genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  55  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17375077--17375326	80	3.2	80	84	2	308	24	21	26	28	1.99
17375077--17375326	40	6.3	40	84	3	274	24	21	26	28	1.99
17379206--17379313	27	4.0	26	78	8	108	16	21	22	39	1.92
17386131--17386221	23	3.8	24	75	15	71	30	21	15	31	1.94
17386202--17386272	23	3.2	21	75	11	70	25	21	18	35	1.95
17386131--17386266	23	5.8	23	72	7	69	29	21	16	32	1.95
17390504--17390644	44	3.3	42	81	8	160	30	24	18	26	1.98
17390504--17390668	86	1.9	84	80	8	190	31	24	17	26	1.97
17393758--17393803	24	1.9	24	86	0	65	54	10	13	21	1.69
17393773--17393872	6	16.3	6	69	15	53	50	14	14	22	1.77
17393782--17393868	37	2.4	37	82	0	102	50	13	13	21	1.77
17394267--17394369	27	3.8	27	86	0	134	26	22	19	32	1.97
17396023--17396154	29	4.6	29	91	1	194	26	32	15	25	1.96
17403995--17404097	29	3.6	29	93	2	154	25	33	16	25	1.96
17405640--17405743	27	3.9	27	81	0	91	28	6	22	42	1.79
17405667--17405824	54	2.9	54	81	0	172	32	5	24	37	1.79
17405667--17405832	27	6.2	27	87	0	154	32	5	25	36	1.79
17405675--17405847	81	2.2	80	80	1	193	34	5	23	36	1.79
17405703--17405845	54	2.7	54	86	1	189	36	6	23	33	1.80
17405850--17405944	27	3.5	26	83	8	109	29	7	20	43	1.78
17407879--17407931	24	2.2	24	82	0	61	50	11	16	20	1.76
17407894--17407987	6	15.3	6	71	16	68	48	14	17	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17407905--17407987	19	4.5	18	66	16	53	49	14	16	19	1.80
17407903--17407987	25	3.4	25	82	4	93	49	14	17	18	1.80
17411262--17411339	37	2.1	37	95	0	138	37	19	5	38	1.74
17411721--17411777	21	2.7	21	88	0	87	26	15	5	52	1.64
17414037--17414075	17	2.4	17	82	4	53	71	5	0	23	1.05
17418367--17418426	27	2.3	27	83	11	79	66	1	1	30	1.11
17418685--17418759	10	7.6	10	73	13	66	61	4	0	34	1.15
17418702--17418760	20	3.2	18	92	7	93	57	5	0	37	1.21
17418780--17418815	9	3.9	9	88	3	54	69	5	0	25	1.10
17418778--17418825	10	5.0	9	76	14	51	66	4	0	29	1.10
17418778--17418825	19	2.5	20	90	10	73	66	4	0	29	1.10
17424424--17424489	24	2.8	23	77	4	78	24	24	13	37	1.91
17424400--17424489	47	1.9	47	83	0	117	22	23	15	38	1.92
17426204--17426352	44	3.5	41	76	14	126	26	19	24	30	1.98
17426204--17426359	43	3.6	42	76	10	140	25	19	25	30	1.98
17430606--17430712	37	2.8	38	88	2	153	20	23	28	28	1.99
17430705--17430786	43	1.9	43	89	0	128	12	25	32	29	1.92
17433707--17433834	39	3.3	39	79	8	145	23	19	28	28	1.98
17476747--17476930	40	4.6	39	77	8	165	27	27	21	23	1.99
17476750--17476930	80	2.3	80	83	9	210	27	27	21	23	1.99
17482485--17482627	74	1.9	75	91	1	234	26	23	23	25	2.00
17482461--17482637	74	2.4	75	81	1	230	25	23	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17483166--17483258	40	2.3	40	94	0	159	13	34	20	31	1.92
17483166--17483258	20	4.7	20	75	7	91	13	34	20	31	1.92
17486341--17486512	43	4.0	42	71	8	123	26	16	23	34	1.95
17487181--17487224	23	2.0	22	86	4	61	15	4	27	52	1.63
17492165--17492252	41	2.1	42	87	2	124	22	13	27	36	1.92
17493502--17493674	46	3.8	45	74	17	167	22	17	29	30	1.97
17493496--17493666	93	1.8	93	90	5	274	22	18	29	29	1.97
17496569--17496609	15	2.7	15	88	0	64	12	19	9	58	1.61
17500928--17501007	29	2.9	27	81	15	99	30	32	23	13	1.93
17501163--17501214	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
17500951--17501291	104	3.3	104	94	3	571	31	30	20	18	1.96
17501619--17501682	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17501626--17501682	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
17508596--17508913	100	3.2	100	92	5	477	31	31	19	18	1.95
17508785--17508837	26	2.0	26	96	0	97	28	33	22	15	1.94
17509242--17509305	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17509249--17509305	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
