genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  74  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23415170--23415394	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
23415170--23415427	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
23420883--23421039	41	3.6	44	72	11	137	23	17	29	29	1.97
23420873--23421004	45	3.0	44	75	13	121	22	15	26	34	1.95
23434195--23434235	18	2.3	18	95	0	73	19	26	31	21	1.97
23441930--23442100	93	1.8	93	87	2	254	28	28	19	23	1.98
23441921--23442096	46	3.8	45	75	10	158	29	27	19	23	1.98
23446842--23446910	34	2.0	34	100	0	138	14	28	8	47	1.74
23450176--23450239	30	2.2	29	91	2	101	34	23	15	26	1.95
23459370--23459432	24	2.7	23	85	7	81	33	28	15	22	1.95
23461337--23461401	33	2.0	33	96	0	121	36	26	9	27	1.87
23465498--23465554	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
23465498--23465554	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
23465496--23465565	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
23466417--23466483	13	5.7	11	84	13	82	14	4	7	73	1.22
23466416--23466483	12	5.7	12	81	11	86	14	4	7	73	1.21
23468106--23468182	30	2.6	30	78	0	91	31	15	23	29	1.95
23471657--23471723	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
23471773--23471948	24	7.4	24	93	1	266	27	22	22	27	1.99
23472156--23472219	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
23474778--23474841	30	2.2	29	94	2	110	35	23	15	25	1.94
23478829--23478917	29	3.1	29	86	1	126	30	30	14	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23479084--23479118	16	2.2	16	94	0	61	8	17	20	54	1.68
23487218--23487287	34	2.1	34	94	0	122	40	12	20	27	1.88
23489025--23489123	41	2.3	43	81	11	123	24	17	25	33	1.96
23493666--23493772	42	2.6	40	88	8	162	26	16	21	35	1.95
23494974--23495072	28	3.5	27	81	9	101	29	28	15	27	1.96
23497440--23497529	27	3.2	27	84	7	110	32	22	24	21	1.98
23498850--23499022	46	3.8	45	77	11	163	23	20	26	30	1.98
23498846--23499017	93	1.8	93	86	4	249	23	20	27	29	1.99
23499247--23499284	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
23500396--23500457	28	2.2	28	91	0	97	29	8	30	32	1.86
23501527--23501559	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
23511373--23511416	19	2.5	17	82	10	52	52	0	9	38	1.33
23513691--23513738	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
23513782--23513839	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
23513786--23513839	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
23513890--23513962	23	3.1	23	92	3	119	28	20	19	31	1.97
23513889--23513983	24	4.0	24	86	6	131	28	21	21	29	1.98
23516209--23516287	38	2.3	35	74	19	85	48	1	6	44	1.36
23516961--23517002	21	2.0	21	100	0	84	38	4	14	42	1.66
23517070--23517225	40	3.9	40	86	4	208	15	30	19	35	1.92
23517070--23517225	20	7.8	20	69	9	95	15	30	19	35	1.92
23518876--23518930	29	1.9	28	92	3	92	20	18	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23522952--23523208	140	1.8	140	93	0	442	36	18	15	30	1.91
23527807--23527857	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
23534890--23534941	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
23534871--23535010	67	2.1	68	90	2	219	17	29	22	30	1.97
23534978--23535037	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
23541769--23541854	15	5.9	14	67	16	59	5	23	1	69	1.17
23541770--23541809	14	2.8	15	85	11	57	5	20	0	75	0.99
23541773--23541811	13	2.8	14	84	11	53	7	20	0	71	1.10
23545384--23545476	28	3.3	27	85	5	123	32	25	9	32	1.88
23545595--23545682	27	3.1	28	78	4	79	21	25	20	32	1.97
23546135--23546173	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
23553311--23553464	47	3.3	47	93	0	272	29	29	7	33	1.84
23555316--23555340	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23561590--23561668	39	2.0	39	97	0	149	32	7	21	37	1.82
