	7	3	32	1.45
60311910--60312080	87	2.0	87	89	0	261	26	8	29	35	1.85
60315260--60315308	10	4.9	10	82	9	64	20	10	2	67	1.30
60317263--60317294	16	2.0	17	88	11	50	31	6	18	43	1.75
60330117--60330147	15	2.1	15	100	0	62	35	19	12	32	1.90
60337791--60337980	96	2.0	96	82	1	229	34	16	7	41	1.76
60338307--60338367	30	2.0	30	100	0	122	36	9	19	34	1.85
60342957--60343001	16	2.8	16	83	6	56	44	4	2	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60343578--60343607	7	4.3	7	100	0	60	16	0	0	83	0.65
60346238--60346306	34	2.0	34	100	0	138	40	5	2	50	1.41
60346311--60346340	13	2.4	12	94	5	51	53	0	0	46	1.00
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60349080--60349121	12	3.2	13	90	6	59	11	16	2	69	1.29
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60349555--60349591	14	2.5	15	87	12	51	54	0	0	45	1.00
60349528--60349581	21	2.5	20	80	17	56	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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