genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19937310--19937409	43	2.3	44	92	1	175	28	26	22	24	1.99
19937534--19937596	3	20.7	3	75	18	51	30	4	0	65	1.13
19937531--19937596	13	4.8	13	75	17	62	30	4	0	65	1.13
19937537--19937599	10	6.4	10	75	3	56	30	4	0	65	1.13
19937696--19937937	126	1.9	126	92	0	403	28	16	16	38	1.90
19941175--19941217	22	1.9	23	90	4	70	34	0	4	60	1.17
19944697--19944881	40	4.7	40	83	6	216	25	28	22	23	1.99
19944699--19944879	79	2.3	80	81	8	208	24	28	22	24	1.99
19952634--19952857	62	3.6	61	80	6	218	25	27	25	21	2.00
19954566--19954637	36	2.0	36	100	0	144	41	8	19	30	1.81
19958996--19959149	41	3.8	40	79	10	159	28	27	22	21	1.99
19966043--19966218	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
19966040--19966211	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
20086345--20086568	40	5.7	40	84	6	260	26	27	20	24	1.99
20089408--20089496	30	3.0	30	83	0	115	37	21	15	25	1.93
20096703--20096894	18	10.1	18	68	11	89	42	14	9	32	1.79
20096796--20096853	26	2.2	26	84	6	73	36	15	13	34	1.87
20096822--20096892	37	1.9	37	82	2	90	46	12	9	30	1.74
20097031--20097131	53	1.9	53	83	4	132	41	19	20	17	1.90
20097177--20097209	6	5.5	6	92	0	57	45	15	21	18	1.85
20101553--20101806	126	2.0	126	96	0	472	33	12	16	38	1.85
20104638--20104830	6	31.8	6	74	15	148	49	12	17	21	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20104617--20104830	30	7.1	29	80	7	214	49	12	17	21	1.79
20104638--20104830	91	2.1	91	93	0	332	49	12	17	21	1.79
20104948--20105029	27	3.1	26	87	5	101	36	23	23	17	1.94
20105186--20105244	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
20105332--20105440	27	4.1	26	92	3	173	35	22	23	18	1.95
20105332--20105440	53	2.1	53	91	3	175	35	22	23	18	1.95
20105639--20105834	27	7.3	27	85	0	239	26	19	18	35	1.95
20105839--20106356	27	19.2	27	85	5	636	40	10	22	27	1.85
20105844--20106356	54	9.5	54	87	4	705	40	9	22	27	1.85
20105829--20106387	108	5.2	108	89	3	797	39	10	22	27	1.86
20108368--20108552	6	30.8	6	74	18	145	49	12	16	21	1.78
20108347--20108552	30	7.1	29	80	11	210	49	12	16	20	1.79
20108454--20108495	11	3.5	11	82	17	57	54	16	11	16	1.70
20108668--20108733	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
20108668--20108741	27	2.8	26	80	13	80	35	21	25	17	1.95
20108692--20108749	27	2.1	27	84	6	73	34	27	22	15	1.94
20108904--20108962	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
20109050--20109158	27	4.1	26	92	3	173	35	22	23	18	1.95
20109050--20109158	53	2.1	53	91	3	175	35	22	23	18	1.95
20109357--20109549	27	7.3	27	84	3	230	26	20	17	35	1.95
20109356--20109542	53	3.5	53	84	2	225	25	20	17	35	1.95
20109554--20110052	27	19.2	27	82	11	580	40	10	22	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20109559--20110052	53	9.5	53	80	15	515	40	9	22	26	1.85
20109683--20109722	19	2.2	18	86	4	53	47	5	27	20	1.70
20109700--20110052	53	6.6	54	87	8	528	39	10	22	26	1.87
20112058--20112247	6	31.8	6	74	16	155	48	13	17	21	1.80
20112058--20112247	89	2.1	90	93	3	330	48	13	17	21	1.80
20112365--20112446	27	3.1	26	87	5	101	36	23	23	17	1.94
20112602--20112660	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
20112768--20112844	25	3.0	26	90	7	122	35	22	24	18	1.96
20113043--20113235	26	7.3	27	82	5	160	26	18	18	36	1.94
20113047--20113203	53	3.0	52	79	9	174	25	19	17	36	1.94
20113045--20113235	80	2.4	81	82	5	228	26	18	17	37	1.93
20113240--20113745	27	19.2	27	84	9	591	40	10	22	27	1.85
20113228--20113776	212	2.6	209	85	7	729	39	10	22	27	1.87
20115043--20115104	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
20116718--20116908	6	31.8	6	74	15	155	49	13	16	20	1.78
20116697--20116908	30	7.1	29	82	7	221	49	13	16	20	1.79
