genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12825798--12825984	51	3.7	51	79	3	135	31	27	16	25	1.96
12831626--12831684	30	2.0	30	89	0	91	23	25	13	37	1.92
12831673--12831773	30	3.4	30	82	6	125	15	25	14	43	1.86
12833950--12833987	17	2.2	18	90	4	60	23	28	31	15	1.96
12834203--12834450	27	9.2	27	81	7	247	27	22	9	40	1.85
12834197--12834450	54	4.7	55	83	7	272	27	22	9	40	1.85
12834204--12834450	81	3.0	82	85	4	322	27	21	9	40	1.85
12834455--12834595	27	5.2	27	85	0	165	34	17	21	26	1.95
12834795--12834877	27	3.1	26	86	5	94	19	20	21	38	1.93
12834965--12835023	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
12835402--12835572	6	28.3	6	75	12	154	20	16	13	49	1.79
12835377--12835540	73	2.2	72	86	6	224	20	16	14	49	1.79
12837553--12837637	27	3.1	27	87	0	80	30	22	9	37	1.86
12837568--12837817	27	9.3	27	83	3	306	26	23	10	40	1.86
12837822--12837962	27	5.2	27	84	0	174	35	18	19	26	1.95
12837822--12837964	54	2.6	54	86	0	205	35	18	19	25	1.95
12838162--12838244	27	3.1	26	84	5	103	19	20	21	38	1.93
12838332--12838390	22	2.7	22	78	0	55	22	25	22	30	1.99
12838555--12838628	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
12838770--12839010	6	39.8	6	75	15	212	21	16	12	49	1.79
12838776--12839004	79	2.9	79	87	6	322	21	16	12	49	1.78
12838745--12839010	85	3.2	83	81	10	312	21	16	12	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12838885--12839031	36	4.2	34	73	18	117	20	15	13	50	1.78
12841357--12841391	9	3.8	9	92	3	52	8	0	2	88	0.61
12843809--12843945	47	2.9	48	82	7	179	25	31	18	24	1.97
12843811--12843973	49	3.3	49	82	7	199	23	30	19	25	1.98
12850876--12850915	17	2.4	17	86	0	53	35	12	10	42	1.76
12859774--12859988	46	4.7	44	75	13	184	25	18	30	25	1.98
12878597--12878778	49	3.7	49	83	2	256	25	19	26	28	1.99
12878592--12878778	100	1.9	100	97	0	356	25	19	26	27	1.99
12885953--12886074	27	4.5	26	77	10	113	38	20	10	30	1.87
12886088--12886230	27	5.3	27	75	3	126	35	23	4	37	1.74
12886088--12886203	54	2.1	54	84	9	148	32	22	4	40	1.73
12886194--12886281	27	3.3	27	88	3	115	45	21	5	27	1.74
12886284--12886714	27	16.0	27	87	3	573	32	19	22	25	1.98
12887141--12887205	22	3.0	21	78	13	69	20	20	23	36	1.95
12887364--12887438	27	2.8	26	82	6	78	18	24	17	40	1.91
12887397--12887464	27	2.5	26	88	4	91	23	25	17	33	1.96
12887610--12887664	25	2.2	25	90	0	83	20	20	14	45	1.85
12889628--12889780	27	5.7	27	73	11	109	37	20	9	32	1.84
12889628--12889780	81	1.9	81	81	10	188	37	20	9	32	1.84
12889788--12889903	27	4.3	27	87	0	178	31	22	6	38	1.81
12889735--12889959	81	2.8	81	74	9	201	37	20	7	34	1.80
12889653--12890020	27	13.6	27	75	7	165	37	21	7	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12890006--12890470	27	17.3	27	85	2	542	34	18	20	25	1.96
12889882--12890048	54	3.1	54	81	1	138	41	20	7	29	1.81
12889952--12890471	81	6.4	82	82	3	443	35	19	19	26	1.95
12890897--12890961	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
12891120--12891220	27	3.7	27	86	5	123	18	23	20	36	1.95
12891358--12891429	31	2.3	31	90	2	108	20	16	13	48	1.80
12891389--12891454	25	2.6	25	78	4	71	21	19	13	45	1.85
12892598--12892734	22	5.9	23	80	9	136	38	16	20	24	1.93
12892599--12892744	45	3.1	47	78	10	167	38	17	21	23	1.93
12894467--12894889	210	2.0	210	100	0	846	25	21	14	38	1.91
12899112--12899290	27	6.6	27	73	7	112	27	16	26	29	1.97
12899109--12899291	83	2.2	82	80	5	201	27	16	26	28	1.97
12921226--12921257	16	2.0	16	100	0	64	43	18	12	25	1.85
12926333--12926498	46	3.5	46	78	13	212	22	19	28	30	1.98
12926326--12926550	95	2.4	93	96	1	423	23	20	27	29	1.99
12929182--12929217	19	1.9	19	88	5	56	52	13	16	16	1.74
12941886--12941927	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
