genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6993370--6993417	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
6993458--6993492	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
6993405--6993638	129	1.8	130	95	0	425	42	2	5	49	1.39
6993587--6993621	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6993575--6993849	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
6993734--6993768	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6993930--6994024	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
6994005--6994072	16	4.2	16	92	0	109	35	38	0	26	1.57
6994766--6994812	7	6.7	7	90	0	67	82	0	12	4	0.80
6995042--6995115	25	3.0	25	78	9	80	50	0	0	50	1.00
6995039--6995120	40	1.9	42	80	11	96	47	0	0	52	1.00
6996757--6996798	21	2.0	20	86	4	57	28	28	11	30	1.92
7012311--7012543	39	6.0	39	91	2	360	24	29	24	21	1.99
7016538--7016568	11	2.9	11	95	4	55	19	0	0	80	0.71
7035988--7036102	57	2.0	57	100	0	230	33	1	22	42	1.64
7039981--7040064	31	2.7	32	84	3	107	58	20	7	14	1.59
7045724--7045805	9	9.1	9	73	5	67	36	1	20	41	1.61
7045741--7045895	43	3.6	43	85	1	211	36	2	16	43	1.62
7046064--7046130	29	2.3	28	92	7	116	55	0	0	44	0.99
7046071--7046128	16	3.9	16	73	26	56	51	0	0	48	1.00
7046071--7046120	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00
7045905--7046444	192	2.7	197	92	5	889	49	7	8	34	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7046289--7046349	20	3.2	19	71	15	63	50	6	0	42	1.28
7046259--7046349	39	2.4	39	94	1	157	51	4	0	43	1.21
7046269--7046334	20	3.3	20	73	12	73	54	3	0	42	1.15
7047888--7047953	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
7047905--7047983	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
7047927--7047983	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
7047905--7047983	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
7050289--7050527	74	3.2	74	81	5	261	36	20	14	28	1.92
7050451--7050745	115	2.6	111	77	7	261	33	18	17	30	1.94
7050560--7050771	115	1.8	116	84	1	291	34	17	18	29	1.94
7050873--7050934	7	8.9	7	80	7	54	38	40	0	20	1.53
7051130--7051253	7	17.9	7	68	8	74	46	31	0	21	1.52
7051131--7051258	14	9.2	14	76	11	102	47	29	0	22	1.52
7051184--7051253	28	2.5	29	90	4	117	47	31	0	21	1.51
7051545--7051907	194	1.9	195	86	6	522	27	22	21	29	1.99
7051854--7051954	41	2.5	40	76	6	96	28	22	19	28	1.98
7052853--7052949	33	2.9	34	72	17	85	50	1	4	44	1.28
7056614--7056659	22	2.1	22	84	4	58	45	0	6	47	1.28
7057273--7057330	4	13.8	4	83	7	71	46	3	1	48	1.29
7057675--7057724	14	3.3	15	78	13	50	30	6	0	64	1.18
7058115--7058159	23	2.0	23	90	0	72	0	20	2	77	0.87
7058121--7058159	7	5.3	7	82	11	51	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7058718--7058873	63	2.5	62	81	7	172	26	23	25	25	2.00
7077141--7077270	66	2.0	65	89	1	197	45	20	9	25	1.80
7081977--7082032	18	3.1	18	84	0	76	46	12	19	21	1.83
7082369--7082488	26	4.5	27	73	8	93	30	20	18	30	1.96
7088851--7088891	18	2.3	18	83	8	57	21	41	26	9	1.84
7098177--7098240	10	7.0	10	70	20	50	65	0	1	32	1.02
7098170--7098240	26	2.6	27	84	4	99	64	0	1	33	1.02
7098170--7098238	18	3.9	17	69	16	52	65	0	1	33	1.02
7098446--7098481	18	1.9	19	88	5	56	36	2	8	52	1.46
7099572--7099627	21	2.7	21	72	8	60	66	1	1	30	1.12
7099613--7099680	19	3.6	19	75	13	61	58	2	4	33	1.33
7099572--7099730	56	2.7	57	78	10	153	59	3	5	31	1.36
7099884--7099933	19	2.7	19	73	14	50	34	2	0	64	1.05
7099852--7099912	29	2.2	25	76	18	59	36	1	1	60	1.16
7101362--7101392	12	2.6	12	94	0	53	25	16	22	35	1.94
7101854--7101902	9	5.4	9	80	0	62	46	18	8	26	1.76