20117023--20117120	27	3.8	25	80	12	99	37	22	23	16	1.93
20117260--20117318	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
20117405--20117511	26	4.1	26	89	7	155	36	22	23	17	1.95
20117710--20117906	27	7.3	27	80	2	126	25	19	18	36	1.95
20117710--20117905	54	3.6	54	84	0	239	26	19	18	35	1.95
20117737--20117897	81	2.0	81	85	2	216	24	18	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20117910--20118400	27	18.2	27	85	5	618	40	10	21	27	1.85
20120412--20120566	6	25.8	6	77	14	151	48	13	18	20	1.81
20120683--20120764	27	3.1	27	79	11	89	36	24	23	15	1.94
20121064--20121125	26	2.4	26	84	12	83	38	17	20	22	1.93
20121343--20121640	27	11.2	27	81	5	313	26	18	17	37	1.93
20121346--20121633	54	5.4	54	85	6	358	25	19	17	37	1.94
20121343--20121640	81	3.7	79	83	4	375	26	18	17	37	1.93
20121645--20122243	27	22.2	27	84	4	726	40	9	22	27	1.84
20126970--20127010	17	2.4	17	100	0	82	17	14	31	36	1.90
20128947--20129191	49	4.9	48	81	6	283	29	26	17	25	1.98
20128960--20129191	100	2.3	99	86	2	322	29	27	17	25	1.98
20129439--20129492	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
20129790--20129846	30	1.9	30	92	0	96	31	21	7	40	1.80
20132551--20132580	15	2.0	15	93	0	51	26	50	6	16	1.70
20133211--20133286	30	2.5	30	91	0	125	18	36	30	14	1.91
20133706--20133749	20	2.1	21	84	12	56	25	11	6	56	1.58
20133715--20133754	21	2.0	20	90	5	62	20	12	7	60	1.56
20135298--20135327	12	2.5	12	94	0	51	10	26	36	26	1.88
20143505--20143598	41	2.3	41	92	0	152	26	25	23	24	2.00
20146854--20146930	38	2.0	38	92	0	127	29	27	14	28	1.95
20146899--20147032	48	2.8	48	81	9	166	29	22	15	32	1.95
20149692--20149828	61	2.2	61	83	2	168	39	13	17	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20151473--20151562	45	2.0	45	93	0	153	25	14	24	35	1.93
20154734--20154814	39	2.1	39	95	0	144	24	17	19	38	1.93
20156680--20156803	40	3.1	40	82	5	160	26	16	22	34	1.95
20157397--20157456	29	2.1	29	83	0	75	21	0	31	46	1.52
20157405--20157443	15	2.7	14	84	7	51	23	0	30	46	1.53
20157397--20157450	7	7.6	7	81	4	54	22	0	29	48	1.51
20157402--20157450	22	2.3	22	89	3	73	20	0	32	46	1.51
20161321--20161380	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
20168225--20168347	45	2.7	45	86	9	144	29	30	21	19	1.97
20168778--20168834	30	1.9	30	88	0	87	28	24	8	38	1.85
20171015--20171089	23	3.3	23	82	0	96	36	6	18	38	1.77
20171015--20171195	46	4.0	46	75	8	181	32	4	21	40	1.75
20171121--20171209	23	3.9	22	76	8	81	33	3	21	41	1.70
20172142--20172983	23	36.8	23	76	10	609	31	6	23	38	1.80
20172320--20172728	160	2.6	159	94	1	705	30	6	24	38	1.81
20172441--20172981	228	2.4	229	89	2	838	31	6	23	38	1.80
20173767--20173866	43	2.3	43	94	0	182	27	30	18	25	1.98
20192447--20192588	40	3.5	39	80	11	153	26	16	23	34	1.95
20196428--20196464	16	2.3	16	95	0	65	45	13	24	16	1.83
20196673--20196769	29	3.3	29	91	0	158	22	12	31	32	1.91
20198923--20199183	40	6.6	40	88	1	357	27	23	25	22	2.00
20205018--20205060	17	2.4	18	80	3	52	25	4	2	67	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20209052--20209182	27	4.9	27	91	0	199	27	21	10	40	1.86
20209059--20209208	81	1.9	81	81	2	185	30	19	11	39	1.86
20209174--20209333	27	5.9	27	82	5	189	40	20	8	30	1.81
20209168--20209354	54	3.4	54	75	13	154	40	20	8	30	1.81
20209168--20209338	81	2.1	81	88	0	279	41	20	7	30	1.80
20209365--20209416	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
20209470--20209561	27	3.4	27	83	8	107	35	19	25	19	1.95
20210362--20210536	26	6.8	26	88	0	246	26	22	22	28	1.99
20210362--20210536	52	3.4	52	94	1	300	26	22	22	28	1.99
20210681--20210772	42	2.2	42	88	0	130	30	13	21	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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