12941982--12942042	30	2.1	30	84	3	79	47	11	9	31	1.72
12945203--12945470	40	6.6	41	80	9	316	26	28	21	23	1.99
12945203--12945470	83	3.3	83	89	4	402	26	28	21	23	1.99
12945203--12945470	123	2.2	121	82	7	310	26	28	21	23	1.99
12953333--12953560	40	5.6	40	81	12	268	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12953343--12953560	83	2.7	83	88	7	322	27	27	21	23	1.99
12958329--12958402	29	2.6	29	80	4	78	24	31	14	29	1.95
12973199--12973321	57	2.1	58	82	4	142	30	21	18	28	1.97
12982752--12982895	47	3.1	47	90	0	198	33	9	29	28	1.88
12982796--12982873	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
12984859--12984901	16	2.7	15	82	13	50	27	4	0	67	1.10
12998003--12998120	43	2.8	41	79	7	137	30	16	23	28	1.97
13001413--13001475	27	2.4	26	81	2	72	38	14	19	28	1.90
13001431--13001482	27	1.9	27	84	0	68	34	19	17	28	1.94
13001427--13001503	27	2.9	26	73	9	66	36	18	18	27	1.94
13001746--13001844	22	4.5	22	89	0	135	12	30	29	28	1.93
13010403--13010512	25	4.4	25	74	19	120	31	17	16	34	1.92
13011014--13011242	116	2.0	116	90	1	361	33	6	15	44	1.73
13017434--13017512	3	25.7	3	73	10	61	65	0	32	1	1.00
13017438--13017491	16	3.4	17	80	14	62	74	0	25	0	0.83
13028987--13029107	48	2.5	48	82	0	152	28	24	21	25	1.99
13035680--13035816	48	2.9	48	80	1	159	26	26	21	25	2.00
13038969--13039077	43	2.6	42	78	5	112	31	26	18	23	1.97
13056779--13056832	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
13058488--13058540	19	2.8	19	88	5	81	28	24	35	11	1.90
13059361--13059394	16	2.1	16	88	0	50	32	32	14	20	1.93
13070779--13070827	22	2.2	22	86	13	66	55	0	6	38	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13084738--13084963	112	2.0	112	89	1	346	34	15	14	36	1.87
13088301--13088434	48	2.8	48	88	1	187	29	19	19	32	1.96
13090698--13090806	27	4.0	26	80	8	119	18	23	21	36	1.95
13097413--13097453	20	2.0	21	90	4	66	7	34	0	58	1.26
13099799--13100028	39	5.9	39	90	0	343	23	26	26	23	2.00
13099799--13100028	78	2.9	78	91	0	379	23	26	26	23	2.00
13105596--13105753	39	4.1	39	90	1	246	24	29	25	21	1.99
13105588--13105753	77	2.1	78	93	3	282	24	27	24	23	2.00
13108061--13108172	27	4.2	26	83	7	125	16	23	22	37	1.94
13108061--13108172	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
13112858--13112980	47	2.6	47	81	8	126	30	20	28	21	1.98
13123824--13123890	20	3.3	20	80	0	80	29	13	20	35	1.91
13123941--13124059	23	5.1	23	94	2	211	27	20	21	31	1.98
13124272--13124331	31	1.9	31	89	0	93	36	13	23	26	1.92
13125758--13125858	46	2.2	44	77	11	103	32	28	17	20	1.96
13132957--13132994	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13133224--13133393	92	1.8	93	92	1	288	28	28	20	21	1.98
13133219--13133390	46	3.7	46	78	11	199	29	27	20	22	1.98
13137480--13137664	94	2.0	94	86	0	262	25	25	29	19	1.99
13137479--13137689	94	2.2	94	82	0	260	26	27	27	19	1.99
13138067--13138093	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
13144143--13144226	29	2.8	30	84	13	111	27	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13144461--13144508	25	1.9	25	91	0	78	27	20	25	27	1.99
13144556--13144603	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
13152433--13152480	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
13159226--13159323	12	8.7	11	75	15	85	35	4	0	60	1.16
13171582--13171809	44	5.2	44	93	0	366	31	14	25	28	1.94
13171582--13171844	88	3.0	89	83	10	337	31	13	26	28	1.94
13173343--13173414	12	5.8	12	80	15	83	31	2	0	65	1.07
13173343--13173414	26	2.8	26	83	8	94	31	2	0	65	1.07
13176539--13176587	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
13188255--13188331	38	2.0	38	100	0	154	28	5	18	48	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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