genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8781769--8782382	213	2.9	213	92	2	1014	42	6	10	40	1.66
8787463--8787514	3	17.3	3	91	0	86	0	28	0	71	0.87
8788844--8789198	47	7.6	46	73	11	242	22	29	20	27	1.98
8788835--8789195	94	3.9	92	78	8	356	22	29	20	27	1.98
8790459--8790527	31	2.3	31	82	7	79	20	10	21	47	1.79
8798757--8798813	21	2.7	22	71	12	57	19	29	38	12	1.88
8804096--8804157	21	3.0	21	83	4	74	17	24	14	43	1.86
8805274--8805303	5	5.8	5	96	4	51	20	0	3	76	0.92
8820011--8820053	22	1.9	22	90	4	68	25	0	2	72	0.97
8820023--8820055	17	1.9	17	93	0	57	27	0	0	72	0.85
8823835--8823880	23	2.0	23	100	0	92	17	8	21	52	1.71
8823918--8823968	23	2.3	23	86	6	70	39	0	5	54	1.24
8826003--8826054	26	2.0	26	100	0	104	42	23	15	19	1.89
8829095--8829143	25	2.0	25	91	0	80	67	2	14	16	1.33
8829994--8830066	29	2.5	29	86	4	94	17	24	1	56	1.49
8844046--8844105	16	3.7	16	71	10	50	51	1	3	43	1.28
8844049--8844164	59	2.0	58	86	10	164	51	2	4	41	1.35
8844141--8844175	5	6.6	5	87	12	52	60	0	2	37	1.12
8844136--8844199	20	3.7	17	79	12	60	56	3	3	37	1.31
8845798--8845836	15	2.6	14	88	8	51	58	0	20	20	1.39
8847399--8847446	21	2.4	21	86	13	66	39	10	2	47	1.49
8848589--8848650	30	2.1	30	93	0	106	33	20	17	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8853424--8853570	45	3.3	43	72	12	118	44	12	18	23	1.84
8855710--8855791	42	1.9	43	83	11	107	56	0	26	17	1.41
8875355--8875388	15	2.2	16	89	5	52	38	5	14	41	1.70
8875370--8875427	20	2.9	20	84	5	64	36	6	18	37	1.78
8879544--8879712	46	3.6	47	76	10	161	30	16	29	23	1.96
8879501--8879914	49	8.7	49	74	11	276	28	17	29	25	1.97
8879591--8879860	148	1.9	140	81	9	328	27	16	30	25	1.97
8879504--8879914	94	4.3	96	73	13	273	28	17	29	25	1.97
8894987--8895013	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
8896331--8896455	47	2.7	45	81	14	139	24	28	19	28	1.98
8896792--8896849	30	1.9	30	89	0	89	27	24	13	34	1.93
8897046--8897121	36	2.1	36	90	0	116	44	28	2	23	1.67
8901196--8901356	43	3.8	42	79	15	179	22	18	25	33	1.97
8902095--8902138	22	2.0	22	82	8	54	25	0	25	50	1.50
8911628--8911766	42	3.2	41	77	11	127	27	18	23	30	1.98
8924422--8924452	16	1.9	16	93	0	53	16	25	9	48	1.76
8928516--8928663	43	3.4	44	78	5	169	22	16	27	33	1.95
8943669--8943815	42	3.4	42	78	10	138	27	27	19	26	1.99
8946707--8946753	11	4.6	10	80	12	51	17	0	27	55	1.42
8948980--8949038	26	2.2	26	88	8	84	37	23	8	30	1.85
8949147--8949232	27	3.2	28	90	4	124	20	22	22	34	1.96
8951473--8951527	28	2.0	28	100	0	110	43	7	9	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8951673--8951742	33	2.2	32	97	2	131	21	8	37	32	1.84
8951934--8951974	22	1.9	22	85	5	57	53	7	0	39	1.29
8960857--8960952	5	19.2	5	74	17	76	20	3	1	75	1.01
8960858--8960939	22	3.6	22	77	9	69	20	2	1	75	0.98
8961056--8961120	25	2.6	25	76	13	71	16	3	3	76	1.03
8966154--8966283	29	4.6	29	80	1	147	24	29	16	30	1.96
8966259--8966296	19	2.0	19	85	10	51	31	26	10	31	1.90
8966514--8966544	8	3.9	8	95	0	53	12	25	22	38	1.90
8972821--8972998	40	4.5	40	86	2	234	25	24	24	25	2.00
8975856--8975899	18	2.4	18	100	0	88	34	20	15	29	1.94
8980054--8980231	40	4.5	40	88	2	252	24	24	25	24	2.00
8984420--8984591	45	3.7	46	76	13	192	29	27	20	22	1.98
8984425--8984594	93	1.8	92	93	1	295	28	28	20	22	1.99
8989997--8990037	6	6.8	6	94	0	73	82	0	2	14	0.76
8996080--8996169	27	3.3	27	93	3	146	21	4	34	40	1.73
9003567--9003615	12	4.3	12	73	23	52	48	22	2	26	1.61
9009906--9010107	40	5.1	40	85	4	239	25	27	21	25	2.00