23566304--23566360	27	2.1	27	96	0	105	19	24	17	38	1.93
23571583--23571728	27	5.4	27	89	0	211	28	23	8	40	1.83
23571764--23571967	27	7.5	26	70	12	115	40	20	9	29	1.84
23571780--23571940	54	2.9	53	82	9	164	41	18	8	31	1.81
23572864--23572961	26	3.8	26	90	1	153	27	24	21	26	1.99
23573106--23573197	42	2.2	42	90	0	139	28	14	22	34	1.93
23573221--23573297	31	2.5	31	93	0	127	33	18	20	27	1.96
23573932--23573992	27	2.3	27	78	13	72	37	16	22	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23575999--23576309	39	8.0	39	90	1	471	23	24	28	23	1.99
23578891--23578982	42	2.2	42	88	0	139	28	15	21	34	1.94
23581290--23581435	27	5.4	27	89	0	193	27	21	8	41	1.83
23581290--23581435	54	2.7	54	91	0	229	27	21	8	41	1.83
23581427--23581565	27	5.1	27	74	12	106	37	23	11	28	1.89
23581425--23581565	54	2.6	54	78	9	146	37	22	11	28	1.89
23581467--23581570	27	3.9	27	83	5	138	40	22	7	29	1.81
23581487--23581591	54	1.9	54	84	3	140	40	20	8	29	1.82
23581602--23581653	27	1.9	27	92	0	86	38	11	13	36	1.81
23582571--23582668	26	3.8	26	91	1	162	26	23	23	26	2.00
23582812--23582904	42	2.2	42	84	0	123	27	17	20	34	1.95
23582928--23582997	27	2.4	30	88	9	101	31	14	24	30	1.94
23585269--23585413	27	5.4	27	86	0	202	28	22	6	42	1.79
23585269--23585413	54	2.7	54	90	1	229	28	22	6	42	1.79
23585445--23585543	27	3.7	27	83	4	137	41	22	6	30	1.78
23585412--23585548	27	5.1	26	77	6	130	39	19	9	31	1.84
23585445--23585569	54	2.3	54	82	10	141	40	21	7	30	1.80
23585412--23585567	81	1.9	81	82	7	192	40	19	9	30	1.84
23585580--23585631	27	1.9	27	92	0	86	38	11	13	36	1.81
23586552--23586673	26	4.8	26	89	2	160	26	22	22	27	1.99
23586818--23586905	42	2.1	42	89	0	131	30	14	19	35	1.92
23586933--23587009	31	2.5	31	89	0	118	31	19	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23589974--23590077	40	2.6	40	79	1	109	25	26	18	28	1.98
23590055--23590216	43	3.8	43	87	0	236	20	26	22	30	1.98
23598699--23598759	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23603139--23603199	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
23612918--23612991	27	2.7	27	95	0	130	33	17	18	29	1.94
23612917--23612999	27	3.1	27	89	3	116	33	18	16	31	1.93
23617738--23617837	50	2.0	50	100	0	200	46	10	26	18	1.80
23620294--23620494	53	3.7	53	74	3	150	38	18	21	20	1.94
23620291--23620489	55	3.7	53	75	3	191	38	18	22	20	1.94
23628160--23628190	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
23631464--23631611	43	3.4	43	79	5	165	30	25	16	27	1.97
23635348--23635412	28	2.3	28	89	0	103	33	26	7	32	1.85
23635527--23635605	27	2.8	27	86	5	104	21	26	18	32	1.97
23635517--23635631	55	2.1	56	82	11	139	19	25	20	34	1.96
23642050--23642104	28	2.0	28	92	0	92	34	21	9	34	1.85
23642214--23642303	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
23642214--23642328	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
23643672--23643709	20	1.9	20	89	10	60	47	0	28	23	1.52
23644857--23644897	20	2.0	20	86	9	57	34	9	7	48	1.64
23646752--23647073	96	3.4	96	78	6	339	29	17	28	24	1.97
23646748--23647073	144	2.3	144	82	5	383	29	17	28	24	1.97
23646752--23647078	48	6.8	47	78	4	278	29	17	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23649032--23649249	40	5.5	40	88	1	323	24	21	27	26	1.99
23657102--23657315	40	5.4	40	91	1	342	25	22	26	25	2.00
23660123--23660166	22	2.0	23	81	4	54	45	20	2	31	1.64
23661473--23661605	48	2.8	48	80	4	162	36	27	15	20	1.93
23670294--23670389	27	3.6	26	77	8	77	23	21	17	36	1.95
23674188--23674277	28	3.3	28	86	7	114	18	21	23	36	1.95
23674187--23674301	27	4.3	26	81	9	124	19	20	22	37	1.94
23680423--23680518	40	2.4	39	80	3	111	29	26	14	30	1.95
23683243--23683366	20	6.2	19	70	12	79	19	33	12	34	1.90
23683214--23683366	40	3.8	40	86	2	202	18	33	13	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250