genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5627858--5627896	20	2.0	20	85	10	53	66	5	2	25	1.25
5640654--5640746	18	5.2	18	86	0	123	35	17	19	27	1.94
5643025--5643180	77	2.0	77	100	0	312	33	17	11	37	1.86
5645821--5645885	32	2.0	32	96	0	121	41	13	12	32	1.82
5646136--5646177	20	2.1	20	100	0	84	14	14	23	47	1.80
5646298--5646352	28	1.9	29	82	10	69	34	1	5	58	1.32
5646707--5646762	22	2.5	22	85	0	76	26	0	33	39	1.57
5646690--5646748	29	2.1	28	87	9	84	27	0	38	33	1.57
5648244--5648432	49	3.9	49	89	4	287	32	8	30	28	1.87
5649815--5650074	40	6.5	40	89	0	358	25	21	27	26	1.99
5652895--5653460	49	11.9	49	90	6	900	32	8	29	29	1.86
5652895--5653460	96	6.0	96	91	5	911	32	8	29	29	1.86
5652913--5653460	232	2.3	232	90	5	861	32	8	29	29	1.86
5652895--5653460	145	4.0	146	90	6	896	32	8	29	29	1.86
5654386--5654416	16	1.9	16	93	0	53	25	0	41	32	1.56
5654429--5654561	7	17.9	7	69	14	61	19	0	30	48	1.54
5654489--5654568	15	5.2	15	72	10	63	21	0	30	48	1.50
5654955--5654984	15	2.0	15	93	0	51	26	3	0	70	1.03
5656016--5656080	32	2.0	32	100	0	130	21	18	12	47	1.81
5657613--5657756	9	16.6	9	71	9	77	47	16	0	35	1.52
5657623--5657690	33	2.1	33	91	0	109	52	13	1	32	1.49
5657597--5657756	85	1.9	88	86	4	236	47	15	0	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5659402--5659509	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
5669968--5669996	14	2.0	15	93	6	51	68	6	13	10	1.37
5670855--5670905	20	2.5	20	83	0	57	19	39	21	19	1.93
5686194--5686253	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
5693181--5693410	76	3.0	75	84	3	291	34	18	20	26	1.95
5693128--5693410	152	1.9	152	83	3	372	35	18	19	26	1.95
5697207--5697631	144	3.0	144	90	1	629	30	15	24	28	1.96
5699660--5699691	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
5700685--5700792	40	2.7	40	82	2	119	33	23	21	22	1.97
5700697--5700829	40	3.3	41	81	6	110	33	23	24	18	1.97
5701168--5701218	18	2.8	18	85	8	68	45	3	1	49	1.32
5701639--5701669	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
5708079--5708173	36	2.6	36	88	3	129	33	13	21	31	1.92
5708082--5708173	18	5.1	18	82	0	103	34	13	20	31	1.91
5708769--5708808	20	2.0	20	95	0	71	17	20	17	45	1.86
5712054--5712181	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
5712072--5712148	39	2.0	39	97	0	145	44	23	0	32	1.54
5712067--5712179	57	2.0	57	87	0	163	45	23	0	30	1.59
5717716--5717746	15	2.0	16	93	6	55	32	16	51	0	1.44
5718143--5718286	43	3.4	42	82	5	164	25	26	21	27	1.99
5718931--5719052	55	2.2	56	85	4	167	40	18	9	31	1.83
5724900--5724936	9	4.2	9	86	6	58	2	18	0	78	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5724900--5724936	13	2.8	13	84	15	58	2	18	0	78	0.87
5725539--5725579	16	2.6	16	85	11	50	9	17	0	73	1.09
5726580--5726676	48	2.0	48	91	0	158	22	14	16	46	1.83
5733577--5733776	104	1.9	105	80	5	235	24	28	22	25	1.99
5734921--5734956	19	1.9	19	94	5	65	63	5	19	11	1.46
5734913--5734956	19	2.4	19	88	3	63	65	4	20	9	1.38
5736373--5736420	25	2.0	24	84	12	62	58	2	2	37	1.22
5736940--5736984	22	2.0	23	82	8	56	35	2	6	55	1.38
5742023--5742113	44	2.1	44	95	0	164	25	17	9	47	1.78
5746728--5746774	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
5752507--5752536	6	5.2	6	92	8	53	70	0	0	30	0.88
5752507--5752558	12	4.7	11	73	17	54	67	0	1	30	1.02
5752515--5752563	21	2.3	21	82	0	62	65	2	2	30	1.15
5755469--5755497	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
5755472--5755501	7	4.4	7	91	8	53	63	0	0	36	0.95
5758616--5758643	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