9019399--9019758	47	7.7	46	71	12	214	29	20	26	23	1.99
9019402--9019759	94	3.8	92	77	10	370	29	19	27	23	1.98
9044430--9044581	51	3.1	50	77	16	176	31	30	17	21	1.96
9044481--9044568	43	2.1	42	89	6	133	32	29	17	20	1.95
9047691--9047860	46	3.7	44	78	10	146	23	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9047559--9047863	138	2.2	139	80	5	323	24	28	19	27	1.98
9047601--9047860	94	2.8	92	78	12	232	25	28	19	26	1.99
9050489--9050595	51	2.1	52	85	1	144	34	28	14	21	1.93
9058819--9058895	40	1.9	40	89	0	118	28	15	28	27	1.96
9058829--9058939	40	2.8	39	82	5	116	29	19	24	26	1.99
9059936--9059987	25	2.1	24	82	3	59	38	3	3	53	1.37
9060001--9060045	14	3.3	13	79	11	54	20	0	26	53	1.46
9060202--9060231	14	2.1	14	100	0	60	20	0	23	56	1.42
9060406--9060464	7	8.4	7	75	0	55	16	1	38	42	1.59
9060728--9060761	14	2.4	14	95	0	59	8	0	47	44	1.34
9061672--9061717	24	1.9	24	100	0	92	17	15	8	58	1.61
9062433--9062502	24	2.9	24	72	10	70	41	2	8	47	1.49
9065984--9066012	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
9066205--9067048	420	2.0	420	96	1	1559	36	13	10	39	1.79
9067097--9067201	53	2.1	49	82	7	120	44	4	3	46	1.42
9069134--9069187	27	2.0	27	100	0	108	22	7	18	51	1.70
9072309--9072498	37	5.1	37	96	0	335	26	33	18	21	1.96
9072617--9072920	47	6.5	47	94	0	500	28	30	8	32	1.87
9072668--9072745	25	3.2	25	64	10	72	32	28	5	34	1.79
9077101--9077148	21	2.3	21	88	0	69	22	18	56	2	1.52
9077442--9077589	43	3.5	40	81	8	156	26	18	20	34	1.96
9077623--9077687	33	2.0	33	82	5	80	26	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9080494--9080521	11	2.5	11	100	0	56	60	0	0	39	0.97
9086498--9086531	15	2.3	15	90	5	52	32	0	2	64	1.08
9099945--9100025	35	2.3	35	80	4	92	35	24	17	22	1.95
9110799--9110836	9	3.7	10	86	13	51	52	0	0	47	1.00
9110827--9110882	8	7.1	8	76	11	53	57	0	0	42	0.99
9110827--9110882	16	3.6	16	80	4	69	57	0	0	42	0.99
9111575--9111629	21	2.4	23	88	8	78	60	0	0	40	0.97
9112423--9112470	22	2.1	23	85	11	64	29	2	0	68	1.01
9112677--9112747	25	2.7	25	77	20	74	35	1	5	57	1.31
9112699--9112757	25	2.5	22	84	12	82	30	1	3	64	1.20
9117354--9117528	46	3.8	46	78	10	203	29	28	21	21	1.98
9117361--9117532	93	1.8	93	93	0	299	28	28	21	21	1.99
9119140--9119186	20	2.3	20	100	0	94	36	27	14	21	1.93
9119528--9119580	21	2.7	19	78	18	56	22	1	26	49	1.60
9120642--9120814	42	4.1	42	79	4	170	28	13	26	32	1.93
9128245--9128397	42	3.6	42	79	6	166	29	16	24	29	1.96
9133123--9133167	20	2.1	22	84	12	58	31	8	15	44	1.77
9133294--9133319	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
9134136--9134180	18	2.6	17	82	3	54	13	37	26	22	1.91
9134168--9134243	31	2.4	32	91	2	127	15	36	26	21	1.93
9137796--9137824	11	2.5	12	94	5	51	58	0	3	37	1.15
9146106--9146164	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9153160--9153218	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
9156770--9156883	57	2.0	58	87	1	167	42	10	21	26	1.85
9160204--9160256	26	2.0	26	100	0	106	47	11	15	26	1.79
9160945--9160975	7	4.4	7	100	0	62	32	0	0	67	0.91
9164438--9164588	78	1.9	77	82	4	187	36	16	19	27	1.93
9178855--9178945	21	4.4	20	73	10	76	35	13	10	40	1.79
9186303--9186345	20	2.3	20	84	11	56	32	0	11	55	1.36
9209620--9209670	20	2.5	21	84	9	61	64	1	0	33	1.05
9209706--9209742	10	3.7	10	88	0	56	64	2	0	32	1.07
9209716--9209777	24	2.6	25	75	10	67	69	1	1	27	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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