17510952--17511129	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17510953--17511108	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17510949--17511129	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17518960--17519133	27	6.4	27	82	4	188	28	14	27	29	1.96
17518961--17519116	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17520597--17520772	46	3.8	44	81	10	201	21	20	29	28	1.98
17520594--17520764	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.98
17522799--17522877	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17522996--17523601	49	12.6	49	92	2	962	28	28	9	33	1.88
17522996--17523601	96	6.3	96	93	2	1000	28	28	9	33	1.88
17522996--17523601	194	3.1	192	93	2	1000	28	28	9	33	1.88
17527992--17528222	97	2.3	100	84	5	299	24	18	27	29	1.98
17527992--17528214	49	4.5	49	87	4	297	25	17	27	29	1.98
17531147--17531200	15	3.6	14	80	5	54	9	18	14	57	1.64
17533266--17533403	49	2.8	50	84	1	170	23	16	28	30	1.96
17537887--17538417	38	12.9	38	72	19	338	29	14	24	31	1.95
17537920--17538406	85	5.8	83	79	13	402	29	14	24	31	1.95
17538129--17538417	123	2.4	123	95	0	517	28	14	25	30	1.95
17544313--17544486	46	3.8	44	76	11	163	21	29	20	28	1.98
17546686--17546776	46	2.0	46	88	0	137	26	30	8	34	1.87
17546793--17546915	22	5.3	22	64	27	67	24	28	13	34	1.92
17546750--17546987	47	5.1	46	88	3	271	26	28	9	35	1.88
17546750--17546987	94	2.5	93	84	6	318	26	28	9	35	1.88
17546815--17546940	25	5.3	25	66	24	92	26	26	11	34	1.91
17546909--17546988	25	3.3	25	67	22	62	32	26	3	37	1.74
17555183--17555272	46	2.0	46	86	4	128	23	34	17	24	1.96
17555257--17555289	17	1.9	17	100	0	66	30	36	9	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17562349--17562471	26	4.7	26	78	4	102	42	22	7	27	1.80
17562349--17562444	27	3.6	26	80	9	104	41	23	7	27	1.81
17562456--17562794	27	12.6	27	80	2	376	38	17	18	25	1.93
17562456--17562794	54	6.3	54	85	1	428	38	17	18	25	1.93
17564380--17564434	18	3.1	18	86	0	74	47	12	18	21	1.82
17564783--17564855	27	2.7	27	91	0	110	36	19	17	26	1.94
17573564--17573780	40	5.5	40	92	3	345	25	28	23	23	1.99
17573564--17573780	79	2.8	79	92	3	341	25	28	23	23	1.99
17582040--17582254	39	5.5	40	90	6	327	26	27	22	22	1.99
17582039--17582254	79	2.8	77	89	6	321	27	27	22	22	1.99
17599073--17599134	21	2.9	21	85	2	79	32	3	30	33	1.74
17609447--17609546	6	16.3	6	76	15	98	48	15	18	19	1.82
17609447--17609546	31	3.3	31	84	6	125	48	15	18	19	1.82
17609948--17610330	27	14.3	27	88	1	538	25	21	20	33	1.97
17610318--17610343	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
17610331--17610563	27	8.6	27	89	0	340	23	22	20	33	1.97
17610264--17610397	67	2.0	67	91	2	216	25	20	19	35	1.96
17610544--17610641	27	3.6	26	74	8	88	28	7	24	39	1.81
17611877--17611936	24	2.4	26	83	8	79	40	3	40	16	1.65
17613369--17613438	27	2.6	27	81	4	70	38	15	18	27	1.91
17616642--17616690	24	2.0	24	92	0	80	32	4	36	26	1.75
17620927--17620990	24	2.7	24	71	7	60	7	31	1	59	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17620969--17621057	18	4.7	19	80	9	94	6	21	2	69	1.22
17620971--17621040	6	11.5	6	73	3	59	7	20	1	71	1.17
17623521--17623567	10	4.7	10	97	0	85	42	29	17	10	1.82
17627122--17627174	26	2.0	26	92	0	88	22	18	18	39	1.92
17631093--17631121	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
17636072--17636110	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
17636301--17636424	41	2.9	42	75	11	128	29	28	17	25	1.98
17636282--17636434	43	3.6	43	75	11	154	27	27	18	26	1.98
17640330--17640356	13	2.1	13	100	0	54	37	22	0	40	1.54
17642006--17642057	27	1.9	27	88	0	77	30	23	7	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250