5759626--5759668	13	3.3	13	90	0	59	55	20	11	11	1.66
5759664--5759728	29	2.2	29	81	5	69	49	21	21	7	1.74
5759827--5759882	28	2.0	28	96	0	103	42	8	14	33	1.77
5761509--5761565	9	6.2	9	80	10	62	40	1	0	57	1.09
5761512--5761574	18	3.6	17	81	8	81	41	1	0	57	1.08
5761648--5761809	3	53.0	3	67	17	52	32	4	4	59	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5761657--5761769	20	5.6	21	71	25	66	35	3	4	56	1.36
5761953--5762024	25	2.8	26	72	4	74	34	9	6	48	1.63
5762001--5762061	20	2.9	21	80	9	79	34	4	4	55	1.43
5762017--5762140	26	5.0	24	71	14	92	34	3	6	55	1.42
5762114--5762155	21	2.0	22	90	4	68	38	0	4	57	1.20
5765468--5765624	72	2.2	72	83	2	199	31	12	25	29	1.93
5766613--5766657	19	2.3	19	82	14	56	31	0	4	64	1.13
5776778--5777012	94	2.4	99	82	6	268	25	17	25	31	1.97
5776835--5777041	47	4.4	46	85	3	227	27	17	23	31	1.97
5777163--5777248	42	2.0	42	97	0	163	39	9	24	26	1.85
5784475--5784642	41	3.9	43	73	12	123	29	26	16	26	1.97
5787672--5787733	18	3.4	18	76	12	65	64	3	3	29	1.25
5787664--5787733	36	2.0	34	83	10	88	64	2	2	30	1.22
5791544--5791712	72	2.3	71	78	7	180	31	11	24	31	1.91
5792517--5792547	15	2.1	15	93	0	53	35	3	6	54	1.42
5793221--5793260	18	2.2	19	86	8	57	65	12	2	20	1.38
5801313--5801345	17	1.9	17	88	11	50	30	0	0	69	0.88
5801317--5801358	18	2.3	18	84	12	50	33	2	0	64	1.07
5804181--5804213	12	2.8	12	95	0	57	42	0	3	54	1.15
5809648--5809752	53	2.0	53	84	1	140	21	14	10	53	1.71
5810123--5810314	64	3.0	64	92	0	339	30	17	15	36	1.90
5810384--5810570	45	4.2	45	70	6	130	26	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5810381--5810718	131	2.6	131	82	1	435	27	21	24	26	1.99
5810647--5810766	44	2.7	44	81	7	145	25	19	25	30	1.98
5811955--5812004	19	2.7	18	78	9	55	36	2	14	48	1.55
5812024--5812108	43	2.0	43	92	0	143	28	7	14	50	1.68
5815668--5815843	46	3.8	45	78	11	187	20	21	30	28	1.98
5815664--5815836	93	1.9	93	92	2	294	20	21	30	27	1.98
5819474--5819521	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
5822638--5822691	15	3.3	17	80	16	53	35	0	5	59	1.21
5822646--5822692	18	2.7	18	80	3	51	31	0	4	63	1.13
5822726--5822786	20	2.9	19	72	15	50	32	3	1	62	1.21
5826648--5826697	25	2.0	25	100	0	100	52	8	28	12	1.66
5833275--5833371	31	3.1	30	85	5	122	38	6	13	42	1.69
5833394--5833458	34	1.9	34	96	0	121	55	16	4	23	1.60
5836881--5836949	2	34.5	2	100	0	138	50	49	0	0	1.00
5844136--5844185	10	5.0	10	81	13	59	72	2	8	18	1.19
5844945--5845054	41	2.8	40	70	12	93	29	27	17	26	1.97
5847164--5847218	27	2.0	27	92	0	92	14	10	21	52	1.72
5847567--5847616	15	3.5	15	69	20	52	60	20	4	16	1.52
5847567--5847626	28	2.1	28	100	0	120	58	20	3	18	1.53
5861494--5861587	47	2.0	48	95	2	172	37	19	10	32	1.86
5874925--5875040	60	1.9	60	85	3	162	35	14	29	20	1.93
5881541--5881593	15	3.5	15	92	0	88	11	13	15	60	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5888118--5888148	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
5894682--5894796	27	4.3	26	85	5	140	35	23	23	17	1.95
5894682--5894796	54	2.1	54	87	3	160	35	23	23	17	1.95
5896413--5896522	26	4.2	26	91	4	161	38	23	4	33	1.75
5900104--5900165	25	2.5	25	94	0	106	19	22	14	43	1.87
5909582--5909647	32	2.1	32	100	0	132	37	15	0	46	1.46
5912420--5912497	13	5.9	14	76	11	58	42	1	19	37	1.59
5912420--5912499	40	2.0	40	90	0	124	41	1	21	36	1.61
5917764--5917806	7	5.9	7	89	5	59	20	0	0	79	0.74
5917764--5917806	8	5.8	8	86	13	65	20	0	0	79	0.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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