7104180--7104304	63	2.0	63	98	0	241	40	17	13	28	1.88
7107898--7107950	21	2.5	21	84	9	63	49	3	0	47	1.19
7108369--7108407	18	2.1	19	85	4	53	69	0	10	20	1.17
7109054--7109078	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
7116709--7116766	24	2.4	24	77	16	66	32	0	18	48	1.49
7116964--7117061	40	2.5	40	83	4	121	28	19	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7119833--7119898	32	2.1	32	100	0	132	39	18	13	28	1.89
7119964--7119993	13	2.3	13	94	0	51	86	13	0	0	0.57
7121101--7121145	21	2.1	22	87	4	65	37	4	0	57	1.19
7121257--7121298	22	1.9	22	85	9	59	28	0	7	64	1.20
7123647--7123714	35	1.9	35	93	0	118	35	11	30	22	1.90
7123900--7123938	19	2.0	20	85	5	53	33	0	0	66	0.92
7124062--7124128	25	2.7	26	86	11	95	41	0	0	58	0.98
7124615--7124733	60	2.0	60	94	0	211	34	0	10	53	1.42
7124931--7125426	102	4.8	104	86	6	644	29	0	15	54	1.47
7124931--7125426	205	2.4	207	86	7	683	29	0	15	54	1.47
7130468--7130498	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
7132278--7132453	46	3.8	47	80	15	204	22	19	28	28	1.98
7132274--7132445	93	1.8	93	91	2	283	22	20	29	27	1.98
7138328--7138372	20	2.3	20	84	3	56	55	22	4	17	1.60
7138356--7139143	277	2.8	273	89	3	1168	57	17	6	17	1.60
7139409--7139453	19	2.3	20	84	3	56	24	2	0	73	0.95
7139419--7139453	13	2.8	12	83	8	52	22	0	0	77	0.78
7141856--7142095	122	2.0	122	94	0	417	29	11	34	24	1.90
7143331--7143366	10	3.8	10	85	14	58	16	0	22	61	1.35
7143330--7143368	18	2.2	18	100	0	78	17	0	25	56	1.41
7143510--7143549	21	1.9	21	94	0	71	15	25	32	27	1.95
7147216--7147252	20	1.9	20	88	5	58	54	21	24	0	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7149733--7149790	19	3.0	19	80	14	82	48	15	17	18	1.82
7149936--7149980	3	14.7	3	95	4	81	66	0	33	0	0.92
7150268--7150304	9	4.1	9	89	0	56	27	10	13	48	1.75
7150268--7150304	18	2.1	18	94	0	65	27	10	13	48	1.75
7154254--7154282	14	2.1	14	100	0	58	20	27	13	37	1.91
7154979--7155083	27	3.9	27	77	7	79	23	30	24	20	1.99
7155460--7155502	21	1.9	24	86	13	65	39	4	6	48	1.51
7155457--7155506	21	2.3	20	78	21	57	42	4	6	48	1.46
7157982--7158096	27	4.3	26	86	5	131	35	22	23	18	1.95
7157982--7158096	54	2.1	54	85	3	151	35	22	23	18	1.95
7159715--7159824	26	4.2	26	95	0	175	36	23	5	34	1.78
7163877--7163918	18	2.3	18	100	0	84	50	4	0	45	1.23
7174296--7174328	14	2.2	16	89	10	52	48	0	0	51	1.00
7175787--7175831	21	2.1	22	87	4	65	64	0	26	8	1.23
7175787--7175824	11	3.5	11	82	7	51	65	0	23	10	1.23
7175939--7175965	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
7187621--7187675	24	2.3	24	84	6	67	58	1	0	40	1.09
7194435--7194473	21	1.9	20	85	15	53	48	20	12	17	1.80
7195245--7195300	21	2.7	21	97	0	103	23	32	26	17	1.97
7209859--7209911	24	2.2	24	96	0	97	18	30	11	39	1.86
7212404--7212488	41	2.1	40	84	2	107	29	22	17	30	1.97
7214554--7214611	30	1.9	30	85	0	80	44	17	31	6	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7216626--7216714	46	2.0	44	86	4	124	32	12	25	29	1.92
7216628--7216730	44	2.3	45	81	3	118	33	12	23	30	1.92
7225189--7225223	17	2.1	17	89	10	54	48	8	0	42	1.33
7226739--7226763	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
7232288--7232335	22	2.2	22	85	7	62	66	10	12	10	1.44
7237315--7237356	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
7237485--7237516	15	2.3	15	89	10	50	40	0	0	59	0.97
7240889--7241055	78	2.1	78	89	0	253	17	29	16	36	1.92
7240886--7241036	39	3.9	39	89	0	230	15	31	16	36	1.91
7240917--7241075	78	2.0	78	86	0	219	16	28	18	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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